意大利苦杏酒

DOI:10.18129 / B9.bioc.AMARETTO

监管网络推理和司机基因评价使用综合Multi-Omics分析和处罚回归

Bioconductor版本:版本(3.17)

集成越来越多的可用multi-omics癌症数据仍然是一个主要的挑战来提高我们对癌症的认识。的主要挑战之一是使用multi-omics数据识别小说癌症司机基因。我们已经开发出一种算法,称为意大利苦杏酒,集拷贝数、DNA甲基化和基因表达数据,找出一套驱动基因通过分析癌症样本,将它们连接到集群中的基因,我们定义为模块。我们应用意大利苦杏酒在pancancer环境识别癌症驱动基因及其模块在多个网站。意大利苦杏酒捕获模块丰富的血管生成,细胞周期和EMT模块准确预测生存和分子亚型。这使得意大利苦杏酒来识别小说癌症司机基因指导规范的途径。

作者:Jayendra Shinde,席琳Everaert Shaimaa•克尔Mohsen Nabian, Jishu徐,文森特•凯里娜塔莉基因和奥利弗Gevaert

维修工:奥利弗Gevaert <奥利维尔。在gmail.com gevaert >

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biocViews	AlternativeSplicing,BatchEffect,贝叶斯,聚类,CopyNumberVariation,DataImport,DifferentialExpression,DifferentialMethylation,DifferentialSplicing,ExonArray,GeneExpression,GeneRegulation,GeneSetEnrichment,MethylationArray,MicroRNAArray,微阵列,MultipleComparison,网络,归一化,OneChannel,预处理,ProprietaryPlatforms,质量控制,RNASeq,回归,测序,软件,StatisticalMethod,TimeCourse,转录,TwoChannel,mRNAMicroarray
版本	1.16.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(4年)
许可证	Apache许可证(= = 2.0)+文件许可证
取决于	R (> = 3.6),嫁祸于,grDevices doParallel dplyr、方法ComplexHeatmap
进口	callr(> = 3.0.0.9001)矩阵,Rcpp,BiocFileCache,DT,MultiAssayExperimentcirclize,curatedTCGAData、foreach glmnet httr,limma宠物猫,readr matrixStats reshape2, rmarkdown,图形、网格,平行,统计,knitr, ggplot2, gridExtra跑龙套
链接	Rcpp
建议	knitr testthat,质量,BiocStyle
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包档案

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源包	AMARETTO_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	AMARETTO_1.16.0.zip
macOS二进制(x86_64)	AMARETTO_1.16.0.tgz
macOS二进制(arm64)	AMARETTO_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/AMARETTO
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/意大利苦杏酒
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/AMARETTO/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/AMARETTO/
包下载报告	下载数据