GenomicFeatures

doi：10.18129/b9.bioc.genomicFeatures

这是发展GenomicFeatures的版本；对于稳定版本，请参阅GenomicFeatures。

方便地导入和查询基因模型

生物导体版本：开发（3.13）

一组以以转录为中心注释的工具和方法。使用这些工具，用户可以轻松地下载从UCSC基因组浏览器或BiomArt数据库中的成绩单，外显子和CD的基因组位置（将来会支持更多来源）。然后将该信息存储在本地数据库中，该数据库跟踪转录本，外显子，CD和基因之间的关系。提供了以方便格式提取所需功能的灵活方法。

作者：M。Carlson，H。Pagès，P。Aboyoun，S。Falcon，M。Morgan，D。Sarkar，M。Lawrence，V。Obenchain

维护者：bioconductor.org>的生物导体套件维护器<维护器>

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）＃以下初始化了Bioc Devel Biocmanager :: Install（decon ='devel'）biocmanager :: Install（“ GenomicFeatures”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“基因组曲折”）

PDF	R脚本	制作和利用TXDB对象
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	注解，，，，遗传学，，，，基因数，，，，基础设施，，，，测序，，，，软件
版本	1.43.3
在生物导体中	Bioc 2.5（R-2.10）（11。5年）
执照	艺术2.0
要看	生物基因（> = 0.1.0），S4VECTORS（> = 0.17.29），iranges（> = 2.13.23），GenomeInfodB（> = 1.25.7），基因组机（> = 1.31.17），AnnotationDbi（> = 1.41.4）
进口	方法，utils，统计，工具，DBI，，，，rsqlite（> = 2.0），rcurl，，，，xvector（> = 0.19.7），生物弦（> = 2.47.6），Biocio，，，，rtracklayer（> = 1.51.1），Biomart（> = 2.17.1），生物酶（> = 2.15.1）
链接
建议	rmariaDB，，，，org.mm.eg.db，，，，org.hs.eg.db，，，，BSGENOME，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19（> = 1.3.17），bsgenome.celegans.ucsc.ce11，，，，bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm3（> = 1.3.17），mirbase.db，，，，fdb.ucsc.trnas，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，txdb.celegans.ucsc.ce11.ensgene，，，，txdb.dmelanogaster.ucsc.dm3.ensgene（> = 2.7.1），txdb.mmusculus.ucsc.mm10.nowngene（> = 3.4.7），txdb.hsapiens.ucsc.hg19.lincrnastranscripts，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nown（> = 3.4.6），snplocs.hsapiens.dbsnp144.grch38，，，，rsamtools，，，，pasillabamsubset（> = 0.0.5），基因组签名（> = 1.15.7），Ensembldb，，，，运行，，，，生物使用，，，，尼特
系统要求
增强
URL	//www.andersvercelli.com/packages/genomicfeatures
BugReports	https://github.com/bioconductor/genomicfeatures/issues
取决于我	CPVSNP，，，，Ensembldb，，，，fdb.fantom4.promoters.hg19，，，，FDB.Infinium -Methylation.hg18，，，，FDB.Infinium -Methylation.hg19，，，，fdb.ucsc.snp135common.hg19，，，，fdb.ucsc.snp137common.hg19，，，，fdb.ucsc.trnas，，，，结肠管制，，，，GSREG，，，，吉他，，，，Helloranges，，，，同性恋，，，，IMAS，，，，inpas，，，，IVAS，，，，mus.musculus，，，，mygene，，，，有机体，，，，校长，，，，Rarevariantvis，，，，rattus.norvegicus，，，，Ribodipa，，，，rnaprobr，，，，剪接图，，，，txdb.Athaliana.biomart.plantsmart22，，，，txdb.Athaliana.biomart.plantsmart25，，，，txdb.Athaliana.biomart.plantsmart28，，，，txdb.btaurus.ucsc.bostau8.refgene，，，，txdb.btaurus.ucsc.bostau9.refgene，，，，txdb.celegans.ucsc.ce11.ensgene，，，，txdb.celegans.ucsc.ce11.refgene，，，，txdb.celegans.ucsc.ce6.ensgene，，，，txdb.cfamiliaris.ucsc.canfam3.refgene，，，，txdb.dmelanogaster.ucsc.dm3.ensgene，，，，txdb.dmelanogaster.ucsc.dm6.ensgene，，，，txdb.drerio.ucsc.danrer10.refgene，，，，txdb.drerio.ucsc.danrer11.refgene，，，，txdb.ggallus.ucsc.galgal4.refgene，，，，txdb.ggallus.ucsc.galgal5.refgene，，，，txdb.ggallus.ucsc.galgal6.refgene，，，，txdb.hsapiens.biomart.igis，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg18.nown，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19.lincrnastranscripts，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nown，，，，txdb.mmulatta.ucsc.rhemac10.refgene，，，，txdb.mmulatta.ucsc.rhemac3.refgene，，，，txdb.mmulatta.ucsc.rhemac8.refgene，，，，txdb.mmusculus.ucsc.mm10.ensgene，，，，txdb.mmusculus.ucsc.mm10.nowngene，，，，txdb.mmusculus.ucsc.mm39.refgene，，，，txdb.mmusculus.ucsc.mm9，，，，txdb.ptroglodytes.ucsc.pantro4.refgene，，，，txdb.ptroglodytes.ucsc.pantro5.refgene，，，，txdb.ptroglodytes.ucsc.pantro6.refgene，，，，txdb.rnorvegicus.biomart.igis，，，，txdb.rnorvegicus.ucsc.rn4.ensgene，，，，txdb.rnorvegicus.ucsc.rn5.refgene，，，，txdb.rnorvegicus.ucsc.rn6.ncbirefseq，，，，txdb.rnorvegicus.ucsc.rn6.refgene，，，，txdb.scerevisiae.ucsc.saccer2.sgdgene，，，，txdb.scerevisiae.ucsc.saccer3.sgdgene，，，，txdb.sscrofa.ucsc.susscr11.refgene，，，，txdb.sscrofa.ucsc.susscr3.refgene
进口我	等位基因平衡，，，，高山，，，，AnnotationHubdata，，，，Annotatr，，，，apalyzer，，，，感谢，，，，Aspediafi，，，，阿斯普利，，，，小班夫，，，，BGEECALL，，，，Bioconcotk，，，，Biovizbase，，，，Bumphunter，，，，Busparse，，，，Cagefightr，，，，卡斯珀，，，，Chippeakanno，，，，chipqc，，，，Chipseeker，，，，Compepitools，，，，compgo，，，，共识，，，，CRISPRSEEKPLUS，，，，CSSQ，，，，CustomProdb，，，，达斯珀，，，，Demptumor2sig，，，，degnorm，，，，德芬德，，，，derfinderplot，，，，dmrcatedata，，，，EDASEQ，，，，艾萨尔，，，，埃尔默，，，，epitxdb，，，，epivizrdata，，，，EPIVIZRSTANTALLONE，，，，esatac，，，，EventPointer，，，，Exomepeak2，，，，fdb.fantom4.promoters.hg19，，，，FDB.Infinium -Methylation.hg18，，，，FDB.Infinium -Methylation.hg19，，，，fdb.ucsc.snp135common.hg19，，，，fdb.ucsc.snp137common.hg19，，，，fdb.ucsc.trnas，，，，弗雷泽，，，，ga4ghshiny，，，，GenBankr，，，，基因贡献，，，，Genelendatabase，，，，GenomicDistributionsData，，，，基因组态，，，，Genvisr，，，，GGBIO，，，，GMAPR，，，，Gmoviz，，，，GVIZ，，，，Gwascat，，，，希尔达，，，，同性恋，，，，htseqgenie，，，，冰茶，，，，检查，，，，兴趣，，，，核粒子，，，，Lumi，，，，MCSEA，，，，metagene，，，，metaseqr2，，，，甲基分析，，，，MSGBSR，，，，Multicrispr，，，，mus.musculus，，，，Musicatk，，，，诺斯，，，，ORFIK，，，，有机体，，，，proactiv，，，，probamr，，，，profileplyr，，，，属属，，，，qpgraph，，，，准，，，，rattus.norvegicus，，，，RCAS，，，，RCGH，，，，补偿，，，，RHISAT2，，，，肋骨蛋白，，，，RibosomeProfilingQC，，，，rnamodr，，，，scrnaseq，，，，颈背，，，，sgseq，，，，剪接图，，，，碎片，，，，Srnadiff，，，，Systempiper，，，，TAPSEQ，，，，tcgautils，，，，tfea.chip，，，，TrackViewer，，，，transcriptr，，，，txdb.Athaliana.biomart.plantsmart22，，，，txdb.Athaliana.biomart.plantsmart25，，，，txdb.hsapiens.biomart.igis，，，，txdb.rnorvegicus.biomart.igis，，，，tximeta，，，，Ularcirc，，，，umi4cats，，，，变体，，，，变体滤波器，，，，变体工具，，，，Wavcluster
建议我	AnnotationHub，，，，土匪，，，，Biomvrcns，，，，生物弦，，，，bsgenome.btaurus.ucsc.bostau3，，，，bsgenome.btaurus.ucsc.bostau4，，，，bsgenome.btaurus.ucsc.bostau6，，，，bsgenome.btaurus.ucsc.bostau8，，，，bsgenome.btaurus.ucsc.bostau9，，，，bsgenome.celegans.ucsc.ce10，，，，bsgenome.celegans.ucsc.ce11，，，，bsgenome.celegans.ucsc.ce2，，，，bsgenome.cfamiliaris.ucsc.canfam2，，，，bsgenome.cfamiliaris.ucsc.canfam3，，，，bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm2，，，，bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm6，，，，BSGENOME.DRERIO.UCSC.DANRER10，，，，bsgenome.drerio.ucsc.danrer11，，，，BSGENOME.DRERIO.UCSC.DANRER5，，，，BSGENOME.DRERIO.UCSC.DANRER6，，，，BSGENOME.DRERIO.UCSC.DANRER7，，，，bsgenome.gaculeatus.ucsc.gasacu1，，，，bsgenome.ggallus.ucsc.galgal3，，，，bsgenome.ggallus.ucsc.galgal4，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg17，，，，BSGENOME.MMULATTA.UCSC.RHEMAC2，，，，BSGENOME.MMULATTA.UCSC.RHEMAC3，，，，bsgenome.mmusculus.ucsc.mm8，，，，bsgenome.ptroglodytes.ucsc.pantro2，，，，bsgenome.ptroglodytes.ucsc.pantro3，，，，bsgenome.rnorvegicus.ucsc.rn6，，，，CageWorkFlow，，，，chipseq，，，，Chromplot，，，，crisprvariants，，，，CSAW，，，，腹带，，，，策展adipochip，，，，dexseq，，，，GenomeInfodB，，，，基因组签名，，，，基因组机，，，，grohmm，，，，HDF5Array，，，，Interactivecomplexheatmap，，，，iranges，，，，幻影，，，，突变模式，，，，网页排名，，，，甲状旁腺，，，，叙事，，，，rnamodr.ml，，，，rsamtools，，，，rtracklayer，，，，Shortread，，，，single.mtec.transcriptomes，，，，总结性特征，，，，tfutils，，，，TNT，，，，vplotr，，，，WigglePlotr
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	genomicfeatures_1.43.3.tar.gz
Windows二进制	GenomicFeatures_1.43.2.zip
MacOS 10.13（高山脉）	GenomicFeatures_1.43.3.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/genomicfeatures
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/genomicfeatures
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/genomicfeatures/
软件包下载报告	下载统计