BUSpaRse

DOI:10.18129 / B9.bioc.BUSpaRse

这是发展BUSpaRse版本;稳定的发布版本,请参阅BUSpaRse。

kallisto | bustools R公用事业

Bioconductor版本:发展(3.16)

的kallisto | bustools管道是一个快速和模块化的工具集将单细胞RNA-seq fastq文件中读入基因数或成绩单兼容性计数(太极拳)为下游分析矩阵。这个管道是条形码,核心UMI和设置(总线)文件格式。这个包有以下目的:第一,这个包允许用户操纵总线在R格式文件作为数据帧,然后将其转换为基因数或苑矩阵。此外,由于R和Rcpp代码更容易处理比纯c++代码,鼓励用户调整这个包的源代码来试验新使用的总线格式和不同的方式将公共汽车文件转化为基因数矩阵。第二,这个包可以方便地生成所需的文件生成基因数矩阵拼接和unspliced转录为RNA速度。这里可以过滤和生物型支架和单可以被删除,和过滤后的转录组可以提取并写入磁盘。第三,这个包实现了效用函数得到成绩单和相关基因需要将总线文件转换成基因数矩阵,写基因信息的记录在bustools所需的格式,和阅读的输出bustools成R稀疏矩阵。

作者:λ摩西(aut (cre)黑色,Lior Pachter (aut)

维护人员:摩西λ< dlu2 caltech.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“BUSpaRse”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“BUSpaRse”)

HTML	R脚本	将总线格式转化为稀疏矩阵
HTML	R脚本	转录基因
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	RNASeq,SingleCell,软件,WorkflowStep
版本	1.11.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(2.5年)
许可证	BSD_2_clause +文件许可证
取决于	R (> = 3.6)
进口	AnnotationDbi,AnnotationFilter,biomaRt,BiocGenerics,Biostrings,BSgenome,dplyr,ensembldb,GenomeInfoDb,GenomicFeatures,GenomicRanges,ggplot2,IRanges,magrittr,矩阵、方法、plyranges,Rcpp,S4Vectors统计数据,stringr,宠物猫,tidyr跑龙套,zeallot
链接	Rcpp,RcppArmadillo,RcppProgress,黑洞
建议	knitr,rmarkdown,testthat,BiocStyle,TENxBUSData,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,EnsDb.Hsapiens.v86
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL	https://github.com/BUStools/BUSpaRse
BugReports	https://github.com/BUStools/BUSpaRse/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	BUSpaRse_1.11.0.tar.gz
Windows二进制	BUSpaRse_1.11.0.zip(64位)
macOS 10.13(高山脉)	BUSpaRse_1.11.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BUSpaRse
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BUSpaRse
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/BUSpaRse/
包下载报告	下载数据