Systempiper.

DOI：10.18129 / b9.bioc.systempiper.

这是开发系统佩尔的版本;对于稳定的版本版本，请参阅Systempiper.。

Systempiper：NGS工作流程和报告生成环境

Bioconductor版本：开发（3.13）

R包用于构建和运行自动端到端分析工作流程，可用于各种下一代序列（NGS）应用，如RNA-SEQ，Chip-SEQ，VAR-SEQ和Ribo-SEQ。重要功能包括跨不同的NGS应用程序，自动报告生成的统一工作流接口，以及用于运行r和命令行软件，例如ngs对齐器或峰值/变体呼叫者，在本地计算机上或计算群集。通过始终实施的样品注释基础设施促进了复杂样品集和实验设计的高效处理。使用SystemPiper的说明在概述Vignette（HTML）中给出。下面链接的剩余渐晕是用于共同NGS使用情况的工作流模板。

作者：Thomas Girke

维护者：Thomas Girke

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！qualocmanage（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）＃下面初始化buoc devel biocmanager :: install的使用（版本='devel'）biocmanager ::安装（“systempiper”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

Browsevignettes（“Systempiper”）

HTML.	r script.	Systempiper：工作流程设计和报告生成环境
HTML.	r script.	Systempiper：工作流程集合
PDF.		参考手册
文本		自述
文本		新闻

细节

Biocviews.	对准那chipseq.那覆盖范围那DataImport.那基因表达那GenesetenRichment.那遗传学那免疫学那基础设施那Methylseq.那QualityControl.那rnaseq.那报告写作那riboseq.那SNP.那测序那软件那工作流程
版	1.25.3.
在生物导体中以来	BIOC 3.0（R-3.1）（6年）
执照	艺术-2.0
依靠	RSAMTOOLS.（> = 1.31.2），生物仪器那缩短（> = 1.37.1），方法
进口	Genomicranges.那基因组法（> = 1.31.3），概括分析那VariantAnnotation.（> = 1.25.11），rjson.那ggplot2.那林马那edger.那deseq2.那古司裤那go.db.那注释那Pheatmap.那Batchtools.那yaml.那stringr.那assertthat.那Magrittr.那点那rsvg.那绞喉那S4Vectors.
链接到
建议	生物根系那猿那运行那生物焦那kn那RAMAMAMDOW.那生物雕那生物相投那Biocmanager.那systempiperdata.那基因管理，网格
系统要求	Systempiper可用于运行外部命令行软件（例如，短读对准器），但需要在系统上安装相应的工具。
加强
URL.	http://girke.bioinformatics.ucr.edu/systempiper/
取决于我
进口我	困惑那rnaseqr.
建议我	systempiperdata.那systempiphine
链接给我
建立报告

包档案包

跟随安装在r会话中使用此包的说明。

源包	systempiper_1.25.3.tar.gz.
Windows二进制文件	systempiper_1.25.3.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	systempiper_1.25.3.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/systempiper.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ systempiper
包短网址	https://biocumon.org/packages/systempiper/
包裹下载报告	下载统计信息