profileplyr

doi：10.18129/b9.bioc.profileplyr

这是发展ProfilePlyr的版本；对于稳定版本，请参阅profileplyr。

基因组范围内的读取信号的可视化和注释与profileplyr

生物导体版本：开发（3.16）

基因组间隔上读取信号的快速而直接的可视化是从测序数据集生成假设的关键（例如chip-seq，atac-seq，bisulfite/bisulfite/甲基seq）。R内部和外部的许多工具都可以探索这些类型的数据，它们通常从大翅膀或BAM文件开始，并以信号的某些表示（例如热图）结束。profileplyr利用许多生物导体工具允许在工作流程中以读取信号的可视化结束的工作流程中的灵活性和其他功能。

作者：汤姆·卡罗尔（Tom Carroll）和道格·巴罗斯（Doug Barrows）

维护者：tom carroll ，道格·巴罗斯（Doug Barrows）

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ profileplyr”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ profileplyr”）

html	R脚本	基因组范围内的读取信号的可视化和注释与profileplyr
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	chipseq，，，，芯片奇普，，，，覆盖范围，，，，DataImport，，，，测序，，，，软件
版本	1.13.0
在生物导体中	Bioc 3.9（R-3.6）（3年）
执照	GPL（> = 3）
要看	r（> = 3.6），生物基因，，，，总结性特征
进口	基因组机，统计soggi，方法，utils，S4VECTORS，，，，r.utils，，，，dplyr，，，，马格里特，，，，花花公子，，，，iranges，，，，rjson，，，，Chipseeker，，，，GenomicFeatures, TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene, TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene, TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene, TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene, org.Hs.eg.db, org.mm.eg.db，rgreat，，，，pheatmap，，，，GGPLOT2，，，，富集图，，，，复杂的图像， 网格，循环，，，，生物比较，，，，rtracklayer，，，，GenomeInfodB，grdevices，rlang，，，，tiff，，，，rsamtools
链接
建议	生物使用，，，，测试，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，PNG，，，，开罗
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

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源包	profileplyr_1.13.0.tar.gz
Windows二进制	profileplyr_1.13.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	profileplyr_1.13.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/profileplyr
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/profileplyr
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/profileplyr/
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