tcgautils

doi：10.18129/b9.bioc.tcgautils

这是发展tcgautils的版本；对于稳定版本，请参阅tcgautils。

TCGA实用程序用于数据管理

生物导体版本：开发（3.16）

一套用于检查和操纵TCGA数据的辅助函数，包括从策展tcgadata实验软件包中获得的数据。这些功能旨在简化并使使用TCGA数据更易于管理。

作者：Marcel Ramos [AUT，CRE]，Lucas Schiffer [Aut]，Sean Davis [CTB]，Levi Waldron [AUT]

维护者：Marcel Ramos

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ tcgautils”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Tcgautils”）

html	R脚本	Tcgautils Essentials
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	预处理，，，，软件，，，，工作流程
版本	1.17.2
在生物导体中	Bioc 3.7（R-3.5）（4年）
执照	艺术2.0
要看	R（> = 4.0.0）
进口	AnnotationDbi，，，，生物基因，，，，GenomeInfodB，，，，GenomicFeatures，，，，基因组机，，，，GenomicDataCommons，，，，iranges， 方法，多亚sayExexperiment，，，，破烂的经历（> = 1.5.7），rvest，，，，S4VECTORS，统计Stringr，，，，总结性特征，utils，XML2
链接
建议	AnnotationHub，，，，Biocfilecache，，，，生物使用，，，，策展，，，，复杂的图像，，，，DevTools，，，，dplyr，，，，httr，，，，Illuminahumanmethylation450Kanno.ILMN12.HG19，，，，算，，，，尼特，，，，马格里特，，，，mirbase.db，，，，org.hs.eg.db，，，，rcolorbrewer，，，，readr，，，，rmarkDown，，，，rtcgatoolbox（> = 2.17.4），rtracklayer，，，，r.utils，，，，测试，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg18.nown，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19
系统要求
增强
URL
BugReports	https://github.com/waldronlab/tcgautils/issues
取决于我
进口我	cbioportaldata，，，，rtcgatoolbox，，，，Terratcgadata
建议我	cnvranger，，，，策展，，，，DCE，，，，Glmsparsenet
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	tcgautils_1.17.2.tar.gz
Windows二进制	tcgautils_1.17.2.zip
MacOS 10.13（高山脉）	tcgautils_1.17.2.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tcgautils
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/tcgautils
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/tcgautils/
软件包下载报告	下载统计