ensembldb

DOI:10.18129 / B9.bioc.ensembldb

这是发展ensemble bldb的版本;稳定版请参见ensembldb．

用于创建和使用基于ensemble的注释数据库的实用程序

Bioconductor版本:开发(3.16)

该包提供了创建和使用以记录为中心的注释数据库/包的函数。数据库的注释是使用Ensembl的Perl API直接从其获取的。其功能和数据类似于来自GenomicFeatures包的TxDb包，但是，除了从数据库中检索所有基因/转录模型和注释之外，ensembldb还提供了一个过滤器框架，允许检索特定条目的注释，如编码在染色体区域上的基因或lincRNA基因的转录模型。用ensembldb构建的EnsDb数据库还包含蛋白质注释和蛋白质及其编码转录本之间的映射。最后，ensembldb提供了基因组、转录本和蛋白质坐标之间的映射功能。

作者:Johannes Rainer < Johannes。Rainer在eurac。edu>with contributions from Tim Triche, Sebastian Gibb, Laurent Gatto and Christian Weichenberger.

维护者:Johannes Rainer < Johannes。Rainer在eurac。edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("ensembldb")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ensembldb”)

超文本标记语言	R脚本	生成基于Ensembl的注释包
超文本标记语言	R脚本	基因组、转录本和蛋白质坐标之间的映射
超文本标记语言	R脚本	查询蛋白质特征
超文本标记语言	R脚本	使用ensembldb进行坐标映射的用例
超文本标记语言	R脚本	使用MariaDB/MySQL服务器后端
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AnnotationData，报道，遗传学，测序，软件
版本	2.21.2
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(7年)
许可证	LGPL
取决于	R (>= 3.5.0)，BiocGenerics(> = 0.15.10),GenomicRanges(> = 1.31.18),GenomicFeatures(> = 1.29.10),AnnotationFilter(> = 1.5.2)
进口	方法,RSQLite(> = 1.1),DBI，Biobase，GenomeInfoDb，AnnotationDbi(> = 1.31.19),rtracklayer，S4Vectors(> = 0.23.10),Rsamtools，IRanges(> = 2.13.24),ProtGenerics，Biostrings(> = 2.47.9),旋度
链接
建议	BiocStyle，knitr，EnsDb.Hsapiens.v86(> = 0.99.8),testthat，BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38，ggbio(> = 1.24.0),Gviz(> = 1.20.0),magrittr，rmarkdown，AnnotationHub
SystemRequirements
增强了	RMariaDB，闪亮的
URL	https://github.com/jorainer/ensembldb
BugReports	https://github.com/jorainer/ensembldb/issues
全靠我	AHEnsDbs，chimeraviz，EnsDb.Hsapiens.v75，EnsDb.Hsapiens.v79，EnsDb.Hsapiens.v86，EnsDb.Mmusculus.v75，EnsDb.Mmusculus.v79，EnsDb.Rnorvegicus.v75，EnsDb.Rnorvegicus.v79
进口我	biovizBase，BUSpaRse，ChIPpeakAnno，consensusDE，diffUTR，drugTargetInteractions，epivizrData，GenomicDistributionsData，ggbio，Gviz，ldblock，metagene，日坛，scanMiRApp，scRNAseq，TVTB，tximeta
建议我	高山，CNVRanger，dasper，eisaR，epimutacions，EpiTxDb，鱼池，GenomicFeatures，multicrispr，nullranges，土星，wiggleplotr
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	ensembldb_2.21.2.tar.gz
Windows二进制	ensembldb_2.21.2.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	ensembldb_2.21.2.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ensembldb
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ensembldb
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ensembldb/
软件包下载报告	下载数据