bambu

DOI:10.18129 / B9.bioc.bambu

这是发展bambu版;稳定版请参见bambu．

长读取RNA-Seq数据的参考引导亚型重建和定量

Bioconductor版本:开发(3.16)

bambu是一个R包，用于多样本转录本发现和使用长读RNA-Seq数据定量。您可以使用bambu读后比对来获得已知和新转录本和基因的表达估计。bambu的输出可以直接用于可视化和下游分析，如差异基因表达或转录本的使用。

作者:陈颖[cre, aut]， Andre Sim [aut]， Yuk Kei Wan [aut]， Jonathan Goeke [aut]

维护人员:Chen Ying

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("bambu")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“bambu”)

超文本标记语言	R脚本	bambu
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐，报道，DifferentialExpression，FeatureExtraction，GeneExpression，GenomeAnnotation，GenomeAssembly，ImmunoOncology，MultipleComparison，归一化，RNASeq，回归，测序，软件，转录，转录组
版本	tripwire
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(1.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (>= 4.1)，SummarizedExperiment(> = 1.1.6),S4Vectors(> = 0.22.1),BSgenome，IRanges
进口	BiocGenerics，BiocParallel，data.table，dplyr，tidyr，GenomeInfoDb，GenomicAlignments，GenomicFeatures，GenomicRanges统计数据,Rsamtools、方法、Rcpp，xgboost
链接	Rcpp，RcppArmadillo
建议	AnnotationDbi，Biostrings，rmarkdown，BiocFileCache，ggplot2，ComplexHeatmap，circlize，ggbio，gridExtra，knitr，testthat，BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene，ExperimentHub(> = 1.15.3),DESeq2，NanoporeRNASeq，apeglm跑龙套,DEXSeq
SystemRequirements
增强了	平行
URL	https://github.com/GoekeLab/bambu
全靠我
进口我	火焰
建议我	NanoporeRNASeq
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	bambu_2.3.0.tar.gz
Windows二进制	bambu_2.3.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	bambu_2.3.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bambu
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/bambu
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/bambu/
软件包下载报告	下载数据