inpas

doi：10.18129/b9.bioc.inpas

这是发展INPAS的版本；对于稳定版本，请参阅inpas。

从RNA-seq数据中识别出新的替代聚腺苷酸化位点（PAS）

生物导体版本：开发（3.16）

替代聚腺苷酸化（APA）是大多数人基因中发生的重要转录后调控机制之一。INPA促进了新型APA站点的发现和RNA-Seq数据中APA位点的差异使用。它利用清理updtseq通过删除错误站点来微调APA站点。

作者：Jianhong OU [AUT，CRE]，Haibo Liu [aut]，Lihua Julie Zhu [aut]，Sungmi M. Park [aut]，Michael R. Green [AUT]

维护者：jianhong ou

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ inpas”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ inpas”）

html	R脚本	INPAS小插图
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	替代聚腺苷酸化，，，，差分聚腺苷酸化位点使用，，，，基因调节，，，，RNA-seq，，，，软件，，，，转录
版本	2.5.0
在生物导体中	Bioc 3.1（R-3.2）（7年）
执照	GPL（> = 2）
要看	R（> = 3.5.0）
进口	AnnotationDbi，，，，批处理，，，，生物酶，，，，生物弦，，，，BSGENOME，，，，清理，，，，DEPMIXS4，，，，dplyr，，，，群，，，，未来，，，，未来，，，，GenomeInfodB，，，，基因组机，，，，GenomicFeatures，，，，GGPLOT2，，，，iranges，，，，林玛，，，，马格里特， 方法，可行，，，，plyranges，，，，预处理，，，，readr，，，，RESHAPE2，，，，rsqlite，统计S4VECTORS，UTILS
链接
建议	生物基因，，，，生物管理器，，，，生物使用，，，，bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，ensdb.hsapiens.v86，，，，ensdb.mmusculus.v79，，，，尼特，，，，降价，，，，rmarkDown，，，，rtracklayer，，，，运行，grdevices，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，txdb.mmusculus.ucsc.mm10.nowngene
系统要求
增强
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取决于我
进口我
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构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	inpas_2.5.0.tar.gz
Windows二进制	inpas_2.5.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	inpas_2.5.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/inpas
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/inpas
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/inpas/
软件包下载报告	下载统计