EDASEQ

doi：10.18129/b9.bioc.edaseq

这是发展Edaseq的版本;对于稳定版本，请参阅EDASEQ。

RNA-SEQ的探索性数据分析和归一化

生物导体版本：开发（3.16）

RNA-Seq读取数据的数值和图形摘要。采用循环效应（或其他基因级效应）对读数计数的车道内归一化程序：boress稳健的局部回归，全球尺度和全量式归一化（Risso等，2011）。车道上的归一化程序，以调整车道之间的分布差异（例如，测序深度）：全球尺度和全量式归一化（Bullard等，2010）。

作者：Davide Risso [AUT，CRE，CPH]，Sandrine Dudoit [AUT]，Ludwig Geistlinger [CTB]

维护者：davide risso

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ edaseq”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ edaseq”）

html	R脚本	Edaseq插图
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	差异性，，，，免疫学，，，，预处理，，，，QualityControl，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件
版本	2.31.0
在生物导体中	Bioc 2.9（R-2.14）（10。5年）
执照	艺术2.0
要看	生物酶（> = 2.15.1），Shortread（> = 1.11.42）
进口	方法，图形，生物基因，，，，iranges（> = 1.13.9），香气，，，，rsamtools（> = 1.5.75），Biomart，，，，生物弦，，，，AnnotationDbi，，，，GenomicFeatures，，，，基因组机，，，，生物管理器
链接
建议	生物使用，，，，尼特，，，，yeastrnaseq，，，，Leebamviews，，，，EDGER，，，，克恩斯门茶，，，，测试，，，，deseq2，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL	https://github.com/drisso/edaseq
BugReports	https://github.com/drisso/edaseq/issues
取决于我	Ruvseq
进口我	共识，，，，达米尔塞克，，，，metaseqr2，，，，RibosomeProfilingQC
建议我	awst，，，，bigpint，，，，DESCAN2，，，，轻松报告，，，，htsfilter，，，，tcgabiolinks
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	edaseq_2.31.0.tar.gz
Windows二进制	edaseq_2.31.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	edaseq_2.31.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/edaseq
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/edaseq
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/edaseq/
软件包下载报告	下载统计