sgseq

doi：10.18129/b9.bioc.sgseq

这是发展SGSEQ的版本;对于稳定版本，请参阅sgseq。

RNA-SEQ数据的剪接事件预测和量化

生物导体版本：开发（3.16）

SGSEQ是一个软件包，用于分析RNA-Seq数据中的剪接事件。输入数据是RNA-seq读取的映射到BAM格式的参考基因组。基因表示为剪接图，可以从现有注释中获得或从映射序列读取中预测。剪接事件是从图中鉴定出的，并在每个剪接变体的开始或结束时使用结构兼容的读数在本地进行量化。该软件包括用于剪接事件预测，量化，可视化和解释的功能。

作者：伦纳德·戈德斯坦（Leonard Goldstein）[CRE，AUT]

维护者：leonard Goldstein

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ sgseq”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ sgseq”）

html	R脚本	sgseq
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	替代方案，，，，免疫学，，，，rnaseq，，，，软件，，，，转录
版本	1.31.0
在生物导体中	Bioc 3.0（R-3.1）（7。5年）
执照	艺术2.0
要看	r（> = 4.0），iranges（> = 2.13.15），基因组机（> = 1.31.10），rsamtools（> = 1.31.2），总结性特征， 方法
进口	AnnotationDbi，，，，生物基因（> = 0.31.5），生物弦（> = 2.47.6），基因组签名（> = 1.15.7），GenomicFeatures（> = 1.31.5），GenomeInfodB，，，，运行，，，，S4VECTORS（> = 0.23.19），grdevices，图形，Igraph， 平行，rtracklayer（> = 1.39.7），统计
链接
建议	生物使用，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，尼特，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL
取决于我	EventPointer
进口我	RHISAT2
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	sgseq_1.31.0.tar.gz
Windows二进制	sgseq_1.31.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	sgseq_1.31.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sgseq
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/sgseq
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/sgseq/
软件包下载报告	下载统计