颈背

doi：10.18129/b9.bioc.scruff

这是发展Scruff的版本；对于稳定版本，请参阅颈背。

单细胞RNA-Seq UMI过滤促进器（SCRUFF）

生物导体版本：开发（3.13）

处理单细胞RNA-SEQ（SCRNA-SEQ）的管道从Cel-Seq和Cel-Seq2方案读取。删除型SCRNA-SEQ FASTQ文件，Align读取使用RSUBREAD参考基因组，并生成UMI过滤计数矩阵。还提供可视化读取对齐方式以及对齐后和对齐后质量控制指标。

作者：Zhe Wang [AUT，CRE]，Junming Hu [Aut]，Joshua Campbell [AUT]

维护者：zhe wang

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）＃以下初始化了Bioc Devel Biocmanager :: Install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ scruff”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ scruff”）

html	R脚本	处理单细胞RNA-seq使用scruff读取
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	结盟，，，，免疫学，，，，预处理，，，，QualityControl，，，，rnaseq，，，，测序，，，，Singlecell，，，，软件，，，，技术，，，，可视化，，，，工作流程
版本	1.9.2
在生物导体中	Bioc 3.8（R-3.5）（2年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	R（> = 3.5.0）
进口	Data.Table，，，，基因组签名，，，，GenomicFeatures，，，，基因组机，，，，rsamtools，，，，Shortread， 平行，plyr，，，，生物基因，，，，生物比较，，，，S4VECTORS，，，，AnnotationDbi，，，，生物弦， 方法，GGPLOT2，，，，ggthemes，，，，秤，，，，GenomeInfodB，，，，字符串，，，，GGBIO，，，，rtracklayer，，，，Singlecellexperiment，，，，总结性特征，，，，rsubread
链接
建议	生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，测试
系统要求
增强
URL
BugReports	https://github.com/campbio/scruff/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	scruff_1.9.2.tar.gz
Windows二进制	scruff_1.9.2.zip
MacOS 10.13（高山脉）	scruff_1.9.2.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scruff
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/scruff
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/scruff/
软件包下载报告	下载统计