esatac

doi：10.18129/b9.bioc.satac

这是发展ESATAC的版本；对于稳定版本，请参阅esatac。

易于使用的ATACSEQ数据分析的系统管道

生物导体版本：开发（3.16）

该软件包提供了一个框架和完整的预设管道，用于量化和分析ATAC-Seq读取。它涵盖了原始测序读取预处理（FASTQ文件），读取对齐（rbowtie2），对齐读取文件操作（SAM，BAM和BED文件），峰值调用（F-SEQ）（F-SEQ），基因组注释（主题，GO，SNP分析）和质量控制报告。该软件包由数据流图管理。用户很容易在过程之间无缝传递变量并了解工作流程。用户可以通过端到端预设管道处理FASTQ文件，该管道可生产出漂亮的HTML报告，以进行质量控制和初步统计结果，或自定义从任何具有ESATAC功能的中间阶段开始的工作流程。

作者：Zheng Wei，Wei Zhang

维护者：Zheng Wei

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ esatac”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ esatac”）

html	R脚本	ESATAC：用于ATAC-SEQ数据分析的易于使用的系统管道
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	Atacseq，，，，结盟，，，，覆盖范围，，，，dnaseq，，，，DNASESEQ，，，，免疫学，，，，预处理，，，，QualityControl，，，，测序，，，，软件
版本	1.19.0
在生物导体中	Bioc 3.6（R-3.4）（4。5年）
执照	GPL-3 |文件执照
要看	r（> = 4.0.0），rsamtools，，，，基因组机，，，，Shortread，，，，管框
进口	RCPP（> = 0.12.11），方法，尼特，，，，rbowtie2，，，，rtracklayer，，，，GGPLOT2，，，，生物弦，，，，Chipseeker，，，，clusterProfiler，，，，Igraph，，，，rjava，，，，马格里特，，，，消化，，，，BSGENOME，，，，AnnotationDbi，，，，基因组签名，，，，GenomicFeatures，，，，r.utils，，，，GenomeInfodB，，，，生物基因，，，，S4VECTORS，，，，iranges，，，，rmarkDown， 工具，Venndiagram，网格，jaspar2018，TFBSTOOLS，grdevices，图形，统计，utils，并行，Corrplot，，，，生物管理器，，，，MotifMatchr
链接	RCPP
建议	bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，txdb.hsapiens.ucsc.hg19.nowngene，org.hs.hs.eg.db，测试，，，，Webshot
系统要求	C ++ 11
增强
URL	https://github.com/wzthu/esatac
BugReports	https://github.com/wzthu/esatac/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	esatac_1.19.0.tar.gz
Windows二进制	esatac_1.19.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	esatac_1.19.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/esatac
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/esatac
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/esatac/
软件包下载报告	下载统计