AnnotationHub

DOI:10.18129 / B9.bioc.AnnotationHub

这是发展notationhub的版本;稳定发布版本请参见AnnotationHub．

客户端访问AnnotationHub资源

Bioconductor版本:开发(3.14)

这个包为Bioconductor AnnotationHub web资源提供了一个客户端。AnnotationHub网络资源提供了一个中心位置，基因组文件(例如，VCF, bed, wig)和其他来自标准位置的资源(例如，UCSC, Ensembl)可以被发现。资源包括关于每个资源的元数据，例如文本描述、标签和修改日期。客户端创建并管理由用户检索的文件的本地缓存，帮助实现快速和可重复的访问。

作者:Bioconductor Package Maintainer[中文]，Martin Morgan[中文]，Marc Carlson[中文]，Dan Tenenbaum[中文]，Sonali Arora[中文]，Valerie Oberchain[中文]，Kayla Morrell[中文]，Lori Shepherd[中文]

维护者:Bioconductor Package维护者< maintainer@bioconductor.org >

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.1")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化biocdevel的使用BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("AnnotationHub")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“AnnotationHub”)

超文本标记语言	R脚本	AnnotationHub:访问AnnotationHub Web Service
超文本标记语言	R脚本	注解中心:注解中心如何
超文本标记语言	R脚本	创建一个Hub包:ExperimentHub或AnnotationHub
超文本标记语言	R脚本	故障处理
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，GUI，基础设施，软件，ThirdPartyClient
版本	3.1.0
在Bioconductor中	BioC 2.12 (R-3.0)(8年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	BiocGenerics(> = 0.15.10),BiocFileCache(> = 1.5.1)
进口	utils, methods, grDevices，RSQLite，BiocManager，BiocVersion，旋度，rappdirs，AnnotationDbi(> = 1.31.19),S4Vectors，interactiveDisplayBase，httr，yaml，dplyr
链接
建议	IRanges，GenomicRanges，GenomeInfoDb，VariantAnnotation，Rsamtools，rtracklayer，BiocStyle，knitr，AnnotationForge，rBiopaxParser，RUnit，GenomicFeatures，MSnbase，mzR，Biostrings，SummarizedExperiment，ExperimentHub，gdsfmt，rmarkdown
SystemRequirements
增强了	AnnotationHubData
URL
BugReports	https://github.com/Bioconductor/AnnotationHub/issues
这取决于我	adductomicsR，注释，AnnotationHubData，EpiTxDb.Hs.hg38，EpiTxDb.Mm.mm10，EpiTxDb.Sc.sacCer3，EuPathDB，ExperimentHub，GenomicState，hipathia，ipdDb，LRcell，MetaGxBreast，MetaGxOvarian，NestLink，org.Mxanthus.db，PANTHER.db，phastCons30way.UCSC.hg38，ProteomicsAnnotationHubData，测序，sesameData，鞑靼
进口我	adductData，AHLRBaseDbs，AHMeSHDbs，AHPathbankDbs，AHPubMedDbs，AHWikipathwaysDbs，alpineData，alternativeSplicingEvents.hg19，alternativeSplicingEvents.hg38，annotatr，biscuiteerData，celldex，chipseqDBData，circRNAprofiler，curatedMetagenomicData，curatedTCGAData，customCMPdb，depmap，dmrseq，DropletTestFiles，ENCODExplorer，ENmix，EWCE，FieldEffectCrc，GenomicDistributionsData，GenomicScores，grasp2db，GSEABenchmarkeR，gwascat，HCAData，HMP16SData，HMP2Data，MACSr，mcsurvdata，metaboliteIDmapping，MetaGxPancreas，MSnID，psichomics，pwOmics，regutools，REMP，restfulSE，scmeth，scpdata，scRNAseq，scTensor，SingleCellMultiModal，spatialLIBD，TCGAWorkflow，TENxBrainData，TENxBUSData，TENxPBMCData，TSRchitect，tximeta，Ularcirc
建议我	AHEnsDbs，BgeeCall，芝加哥，ChIPpeakAnno，CINdex，clusterProfiler，CNVRanger，可可，DNAshapeR，dupRadar，ENCODExplorerData，ensembldb，epiNEM，EpiTxDb，epivizrChart，epivizrData，GenomicRanges，GOSemSim，gwascatData，HarmonizedTCGAData，微波激射器，米拉，MSnbase，multicrispr，OrganismDbi，recountmethylation，土星，VariantAnnotation
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	AnnotationHub_3.1.0.tar.gz
Windows二进制	AnnotationHub_3.1.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	AnnotationHub_3.1.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/AnnotationHub
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/AnnotationHub
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/AnnotationHub/
软件包下载报告	下载数据