umi4cats

doi：10.18129/b9.bioc.umi4cats

这是发展umi4cats的版本；对于稳定版本，请参阅umi4cats。

UMI4CAT：UMI-4C染色质接触数据的处理，分析和可视化

生物导体版本：开发（3.16）

UMI-4C是一种允许表征3D染色质相互作用与感兴趣的诱饵的技术，利用超声波步骤产生独特的分子标识符（UMIS），有助于消除重复偏置，从而使条件之间的染色质相互作用更好地差异。该软件包允许从测序功能提供的FASTQ文件开始处理UMI-4C数据。它提供了两种用于检测差分接触的统计方法，并包括可视化功能，以绘制UMI-4C测定法的集成信息。

作者：Mireia Ramos-Rodriguez [AUT，CRE]，Marc Subirana-Granes [aut]，Lorenzo Pasquali [aut]

维护者：mireia ramos-rodriguez

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ umi44cats”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ umi4cats”）

html	R脚本	用UMI4CAT分析UMI-4C数据
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	结盟，，，，覆盖范围，，，，正常化，，，，预处理，，，，QualityControl，，，，测序，，，，软件，，，，可视化
版本	1.7.0
在生物导体中	Bioc 3.12（R-4.0）（1。5年）
执照	艺术2.0
要看	r（> = 4.0.0），总结性特征
进口	魔术，，，，牛仔图，，，，秤，，，，基因组机，，，，Shortread，，，，动物园，，，，GGPLOT2，，，，RESHAPE2，，，，区域人，，，，iranges，，，，S4VECTORS，，，，马格里特，，，，dplyr，，，，BSGENOME，，，，生物弦，，，，deseq2，，，，r.utils，，，，rsamtools，，，，Stringr，，，，rbowtie2， 方法，GenomeInfodB，，，，基因组签名，，，，rcolorbrewer，Utils，Grdevices，Stats，org.hs.eg.db，，，，注释，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，rlang，，，，GenomicFeatures，，，，Biocfilecache，，，，Rappdirs，，，，FDA，，，，生物基因
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，生物使用，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，花花公子，，，，测试
系统要求
增强
URL	https://github.com/pasquali-lab/umi4cats
BugReports	https://github.com/pasquali-lab/umi4cats/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	umi4cats_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	umi4cats_1.7.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	umi4cats_1.7.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/umi4cats
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/umi4cats
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/umi4cats/
软件包下载报告	下载统计