突变模式

doi：10.18129/b9.bioc.mutationalpatterns

这是发展突变模式的版本；对于稳定版本，请参阅突变模式。

突变过程的全面全基因组分析

生物导体版本：开发（3.16）

突变过程在基因组DNA中留下了特征足迹。该软件包提供了一组全面的灵活功能，使研究人员可以轻松地评估和可视化基础替代目录中的多种突变模式。健康的样品，肿瘤样品或DNA修复缺乏细胞。该软件包涵盖了广泛的模式，包括：突变特征，转录和复制链偏置，病变分离，基因组分布以及与基因组特征的关联，这些特征对于研究突变过程的活性而言统一有意义。该软件包可与单核苷酸变体（SNV），插入和删除（Indels），双基础取代（DBSS）和较大的多基础取代（MBS）一起使用。该软件包提供了提取从头提取突变特征的功能，并确定单个样本水平上先前鉴定的突变特征的贡献。突变模式与常见的R基因组分析工作流程集成在一起，并允许与（公开可用的）注释数据相关联。

作者：Freek Manders [AUT]，弗朗西斯·布洛基吉（Francis Blokzijl）[aut]，Roel Janssen [aut]，Jurrian de Kanter [CTB]，rurika oka [CTB]，Mark Van Roosmalen [CRE]，Ruben Van Boxtel [AUT，CPH]，Edwin Cuppen [aut]

维护者：Mark van Roosmalen

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ mutationalPatterns”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“突变模式”）

html	R脚本	突变模式简介
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	遗传学，，，，软件，，，，somaticmmut
版本	3.7.0
在生物导体中	Bioc 3.4（R-3.3）（5。5年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	r（> = 4.2.0），基因组机（> = 1.24.0），NMF（> = 0.20.6）
进口	统计，S4VECTORS，，，，生物基因（> = 0.18.0），BSGENOME（> = 1.40.0），变体（> = 1.18.1），dplyr（> = 0.8.3），蒂布尔（> = 2.1.3），purrr（> = 0.3.2），花花公子（> = 1.0.0），Stringr（> = 1.4.0），马格里特（> = 1.5），GGPLOT2（> = 2.1.0），pracma（> = 1.8.8），iranges（> = 2.6.0），GenomeInfodB（> = 1.12.0），生物弦（> = 2.40.0），ggdendro（> = 0.1-20），牛仔图（> = 0.9.2），ggalluvial（> = 0.12.2），rcolorbrewer， 方法
链接
建议	bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19（> = 1.4.0），生物使用（> = 2.0.3），txdb.hsapiens.ucsc.hg19（> = 3.2.2），Biomart（> = 2.28.0），栅格（> = 2.2.1），rtracklayer（> = 1.32.2），ccfindr（> = 1.6.0），GenomicFeatures，，，，AnnotationDbi，，，，测试，，，，尼特，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL	https://doi.org/doi:10.1186/s12864-022-08357-3
取决于我
进口我
建议我	求婚者
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	MutationalPatterns_3.7.0.tar.gz
Windows二进制	MutationalPatterns_3.7.0.zip（仅64位）
MacOS 10.13（高山脉）	MutationalPatterns_3.7.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mutationalpatterns
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/mutationalpatterns
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/mutationalpatterns/
软件包下载报告	下载统计