Biostrings

DOI：10.18129 / b9.bioc.biostrings.

这是发展Biostrings版本;稳定的发布版本请参见Biostrings．

高效操纵生物串

生物导体版本:开发(3.13)

记忆有效的字符串容器，字符串匹配算法和其他实用程序，用于快速操作大型生物学序列或序列组。

作者:H. Pagès, P. Aboyoun, R. Gentleman, S. DebRoy

维护人员:H. Pagès

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("Biostrings")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

BROWSEVIGNETTES（“BIOSTRENERS”）

PDF	r script.	Biostrings 2中定义的基本类的简短介绍
PDF		Biostrings概览
PDF	r script.	处理探测序列信息
PDF	r script.	多重比对
PDF	r script.	两两序列比对
PDF		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	对齐，DataImport，datarepresentation，遗传学，基础设施，SequenceMatching，测序，软件
版本	2.59.2
Bioconductor自	BIOC 1.6（R-2.1）或更早版本（> 15.5岁）
许可证	艺术-2.0
取决于	R（> = 4.0.0），方法，BiocGenerics（> = 0.37.0），S4Vectors（> = 0.27.12），绞喉(> = 2.23.9),XVector(> = 0.29.2)
进口	方法，utils, grDevices, graphics, stats，蜡笔
链接	S4Vectors，绞喉，XVector
建议	BSgenome(> = 1.13.14),BSgenome.Celegans.UCSC.ce2(> = 1.3.11),bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm3.(> = 1.3.11),bsgenome.hsapiens.ucsc.hg18，果蝇，hgu95av2probe，hgu133aprobe，GenomicFeatures（> = 1.3.14），hgu95av2cdf，敬服(> = 1.41.3),yefydata.（> = 1.11.5），RUnit
系统要求
加强	Rmpi
URL	//www.andersvercelli.com/packages/Biostrings
Bugreports.	https://github.com/bioconductor/biostrings/issues.
取决于我	altcdfenvs，扩增人，Basic4Cseq，大脑，BSgenome，Chimeraviz，ChipanAlyser.，ChIPsim，切肉刀，法典，Crispseek.，解读，deepSNV，FDb.FANTOM4.promoters.hg19，Generegionscan.，generegulation，基因管理，哥特，哈巴普，HelloRanges，hiReadsProcessor，IPAC.，JASPAR2014，烤肉串，MethTargetedNGS，minfi，modstrings.，MotifDb，MSA.，肌肉，雀巢链接，oligo.，pd.ag，pd.aragene.1.0.st，pd.aragene.1.1.st，pd.ath1.121501.，PD.Barley1.，pd.bovgene.1.0.st.st.，pd.bovgene.1.1.st.st.st.，Pd.bovine.，pd.bsubtilis.，pd.cangeene.1.0.st.st.，pd.cangeene.1.1.st.st.，Pd.Canine.，pd.canine.2，pd.celegans.，pd.chicken.，pd.chigene.1.0.st，pd.chigene.1.1.st，pd.chogene.2.0.st.，pd.chogene.2.1.st，Pd.Citrus.，pd.clariom.d.human，pd.clariom.s.human.，pd.clariom.s.human.ht，pd.clariom.s.mouse，pd.clariom.s.mouse.ht.，pd.clariom.s.rat，pd.clariom.s.rat.ht，PD.COTTON.，pd.cyngene.1.0.st.st.，pd.cyngene.1.1.st.st.，pd.cyrgene.1.0.st，pd.cyrgene.1.1.st，pd.cytogenetics.array，pd.drogene.1.0.st.st.，pd.drogene.1.1.st，pd.drosgenome1.，pd.drosophila.2，pd.e.coli.2.，pd.ecoli，pd.ecoli.asv2.，pd.elegene.1.0.st，pd.elegene.1.1.st.st.st.，pd.equgene.1.0.st，pd.equgene.1.1.st.st.，pd.felgene.1.0.st.，pd.felgene.1.1.st.st.st.，pd.fingene.1.0.st，pd.fingene.1.1.1.st.st.，pd.genomewidesnp.5，pd.genomewidesnp.6，pd.guigene.1.0.st，pd.guigene.1.1.st，pd.hc.g110，pd.hg.focus，pd.hg.u133.plus.2，pd.hg.u133a，pd.hg.u133a.2，pd.hg.u133a.tag，pd.hg.u133b，pd.hg.u219.，pd.hg.u95a，pd.hg.u95av2，pd.hg.u95b，pd.hg.u95c，pd.hg.u95d，pd.hg.u95e，pd.hg18.60mer.expr.，pd.ht.hg.u133.plus.pm，pd.ht.hg.u133a.，pd.ht.mg.430a，pd.hta.2.0，pd.hu6800.，pd.huex.1.0.st.v2.，pd.hugene.1.0.st.v1，pd.hugene.1.1.st.v1，pd.hugene.2.0.st，pd.hugene.2.1.st，pd.maize.，pd.mapping250k.nsp，pd.mapping250k.sty，pd.mapping50k.hind240，pd.mapping50k.xba240，pd.margene.1.0.st.st.，pd.margene.1.1.st.st.，Pd.Medgene.1.0.st.，Pd.Medgene.1.1.st.st.，pd.medicago，pd.mg.u74a.，pd.mg.u74av2.，pd.mg.u74b.，pd.mg.u74bv2.，pd.mg.u74c.，pd.mg.u74cv2.，pd.mirna.1.0，pd.mirna.2.0，pd.mirna.3.0，pd.mirna.4.0，pd.moe430a.，pd.moe430b.，pd.moex.1.0.st.v1，pd.mogene.1.0.st.v1，pd.mogene.1.1.st.v1，pd.mogene.2.0.st.，pd.mogene.2.1.st.st.，pd.mouse430.2，pd.mouse430a.2，pd.mta.1.0，pd.mu11ksuba，pd.mu11ksubb，pd.nugo.hs1a520180，pd.nugo.mm1a520177，Pd.ovigene.1.0.st.st.，pd.ovigene.1.1.st，pd.pae.g1a.，pd.plasmodium.anopheles.，pd.poplar.，pd.portcine.，pd.porgene.1.0.st.st.，Pd.porgene.1.1.st.st.，pd.rabgene.1.0.st，pd.rabgene.1.1.st.st.，pd.rae230a，pd.rae230b，pd.raex.1.0.st.v1，pd.ragene.1.0.st.v1，pd.ragene.1.1.st.v1，pd.ragene.2.0.st，pd.ragene.2.1.st.st.，pd.rat230.2，pd.rcngene.1.0.st.st.，pd.rcngene.1.1.st.st.st.，pd.rg.u34a.，pd.rg.u34b.，pd.rg.u34c.，pd.rhegene.1.0.st，pd.rhegene.1.1.st，PD.RESUS，pd.rice.，pd.rjpgene.1.0.st.st.，pd.rjpgene.1.1.st.st.，pd.rn.u34.，pd.rta.1.0，pd.rusgene.1.0.st.st.，pd.rusgene.1.1.st.st.，pd.s.aureus.，pd.soybean，pd.soygene.1.0.st，pd.soygene.1.1.st，pd.sugar.cane，pd.tomato.，pd.u133.x3p，pd.vitis.vinifera.，pd.kwheat.，pd.x.laevis.2，pd.x.tropicalis.，pd.xenopus.laevis.，pd.yest.2.，pd.yg.s98，pd.zebgene.1.0.st，pd.zebgene.1.1.st.st.st.，pd.czebrafish.，季节性ddna.，pqsfinder.，Pwmenrich.，QRQC，Qsutils.，r453plus1toolbox.，R4RNA，REDseq，rGADEM，riboprofiling，RRDP.，Rsamtools，rsvsim.，sangeranalyser.，sangerseqR，scan.upc.，Selex.，seqbias，测序，缩短，SICtools，SimFFPE，ssviz.，Structstrings，systemPipeR，topdownr，树ummariedexperiment.，扭转，VarCon
进口我	倍数，等位基因矛纪，高寒，Anufinder.，annotationhubdata.，appreci8R，ArrayExpressHTS，AssessORF，Atacseqqc.，Bbcanalyzer.，bcrank.，bcSeq，打，BgeeCall，Biovizbase.，brainflowprobes，分歧点，BSgenome，BSSeq.，BumHmm.，BUSpaRse，cellarepertorium.，Chippeakanno.，ChIPseqR，ChIPsim，chromVAR，Circrnaprofiler，克，CNVfilteR，COMPETOOLS.，共识，警戒线，Crisprvariants.，Customprodb.，dada2，dagLogo，DAMEFINDER.，decomptumor2sig，Diffhic.，dnashaper.，DominoEffect，easyRNASeq，EDASeq，Ensembldb.，ensemblVEP，EPITXDB.，esatac.，eudysbiome.，eupathdb.，eventPointer.，exomePeak2，FASTQCLEANER.，FDb.InfiniumMethylation.hg18，FDb.InfiniumMethylation.hg19，FindMyFriends，Ga4ghclient.，GCAPC.，Gcrma.，GenBankr.，Generegionscan.，Genestructuretools.，GenoGAM，genomation，基因管理，GenomicDistributions，GenomicFeatures，基因组织，genphen，Genvisr.，GGBIO.，Girafe.，GMAPR.，Gmoviz，GUIDEseq，GVIZ.，Gwascat，h5vc，暖步，希尔达，hit，HTSeqGenie，icetea，idpr，IMMAN，兴趣，InterMineR，离子，ipdDb，IsoformSwitchAnalyzeR，KEGGREST，洛卡马，淋巴结曲，宏伟，Madseq.，Matrixrider.，MDTS.，MEDIPS，MEDME，meskit.，metagenomeFeatures，METASEQR2.，methimpute，甲基皮脂，MicrobiotaProcess，微，mmdiff2.，MotifBreakr.，motifcounter，motifmatchr，motifStack，msnid.，MSSTATSPTM，多射线，musicatk，MutationalPatterns，NanostringNctools.，ngsreports.，核核酸，oligoClasses，OmaDB，OpenProper.，orfik.，otubase.，packFinder，pd.081229.hg18.promoter.medip.hx1.，pd.2006.07.18.hg18.refseq.promoter.，pd.2006.07.18.mm8.refseq.promoter，pd.2006.10.31.rn34.refseq.promoter，pd.atdschip.tiling.，pd.charm.hg18.example.，pd.feinberg.hg18.me.hx1，pd.feinberg.mm8.me.hx1，pd.mirna.3.1，pdinfobuilder.，PhyloProfile，PhyloProfileData，文学，pipeframe.，podkat，聚酯，妊娠期，验证，撤销，ProteomicsAnnotationHubData，pur，PVIZ.，qPLEXanalyzer，QRQC，QSEA.，QuasR，r3cseq.，Ramwas.，RCA.，Rcpi，收回，地区，regutools，重新，repitools.，rfaRm，rGADEM，RibosomeProfiling QC，ramodr.，RNAprobR，RNASeqR，Rqc，rtracklayer.，吓人，scmeth，范围，得分invhap.，scRepertoire，颈背，SeqArray，SEQCOMBO.，seqPattern，seqplots.，SGSeq，签名者，SigsPack，斯文，soGGi，SomaticSignatures，Sparsesignatures.，碎片，SSCU.，StructuralVariantAnnotation，扳机，SynExtend，SynMut，Tapseq.，tarseqqc.，TFBStools.，石棉水泥板，特纳，tRNA，tRNAdbImport，Trnascanimport.，TVTB，tximeta.，Ularcirc，UMI4Cats，uposencymotif，VariantAnnotation，variantexperiment.，变型滤波器，Varianttools.，wavClusteR，耶稣
建议我	注释，AnnotationForge，annotationhub.，bambu，强盗，BeadArrayUseCases，BiocGenerics，Brgenomics.，CINdex，CSAR，eisaR，exoMecopy.，GenomicFiles，Genomicranges.，Genoset.，GWASTools，maftools，methrix.，弥撒，幻影，nucpos.，RNAmodR。AlkAnilineSeq，RPX.，勒，rtrm.，snplocs.hsapiens.dbsnp.20101109，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608，snplocs.hsapiens.dbsnp141.grch38.，snplocs.hsapiens.dbsnp142.grch37.，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP149.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP150.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP151.GRCh38，泼溅，treeio，xtrasnplocs.hsapiens.dbsnp144.grch37.，xtrasnplocs.hsapiens.dbsnp144.grch38.，XVector
链接给我	解读，烤肉串，Matrixrider.，Rsamtools，缩短，扭转，VariantAnnotation，变型滤波器
建立报告

包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	Biostrings_2.59.2.tar.gz
Windows二进制文件	biostrings_2.59.2.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	BioStrings_2.59.2.tgz.
源库	git clone https://git.biocumon.org/packages/biostrings.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondudard.org：包装/生物驱动器
包短网址	//www.andersvercelli.com/packages/Biostrings/
包下载报告	下载统计信息