艾萨尔

doi：10.18129/b9.bioc.eisar

这是发展Eisar的版本；对于稳定版本，请参阅艾萨尔。

R中的外显子内分析（EISA）

生物导体版本：开发（3.16）

外显子内分析分析（EISA）使用普通的RNA-SEQ数据来测量在不同的实验条件下读取成熟RNA的变化，并在不同的实验条件下读取基因表达的转录和转录后调节。有关详细信息，请参见Gaidatzis等人，NATBiotechnol2015。doi：10.1038/nbt.3269。Eisar在R中实现了EISA的主要步骤。

作者：Michael Stadler [AUT，CRE]，Dimos Gaidatzis [aut]，Lukas Burger [AUT]，Charlotte Soneson [aut]

维护者：迈克尔·斯塔德勒（Michael Stadler）<迈克尔·斯塔德勒

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ eisar”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Eisar”）

html	R脚本	通过无对齐方法生成用于剪接和未涂抹的丰度估计的参考文件
html	R脚本	使用EISAR进行外显子内分析（EISA）
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	功能基因组学，，，，基因表达，，，，结肠管制，，，，rnaseq，，，，回归，，，，软件，，，，转录，，，，转录组学
版本	1.9.0
在生物导体中	Bioc 3.11（R-4.0）（2年）
执照	GPL-3
要看	R（> = 4.1）
进口	图形，统计信息，基因组机，，，，S4VECTORS，，，，iranges，，，，林玛，，，，EDGER， 方法，总结性特征，，，，生物基因，UTILS
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，生物使用，，，，准，，，，rbowtie，，，，RHISAT2，，，，生物弦，，，，BSGENOME，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38，，，，Ensembldb，，，，AnnotationDbi，，，，GenomicFeatures，，，，rtracklayer
系统要求
增强
URL	https://github.com/fmicompbio/eisar
BugReports	https://github.com/fmicompbio/eisar/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	eisar_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	eisar_1.9.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	eisar_1.9.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/eisar
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/eisar
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/eisar/
软件包下载报告	下载统计