校长

doi：10.18129/b9.bioc.outrider

这是发展Outer的版本；对于稳定版本，请参阅校长。

拆卸器 - RNA -seq Finder的离群值

生物导体版本：开发（3.16）

RNA-seq数据中异常基因表达的鉴定。读取计数期望是由自动编码器建模的，以控制数据中的混杂因素。鉴于这些期望，假定RNA-Seq读数计数遵循基因特异性分散体的负二项式分布。然后将离群值确定为读取该分布的读数计数。此外，Outer提供了有用的绘图功能来分析和可视化结果。

作者：Felix Brechtmann [Aut]，Christian Mertes [Aut，Cre]，Agne Matuseviciute [aut]，Michaela FeeMüller[CTB]，Vicente Yepez [aut]，Julien Gagneur [aut]

维护者：Christian Mertes

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ untirider”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Outer”）

PDF	R脚本	Outer：RNA-Seq Finder中的离群值
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	结盟，，，，基因表达，，，，遗传学，，，，免疫学，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件，，，，转录组学
版本	1.15.0
在生物导体中	Bioc 3.8（R-3.5）（3.5岁）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	r（> = 3.6），生物比较，，，，GenomicFeatures，，，，总结性特征，，，，Data.Table， 方法
进口	bbmisc，，，，生物基因，，，，deseq2（> = 1.16.1），仿制药，，，，基因组机，，，，GGPLOT2，grdevices，热图，，，，pheatmap，图形，iranges，，，，矩阵，，，，情节，，，，plyr，，，，pcamethods，，，，prroc，，，，rcolorbrewer，，，，RCPP，，，，RESHAPE2，，，，S4VECTORS，，，，秤，花键，统计，utils
链接	RCPP，，，，rcpparmadillo
建议	测试，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，生物使用，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，org.hs.eg.db，，，，rmariaDB，，，，AnnotationDbi，，，，蜜蜂，，，，COVR
系统要求
增强
URL	https://github.com/gagneurlab/outrider
取决于我
进口我	弗雷泽
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	Outer_1.15.0.tar.gz
Windows二进制	outer_1.15.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	Outer_1.15.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/outrider
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/拆卸器
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/outrider/
软件包下载报告	下载统计