Organism.dplyr

DOI:10.18129 / B9.bioc.Organism.dplyr

这是发展version of Organism.dplyr;稳定版请参见Organism.dplyr．

基于dplyr的生物导体注释资源访问

Bioconductor版本:开发(3.16)

该包提供了Bioconductor“注释”资源的替代接口，特别是“org”包(例如，org. hs .eg.db)的基因标识符映射功能和“TxDb”包(例如，TxDb. hsapiens . ucsc .hg38. knowngene)的基因组坐标功能。

作者:Martin Morgan [aut, cre]， Daniel van Twisk [ctb]，郑宇波[aut]

维护者:马丁·摩根<马丁。在roswellpark.org>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("有机体.dplyr")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“Organism.dplyr”)

超文本标记语言	R脚本	Organism.dplyr
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，GenomeAnnotation，测序，软件
版本	1.25.0
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.4)，dplyr(> = 0.7.0),AnnotationFilter(> = 1.1.3)
进口	RSQLite，S4Vectors，GenomeInfoDb，IRanges，GenomicRanges，GenomicFeatures，AnnotationDbi，rlang，方法，工具，utils，BiocFileCache，DBI，dbplyr，宠物猫
链接
建议	org.Hs.eg.db，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene，org.Mm.eg.db，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.ensGene，testthat，knitr，rmarkdown，BiocStyle，ggplot2
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	注释
进口我	Ularcirc
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	Organism.dplyr_1.25.0.tar.gz
Windows二进制	Organism.dplyr_1.25.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	Organism.dplyr_1.25.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Organism.dplyr
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/有机体.dplyr
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/Organism.dplyr/
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