dexseq

doi：10.18129/b9.bioc.dexseq

这是发展DexSeq的版本;对于稳定版本，请参阅dexseq。

RNA-Seq中差分外显子使用的推断

生物导体版本：开发（3.16）

该软件包的重点是使用具有不同实验设计的样品之间的RNA-Seq外显子计数查找差分外显子使用情况。它提供了允许用户根据模型进行必要的统计测试的功能，该模型使用负二项式分布来估计生物学重复和广义线性模型之间的差异进行测试。该软件包还提供了可视化和探索结果的功能。

作者：fs.tum.de>的Simon Anders

维护者：Alejandro Reyes

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ dexseq”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ dexseq”）

html	R脚本	用DexSeq软件包推断RNA-Seq数据中的差分外显子使用情况
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	替代方案，，，，差异性，，，，差速器，，，，基因表达，，，，免疫学，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件，，，，可视化
版本	1.43.0
在生物导体中	Bioc 2.9（R-2.14）（10。5年）
执照	GPL（> = 3）
要看	生物比较，，，，生物酶，，，，总结性特征，，，，iranges（> = 2.5.17），基因组机（> = 1.23.7），deseq2（> = 1.9.11），AnnotationDbi，，，，rcolorbrewer，，，，S4VECTORS（> = 0.23.18）
进口	生物基因，，，，Biomart，，，，HWRITER， 方法，Stringr，，，，rsamtools，，，，Statmod，，，，Geneplotter，，，，GeneFilter
链接
建议	GenomicFeatures（> = 1.13.29），帕西拉（> = 0.2.22），甲状旁腺，，，，生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，测试
系统要求
增强
URL
取决于我	同工型间分析仪，，，，帕西拉，，，，rnaseqdtu
进口我	diffutr，，，，兴趣
建议我	小班夫，，，，基因组机，，，，土星，，，，斯塔格，，，，subseq
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	dexseq_1.43.0.tar.gz
Windows二进制	dexseq_1.43.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	dexseq_1.43.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dexseq
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/dexseq
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/dexseq/
软件包下载报告	下载统计