Chippeakanno

doi：10.18129/b9.bioc.chippeakanno

这是发展Chippeakanno的版本；对于稳定版本，请参阅Chippeakanno。

从CHIP-SEQ，芯片芯片实验或任何实验中鉴定出的峰的批次注释导致大量染色体范围

生物导体版本：开发（3.16）

该软件包包括以检索峰周围序列，获得富集基因本体（GO）术语，找到最近的基因，外显子，miRNA或自定义特征（例如大多数保守元素以及用户提供的其他转录因子结合位点）的功能。从2.0.5开始，已经添加了新功能，以查找具有摘要统计数据（峰值nearbdp）的双向启动子的峰值，以汇总峰（SummarizepatterninInpeaks）中的基序的发生，并将其他IDS添加到带注释的峰或富集的峰（Addgeneids）（）。该软件包利用BiomArt，Iranges，BioStrings，BSGENOME，GO.DB，MULTETEST和STAT软件包。

作者：Lihua Julie Zhu，Jianhong OU，Jun Yu，Kai Hu，Haibo Liu，HervéPagès，Claude Gazin，Nathan Lawson，Ryan Thompson，Simon Lin，David Lapointe和Michael Green

维护者：jianhong ou ，lihua julie zhu

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ ChippeakAnno”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Chippeakanno”）

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html	R脚本	Chippeakanno快速开始
html	R脚本	Chippeakanno Vignette
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文本		消息

细节

生物浏览	注解，，，，chipseq，，，，芯片，，，，软件
版本	3.31.1
在生物导体中	Bioc 2.5（R-2.10）（12。5年）
执照	GPL（> = 2）
要看	R（> = 3.5），方法，iranges（> = 2.13.12），基因组机（> = 1.31.8），S4VECTORS（> = 0.17.25）
进口	AnnotationDbi，，，，生物基因（> = 0.1.0），生物弦（> = 2.47.6），DBI，，，，dplyr，，，，Ensembldb，，，，GenomeInfodB，，，，基因组签名，，，，GenomicFeatures，，，，rbgl，，，，rsamtools，，，，总结性特征，，，，Venndiagram，，，，Biomart，，，，GGPLOT2，grdevices，图形，图形，网格，互动集，，，，keggrest，，，，矩阵，，，，多检验，，，，区域人，，，，rtracklayer，统计，utils
链接
建议	AnnotationHub，，，，BSGENOME，，，，林玛，，，，Reactome.db，，，，生物管理器，，，，生物使用，，，，bsgenome.ecoli.ncbi.20080805，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，org.ce.eg.db，，，，org.hs.eg.db，，，，bsgenome.celegans.ucsc.ce10，，，，BSGENOME.DRERIO.UCSC.DANRER7，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38，，，，延迟，，，，IDR，，，，seqinr，，，，ensdb.hsapiens.v75，，，，Ensdb.hsapiens.v79，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nown，，，，go.db，，，，GPLOTS，，，，insctr，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，TrackViewer，，，，Motifstack，，，，有机体
系统要求
增强
URL
取决于我	redseq，，，，瓦肯
进口我	atacseqqc，，，，DESCAN2，，，，Guideseq
建议我	chipseqdb，，，，R3CPET，，，，seqsetvis
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	chippeakanno_3.31.1.tar.gz
Windows二进制	chippeakanno_3.31.1.zip
MacOS 10.13（高山脉）	chippeakanno_3.31.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chippeakanno
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/chippeakanno
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/chippeakanno/
软件包下载报告	下载统计