RCGH

doi：10.18129/b9.bioc.rcgh

这是发展RCGH的版本；对于稳定版本，请参阅RCGH。

用于分析和可视化基于阵列的CGH数据的综合管道

生物导体版本：开发（3.16）

通过商业或自定义ACGH阵列生成的全面分析和交互式可视化基因组轮廓的综合管道。作为输入，RCGH支持Agilent双色特征提取文件（.txt），从44到400K，Affymetrix snp6.0和cytoscanhd propeset.txt，cychp.txt和cnchp.txt文件从CHAS或Affymetrix Power Tools导出。RCGH还支持自定义阵列，前提是数据符合预期格式。该软件包接管了单个基因组概况分析所需的所有步骤，从读取文件到分割分割和基因注释。该软件包还提供了几个可视化功能（静态或交互式），以促进单个配置文件的解释。输入文件可以是压缩格式的，例如.bz2或.gz。

作者：弗雷德里克·普通（Frederic Commo）[AUT，CRE]

维护者：frederic commo

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ rcgh”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ RCGH”）

PDF	R脚本	使用RCGH软件包
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	库务，，，，特征提取，，，，预处理，，，，软件，，，，ACGH
版本	1.27.0
在生物导体中	Bioc 3.2（R-3.2）（7年）
执照	艺术2.0
要看	r（> = 3.4），方法，统计，utils，图形
进口	plyr，，，，DNACOPIGY，，，，格子，，，，GGPLOT2， 网格，闪亮的（> = 0.11.1），林玛，，，，副词，，，，mclust，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg18.nown，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nown，，，，org.hs.eg.db，，，，GenomicFeatures，，，，GenomeInfodB，，，，基因组机，，，，AnnotationDbi， 平行，iranges，grdevices，ACGH
链接
建议	生物使用，，，，尼特，，，，生物基因，，，，运行
系统要求
增强
URL	https://github.com/fredcommo/rcgh
取决于我
进口我	Precisetad
建议我	排除
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	rcgh_1.27.0.tar.gz
Windows二进制	RCGH_1.27.0.ZIP（仅64位）
MacOS 10.13（高山脉）	rcgh_1.27.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rcgh
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/rcgh
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/rcgh/
软件包下载报告	下载统计