重新计票

DOI:10.18129 / B9.bioc.recount

这是发展版本的重新计票;稳定发布版本请参见重新计票．

从重新计票项目中探索和下载数据

Bioconductor版本:开发(3.16)

在https://jhubiostatistics.shinyapps.io/recount/上浏览和下载重新计票项目的数据。使用计数包，您可以下载基因，外显子或外显子-外显子连接级别的rangedsummarizeexperimental对象，原始计数，使用的表型元数据，特定研究的样本覆盖率bigWig文件或平均覆盖率bigWig文件的url。不同的包可以使用rangedsummarizeexperiment对象来执行差异表达式分析。使用//www.andersvercelli.com/packages/derfinder，您可以使用来自http://www.nature.com/nbt/journal/v35/n4/full/nbt.3838.html中描述的重新计数项目的数据执行与注释无关的差异表达式分析。

作者:Leonardo Collado-Torres [aut, cre]，阿比纳夫·内洛尔[ctb]，安德鲁·e·贾菲[ctb]， Margaret A. Taub [ctb]， Kai Kammers [ctb]， Shannon E. Ellis [ctb]，卡斯珀·丹尼尔·汉森[ctb]，本·朗米德[ctb]，杰弗里·t·里克[aut, th]

维护人员:Leonardo Collado-Torres

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用bio devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install(" compute ")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“讲述”)

超文本标记语言	R脚本	DESeq2的基本结果探索
超文本标记语言	R脚本	重新计票快速启动指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道，DataImport，DifferentialExpression，GeneExpression，ImmunoOncology，RNASeq，测序，软件
版本	1.23.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (R-3.3)(5.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0),SummarizedExperiment
进口	BiocParallel，derfinder，下载器，GEOquery，GenomeInfoDb，GenomicRanges，IRanges、方法、RCurl，rentrez，rtracklayer(> = 1.35.3),S4Vectors统计,跑龙套
链接
建议	AnnotationDbi，BiocManager，BiocStyle(> = 2.5.19),DESeq2，sessioninfo，EnsDb.Hsapiens.v79，GenomicFeatures，knitr(> = 1.6),org.Hs.eg.db，RefManageR，regionReport(> = 1.9.4),rmarkdown(> = 0.9.5),testthat(> =魅惑,covr，pheatmap，DT，刨边机，ggplot2，RColorBrewer
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/leekgroup/recount
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/recount/
取决于我
进口我	psichomics，recountWorkflow，RNAAgeCalc，RnaSeqSampleSize
建议我	dasper，奥得河，recount3
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	recount_1.23.0.tar.gz
Windows二进制	recount_1.23.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	recount_1.23.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/recount
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/重新计票
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/recount/
包下载报告	下载数据