derfinder

DOI:10.18129 / B9.bioc.derfinder

这是发展derfinder版本;稳定发布版本请参见derfinder．

通过DER Finder方法在碱基对分辨率下对RNA-seq数据进行注释不可知的差异表达分析

Bioconductor版本:开发(3.16)

该软件包提供了对RNA-seq数据进行注释无关差异表达分析的功能。DER Finder方法的两种实现包括在这个包中:(1)单个基本级别的f统计和(2)在表达的区域级别的DER识别。DER Finder方法也可用于识别差分有界ChIP-seq峰。

作者:莱昂纳多·科拉多-托雷斯[作家，作家]， Alyssa C. Frazee[中文]，Andrew E. Jaffe[中文]，杰弗里·t·韭菜[这个，这个]

维护者:莱昂纳多·科拉多-托雷斯

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.2")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化biocdevel的使用BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("derfinder")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“derfinder”)

超文本标记语言	R脚本	Derfinder快速入门指南
超文本标记语言	R脚本	Derfinder用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq，报道，DifferentialExpression，DifferentialPeakCalling，ImmunoOncology，RNASeq，测序，软件
版本	1.31.0
在Bioconductor中	BioC 3.0 (R-3.1)(7.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	BiocGenerics(> = 0.25.1),AnnotationDbi(> = 1.27.9),BiocParallel(> = 1.15.15),bumphunter(> = 1.9.2),derfinderHelper(> = 1.1.0版),GenomeInfoDb(> = 1.3.3),GenomicAlignments，GenomicFeatures，GenomicFiles，GenomicRanges(> = 1.17.40),Hmisc，IRanges(>= 2.3.23)，方法qvalue(> = 1.99.0),Rsamtools(> = 1.25.0),rtracklayer，S4Vectors(>= 0.23.19)，统计，utils
链接
建议	BiocStyle(> = 2.5.19),sessioninfo，derfinderData(> = 0.99.0),derfinderPlot，DESeq2，ggplot2，knitr(> = 1.6),limma，RefManageR，rmarkdown(> = 0.3.3),testthat(> =魅惑,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，covr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/lcolladotor/derfinder
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/derfinder/
这取决于我
进口我	brainflowprobes，derfinderPlot，GenomicState，奥得河，重新计票，recountWorkflow，regionReport
建议我	megadepth
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	derfinder_1.31.0.tar.gz
Windows二进制	derfinder_1.31.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	derfinder_1.31.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/derfinder
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/derfinder
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/derfinder/
软件包下载报告	下载数据