apalyzer

doi：10.18129/b9.bioc.apalyzer

这是发展Apalyzer的版本；对于稳定版本，请参阅apalyzer。

使用RNA-seq数据进行APA分析的工具包

生物导体版本：开发（3.13）

使用RNA-Seq数据执行3'UTR APA，内含子APA和基因表达分析。

作者：Ruijia Wang [Cre，Aut]，bin tian [aut]，Chuwei Zhong [aut]

维护者：ruijia wang

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）＃以下初始化了Bioc Devel Biocmanager :: Install（decon ='devel'）biocmanager :: Install（apapalyzer'apapalyzer“）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Apalyzer”）

html	R脚本	APALYZER：用于RNA-Seq APA分析的工具包
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	注解，，，，DataImport，，，，差异性，，，，基因表达，，，，结肠管制，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件
版本	1.5.4
在生物导体中	Bioc 3.10（R-3.6）（1年）
执照	LGPL-3
要看	R（> = 3.5.0）
进口	基因组机，，，，GenomicFeatures，，，，基因组签名，，，，deseq2，，，，Ggrepel，，，，总结性特征，，，，rsubread，统计GGPLOT2， 方法，rtracklayer，，，，Ensembldb，，，，变体，，，，dplyr，，，，花花公子，，，，repmis
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，生物使用，，，，org.mm.eg.db，，，，AnnotationDbi，，，，TBX20BAMSUBSET，，，，rsamtools，，，，测试
系统要求
增强
URL	https://github.com/rjwangbioinfo/apalyzer/
BugReports	https://github.com/rjwangbioinfo/apalyzer/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	apalyzer_1.5.4.4.tar.gz
Windows二进制	apalyzer_1.5.4.4.zip
MacOS 10.13（高山脉）	apalyzer_1.5.4.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/apalyzer
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/apalyzer
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/apalyzer/
软件包下载报告	下载统计