10月30日

Bioconductors:

我们很高兴地宣布Bioconductor 3.10，由1823个软件包、384个实验数据包、953个注释包和27个工作流组成。

有94个新的软件包，15个新的数据实验包，3个新的注释包，以及对现有包的许多更新和改进;Bioconductor 3.10与R 3.6.1兼容，支持Linux、32位和64位Windows以及Mac OS x。此版本将包含更新的Bioconductor亚马逊机器图像而且码头工人的容器．

感谢大家对Bioconductor的贡献

访问2021年欧洲杯 有关详细信息和下载。

内容

• Bioconductor 3.10入门
• 新软件包
• 新的数据实验包
• 新的注释包
• 来自新的和现有软件包的新闻
• 新闻从新的和现有的数据实验包
• 来自新的和现有工作流的新闻
• 弃用和失效的包

Bioconductor 3.10入门

要更新到或安装Bioconductor 3.10:

1. 安装R >=3.6.1。Bioconductor 3.10是专门为这个R版本设计的。

2. 按照以下指示操作2021年欧洲杯比分预测 ．

新软件包

在这个版本的Bioconductor中有93个新的软件包。

• AlphaBetaAlphaBeta是一种计算方法，用于估计植物中高通量DNA甲基化数据的表观突变率和光谱。该方法已被专门设计为:1。在多代突变积累系(MA-lines)的背景下分析“种系”的突变。2.在植物发育和衰老的背景下分析“体细胞”突变。

• 阿尔卑斯山脉该软件包为全基因组表观基因组学数据(如组蛋白修饰或转录因子ChIP-seq, ATAC-seq, DNase-seq等)提供分析和出版质量可视化例程。包中的函数可以用于任何类型的数据，这些数据可以用任何分辨率的bigwig文件表示。ALPS的目标是在不离开R环境的情况下为大多数下游分析提供分析工具，包中的大多数工具只需使用基本的R、unix或excel技能即可准备。

• APAlyzer利用RNA-seq数据进行3'UTR APA、内含子APA和基因表达分析。

• ASpediaFI这个包提供了对可选剪接事件及其功能交互进行系统和综合分析的功能。

• 自动调谐该软件包旨在帮助促进非靶向代谢组学的数据处理。为此，包中包含的算法对原始数据执行统计推断，以提出处理原始数据的最佳参数集。

• AWFisher自适应加权fisher方法的实现，包括快速p值计算、变率指数和元模式。

• BiocSetBiocSet以三重tibble格式显示不同的生物集。这三张是元素，集,elementset．用户可以激活这三个tibble中的一个，以执行dplyr包中的通用功能。映射功能和访问元素/集的网络引用在bioset中也可用。

• BioTIP将临界点理论应用于转录组谱以揭示疾病调控轨迹。

• biscuiteer用于bsseq加载饼干输出，在定义区域和可映射样本上总结WGBS数据，有或没有imputation，大部分na行下降，年龄估计等的测试套件。

• blacksheeprBlacksheep是一种用于两两比较背景下的离群值分析的工具，旨在发现两个组之间的区别特征。该工具被设计用于生物应用，如磷蛋白组学或转录组学，但它可以用于任何可以用2D表表示的数据，并且在表中有两个亚种群进行比较。

• brainflowprobes使用这些函数来描述BrainFlow目标探针设计的基因组区域。

• brendaDb用于从BRENDA数据库中导入酶信息并进行分析。

• BUSpaRsekallisto | bustools管道是一套快速和模块化的工具，可将fastq文件中的单细胞RNA-seq读取转换为基因计数或转录本兼容性计数(TCC)矩阵，用于下游分析。该管道的核心是条形码、UMI和集(BUS)文件格式。这个包用于以下目的:首先，这个包允许用户在R中操作BUS格式文件作为数据帧，然后将它们转换为基因计数或TCC矩阵。此外，由于R和Rcpp代码比纯c++代码更容易处理，因此鼓励用户调整这个包的源代码，以尝试BUS格式的新用途和将BUS文件转换为基因计数矩阵的不同方法。其次，该软件包可以方便地生成所需的文件，以生成用于RNA速度的剪接和未剪接转录本的基因计数矩阵。第三，这个包实现了实用函数，以获取将BUS文件转换为基因计数矩阵所需的转录本和相关基因，以bustools所需的格式将转录本写入基因信息，并将bustools的输出作为稀疏矩阵读入R。

• 平静用协变量信息进行多重检验的统计方法。传统的多重测试方法只考虑测试统计量的列表，比如p值。我们的方法结合了辅助信息，如基因编码区域的长度或snp的小等位基因频率，以提高功率。

• circRNAprofiler基于r的计算框架，用于全面的环状rna硅分析。该计算框架允许组合和分析以前由多个公开可用的基于注释的circRNA检测工具检测到的circRNA。它涵盖了circRNAs分析的不同方面，从差异表达分析，进化保护，生物成因到功能分析。

• cliqueMS注释来自液相色谱耦合质谱(LC/MS)代谢组学实验的数据。基于网络算法(O.Senan, a.a Aguilar- Mogas, M. Navarro, O. Yanes, R.Guimerà和M. Sales-Pardo, Metabolomics Conference(2016)，都柏林)，“CliqueMS”构建了一个加权相似度网络，其中节点是特征，边缘根据该特征的相似度进行加权。然后搜索最合理的相似性网络划分为派系(完全连接的组件)。最后对每个派系内的代谢物进行标注，得到每个标注的代谢物的中性质量及其特征，对应于该代谢物的同位素、电离加合物和碎片加合物。

• CNVfilteRCNVfilteR识别那些可以通过使用通常在普通NGS管道中获得的单核苷酸变体(SNV)调用来丢弃的cnv。

• CrossICCCrossICC采用迭代策略，从共识聚类生成的共识相似矩阵中得到最优基因集和簇数，能够处理多个跨平台数据集，不需要数据集之间的归一化。该软件包还提供了丰富的可视化和识别癌症亚型的功能。特别是，许多癌症相关的分析方法被嵌入，以促进已确定的癌症亚型的临床翻译。

• debCAM一个R包完全无监督的复杂组织反褶积。它提供了利用CAM对混合表达谱进行无监督反褶积的基本函数和一些辅助函数，以帮助理解亚群体特异性结果。它还实现了基于分子标记、S矩阵或A矩阵的先验知识进行监督反褶积的功能。结合来自CAM和先验知识的分子标记可以实现混合物的半监督反褶积。

• deltaCaptureC这个包从3C数据中发现了中尺度染色质重塑。3C数据是本地数据。它给出了限制性内切酶消化片段和首选的“视点”区域之间的相互作用计数。通过对这些数据进行分组并使用置换测试，该包可以测试来自两种细胞类型或两种处理的数据之间的相互作用计数是否存在统计上的显著变化。

• DEWSeq下一代测序数据如eCLIP或iCLIP数据的窗口差异表达分析。

• DMCFBDMCFB是一种在亚硫酸氢盐测序数据中使用贝叶斯功能回归模型识别差异甲基化胞嘧啶的管道。通过使用函数回归数据模型，它试图捕获特定位置、特定群体和其他特定协变量的甲基化模式，以及空间相关模式和未知的甲基化数据的潜在模型。对于真正的底层模型和任何协变量的包含，它是稳健和灵活的，并且使用位置和样本之间的空间相关性来估算缺失值。该方法采用贝叶斯方法进行估计和推理。

• fcoexfcoex包实现了一个易于使用的基于FCBF (Fast Correlation-Based Filter)算法的共表达式分析接口。它是专门用于处理单单元数据的。所发现的模块可用于重新定义细胞群，揭示新的基因关联，并通过关联内疚来预测基因功能。包结构基于CEMiTool包。

• fcScan该包用于检测落在用户定义的窗口大小内的基因组坐标组合，以及用户定义的已识别的相邻簇之间的重叠。它可以用于基因组数据，其中簇建立在特定染色体或特定链上。集群可以使用“贪婪”选项执行，允许在允许的窗口大小内出现额外的站点。

• flowSpecs该软件包旨在填补传统细胞仪预处理软件的作用，用于光谱分解、转换、可视化和清理，并通过将流帧和流集转换为数据帧来帮助进一步的下游分析，如DepecheR。与flowcore兼容的自动1d门控/过滤功能在管道中。之所以选择这个软件包的名字，既是因为它将处理光谱细胞术，也是因为它有望为用户提供一副漂亮的眼镜，通过它来查看他们的数据。

• flowSpy用于流式和大规模细胞术数据的轨迹推断和可视化工具包。flowSpy提供完整的流式和流式细胞仪数据分析工作流。flowSpy可以是一个有价值的工具，应用范围从聚类和降维到轨迹重建和伪时间估计的流动和大规模细胞术数据。

• GCSscore用于Affymetrix/ thermal - fisher的3'IVT和wt型微阵列的差异表达分析。基于Zhang等2002年最初描述的S-score算法。

• 双子座GEMINI使用对数倍变化来模拟样本依赖和独立的影响，并使用变分贝叶斯方法来推断这些影响。推断出的影响被用于评分和识别遗传相互作用，如致死率和恢复。更多细节可以在Zamanighomi等人2019年(印刷中)找到。

• GenomicOZone该包沿着染色体将基因活性聚集成区域，检测出突出的不同区域，并在整个基因组中可视化突出区域的地图。该方法保证了聚类最优性、线性运行时间到样本量和可重复性。它能够对基因组重组、结构变异和表观基因组改变造成的影响进行新的表征。

• GmicR该软件包使用贝叶斯网络学习来检测由WGCNA检测到的基因模块和由xCell定义的免疫细胞签名之间的关系。它是一个假设生成工具。

• gramm4R代谢组和微生物组的广义相关分析(GRaMM)，用于发现代谢组和微生物组之间的相关对。

• gscreend用于汇总基因筛选分析的软件包(例如CRISPR-KO)。这种筛选的分析是基于细胞增殖阶段前后gRNA丰度的比较。gscreend包将gRNA计数作为输入，并允许检测基因敲除减少或增加细胞增殖。

• HCAExplorer从人类细胞图谱数据门户搜索、浏览、引用和下载资源。该计划的开发得到了陈/扎克伯格倡议的资金支持。

• 希尔达在贝叶斯框架下构建的包，应用分层潜狄利克雷分配来统计测试突变特征(白石模型特征)的突变暴露在两组之间是否不同。

• idr2d用于测量产生二维峰(峰之间的相互作用)的基因组实验之间的重复性的工具，如ChIA-PET、HiChIP和HiC。idr2d是原始idr包的扩展，用于(一维)ChIP-seq峰值。

• IgGeneUsage解码免疫组的特性是理解适应性免疫对病毒感染等挑战的反应的关键。免疫谱分析的一个重要任务是检测不同生物条件下Ig基因使用的偏差。IgGeneUsage是一种用于分析免疫组差异基因使用的计算工具。它采用贝叶斯层次模型来拟合来自免疫库测序实验的复杂基因使用数据，并将Ig基因使用偏差量化为概率。

• KnowSeqKnowSeq提出了一个完整的管道，包括RNA-seq基因表达分析中最相关的步骤，主要目标是从原始数据中提取生物学知识(差异表达基因，基因本体丰富，途径可视化和相关疾病)。在这个意义上，KnowSeq允许对齐原始fastq或sra文件的原始数据，通过使用最著名的对齐器，如tophat2, hisat2, salmon和kallisto。现在，没有一个包可以只从样本的信息中进行对齐(包含在文本文件中)，自动执行所有样本的下载和对齐。此外，该软件包还包括以下功能:计算基因表达值;去除批次效应;计算差异表达基因(DEGs);绘制不同的图表;并利用GO信息进行DEGs富集、路径可视化和相关疾病信息检索。此外，KnowSeq是唯一允许在提取DEGs后同时应用机器学习和DEGs富集过程的包。这一想法的出现是为了向研究界提出一个完整的工具，其中包含以简单和快速的方式进行完整研究的所有必要步骤。

• LinkHD在这里，我们提出了Link-HD，一种集成异构数据集的方法，作为stat - act(“结构化表三指数统计分析组合表”)的推广，一系列方法来连接和比较来自多个子空间的信息。但是，由于cpi - act只允许连续数据，无法建立样本与特征之间的关系，因此存在一定的缺陷。为了解决这些限制，我们结合了多个距离选项和基于线性回归的双标图模型，以建立观测值和变量之间的关系，并进行变量选择。

• lionessRLIONESS，或线性插值获取单样本网络估计，可用于重建单样本网络(https://arxiv.org/abs/1505.06440)。该代码在R中的LIONESS函数中实现了LIONESS方程，以重建单样本网络。我们使用的默认网络重构方法是基于Pearson相关的。然而，lionessR可以在任何返回完整的加权邻接矩阵的网络重建算法上运行。lionessR适用于单部网络和二部网络。

• Maaslin2MaAsLin2是一个综合的R包，可以有效地确定临床元数据和微生物元组特征之间的多变量关联。MaAsLin2依赖于一般线性模型来适应大多数现代流行病学研究设计，包括横断面和纵向，并提供了各种数据探索、归一化和转换方法。MaAsLin2是MaAsLin的下一代。

• MACSQuantifyR自动处理MACSQuantify FACS分选器的元数据。它运行多个模块:i)原始文件的导入和井板副本的图形选择，ii)对数据进行统计计算，iii)可以计算组合指数。

• MBQN修改分位数归一化组学或其他矩阵样数据扭曲的位置和规模。

• MEB识别同一或不同物种间的差异表达基因是生物学研究的迫切需求。在大多数情况下，标准化是解决这个问题的第一步，然后通过假设检验，我们可以检测到具有统计学意义的基因。随着机器学习技术的发展，它为区分差异表达(DE)和非差异表达(non-DE)基因提供了新的视角。如果提供一组训练数据，则可以将基因识别过程简化为分类问题。然而，在现实中，我们很难同时从DE和非DE基因中获得信息。为了解决这个问题，我们尝试只识别非de基因域的差异情况，并将问题转化为机器学习中的离群值检测。鉴于非DE基因在特征上具有一定的相似性，我们构建了一个最小封闭球(Minimum封闭性球)，将非DE基因覆盖在特征空间中，将与非DE基因差异较大的DE基因视为离群值，排斥在球外。与现有方法相比，MEB方法不需要提前对数据进行归一化处理。此外，MEB方法易于应用于相同或不同物种的数据，且不需要太大的变化。

• MetaVolcanoR该包结合了差异基因表达结果。它采用三种策略来总结不同研究中的差异基因表达。i)随机效应模型(REM)方法，ii) p值组合方法，以及iii)幼稚计票方法。在所有情况下，MetaVolcano利用火山图推理可视化基因表达元分析结果。

• MethCPMethCP是一种全基因组亚硫酸氢盐测序(WGBS)数据的差异甲基化区(DMR)检测方法，适用于两组比较之外的广泛实验设计，如时间过程数据。MethCP基于变化点检测来识别DMRs，它自然地分割基因组并提供区域级的差异分析。

• methrix亚硫酸氢盐管道生成的地层图文件通常有不同的风格。关键的下游步骤需要将这些文件总结为甲基化/覆盖矩阵。数据聚合的这一步由Methrix完成，包括许多其他有用的下游函数。

• methylCC在任何平台技术(微阵列和测序)上测量的DNA甲基化全血样本的细胞组成的估计工具。

• microbiomeDASim为纵向分析而设计的模拟差异微生物组数据的工具包。可以为平均趋势指定几种函数形式。观测结果来自多元正态模型。该软件包的目标是能够模拟数据，以便准确地比较不同的纵向差分丰度方法。

• MMAPPR2MMAPPR2映射从正向遗传筛选的F2交叉中汇集的RNA-seq数据产生的突变。它的前身在《基因组研究》(Genome Research, Hill et al. 2013)上发表的一篇论文中有描述。MMAPPR2接受对齐的BAM文件以及参考基因组作为输入，识别对照RNA序列和突变RNA序列之间高序列差异的位点，使用Ensembl 's variant Effect Predictor预测变异效应，并输出候选突变的排序列表。

• MMUPHinMMUPHin是一个用于微生物组群元分析任务的R包。它具有以下功能接口:a)协变量控制的批和队列效应调整，b)元分析差异丰度测试，c)元分析无监督离散结构(聚类)发现，d)元分析无监督连续结构发现。

• MOSimMOSim包模拟多组学实验，模拟细胞内的调节机制，允许灵活的实验设计，包括时间过程和多组。

• MSstatsSampleSize该包估计输入蛋白质丰度数据中的方差，并基于方差估计模拟具有预定义数量的生物重复的数据。它报告了分类器的平均预测精度和模拟多次迭代的平均蛋白质重要性。

• 马斯喀特马斯喀特提供多种方法和可视化工具，用于多样本、多组、多(细胞)亚种群scRNA-seq数据的DS分析，包括基于聚合“伪体”数据的细胞级混合模型和方法，以及一个灵活的模拟单样本和多样本scRNA-seq数据的仿真平台。

• ncGTWncGTW的目的是帮助XCMS进行LC-MS数据比对。目前，ncGTW可以通过XCMS检测未对齐的特征组，用户可以选择是否通过ncGTW对这些特征组进行重新对齐。

• OmnipathR从https://www.omnipathdb.org webservice导入数据。它还包括转换和打印这些数据的函数。

• opptioppti的目的是分析蛋白质(和磷酸盐)的表达，以找到给定队列中每个样本的外围标记，以发现个性化的可操作目标。

• peakPantheR用于检测、集成和报告大量质谱数据文件中预定义特征的自动化管道。

• 完美的PERFect是一种新的排列过滤方法，旨在解决微生物组数据处理中两个未解决的问题:(i)通过实现阈值来定义和量化过滤造成的损失，(ii)引入和评估过滤损失的排列测试，以提供过度过滤的度量。

• PhyloProfile系统发育谱是一种研究复杂系统发育谱的工具。系统发育谱，即一组物种中基因的存在/缺失模式，通常用于追踪跨物种和时间的基因功能和进化历史。有了系统发育图谱，我们可以用序列/结构相似性等进一步的数据来丰富常规的系统发育图谱，使系统发育图谱更有意义。除了由R-Shiny提供的交互式可视化功能外，该软件包还提供了一组进一步的分析功能，以获得诸如基因年龄估计或核心基因识别等见解。

• proDA解释无标签质谱数据中缺失的值。该包实现了一个概率退出模型，确保来自观测值和缺失值的信息正确组合。它增加了经验贝叶斯先验，以增加检测差异丰度蛋白质的能力。

• pulsedSilac这个包提供了一些用于脉冲silac数据分析的工具。提供了组织数据、计算同位素比率、同位素分数、建模蛋白质周转、比较周转模型、估计细胞生长和估计同位素循环的功能。还包括一些可视化工具来进行基本的数据探索、质量控制、条件比较、单个模型检查和模型比较。

• pwrEWASprewas是一个用户友好的工具，帮助研究人员设计和规划EWAS，以帮助避免不足和过度的研究。

• Qtlizer这个R包提供了对Qtlizer web服务器的访问。Qtlizer使用最全面的已发表的数量性状位点(qtl)数据库注释了人类中常见的小变异(主要是snp)和基因表达相关变化的基因列表。

• ReactomeGSAReactomeGSA包使用Reactome的在线分析服务来执行多组学基因集分析。这个包的主要优点是，可以使用REACTOME强大的web应用程序可视化检索结果。由于Reactome的分析服务也使用R来执行实际的基因集分析，当在本地使用相同的包(如limma和edgeR)时，您将得到类似的结果。因此，如果你只需要一个基因集分析，不同的软件包更适合。

• RNAmodRRNAmodR提供了用于从高通量测序中加载/聚合数据的类和工作流，旨在通过分析特定模式来检测转录后修饰。此外，还提供了实用程序来验证和可视化结果。RNAmodR包提供了一个核心功能，具体的分析策略可以很容易地作为一个单独的包实现。

• RNAmodR。AlkAnilineSeqRNAmodR。AlkAnilineSeq从AlkAnilineSeq协议生成的实验数据中检测RNA上的m7G, m3C和D修饰。该包构建在RNAmodR包的核心功能之上，用于检测高通量测序数据中修改的特定模式。

• RNAmodR。毫升RNAmodR。毫升extend the functionality of the RNAmodR package and classical detection strategies towards detection through machine learning models. RNAmodR.ML provides classes, functions and an example workflow to establish a detection stratedy, which can be packaged.

• RNAmodR。RiboMethSeqRNAmodR。RiboMethSeq implements the detection of 2’-O methylations on RNA from experimental data generated with the RiboMethSeq protocol. The package builds on the core functionality of the RNAmodR package to detect specific patterns of the modifications in high throughput sequencing data.

• RNAsenseRNA-sense工具在野生型和突变型两种实验条件下比较RNA-seq时间曲线，并分三步工作。在步骤1中，它为每种条件下(即野生型)的每个转录本构建表达谱，并测试转录本丰度是否显著增长或衰减。然后根据切换的时间点将动态转录本排序到不重叠的组(时间配置文件)。在第2步，rna检测输出不同表达的转录本组，与野生型相比，突变体中的转录本在每个时间点上调或下调。在步骤3，计算步骤1的输出(上下切换时间剖面组)和步骤2的输出(差异表达的转录本组)之间的相关性(Fisher精确检验)。相关分析结果打印为二维彩色图，分别在y轴和x轴上有时间分布和差异表达组，便于数据的生物学解释。

• SAIGEgds具有高度优化的c++实现和与基因组数据结构(GDS)文件集成的通用混合模型的可伸缩实现。它被设计用于具有数百万个变体和样本的大规模全现象关联研究(PheWAS)中的单变体测试，控制样本结构和病例-对照不平衡。实现基于原始的SAIGE R包(v0.29.4.4)。SAIGEgds还在C中实现了一些SPAtest函数，以加速鞍点近似的计算。基准测试表明，SAIGEgds比原始的SAIGE R包快5到6倍。

• SBGNviewSBGNview是一个R包，用于在SBGN路径图上可视化组学数据。给定组学数据和带有布局信息的sbgnn - ml文件，SBGNview可以在字形上以颜色显示组学数据并输出图像文件。SBGNview提供了广泛的选项来控制字形和边缘特征(例如颜色，线宽等)。为了便于基于通路的分析，SBGNview还提供了从sbgnn - ml文件中提取分子集的函数。SBGNview可以将大量的基因、蛋白质和复合ID类型映射到字形。

• SCANVISSCANVIS是一组依赖于注释的工具，用于分析剪接连接及其由选定的对齐工具(例如STAR对齐器)预先确定的读取支持。SCANVIS通过将本地分割读的上下文与注释文本对齐来评估每个结的相对读支持(RRS)。SCANVIS还注释每个剪接结，指出该结是否支持注释，如果不支持，它是什么类型的结(例如，外显子跳过，替代5 '或3 '事件，新外显子)。未注释的连接也可以通过指示它是否引起帧移位来进一步注释。SCANVIS包括一个可视化功能，可以生成静态刺身式图形，使用弧厚和弧高描述相对读支持度和分割读数，使用户可以轻松发现支持良好的节点。这些图还使用指定的配色方案清楚地描绘了未标注的连接和标注的连接，用户还可以突出选择的拼接连接。如果用户提供了床格式和/或BAM文件的变体，也会将变体和/或读配置文件合并到图中。可视化功能的另一个特点是，用户可以提交某种疾病或队列的多个样本来生成单个图形——这是通过“合并”功能实现的，其中多个样本的连接细节被合并以生成单个刺身图，这在对比队列(例如。疾病vs控制)。

• scBFA该软件包旨在通过二元因子分析模型对scRNA-seq的基因检测模式进行建模。该模型允许用户传递到细胞水平的协变量矩阵X和基因水平的协变量矩阵Q，以解释妨害方差(e。G批处理效应)，输出低维嵌入矩阵供下游分析。

• scDblFinder利用基于超聚类的人工双态生成直接从计数中有效识别单细胞RNAseq中的双态。

• scGPS该包实现了两个主要算法来回答两个关键问题:一个SCORE(最佳分辨率的稳定聚类)用于查找子种群，然后是scGPS用于调查子种群之间的关系。

• schex为存储在单细胞组学数据(如singlecel实验和SeuratObject)中的变量和降维构建hexbin图。这套方案中使用的思想是基于丹·卡尔、尼古拉斯·列文-高、马丁·马赫勒和托马斯·拉姆利的出色工作。

• scPCA用于高维生物数据的稀疏对比主成分分析(scPCA)的工具箱。scPCA结合了稀疏PCA的稳定性和可解释性，以及对比PCA通过使用对照数据从技术噪声中分离生物信号的能力。还实现和扩展cPCA。

• scTGIFscTGIF连接细胞和相关基因功能，不需要细胞类型标记。

• SEtools这包括一组用于使用summarizeexperiment类的工具，包括方便的合并和绘图函数。

• SharedObject这个包是为了方便R中并行计算而开发的。它能够在共享内存空间中创建一个R对象，并在多个R进程之间共享数据。它避免了内存重复和数据传输的开销，使得跨多个集群共享大数据对象成为可能。

• signatureSearch该软件包实现了用于执行基因表达签名(GES)搜索的算法和数据结构，并随后使用专门的富集方法对结果进行功能解释。

• SigsPack突变特征暴露的单样本估计。基于二次规划算法，估计单个样本对已知突变特征的暴露。引导输入突变目录提供了对这些暴露的稳定性的估计。通过标准化目录，可以考虑突变上下文序列组成的影响。

• 单根据单细胞RNA测序数据进行无偏倚的细胞类型识别，利用纯细胞类型的参考转录组数据集独立推断每个单细胞的细胞起源。

• 寄居单分子跟踪已经发展成为一种补充基因组测序的新方法，它报告了被研究分子的活生物物理性质，除了与它们的编码序列有关的性质外;在这里，我们提供了“旅居者”包，以解决与分析和理解高通量单分子跟踪数据相关的统计和生物信息学需求。

• 猎犬Spaniel包括一系列工具来帮助空间转录组数据的质量控制和分析。该包包含从计数矩阵和空间条形码文件创建Seurat对象或singlecel实验的函数，并提供了将组织学图像加载到r中的方法。spanielPlot函数允许将包含在S4对象中的指标可视化覆盖到组织图像上。

• SQLDataFrame开发SQLDataFrame是为了惰性地表示和高效地分析基于sql的表R．SQLDataFrame支持常见和熟悉的“DataFrame”操作，如“[”子集、rbind、cbind等。内部实现基于广泛采用的dplyr语法和SQL命令。内存中的数据集或纯文本文件(.txt、.csv等)也可以很容易地转换为SQLDataFrames对象(在磁盘上生成一个新的数据库)。

• ssPATHS该包在参考队列训练后，从单个样本的表达数据生成路径分数。该评分是通过从参考队列中提取一个基因集(通路)的表达，并进行线性判别分析来区分队列中通路增强和未增强的样本。然后使用分离超平面对新样本进行评分。

• 目标实现从dna结合和微扰表达数据推断直接靶基因的BETA算法Wang等人(2013)。将该算法扩展到从可压缩的结合和表达数据中预测两个dna结合元素的组合功能。

• 烤面包该软件包致力于分析复杂组织的高通量数据(例如基因表达微阵列，DNA甲基化微阵列，RNA-seq)。目前的功能包括1。检测细胞类型特异性或跨细胞类型的差异信号改进了无参考反褶积中的变量选择。

• tradeSeqtradeSeq提供了一种灵活的方法，用于寻找沿一条或多条轨迹差异表达的基因，使用各种适合回答感兴趣问题的测试，例如，发现其表达与伪时间相关的基因，或(在特定区域)沿轨迹差异表达的基因。该方法为每个基因拟合一个广义加性模型(GAM)，并对GAM的参数进行推理。

• VariantExperimentVariantExperiment是一个Bioconductor包，用于将VCF/GDS格式的数据保存到rangedsummarizeexperiment对象中。高通量遗传/基因组数据保存在GDSArray对象中。特征/样本标注数据以DelayedDataFrame格式保存，每列为一维GDSArray。分析数据和注释数据的磁盘上表示实现了磁盘上的读取和处理，并显著节省内存空间。rangedsummarizeexperiment数据格式的界面，可以通过R和Bioconductor中常见的summarizeexperiment隐喻，轻松和通用地操作高通量遗传/基因组数据。

• ViSEAGOViSEAGO包的主要目的是对生物功能进行数据挖掘，建立参与研究的基因之间的联系。我们在R中开发ViSEAGO，以促进功能基因本体(GO)分析复杂的实验设计，并进行多个兴趣比较。它允许一起研究大规模数据集，并可视化GO配置文件以获取生物学知识。首字母缩写代表了分析的三个主要概念:可视化、语义相似性和基因本体的丰富分析。它提供了对最近的当前GO注释的访问，这些注释是从NCBI EntrezGene, Ensembl或Uniprot数据库中检索到的几个物种。利用可用的R包和新颖的开发，ViSEAGO扩展了经典的功能GO分析，通过聚合密切相关的生物学主题，同时研究多个数据集，专注于功能一致性。它使用尊重GO图结构的交互功能提供了一个综合和详细的视图，并确保语义相似性提供的功能一致性。ViSEAGO已成功应用于不同物种的多个数据集，涉及各种生物学问题。结果可以很容易地在生物信息学家和生物学家之间共享，增强报告能力，同时保持可重复性。

• waddR基于Wasserstein距离的统计检验，用于检测和描述一维数据中的差异分布。提供了wasserstein距离计算、差异分布检验和scRNA数据差异表达的专门检验函数。

• XCIRX染色体失活(XCI)和XCI逃逸推理的主题水平分析的模型和工具。

新的数据实验包

在这个版本的Bioconductor中有15个新的数据实验包。

• benchmarkfdrData2019Korthauer和Kimes等人(2019)使用的实验和模拟数据集的基准测试结果，以比较控制错误发现率的方法。

• biscuiteerData包含Bioconductor包饼干使用的默认数据集。

• depmapdepmap包是一个数据包，可以使用ExperimentHub访问Broad研究所depmap癌症依赖性研究的数据集。最新版本的数据集可用，包括RNAI和CRISPR-Cas9基因敲除筛选，量化选定癌细胞系的遗传依赖性。其他数据集也可用于选定细胞系的基因的日志拷贝数，通过反相蛋白裂解微阵列(RPPA)测量的细胞系的蛋白质表达，“百万分抄本”(TPM)数据，以及包含当前版本中发现的其他数据集的元数据和突变调用的补充数据集。19Q3版本增加了药物依赖数据集，其中包含有关药物和候选药物化合物的癌细胞系依赖数据。该软件包将每季度更新一次，以纳入最新的Broad研究所DepMap公共癌症依赖数据集。本软件包中提供的所有数据均由布罗德研究所DepMap生成，用于研究目的，不用于临床使用。此数据在创作共用许可协议(Attribution 4.0 International (CC BY 4.0))下发布。

• HMP2DataHMP2Data是人类微生物组计划2 (HMP2) 16S rRNA测序数据的Bioconductor包。处理后的数据以phyloseq、summarizeexperiment和MultiAssayExperiment类对象的形式提供。用于构建这些S4类对象的单个矩阵和data.frames也在包中提供。

• MMAPPR2data在MMAPPR2包中包含用于演示的数据，即模拟BAM文件，其中包含从GRCz11基因组中提取的slc24a5基因突变的RNA-Seq数据。还包含区域的引用序列和注释文件。

• MouseGastrulationData提供处理和原始计数矩阵单细胞RNA测序数据从一个时间过程的小鼠原肠胚形成和早期器官发生。

• muscData数据包包含多样本多组scRNA-seq数据集，singlecellexperexperimental Bioconductor对象格式。

• PhyloProfileData两个实验数据集，说明运行和分析系统发育档案与PhyloProfile包。

• pwrEWAS.data此包提供pprewas所需的参考数据。prewas是一种用户友好的工具，用于估计EWAS中功率作为DNAm两组比较的样本和效应量的函数(例如，病例vs对照，暴露vs未暴露等)。

• ReactomeGSA.data展示ReactomeGSA包功能的配套数据集。该软件包包含Griss等人的黑色素瘤b细胞诱导研究的蛋白质组学和RNA-seq数据。

• RNAmodR。数据RNAmodR。数据contains example data, which is used for vignettes and example workflows in the RNAmodR and dependent packages.

• SBGNview.data此包包含:来自人类乳腺癌研究的微阵列基因表达数据集。2.来自IFNG敲除小鼠研究的RNA-Seq基因表达数据集。3.基因ID与SBGN-ML文件字形ID之间的ID映射表。4.在一条通路的其他物种的基因中检测到的直系同源物的百分比。定义一个通路是否存在于另一个物种的这个百分比的截点。5. XML text of SBGN-ML files for all pre-collected pathways.

• signatureSearchDataCMAP/LINCS hdf5数据库等标注用于signatureSearch软件包。

• 鞑靼提供在不同的液相色谱质谱(LC-MS)仪器上记录的原始文件(大小=278MBytes)。所有包括的MS仪器都是由赛默飞世尔科学公司制造的，属于Orbitrap Tribrid或Q Exactive Orbitrap仪器家族。尽管它们有共同的起源和共享的硬件组件(例如Orbitrap质量分析仪)，但上述仪器倾向于以共享二进制文件格式(.raw)以不同的“方言”写入数据。鞑靼背后的意图是提供复杂但简单的现实文件，这些文件可用于使代码相对于这种多样性更加健壮。换句话说，它用于增强的单元测试。该包被认为与rawDiag包(tracsel, 2018 )和Spectra MsBackends一起使用。

• TENxBUSData从R中下载10倍数据集的Barcode, UMI, and Set (BUS)格式。该包附带BUSpaRse包，它可以将BUS格式作为稀疏矩阵加载到R中，并且具有与使用c++命令行包bustools相关的实用函数。

新的注释包

在这个版本的Bioconductor中有3个新的注释包。

• MafDb.gnomAD.r3.0.GRCh38
• org.Mxanthus.db
• GenomicState

来自新的和现有软件包的新闻

AffiXcan

1.3.7版的更改

更新后的装饰图案

• 软件包插图已更新，以解决新功能

模型的p值和rho也在交叉验证中返回

• 对于每一次折叠，对于每个可以输入GReX的基因，现在将返回以下值

• 模型预测与训练数据的平方相关性

• 模型的p值

• 用benjamini-hochberg方法修正模型的p值

• 模型预测与验证数据的相关性

• 模型预测与验证数据的平方相关性

• 模型预测值与验证数据的相关性检验p值

1.3.5版的更改

相关检验的p值

• 交叉验证时，返回基因预测的GReX与实际表达值之间的cor.test()的p值

• 在交叉验证模式下使用affiXcanTrain时，将返回每个基因的三个主要值:rho和rho平方(参见v 1.3.1中的变化)，以及cor.test()的p值

1.3.3版的更改

更新的文档

• 改进了函数文档的格式

• 重要:小插图仍然过时(AffiXcan 1.2.0)

1.3.2版的更改

总体结构协变量是可选的

• 提供总体结构协变量现在不是执行模型训练的强制要求

1.3.1版的更改

支持K-fold交叉验证

• 不再使用ANOVA p值< 0.05来评估预测显著性;而不是:

• 可以对训练数据集进行k-fold交叉验证;K可以由用户定义

• 计算预测的GReX与基因实际表达值之间的Pearson相关系数(R)和决定系数(R^2)

• 在文献中，根据新的基准标准，R^2的平均值大于0.01的基因的GReX被认为是非随机预测的[ref]。

alevinQC

1.1版的更改

• 增加了处理Salmon v0.14或更高版本输出的能力

AlphaBeta

0.99.2版本变更(2019-08-15)

• 固定的臭虫。

• 对使用BiocParallel进行并行评估进行了以下重大更改。o更新文档文件。

阿尔卑斯山脉

0.99.8版的更改

• 生物审查修复

版本0.99.7的更改

• 生物审查修复

0.99.0版本的更改

• 第一个版本

AneuFinder

1.12.1版的更改

错误修复

• 将ggplot2从导入移动到依赖项。这是必要的，因为cowplot不再显式地调用ggplot2。

AnnotationForge

1.28.0版本的更改

新功能

• (1.27.1版)makeOrgPackage ()支持GO本体。

AnnotationHub

2.17.0版的更改

新功能

• (2.17.6)删除加载资源的调试信息(啊:1）

• (2.17.5)系统环境变量来控制localHub选项，用于仅根据以前下载的资源创建hub

• (2.17.9)允许使用refreshHub强制重新下载Hub sqlite文件

• (2.17.12)有东西要下载时才显示下载提示。

• (2.17.13)文件的输出列表是AH/EH id而不是AHid:resourceid

错误修复

• (2.17.4)修复localHub在没有internet连接时的问题。isDevel的内部使用阻止在没有internet连接的情况下创建Hub。通过检查连接固定。此代码预置到orgDb过滤器

• (2.17.8)如果第一次下载的集线器出现故障，下一次调用构造器将重新下载

• (2.17.10)修复离线时使用集线器的能力

• (2.17.11)将BiocVersion添加到导入。修复了当测试库是否可以从搜索路径加载时R CMD检查的错误。BiocManager不导入BiocVersions，这是获取快照日期的正确BiocManager版本所必需的。

AnnotationHubData

1.15.0版的更改

修改

• 1.15.13添加了“BLOB”作为有效的源类型

• 1.15.7增加了“MTX”作为有效的源类型

• 1.15.6扩展文档，以澄清数据可以公开托管，而不是严格意义上的Bioconductor AWS

• 1.15.4增加了“XLS/XLSX”作为有效的源类型

内部错误修正

• 1.15.11更新了GencodeGFF食谱，以供未来使用(仍然会通过另一个更新来重新审视这个，以便在飞行中进行集成)

• 1.15.5删除错误/过时的有效性检查

• 1.15.1添加了needToRerunNonStandardOrgDb作为辅助函数，用于生成非标准的org dbs。1.15.3在aws桶不可达的情况下增加了try catch。

APAlyzer

0.99.2版本变更(2019-08-18)

• 修改格式以与Bioconductor编码风格一致。

• 添加单元测试

0.99.1版本变更(2019-07-14)

• 提交给Bioconductor

apeglm

1.8.0版的更改

• 引入Josh Zitovsky关于c++中快速beta二项式GLM拟合的工作。

aroma.light

3.15.1版本变更(2019-08-28)

错误修复

• 用于矩阵的Wpca()有一个“长度> 1在强制转换为逻辑”错误。

3.15.0版本变更(2019-05-02)

• Bioconductor devel版本的版本号被更改了，现在为R的BioC 3.10(>= 3.6.0)。

ASpediaFI

0.99.10版本变更(2019-10-25)

• 修正了量化RI和ALSS的问题

0.99.9版本变更(2019-10-22)

• 修正了量化单端读取的问题

0.99.8版本变更(2019-10-17)

• 做了额外的更改，以符合Bioconductor指南

0.99.7版本变更(2019-10-17)

• 进行了更改，以符合Bioconductor指南

0.99.6版本变更(2019-10-16)

• 将“1:”替换为“seq_len”。

0.99.5版本变更(2019-10-15)

• 实现了S4类而不是参考类。

0.99.4版本变更(2019-10-01)

• 修正小插图问题。

0.99.3版本变更(2019-10-01)

• 固定的包加载问题。

0.99.2版本变更(2019-10-01)

• 删除。rproj文件

0.99.1版本变更(2019-10-01)

• 新增新闻文件。

0.99.0版本变更(2019-10-01)

• 提交给Bioconductor。

AssessORF

1.3.1版本变更(2019-10-22)

• 6株新菌株化脓性葡萄球菌AP1、大肠杆菌BW25113、金黄色葡萄球菌HG001、乳酸乳杆菌MG1363、枯草芽孢杆菌NCIB 3610和单核增生葡萄球菌10403S的数据已添加到AssessORFData中

• 作为相应论文添加的引文文件现已发表

• 更新MapAssessmentData，使详细输出更清晰，信息更丰富# AssessORF 1.1

ATACseqQC

1.9.9版的更改

• export prepareBindingSitesList函数。—为footprintsScanner计数数据添加行名。

1.9.8版的更改

• 在bam文件中没有配对读取时为vPlot添加错误消息。

1.9.7版的更改

• 修复了gscore改变splitGAlignmentsByCut输出的错误。

1.9.6版的更改

• 尝试减少splitGAlignmentsByCut的内存消耗。

1.9.5版的更改

• 尝试减少splitGAlignmentsByCut的内存消耗。

1.9.4版的更改

• 如果splitGAlignmentsByCut没有足够的单核体读取，则添加错误句柄。

1.9.3版的更改

• 尝试减少splitGAlignmentsByCut的内存消耗。

1.9.2版的更改

• 修复bam文件包含补充对齐的错误。

1.9.1版的更改

• 修复了bam文件包含单端和成对端混合的错误。

AUCell

1.7版的变化

• 新增函数cbind()

自动调谐

1.0.1版本变更(2019-07-06)

• 通过zenodo添加了DOI引用代码。

1.0.0版本变更(2019-07-06)

• 介绍了AutoTuner的第一个正式版本。

0.99.9版本变更(2019-08-06)

• 添加修改以满足第二轮bioreview o固定mzDb数据对象的源路径o删除冗余的目录o删除不使用的冗余数据对象eicparamest .rds

0.99.8版本变更(2019-08-02)

• 将class ==替换为is()。o增加了对xcms依赖关系的修正。

0.99.7版本变更(2019-08-02)

• 引入变化作为生物导体审查过程的一部分。o小插图添加了作者信息。o增加包的安装说明。o删除提及mmetspData，以支持测试数据包mtbls2。o小插图增加了目录。o删除了vignette文件夹中未被使用的png。改变了小插图中TIC图返回的图像的尺寸。o从文档中删除“-”。o从data/ dir中删除了peak_table和peak_difference o添加了用于测试的eicParamsEsts对象的文档o将sapplys交换为vapplys o交换1:..to seq_len或seq_along o为Autotuner插槽添加并实现了访问器和setter函数o为访问器函数添加了单元测试。

AWFisher

0.99.2版本变更(2019-06-14)

• 提交给Bioconductor

bamsignals

1.17.3版的更改

• 描述更新

• 修正警告:bamsignals.cpp:521:9:警告:忽略函数声明的返回值与' warn_unused_result '属性[-Wunused-result] bamsignals.cpp:516:5:警告:忽略函数声明的返回值与' warn_unused_result '属性[-Wunused-result]

1.17.2版的更改

• 维护者邮箱地址更新

强盗

1.2.0版的更改

• 增加了精度参数的平均值和标准偏差估计

• 当只提供一组时，允许估计参数(不测试)

• 增加了一节小插图的推断只有一组

• 增加了参考土匪手稿

基础知识

1.7.20版本变更(2019-10-17)

• 碰撞版本号以触发新的构建。

1.7.19版本变更(2019-10-08)

• BASiCS_TestDE现在进行检查，以确保两个输入链都以Regression = FALSE或同时以Regression = TRUE运行。

• 删除重复的文本BASiCS_Chain的show方法。

1.7.18版本变更(2019-10-06)

• 重构HVG/LVG图代码ggplot2．当调用BASiCS_DetectHVG或BASiCS_DetectLVG，绘图现在存储在已命名元素的返回列表中情节．插图已经更新，以显示此功能的用法。

• 在所有单元测试中:使用expect_equal (foo, bar)而不是expect_true(所有。平等(foo, bar))．这样可以更好地打印(即，如果它不是真的，它会告诉你有多宽)

• 重命名一些函数以保持大小写一致。例如,BASiCS_showFit已弃用并重命名为BASiCS_ShowFit．

• 添加一个光滑的参数BASiCS_DiagPlot．

• BASiCS_TestDE现在明确要求在两个链中有相同数量的样本。以前，由于数组的尺寸不一致，它会失败。

• 添加一些内部实用函数。

• 删除exportPattern(" ^[^\Hidden] ")意味着函数必须使用roxygen标记显式导出。

1.7.17版本变更(2019-10-04)

• 微小的变化newBASiCS_Data避免错过colnames当添加colData

• 新的单元测试来验证这一点colnames都不会丢失

1.7.16版本变更(2019-10-04)

• 对命名空间的微小改变，以通过R CMD检查

1.7.15版本变更(2019-09-30)

• 开关从matrixStats依赖,矩阵因为它支持更通用的输入类(包括稀疏矩阵)

• newBASiCS_Data现在要求输入计数为a矩阵．

1.7.14版本变更(2019-09-27)

• 内部函数从matrixStats来矩阵为了支持更多的矩阵类(例如，dgCMatrix)．BASiCS_MCMC现在支持DelayedArray, dgEMatrix, dgCMatrix对象，可能还有更多。

1.7.13版本变更(2019-09-25)

• 更新了单元测试，以考虑新的默认选择min.mean参数食物:computeSumFactors

• 新的单元测试用于检查中的更改食物:computeSumFactors

1.7.12版本变更(2019-09-15)

• 修改维护者的邮箱地址

1.7.11版本变更(2019-09-15)

• 不确定性添加参数BASiCS_showFit．这使得回归趋势周围的不确定性度量成为可能。

• c++ MCMC采样器中参数的重新排序(不影响输出)

• 避免NumericMatrix/Vector和arma::之间不必要的转换

• 删除isSpike使用在BASiCS_Sim文档

• 删除isSpike从小插图打电话过来

• 的文档中添加缺失的参数BASiCS_CorrectOffset

1.7.10版的更改

• 元数据(数据)SpikeInput美元现在要求是adata.frame．这允许我们在用户手动修改现有输入时验证插入输入的正确顺序SingleCellExperiment对象。

• 中的其他更改newBASiCS_Data，HiddenBASiCS_MCMC_InputCheck，HiddenChecksBASiCS_Data为了避免错误。

• HiddenBASiCS_MCMC_Start，HiddenBASiCS_MCMC_GlobalParams，BASiCS_DenoisedCounts而且BASiCS_DenoisedRates修改为替换isSpike通过altExp

• 一些单元测试相应地进行了调整

1.7.9版本变更(2019-09-05)

• newBASiCS_Data，HiddenBASiCS_MCMC_InputCheck，HiddenChecksBASiCS_Data而且BASiCS_MCMC修改为替换isSpike通过altExp

• 在制品单元测试未通过

1.7.8版本变更(2019-08-20)

• min.mean参数暴露在BASiCS_CorrectOffset而且BASiCS_TestDE

1.7.7版本变更(2019-08-20)

• 初步版本BASiCS_CorrectOffset已添加。这包括一个剔除低表达基因的偏移计算的削减选项。这类似于在' scran:::.rescale_clusters中实现的内容

1.7.6版本变更(2019-08-19)

• 内偏移校正BASiCS_TestDE修改为使用rowMedians而不是rowSums2．这使得它对异常基因更加健壮。

• 单元测试相应地更新。

1.7.5版本变更(2019-07-30)

• 返回X的原始更新(修复后烧灼)

1.7.4版本变更(2019-07-30)

• 显示方法回归对象现在正确显示单元格的数量。

• HiddenBASiCS_MCMCcppReg而且HiddenBASiCS_MCMCcppRegNoSpikes(c++代码)修改为更新整个MCMC的设计矩阵(GRBF位置在老化期结束后保持固定)

• 单元测试相应地更新。

1.7.3版本变更(2019-07-29)

• 小错别字已修复BASiCS_MCMC．

1.7.2版本变更(2019-07-28)

• 特定的最小容差阈值(例如mu更新的1e-3)被全局参数(例如;mintol_mu)．可选参数;仅供内部使用。包含在HiddenBASiCS_MCMC_ExtraArgs．

• 一般清理清除冗余代码BASiCS_MCMC

• HiddenBASiCS_MCMC_GlobalParams创建是为了便于上面的清理

1.7.1版本变更(2019-07-27)

• is_true弃用的testthat．已更新以使用的单元测试expect_true

后面;

1.2.0版的更改

• 弃用旋转。All =赞成get.all。基因= multiBatchPCA()。

• 切换BSPARAM=在fastMNN()中默认使用IrlbaParam(deferred=TRUE)，因此默认行为实际上是快速的。

• 弃用的汽车。或der= in favor of merge.order= and auto.merge= in fastMNN() and mnnCorrect(). Automatic merging now detects potential tree-based merges. Merge trees can also be specified as input.

• 增加了correctExperiments()函数，将原始测试与合并值一起绑定。

• 添加子集。row=参数到cosineNorm()进行就地子集。

• 增加batch=和保存。single= multiBatchNorm()的参数。子集的标准化行为。Row =通过添加规范化。所有=参数。

• 增加了regressBatches()函数，用于通过标准线性回归进行校正。

• 增加了道具。在所有mnn相关函数中使用k=参数，以允许k的值不对称地适应每个批处理的大小。

bcSeq

1.7.1版的更改

• 使用数组回结构为库加快映射过程

• 根据机器的配置，对中速度可能会加快

• 到3倍。

BEclear

2.1.4版本变更(2019-05-17)

• 微小的变化

2.1.3版本变更(2019-05-13)

• 关于calcSummary和calcScore函数的性能改进

2.1.2版本变更(2019-05-10)

• 箱线图功能中的y轴新特性现在可以被记录

2.1.1版本变更(2019-05-09)

• 新特性o实现异常值检测

BiocNeighbors

1.4.0版本的更改

• 允许内存高效检索到最远邻居的距离。

• 增加了一个警告。关系= argument to turn off tie-related warnings in the KMKNN and VP tree algorithms.

• 返回rangeFind中的邻居计数()和rangeQuery()函数在get。指数=FALSE and get.distance=FALSE.

BioCor

1.10.1版的更改

• 增加了一个pkgdown网站

1.8.1版的更改

• 导出逆列表函数

• 改进的拼写

• 修正了长度大于1的逻辑强制相关的错误。

BiocParallel

1.20版的更改

错误修复

• (v 1.19.2)当调用bplapply()时状态不持续时，提高MulticoreParam()的效率。

BiocSingular

1.2.0版的更改

• 增加了ResidualMatrix类，用于有效地计算残差PCA。

• 修正了runIrlba()以避免在可用pc数量限制时出现错误。

• 增加了FastAutoParam类，根据矩阵表示自动选择快速SVD。

• 增加了bsparam()函数来快速设置或获取全局默认算法选择。

biomaRt

2.42.0版的更改

新功能

• 查询结果现在将被缓存，如果检测到重复查询，结果将从磁盘加载。

微小的变化

• 除非显式提供host参数，否则Ensembl用户将被重定向到最近的镜像。在这种情况下，定义的值将被强制执行。

• 未使用的参数' ssl。verifypeer `从listMarts()和useMarts()中删除。

• RCurl从包依赖中移除。

错误修复

• 改进了当使用http和https时选择正确的端口

• 现在成功返回包含未转义的新行字符的结果。

BioMM

1.1.10版本变更

• 更新教程:添加圆形情节

1.1.9版的更改

• 更新教程:更新两个并行计算的描述;添加cirplot4path()示例;种子说

• 更新plotRankedFeature()。

1.1.8版的更改

• 更新的教程:修复了' param1 '到' param2 '的错别字

• 添加了一个新函数cirPlot4pathway()

1.1.7版的更改

• 更新教程

1.1.6版的更改

• 改进的plotareexplained()和plotRankedFeature()

• 重命名R函数getDataAfterFS, BioMMreconData, BioMMstage1pca

• 更新的安装方法(包括来自Github的R 3.5)

• 更新的教程，以适应从Github安装的并行包的使用

1.1.5版的更改

• 更新BioMM ();“dataMode”补充道。

• 修复getMetrics()中的roc()

1.1.4版的更改

• 删除了使用omcis2chrlist()的示例

• 更新了omics2pathlist()

1.1.3版的更改

• 为getMetrics()添加所需的包pROC

• 更新命名空间和Rd文件。

1.1.2版的更改

• 在教程中添加了pROC库。

1.1.1版的更改

• 更新函数getMetrics()， plotareexplained()和plotRankedFeature();注重基于路径的结果报告。

• BioMMtutorial更新。限制型心肌病

1.1.0版的更改

• 去除基于基因和染色体的分层方法。

• 更新了基于过滤getDataAfterFS()的特征选择方法。

• 更新了BioMM()函数，专注于基于路径的机器学习。

• BioMMtutorial更新。限制型心肌病

BioQC

1.13.1版的更改

• 操作GmtList对象的函数得到了相当大的扩展

• 所有文档和名称空间现在都由roxygen2管理

• readGmt默认从GMT文件中读取唯一基因

biosigner

1.13.20版本的更改

错误修复

• 情节。biosignMultiDataSet校正，以包括在.pdf文件中的所有绘图

1.13.18版本的更改

次要的修改

• 情节上的小改动。biosignMultiDataSet文档

1.13.16版本的更改

次要的修改

• 对biosignMultiDataSet类文档的微小修正

1.13.14版本的更改

次要的修改

• 对biosignMultiDataSet类文档的微小修正

1.13.12版本的更改

内部修改

• 微小的内部修改

1.13.10版的更改

内部修改

• 微小的内部修改

1.13.8版本的更改

新功能

• 忽略了对warnings()的最终调用

1.13.6版的更改

新功能

• seedI参数现在可用(默认设置为123)

• 生物信号现在可以应用于MultiDataSet对象(getMset方法获取更新后的MultiDataSet)

1.13.4版的更改

次要的修改

• 微小的内部修改

1.13.2版的更改

新功能

• 信息。txtC和fig.pdfC参数值NULL和NA分别替换为' none '和' interactive '

blacksheepr

0.99.13版本变更(2019-10-11)

• 最后清理代码

• 添加标准化辅助函数

0.99.9版本变更(2019-09-30)

• 主要重写功能outlier_analysis和减少冗余代码

• 修正了审稿人的建议o改变了分配器符号o重命名小插图o改变了getwd() -> tempdir()

0.99.7版本变更(2019-09-10)

• 提交给Bioconductor

• 修正了审稿人的建议-摆脱了懒散的数据加载在描述正确格式化的新闻对象

breakpointR

1.2.1版的更改

• 增加了新的基于二项概率的基因分型方法，参见参数genoT = ' fisher '或' binom ';默认值:“雪”

brendaDb

0.99.21版本变更(2019-10-17)

• 修复:BiocycPathwayGenes现在处理寻找多个ensemble id

0.99.20版本变更(2019-08-16)

• 功能:从brenda中提取字段信息的功能。条目对象

• 特点:DownloadBrenda现在利用BiocFileCache

• 性能:ReadBrenda现在快了50%

0.99.10版本变更(2019-08-12)

• 文档:更新了小插图，自述和软件包帮助页面

• 文档:增加了数据文件首字母缩写的文档。RData

0.99.0版本变更(2019-07-22)

• 提交给Bioconductor

BUSpaRse

0.99.25版本变更(2019-09-11)

• 增加了指示get_velocity_files何时提取外显子-外显子连接的消息。—将“get_velocity_files”中的“separate”恢复为默认的isoform_action。

0.99.24版本变更(2019-09-06)

• 当从文件中排序tr2g时，现在文件必须按照bustools要求的方式格式化。

0.99.23版本变更(2019-09-06)

• 前两个版本的颠簸没有伴随变化;它们被用来触发生物导体上的重建。-增加了在外显子-外显子交界处使用L-1 (L为读取长度)碱基的功能，以更好地区分剪接和未剪接的转录本，以判断RNA速度。-修复了get_velocity_file的严重问题，该问题将长度在L-1和2(L-1)之间的外显子的读取映射计算为未拼接的转录本。这是通过重新实现获得侧面内含子范围的方法来完成的。-修改默认的isoform_action为“collapse”。-确保tr2g中的所有转录本。来自get_velocity_files的TSV在转录组中。

0.99.20版本变更(2019-08-26)

• 处理Bioconductor审查。

0.99.19版本变更(2019-07-23)

• 完成get_velocity_files生成kallisto | bustools RNA速度所需的文件。

0.99.0版本变更(2019-06-21)

• 提交包给Bioconductor进行审核

CAGEfightR

1.5.3版的更改

• 增加对BMC生物信息学论文的引用。

1.5版的更改

• 增加了用于集群空间分析的新函数:findLinks查找附近的集群对(例如tss和增强子)并计算它们之间表达式的相关性。findextends查找基因组中彼此之间在一定距离内的簇(例如增强子组形成一个超级增强子)，并计算成员之间的平均成对相关性。

• 改变了聚类的工作方式:CAGEfightR使用coverage()来计算全基因组信号，现在将结果信号舍入为一定数量的数字(这可以通过CAGEfightR修改。整数选项)，以防止由于浮点错误而导致的小正或负值。这使得聚类更加稳定，这意味着tuneTagClustering函数现在已弃用。这也会提高大多数函数的速度。

• CAGEfightR现在使用GPos而不是grange来存储CTSSs，这应该会提高内存性能。

• 对clusterBidirectionality的几个更改:平衡现在也使用中点计算(防止一些罕见的情况下，中点可能掩盖一个高表达的CTSS)，池化CTSS信号现在对双向性进行预过滤，以提高速度，并且可以提供自定义平衡函数(包括Bhattacharyya系数和Andersson 's D)。

• 增加了新的检查函数，使它更容易检查对象是否格式化正确

篮球选手

1.28.0版本的更改

向后不兼容的更改

• CTSS对象现在基于UnstitchedGPos类而不是父GPos类。现有的CAGEexp对象可能在包升级后报错。

新功能

• 依赖于multiassayexperiment而不是以前导入它。不再需要手动加载(也不需要SummaryExperiment)。

错误修复

• 在.remove.added中正确的链。G私有函数(PR#26)。

平静

0.99.0版本变更(2019-07-18)

• 提交给Bioconductor

相机

1.41.1版的更改

新功能

• 允许findadducds替换间隔(感谢Sunil Dhakad)

癌症

1.19.05版的更改

• 移动小插图到inst/doc

1.19.04版的更改

• 省略gselam依赖项

• 在gsealm中包含从gsealm到canceR包的使用功能。R文件。

1.19.03版的更改

• 压缩RData文件到RDS，并将它们从/data移动到/extdata/ RData

• 更新运行示例

1.19.02版的更改

• 删除/ extdata / gct_cls

• 不导入grDevices::quartz

• 在测试函数中添加空行

1.19.01版的更改

• 删除/data中的.txt文件。

• 导入grDevices包

• 调整vignetteEngine包

红衣主教

2.3.18版本变更(2019-10-27)

用户可见的重大更改

• ' crossValidate() '中的处理现在允许通过对训练集的平均谱执行峰值拾取来处理未处理的数据

错误修复

• 修复了高峰处理期间用户消息中的一些错误

2.3.17版本变更(2019-10-25)

用户可见的重大更改

• 默认的“peakBin()”参数“类型”现在是“区域”

• 在' peakBin() '中，峰值边界现在应该更准确地计算，并且总体速度提高

• 在' peakAlign() '中，峰值中心现在以加权平均质量计算，而不是最高点

2.3.16版本变更(2019-10-14)

新功能

• 新类' ImagingSummary '与子类，包括' SparseImagingSummary '和' MSImagingSummary '与适当的' plot() '和' image() '方法

用户可见的重大更改

• ' SparseImagingExperiment '的' summary() '方法现在返回一个' SparseImagingSummary '，通过返回一个类似类的对象来更密切地反映“整洁”的数据原则;前面的行为可以通过指定' .as= " DataFrame " '来重现

2.3.15版本变更(2019-10-13)

新功能

• 对于需要“分辨率”或“容忍度”的方法，默认参数已被更新，以根据数据自动猜测

2.3.14版本的更改

新功能

• 添加spectraData()作为' MSImagingExperiment '子类的' imageData() '的别名

• 形式化' mzData() '和' intensityData() '的' MSProcessedImagingExperiment '的getter和setter

• 添加' peaks() '和' peakData() '方法，用于提取峰值矩阵和/或峰值信息

• 添加' isCentroided() '方法来猜测光谱是否中心化(不使用@centroided槽)

用户可见的重大更改

• 允许' NA '为' MSImagingExperiment '的@中心化槽

• ' mzBin() '方法现在设置中心化= NA

• 用默认参数更新' mzFilter() '，以便' thresh. sh 'max = NA '和new arg ' rm。0 = TRUE '

• 记录更多预处理信息(例如，方法名)

2.3.13版本的更改

错误修复

• 尝试使用' parent.frame(1) '而不是' parent.frame(2) '来修复在maggritr管道的LHS中使用的NSE方法

• 修复了' iData()<- '缺少参数' i '的奇怪错误

2.3.12版本的更改

用户可见的重大更改

• 将默认的' peakPick() '方法更改为' mad '

• 在' peakPick() '方法' mad '中，将默认块数更改为1(没有自适应平滑)

• 在' peakPick() '方法' mad '中，更新w/ new参数w/ new默认值' fun=median '和' tform=diff '

错误修复

• 在' peakPick() '方法' simple '和' adaptive '中，如果峰度无法估计，则警告并尝试恢复

• 在' normalize() '方法' reference '中，如果像素的参考值为0，则提供警告

2.3.11版本的更改

用户可见的重大更改

• 提高' spatialFastmap() '的速度

• 提高' spatialkencentroids() '的速度

• ' spatialFastmap() '的新不相似度指标，包括新的默认指标= ' average '

错误修复

• 修复了' print() '中lims=NULL的facet绘图的错误

2.3.10版本的更改

用户可见的重大更改

• 通过将概率的空间过滤移动到C代码，提高了' spatialDGMM() '中的速度，高达10倍

• ' spatialDGMM() '中的Linesearch现在使用' optimize() '而不是' optim() ' -结果可能略有不同

2.3.9版的更改

新功能

• 增加了' Cardinal.history() '和' Cardinal.version() '

用户可见的重大更改

• 删除了未充分使用的setter泛型函数定义

错误修复

• 清理泛型以反映ProtGenerics >= 1.17.2

2.3.8版的更改

新功能

• 为' XDataFrame '的' plot() '方法添加箱线图、直方图和柱状图功能

• 为' AnnotatedImageList '添加' plot() '绘图

• 增加了' SpatialDGMM '， ' MeansTest '和' SegmentationTest '结果类的' plot() '方法

• 为“MeansTest”结果类增加了“image()”方法

用户可见的重大更改

• 更新“SpatialDGMM”、“MeansTest”和“SegmentationTest”结果类的“plot()”和“image()”方法

错误修复

• 修复了物体打印和自动布局中的各种错误

2.3.7版的更改

新功能

• 为“AnnotatedImageList”添加了“image()”绘图

错误修复

• 用' add=TRUE '绘制现在尊重' par(' usr ') '坐标

2.3.6版的更改

新功能

• 添加' AnnotatedImageList '类为' AnnotatedImage '对象列表

• 添加' AnnotatedImagingExperiment '类，用于包含光学成像实验的数据(例如，显微镜实验)

• 为' AnnotatedImagingExperiment '添加' image() '绘图

用户可见的重大更改

• 重定义' SparseImagingExperiment '的' @featureData '插槽为' DataFrame '而不是' XDataFrame '

错误修复

• 尊重' layout '和' byrow '通过…参数传递给' print() '方法

2.3.5版的更改

用户可见的重大更改

• 移动一些S4方法定义从' ImagingExperiment '到' SparseImagingExperiment '，以便前者可以更灵活地适应更广泛的成像模式

错误修复

• 在绘图函数中，将更多…args传递给' par() '

2.3.4版的更改

新功能

• 为光学图像添加' AnnotatedImage '类

2.3.3版的更改

用户可见的重大更改

• 改进了' add=TRUE '时的面绘制

错误修复

• “cex更好。Axis颜色键的默认值和用户设置

2.3.2版的更改

用户可见的重大更改

• 改进了3D和非网格数据的“writeMSIData()”

2.3.1版的更改

新功能

• 在使用' process() '处理时直接输出到imzML

用户可见的重大更改

• 改进的自动布局可视化与多次运行

• 添加的解析。选项“readImzML()”仅用于解析

2.2.4版的更改

错误修复

• 修复' writeImzML '中较大的外部数组偏移量

2.2.3版的更改

错误修复

• 清理了一些' writeImzML '映射有效性问题

2.2.2版的更改

错误修复

• 删除了写imzML时UUID周围的花括号

2.2.1版的更改

错误修复

• 修正了在绘制结果时，' column '参数会在' col '参数之前匹配的错误

cbaf

1.8.0版本变更(2019-10-28)

新功能

• 优化使得obtainOneStudy()和obtainMultipleStudies()函数工作得更快。

• 如果输入的癌症有损坏的数据或缺乏所请求的数据类型，obtainMultipleStudies()不会返回错误。结果中自动省略了这项研究，它的名字印在控制台上。

• AvailableData()函数现在工作得更准确了，但不幸的是，它通常更慢:由于cgdsr使用的术语不一致，AvailableData()必须在两个不同的级别检查数据的可用性。

ccfindR

1.5.0版的更改

变化

• 修改默认meta_gene。简历(…,cv.max =正)

• 添加assignCelltype(…)

1.4.1版的更改

变化

• 为发布的文章添加了URL。

• 修订optimal_rank(…)，以便使用贝叶斯因子准则。

• 固定filter_genes(…)的情况下与非表达基因

celda

1.1.6版本变更(2019-07-16)

• 增加多类决策树

1.1.4版本变更(2019-05-28)

• 为plotDimReduceFeature添加替代标题支持

1.1.3版本变更(2019-05-14)

• 添加多类决策树(MCDT)单元簇注释

1.1.2版本变更(2019-05-14)

• 修复了celdaHeatmap中的一个bug

1.1.1版本变更(2019-05-09)

• 默认种子设置，以保持再现性

CellBench

1.1.3版的更改

错误修复

• 数据加载函数现在出现在包索引和文档中

1.1.2版的更改

错误修复

• 更新make_combination以配合tidyr 1.0.0

修改

• 更新了WritingWrappers小插图。-增加了一个案例研究预编译小插图。

1.1.1版的更改

新功能

• 增加了any_task_errors()函数来检查基准测试中是否有任务失败。

CellMixS

1.1.3版的更改

• 添加熵和加权isi函数

• 添加evalIntegration函数

• 取代metric_prefix从绘制函数度规参数。

冠军

2.15.1版的更改

• 在champ.SVD()函数中添加了scree plot。

芝加哥

版本:1.13类别:默认值现在根据.npb文件头进行更新，而不是仅仅检查它们是否与之一致文本:

类别:当使用芝加哥与四切酶，确保你减少minFragLen参数。然而，这现在只能在生成设计文件时完成，而不是在R包本身的文本中:

chipenrich

2.10.0版本的更改

新功能

• 一个新的测试，proxReg()，测试基因组区域绑定接近基因转录起始位点或基因集中的增强子区域。用作任何基因集富集测试的附录，不专属于本包中的基因集富集测试。

改进

• Poly-Enrich现在使用似然比检验而不是Wald检验，因为当使用负二项GLM时，LRT更稳健。

错误修复

• 多元充实近似方法，使用分数测试现在使用正确的公式。

ChIPpeakAnno

3.19.5版的更改

• 修复了finoverlapsofpeaks将连接同一峰值列表中的峰值的问题。

3.19.4版的更改

• 为xget添加最后一个选择。

3.19.3版的更改

• 修复addMetadata的colnames。

3.19.2版的更改

• 修复seqlevelsStyle(peak) == seqlevelsStyle(annotation)不全为TRUE的问题

3.19.1版的更改

• 删除RangedData

ChIPseeker

1.21.1版的更改

• upsetplot的新实现(2019-08-29,Thu) -对csAnno对象使用ggupset、ggimage和ggplotify -子集方法(2019-08-27,Tue)

chromstaR

1.11.1版的更改

修正

• 修复了在单变量hmm中导出空峰值时的错误。

circRNAprofiler

0.1.1版本变更(2019-05-30)

• 第一个releaase

cleanUpdTSeq

1.23.1版的更改

• 更新引用。

clusterExperiment

2.5.7版的更改

错误:

• 修复子示例循环中c++代码中的逻辑优先级错误

2.5.3版的更改

变化

• 如果数据类型为" X "则在子采样中将" kmeans "设为默认值

• 为大多数函数默认设置checkDiss=FALSE(当用户定义距离函数时例外)

• 在强制计算nxn距离矩阵时添加警告

• 改进质心的通用分类(由“pam”使用)，这样就不会计算不必要的距离。

• 增加mbkmeans作为内置集群功能

错误

• 删除内置集群函数“kmeans”中的bug，以免产生不必要的nxn距离矩阵。

CNVRanger

1.2.0版的更改

• 新功能plotRecurrentRegions，以显示重复出现的CNV区域的景观

• 新功能plotEQTL探索CNV邻近区域基因的差异表达

• 重做小插图-专用部分的适用性和范围，-关键功能的概述，-扩展输入数据格式的描述，

  • 可视化和专用的Gviz图来说明关键概念

可乐

1.1.2版的更改

• 改善文件

1.1.1版的更改

• 添加GO_enrichment ()而且map_to_entrez_id ()．

• 添加ncol ()/nrow ()/colnames ()/rownames ()/昏暗的()辅助功能。

• 使用eulerr:欧拉()来画欧拉图。

• 简化了决定最佳k的规则

ComplexHeatmap

2.1.1版的更改

• 热图():当热图名称为空字符串时，返回错误。

• anno_mark ():文本位置现在正确计算旋转。

• 图例标签的顺序由任意一个来排序排序或水平．

2.1.0版的更改

• 检查集群对象和矩阵行/列的长度

• anno_oncoprint_barplot ():添加ylimargumnet

• anno_mark ():添加labels_rot论点

• draw_legend ():合并同名注释的图例

• densityHeatmap ()：ylim按预期工作。

• 添加cluster_row_slices而且cluster_column_slices来画,HeatmapList-method ()

• densityHeatmap ()：上校可以设为函数吗

• 添加cluster_rows/cluster_columns在oncoPrint ()

• 图例标签支持符号

• 热图():添加抖动参数向原始矩阵添加微小的随机移位。主要解决树状图中相同的行/列太多时会出现“Error:节点堆栈溢出”的问题。

consensusDE

1.3.4版本变更(2019-09-16)

• multi_de_pairs的Table_means函数更新为n=1感知

• 当少于两个生物重复时添加警告

1.3.3版本变更(2019-06-27)

• multi_de_pairs中的norm_method参数只允许EDASeq归一化

1.3.2版本变更(2019-06-21)

• 为注释生成字符输出

• 移除RUVr的先前正常化

1.3.1版本变更(2019-06-18)

• 修复buildsummary检测最小配对数的错误

• 修复buildsummarhtseq中行名乱序的问题

• 为technical_reps添加buildsummarest参数

• Technical_reps合并来自技术复制的读取

• 将合并列名称从p_max修改为p_intersect

• 将合并结果的LogFC更改为所有方法的平均值(LogFC)

• 更改合并结果的AveExpr为所有方法的平均值(AveExpr)

• 添加合并列名称p_union (Union)

• 添加合并列名LogFC_sd (FC的标准差)

• 更新绘图函数，为LogFC_sd添加权重

• 将每个类别的编号添加到图例中

• 为DESeq2的所有p值排名的可比性禁用cooksCutoff

• 添加选项gtf_annotate multi_de_pairs用于注释来自GTF的基因符号，并与tx_db结合

• 更新装饰图案

• 版本1.3.0以上是BioC 3.9

consensusOV

1.8.0版的更改

• 新功能get.hao.subtypes根据Hao et al.， clinin Cancer Res, 2017，预测卵巢肿瘤的起源组织为输卵管(FT)或卵巢表面上皮(OSE)

CRISPRseek

1.25.6版的更改

• 新增参数ignore。表示基因注释是否应该是特定于链的

1.25.5版的更改

• 效能只计算在目标上

1.25.4版的更改

• 注释现在是特定于字符串的

1.25.1版的更改

新功能

• 添加配对。或ientation parameteter

CrossICC

0.99.27版本变更(2019-10-22)

• 在测试中使用tempdir()，以避免使用bioconductor构建机的home dir

0.99.26版本变更(2019-09-23)

• 在示例和小插图中使用tempdir()来防止污染Bioc和用户的机器

0.99.24版本变更(2019-09-23)

• 更新源代码以增强健壮性

0.99.23版本变更(2019-09-14)

• 在函数predictor()中添加对summarizeexperiment类型的支持

• 修复main函数输出目录问题

• 删除一些未使用的函数

0.99.22版本变更(2019-09-06)

• 通过删除惰性加载修复bug

0.99.21版本变更(2019-09-06)

• 为主函数增加了覆盖函数

• 优化包建议检查

0.99.20版本变更(2019-07-30)

• 修复完整案例的predictor()错误

0.99.19版本变更(2019-07-29)

• 修正了计算新矩阵质心时m.f.s的错误

0.99.18版本变更(2019-07-29)

• 添加一个使用kmeans()进行超集群的选项

0.99.17版本变更(2019-07-29)

• 添加一个参数，允许保持行不变

• centroid2exp()的列表不应按方差进行筛选

0.99.16版本变更(2019-07-29)

• CrossICC现在需要R版本>= 3.5

• 更新ssGSEA函数

0.99.15版本变更(2019-07-28)

• CrossICC现在需要R版本>= 3.6

• 修复命名空间错误

0.99.14版本变更(2019-07-28)

• 更新小插图和手册页

0.99.13版本变更(2019-07-28)

• 更新小插图和手册页

0.99.12版本变更(2019-07-28)

• 修复ssGSEA()错误

• 删除外部闪亮调用函数

• CrossICC()可以将工作目录重置为前一个目录

0.99.11版本变更(2019-07-28)

• 添加桑基情节闪亮的应用程序

• 优化主函数

0.99.10版本变更(2019-07-27)

• 更新ssGSEA手册页

0.99.9版本变更(2019-07-27)

• 将ssGSEA示例标记为donttest

0.99.8版本变更(2019-07-27)

• 函数CrossICCInput()的更新帮助页面:示例应该包含文件名模式

0.99.7版本变更(2019-07-26)

• 更新手册页

0.99.6版本变更(2019-07-26)

• 使用重新加载的MergeMaid代码中的所有函数

• 测试导出函数中的所有示例

0.99.5版本变更(2019-07-26)

• 关闭默认闪亮来电

0.99.4版本变更(2019-07-26)

• 更新一些手册页

0.99.3版本变更(2019-07-26)

• 更新大多数函数的示例

• 移除ConcensusClusterPlus函数的随机种子

0.99.2版本变更(2019-07-25)

• 修复了Rd文件中的一些错误

0.99.1版本变更(2019-07-25)

• CrossICC默认不使用闪亮的应用程序

• 添加桑基图

• 删除一些默认依赖项(只在使用shiny时需要)

• 修复了一些检查错误和警告

0.1.1版本变更(2019-06-25)

• 更新函数的小插图和一些手册页

0.1.0版本变更(2019-06-25)

• CrossICC的第一个版本

• 提交给Bioconductor

csaw

1.20.0版的更改

• 删除了normOffsets()， readParam()， scaledAverage()中已弃用的功能。

• 增加了mergeResults()， overlapResults()包装器函数，以简化获得区域级结果。

• 增加了mergeWindowsList()， finoverlapslist()函数，用于从多个分析中整合窗口。弃用consolidateWindows()。

• 增加了mergeResultsList()、overlapResultsList()包装器函数，以获得合并的区域级结果。已弃用consolidateTests()， consolidateOverlaps()。

• 在mergeWindows()中重命名regions= to ranges=以保持一致性。

• 增加了clusterWindowsList()替换consolidatecluster()。

• 新增了filterWindowsGlobal()， filterWindowsLocal()， filterWindowsProportion()和filterWindowsControl()。弃用filterWindows()。

• scaleControlInfo()参数的轻微重命名，增加了化验。数据=和化验。=参数。

cTRAP

1.4版的更改

新功能

• 预测靶向药物(predictTargetingDrug()):-基于来自NCI60、CTRP和GDSC数据的表达和药敏关联(见loadexpressiondrug - sensiityassociation()) -比较用户提供的差异表达谱与基因表达和药敏关联，以预测靶向药物及其靶向基因-化合物根据其相对靶向潜力进行排序-使用plottargetingdrugsvssimilar摄动()对排序化合物扰动进行Plot候选靶向药物，突出针对具有相似差异基因表达谱的细胞选择性选择的化合物-分析药物集富集(performDSEA()):-使用prepareDrugSets()根据含有化合物标识符和各自的2D和3D分子描述符的表准备药物集-根据rankSimilarPerturbations()(根据化合物扰动进行排序)和predictTargetingDrugs()的结果测试药物集富集-使用convertensembltogenessymbols()将ENSEMBL标识符转换为基因符号

重大变化

• 更新教程和函数文档-删除大部分L1000实例，包括函数名:- getl1000摄扰类型()-> getcmap摄扰类型()- getL1000conditions() -> getCMapConditions() - downloadL1000data() -> loadCMapData() - filterL1000metadata() -> filterCMapMetadata() - loadl1000摄扰()-> preparecmap摄扰()- compareAgainstL1000() -> ranksimilar摄扰()- plotL1000comparison() -> plot() -改进ENCODE样本的加载(loadencodessamples ()):-将函数从downloadENCODEsamples()重命名为loadENCODEsamples() -使用loadENCODEsamples()加载关于多个细胞系和实验目标的ENCODE样本-改进CMap数据和元数据检索:-默认情况下，当使用getcmap摄动类型()时不返回控制摄动类型(除非使用参数control = TRUE) -使用parseCMapID()解析CMap标识符-使用loadCMapData()加载CMap的复合元数据-如果没有找到差分表达式，要求下载CMap摄动z-scores文件(避免未经用户同意下载一个巨大的文件)-改进CMap摄动的准备(preparecmap摄动()):-当使用文件路径作为preparecmap摄动()的参数时，允许直接从文件中加载CMap元数据-通过按需从CMap摄动中加载z-scores块显着减少使用cTRAP所需的内存(预计时间性能略有下降)除非preparecmap摄动()运行时带参数loadZscores = TRUE -在运行preparecmap摄动()后显示加载的摄动的摘要-改进类似摄动的排序(ranksimilar摄动()):-重新设计的输出:长(而不是宽)表-默认情况下，如果有多个可用的细胞系，则计算跨细胞系的平均值;禁用if参数cellLineMean = FALSE -当计算平均值时，允许对(或不)单个细胞系扰动(参数rankindividualcellline微扰)进行排序-如果需要，允许执行多个比较方法(通过方法参数提供支持方法的向量)-计算秩乘积的秩来评估多个方法的秩-基于秩乘积的秩(或执行的唯一比较方法的秩)排序结果，-在元数据中包含跨细胞系的计算平均值的信息-包括运行时间作为属性-改进similar摄动对象的元数据显示，在运行ranksimilar摄动()后获得:-通过调用带有类似摄动对象和特定摄动标识符的print()来显示与给定摄动相关的进一步元数据信息(包括复合数据，如果可用)-当调用带有类似摄动对象的as.table()时显示带有元数据(和复合信息，如果可用)的完整表-改进绘图(plot()):-通过调用Plot()与运行ranksimilar扰动()或predictTargetingDrugs()后获得的结果对所有比较数据进行绘图比较结果; non-ranked compared data can also be plotted with argument plotNonRankedPerturbations = TRUE - Render scatter and Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) plots between differential expression results and a single perturbation by calling plot() with a perturbationChanges object (if an identifier regarding the summary of multiple perturbations scores across cell lines is given, the plots are coloured by cell line) - When displaying GSEA plots, plot results for most up- and down-regulated user-provided differentially expressed genes (by default) - Improve GSEA plot style, including rug plot in enrichment score plot (replacing the gene hit plot)

Bug修复和小改动

• CMap元数据的微小改进:—改进getCMapConditions()返回的列表，包括剂量和时间点的排序—正确地将CMap元数据中的-666实例设置为缺失值，并修复元数据的特定问题(例如剂量显示为300 ng|300 ng)—在复合元数据中，修复缺失值显示为文字“NA”值—CMap扰动的微小改进:—修复当将扰动更改对象的子集设置为只有一行时的错误
• 改进设置微扰更改对象时的性能-对ranksimilar摄动()的小改进:-根据扰动的类型(基因，-当与多个细胞系相关时提高性能-删除cellLine参数(请使用上游函数如filterCMapMetadata()过滤条件)-修复第一列标识符的不正确标签-报告运行时间和使用的设置-对忽略其细胞系的微扰进行比较(更快的运行时间)-修复试图计算没有交叉条件可用的细胞系的平均值时的错误-清楚状态时用户输入数据集之间没有交叉基因被发现和提出数据——小改进情节():——提高渲染性能GSEA情节——修复不成比例的顶部和底部之间的高度浓缩得分板GSEA情节——演示数据集更新:更新cmapPerturbationsCompounds和cmapPerturbationsKD数据集根据最新的内部变化和修复各自代码的文档——包括许可证和版权文本cmapR代码

dagLogo

1.23.5版的更改

• 为prepareProteomeByFTP添加dontrun以防网络连接问题。

1.23.4版的更改

• 当getSequence类型不正确时返回错误。

1.23.3版的更改

• 更新文档。

1.23.1版的更改

• 添加函数prepareProteomeByFTP

• 修复addScheme中的bug

debCAM

1.3.3版本变更(2019-10-28)

• 将包名从CAMTHC更改为debCAM

1.1.1版本变更(2018-12-28)

• 添加reselectMG()来帮助从所有探测中选择标记

• 添加redoASest()来重新估计A和S矩阵，并可选地应用ALS

• 添加快速。sffsHull()函数贪心搜索的选择选项

• 添加示例。为CAM()， CAMPrep()和CAMPrepObj类添加SW选项

• 添加generalNMF选项，没有和到一的约束

• 修复由NMF::.fcnnls()引起的错误，并导入更健壮的函数nnls::nnls()

• 修正尺寸为2时空间中位数的错误

• 减少k表示输入数据有太多数据点时的重复次数

• 增强单纯形图

debrowser

1.12.2版的更改

• 条形图名称修正

德科

1.0.1版的更改

• Release 3.9 Bioconductor

• 小插图的变化。

decompTumor2Sig

2.1.0版本变更(2019-08-18)

• 修改readAlexandrovSignatures以读取COSMIC突变签名版本3使用的文件格式(2019年5月;仅限单碱基替换/SBS签名)

deepSNV

1.99.3版本变更(2013-07-25)

更新

• 对海鸥小插图做了一些改动

• 重命名参数pi。基因和π。makprior()中的backgr

修正

• 修正了当没有变量被调用时bf2Vcf()的错误

1.99.2版本变更(2013-07-11)

更新

• 更新的引用

• bam2R增加了verbose选项以抑制输出

• loadAllData()的值的模式()更改为“整型”

修正

• 修复了当bf2Vcf()中只调用一个变量时的错误

1.99.1版本变更(2013-06-25)

更新

• 使用针织更漂亮的小插图

• 包括海鸥小插图

修正

• 修复了bf2Vcf()中的删除问题

• makprior()为所有站点添加背景

1.99.0版本变更(2013-04-30)

更新

• 新的shearwater算法

• 包括通过汇总的VCF输出(deepSNV, value= " VCF ")

DEGreport

1.21.1版的更改

• 修复:从DESeq2调用摘要

• 修正:degPlot，以避免重新排序安向量，检查它们是否存在。

• 修正:degSignature与新版本的熔化工作。

• 修复:degVolcano不再使用x轴0.5的范围

• 修正:degMA使用总是原始表，现在固定使用正确的一个。

DelayedArray

0.12.0版本的更改

新功能

• 添加isPristine ()

• 延迟子分配现在接受一个正确的值，只要“有效维度”相同，其维度与选择的维度并不严格相同

• 对延迟的dimnames setter的小改进:现在接受' dimnames '列表中的原子向量或因子，并通过as.character()传递

用户可见的重大更改

• 改进DelayedArray对象的show()方法(参见commit 54540856)

错误修复

• 设置和获取DelayedArray对象或派生对象的dimname现在会保留dimname上的名称

• 修复了带有列表数组种子的DelayedArray对象(参见commit 6c94eac7)

服饰

1.1.9版本变更(2019-10-06)

• 两个变化使包更符合BioConductor: o在vinjette中引入“安装”和“会话信息”插槽o这个新闻文件的格式变化。

1.1.8版本变更(2019-09-12)

• 错误修正。上一个版本也是如此。

1.1.6版本变更(2019-09-12)

• 为groupProbPlot创建的向量添加导出选项

• 修正dColorPlot，以便它可以接受十六进制颜色向量作为输入

• 保留颜色。

• 为groupProbPlot添加测试。

• 修复了groupProbPlot的小错误。

• 对vinjette进行了小的编辑，以澄清umap优于tSNE和

• dViolins目前不完全支持绘制CyTOF数据，原因是

• 其稀疏。

1.1.5版本变更(2019-08-07)

• 新groupProbPlot的4倍加速。

• dSplsda函数使用的MixOmics包的正确引用

• 严重。

• 修复了groupProbPlot的错误。

1.1.4版本变更(2019-07-30)

• 一个全新的功能添加!在这里，用户可以获得单格分辨率

• 一个细胞更可能属于哪一组。请参阅文档

• 进一步的信息。强烈推荐测试!

• 内部c++测试由Zimoun的外部贡献更正，我们是

• 感激不尽。

1.1.3版本变更(2019-06-28)

• dResidualPlot错误，使颜色有时表示错误的组修正。

1.1.2版本变更(2019-06-28)

• 修复dColorPlot和dDensityPlot函数，使原来的名称

• 在字符中正确显示向量和因子。

derfinder

1.19.9版的更改

错误修复

• 修复了findRegions()中的一个重要错误，当maxRegionGap提供的值大于默认值0并且数据被过滤时，影响区域的结束位置(因此findRegions()调用中的位置不全为TRUE)。现在要检查这个场景，在tests/testthat/test- maxregiongap . r下面有一个新的单元测试。-上面的错误在getRegionCoverage()中没有被注意到，因此对于相同类型的情况(过滤数据与非零maxRegionGap)的regionMatrix()。覆盖值是可以的，只是findRegions()返回的区域的结束位置是不正确的，需要用固定版本重新计算。-修改了一些内部测试，检查bumphunter::loessByCluster()而不是bumphunter::runmedByCluster()，因为第二个测试有一些问题。

1.19.8版的更改

• 增加了一条新闻。Md文件来跟踪包的更改。

1.19.4版的更改

错误修复

• 当输入区域集重复时，railMatrix()和loadCoverage()帮助函数会出现问题。这可以用

sampleFile <- c(' SRR387777 ' = ' http://duffel.rail.bio/recount/SRP009615/bw/SRR387777.bw ') regs <- GenomicRanges::GRanges(' chrY '， IRanges(start = c(1,1)， width = 10)， strand = ' - ') names(regs) <- c(1:2) result <- rtracklayer::import(sampleFile, selection = regs, as = ' RleList ')

此错误影响了使用derfinder处理BigWig文件的重新计数和其他反向依赖项。

1.19.2版的更改

错误修复

• railMatrix()和loadCoverage()帮助函数现在会尝试导入BigWig文件3次才会放弃。基于//www.andersvercelli.com/develop2021欧洲杯体育投注开户ers/how-to/web-query/和https://github.com/leekgroup/recount/commit/8da982b309e2d19638166f263057d9f85bb64e3f，这将使这些功能更健壮的偶尔网络访问问题。

derfinderHelper

1.19.3版的更改

• 增加了一条新闻。Md文件来跟踪包的更改。

derfinderPlot

1.19.3版的更改

• 增加了一条新闻。Md文件来跟踪包的更改。

DESeq2

1.26.0版的更改

• 合并了Constantin Ahlmann-Eltze的快速代码，使DESeq2在大样本量(n > 100)下至少加快了一个数量级。事实上，现在的速度与样本数量成线性，而以前的DESeq2将成二次比例。关键合并提交为:c96c1c0ad43280c82403d3e6bc3501332a62e7b8 (2019-07-16) 0a47a0c750aa5c31df759a171c737d6ed782d6c2 (2019-07-30)

• 修正了rbind()并行=TRUE会增加元数据项的错误。

• 更新了讨论tximeta的小插图(工作流程也更新了，以显示使用tximeta而不是读取计数)。

DEWSeq

0.99.0版本变更(2019-09-23)

• 提交给Bioconductor

DiffBind

3.13.1版的更改

• 改变dba。plotPCA使用适当的加载

diffcyt

1.5.6版的更改

• 更新' diffcyt() '包装器函数以处理来自CATALYST的新的singlecel实验对象结构。

DiscoRhythm

1.1.1版本变更(2019-09-27)

• 增加报告执行模式与压缩档案的结果。结果现在可以从公共服务器通过电子邮件发送。

• 自动修复重复的行名。

• 允许直接上传元数据表到web应用程序。

• 余弦函数现在适用于NA值(只使用discoODAs)。

• 错误修正。

DMCFB

0.99.1版的更改

新功能

• 一个也没有。

0.99.1版本变更(2019-06-02)

添加

• 一个也没有。

改变了

• 一个也没有。

删除

• 一个也没有。

固定

• 一个也没有。

DMRcate

2.0.0版的更改

• 使用sequence .annotate()实现的WGBS和RRBS分析的完整实用程序:用户可以输入a)来自edgeR::modelMatrixMeth的BSseq对象和模型矩阵，或b)来自DSS::DMLtest()或DSS::DMLtest. multifactor()的输出，

• S4中类类型的主要重构:S3的“annot”对象现在是S4的“CpGannotated”对象和S3的“dmrcate”对象。对象的“input”和“pcutoff”插槽已经被移除，“results”现在在S4中表示

• 改进了dmr plot()，使用更详细的来自更新的DMRcatedata的hg19、hg38和mm10 GeneRegionTracks的转录本注释，以及平滑的组方法(通过“phen”指定的组。坳”论点)。对于亚硫酸氢盐测序分析，CpGs参数现在接受BSseq对象而不是GRanges对象

• 额外的dmr级别的汇总统计，包括Fisher的多重比较检验和个别CpG fdr的谐波平均值

• 增加了changeFDR()实用函数，允许重新设置“CpGannotated”对象的阈值，而无需重新拟合整个模型

• rmSNPandCH()函数的简化

• 重叠。extractRanges()中的启动子现在是重叠的.基因

• 所有小插图示例都使用ExperimentHub数据

• 来自rmSNPandCH()， extractRanges()和DMR.plot()所需的DMRcatedata的额外数据对象现在在ExperimentHub中

• 删除“p.adjust.”方法” argument to dmrcate() - it is confusing since thresholding should be performed at the (cpg|sequencing).annotate level

• 删除DMR.plot()的" samps "参数-它是多余的，可以通过设置" CpGs "和" phencol "来指定使用方法

• 多核处理被取消，因为WGBS DMRs应该能够在1小时内连续生产

DominoEffect

1.5.2版的更改

UDPATE

• 添加importFrom(methods, is)

• 将类()==更改为is()

1.5.1版的更改

UDPATE

• 适应新的GenomicRanges::GPo功能

1.5.0版的更改

UDPATE

• DominoEffect bio3.10开发版本

剂量

3.11.2版的更改

• 如果用户不小心传递错误输入(2019-10-24,Thu) - https://github.com/YuLab-SMU/clusterProfiler/issues/217 - ES值最小(NES < 0)的基因将在core_enrichment (2019-07-31, Wed)中报告，忽略universe并打印警告信息

3.11.1版的更改

• build_Anno现在与tibble兼容(2019-05-28，周二)

DropletUtils

1.8.0版的更改

• 增加了downsamplebatch()函数，方便批量下采样。

1.6.0版的更改

• 切换emptyDrops()来使用Boost的离散分布进行加权抽样。这导致了蒙特卡罗p值的一些微小的随机变化。自动舍入非整数计数矩阵。

刨边机

3.28.0版的更改

• 为edgeR类添加head()和tail()方法。

• 去掉“混合”。df’ argument and add a ‘locfit.mixed’ option to ‘trend.method’ in estimateDisp() and WLEB().

• 添加两个新参数“large”。N '和' min。prop '到filterByExpr()以允许用户更改之前硬连接的参数。

• 删除plottm . dgelrt()和plottm . exacttest()的“values”和“col”参数，因为plotWithHighlights()的更改不再需要。

• roast.DGEList()和mroast.DGEList()现在将' nrot '参数传递给roast.default()。

• 重命名dglmStdResid()为plotMeanVar2()。

• getdispersion()不再导出。

• 估计的分散现在是数值，即使是NA。

• 修复了goana.DGELRT()和kegga.DGELRT()当LRT超过1 df时的错误。

EnhancedVolcano

1.4版的更改

• 修正了p值为0时的行为:现在将其转换为10^-1 *最低的非零p值

• 添加新的参数' legendLabels '，允许用户在图例标签中使用表达式

• 增加了对tibbles的支持

• transcriptPointSize, transcriptLabSize, transcriptLabCol, transcriptLabFace, transcriptLabhjust和transcriptLabvjust现在已弃用。请分别使用pointSize、labSize、labCol、labFace、labhjust和labvjust

• pointSize默认值更改为2.0

• Boxedlabels现在已弃用。使用boxedLabels

enrichplot

1.5.2版的更改

• 更新cnetplot中的node_label参数以支持选择要标记的子集(2019-09-27，周五)- https://yulab-smu.github.io/clusterProfiler-book/chapter12.html#fig:cnetNodeLabel
• upsetplot for gseaResult(2019-09-25，星期三)-基于ggupset重新实现upsetplot

1.5.1版的更改

• gseadist用于绘制所选基因集的logFC分布。(星期二,2019-06-25)

ensemblVEP

1.28.0版本的更改

• 增加对ensemble 97/98版本的支持

epivizrServer

版本999.999的更改

• 这个NEWS文件只是一个占位符。999.999版本实际上并不存在。请阅读Github上的新闻:

ExperimentHub

1.11.0版本的更改

新功能

• (1.11.2)系统环境变量来控制localHub选项，用于仅根据以前下载的资源创建hub

• (1.11.5)对AnnotationHub进行了更改。使用refreshHub强制重新下载Hub sqlite文件

错误修复

• (1.11.2)修复localHub在没有互联网连接时的问题。isDevel的内部使用阻止在没有internet连接的情况下创建Hub。通过检查连接固定。此代码预置到orgDb过滤器

FamAgg

1.13.1版的更改

• 参数id。上校,爸爸。上校,妈妈。上校,家庭。酷和性。上校for FAData allow now to specify the column names for the respective content also if a data.frame is provided.

fcScan

0.99版的更改

• 修复bug并准备提交

小伙子

1.5.3版的更改

• 改变了buildDataFromGraph ()这样它就能在keggInfo ()．

• 如果ncbi-geneid不可用，buildDataFromGraph ()会在404页面崩溃。现在，它可以使用ncbi-proteinid如果ncbi-geneid不见了。

• 由LY通过构建db for发现“cvi”

• 小更新抓紧时间()

1.4.2版的更改

• REST KEGG服务更改，模块不再按组织列出．小伙子现在选择至少有一个有机体基因的模块。这似乎等同于从keggLink(“基因组”,“模块”)，但后者较慢(90)。

1.4.1版的更改

• 修正了小插图由于在biomaRt

fgsea

1.11.2版的更改

• 更简单的条件概率处理

• 为inst文件夹添加了精确的算法

1.11.1版的更改

• 正确的避险处理

鱼池

1.2.0版的更改

• 切换到一个更快的Swish版本，它只计算一次数据的排名，然后重新使用这个排列分布。这样就绕过了每次排列所增加的均匀噪声，并且速度快了10倍。仍然需要重新计算每个排列的秩的两种设计是配对分析和一般相互作用分析。两组、分层两组和成对交互分析现在默认使用新的fast方法，但是可以通过在调用swish()中设置fast=0来使用原来的较慢的方法。

• 添加基于rcp的函数reads()由Avi Srivastava编写，它导入Alevin的高效数据存储(EDS)格式存储的稀疏计数。

• 更改了小插图，以便它(将)使用linkedTxome，因为有时如果Bioc构建机器无法访问ftp.ebi.ac.uk，构建将中断。

• 添加' computeInfRV '函数。在Swish方法中没有使用InfRV，在Swish论文中仅用于可视化目的。

• 从导入中删除' samr '，因为它需要源安装，移动到建议，用于可选的qvalue计算

flowcatchR

1.20.0版的更改

错误修复

• 在shinyFlow应用程序中，包括。area现在默认为FALSE

flowDensity

1.19.8版的更改

• -增加密度叠加选项plotDens，并改变sweave markdown

flowSpecs

0.99.4版本变更(2019-09-30)

• 对BioConductor评论#1的回应

0.99.3版本变更(2019-09-18)

• 提交给BioConductor

0.99.2版本变更(2019-09-18)

• 减小示例数据的大小，以适应所有大小要求。

0.99.1版本变更(2019-09-18)

• 版本更改，以适应BioConductor。

0.9.2版本变更(2019-09-17)

• 包括所有用户功能的正式测试。

• 不推荐使用一种颜色的specMatCalc。

0.9.1版本变更(2019-09-16)

• 介绍了名称“flowSpecs”。

• 从现在起，旧的“theFlowSpec”已被弃用。

flowSpy

版本:2018-12-19

版本:2019-03-31

版本:2019-05-04

版本:2019-05-07

版本:2019-05-29

版本:2019-08-08

FoldGO

1.2.3版本变更(2019-07-17)

• 修正了测试数量错误的问题

1.2.2版本变更(2019-07-16)

• 修正多项测试程序

1.2.1版的更改

• 修正了绘制函数时参数顺序错误的Bug

GCSscore

1.0.0版的更改

• 所有GCSscore探测包现在都是通过使用' AnnotationForge '包中的makeProbePackage()函数从Bioconductor源(平台设计(pd)和注释(.db)包自动生成的。它们是根据最终用户根据需要分析的芯片类型生成和安装的。新功能

• R包首次发布。

• 所有GCSscore探测包现在都是通过使用' AnnotationForge '包中的makeProbePackage()函数从Bioconductor源(平台设计(pd)和注释(.db)包自动生成的。它们是根据最终用户根据需要分析的芯片类型生成和安装的。

GDSArray

1.5.3版的更改

新功能

• $补全' GDSFile '类。

错误修复

• GDSArray和GDSArraySeed的dimnames()现在是所有字符向量的列表。

gdsfmt

1.22.0版本的更改

新功能

• 一个新函数unload.gdsn ()从内存中卸载GDS节点

公用事业公司

• 在使用GCC时，在一些c++文件中添加' #pragma GCC optimize(" O3 ") '

• 中添加编译器信息system.gds ()

• 修改文件名“vignettes/gdsfmt_vignette.”Rmd“到”vignettes/gdsfmt。限制型心肌病”,因此装饰图案(“gdsfmt”)能直接工作

错误修复

• 如果数据类型没有在内部注册，则避免段故障

• 在打开和创建文件时使用O_CLOEXEC (close-on-exec标志)，以避免在fork进程中泄漏文件描述符

双子座

0.3.0版的更改

• 6-01-19:介绍GEMINI，一种用于成对分析CRISPR屏幕的变分贝叶斯方法。

• 注意:这是GEMINI的预发布版本。

• 增加了一条新闻。Md文件来跟踪包的更改。

• 为了准备提交存储库，做了一些小修改。

• 6-13-19:预发布版的版本号从0.2.0增加到0.99.0。

• 6-24-19:生物导体修订正在进行中。版本0.99.9

• 注意:这是GEMINI的预发布版本。

• 修改了所有功能的文档，并添加了一个可行的小插图

geneClassifiers

1.9.0版的更改

• 错误修正:为“[”和“[[”函数添加了签名(“FixedExpressionData”，i=ANY, j=missing)

• 更深入地检查函数参数

• 额外的单元测试

《创世纪》

2.15.3版的更改

• 添加选项“fastSKAT”到assocTestAggregate。SKAT测试的其他一些参数和输出列的名称也发生了变化。此更新包括来自bigQF包(https://github.com/tslumley/bigQF)的代码。随着C代码的添加，GENESIS现在需要遵从。

GenomicAlignments

1.22.0版本的更改

新功能

• 添加stackStringsFromGAlignments()。类似于stackStringsFromBam()，不同之处在于它将读取序列堆叠存储在GAlignments对象而不是BAM文件中。

错误修复

• 修复了当没有找到连接并且指定了' genome '时的summarizejoins()错误。

GenomicFeatures

1.38.0版的更改

新功能

• exonicParts()和intronicParts()的小改进:-当' linked.to.single.gene。如果exonicParts()被设置为TRUE，则exonicParts()现在返回一个额外的“exonic_part”元数据列，该列表示连接到同一基因的所有外显子部分中每个外显子部分的排名。这是为了兼容旧的disjointExons()。- intronicParts()做类似的事情，除了额外的元数据列名为“intronic_part”。

用户可见的重大更改

• makeTxDbFromGRanges()和makeTxDbFromGFF()现在将更多的特性识别为转录本、外显子或cd(参见提交822665f8和6281f856)

错误修复

• 修复bosTau9/ galalgal6 /panTro6/rheMac10的makeTxDbFromUCSC(…，" refGene "

GenomicOZone

版本0.99.9的更改

• 增加聚类方法:多通道加权单变量聚类。

• 在函数md . chrc .zoning. granges()中，如果只使用一个核心，停止调用并行计算。

• 修正了MD.rank.statistic()函数中的错误。方差分析要求每组元素不少于2个。如果不是，直接上报p值1。

• 修正了格式错误的新闻文件。

0.99.8版的更改

• 解决连接GitHub和bioconductor git服务器的问题。

版本0.99.7的更改

• 解决连接GitHub和bioconductor git服务器的问题。

版本0.99.6的更改

• 解决连接GitHub和bioconductor git服务器的问题。

版本0.99.5的更改

• 解决连接GitHub和bioconductor git服务器的问题。

版本0.99.4的更改

• 修改R文档文件。+纠正错别字。+将“expression”替换为“activity”，因为不仅可以分析expression，还可以分析各种基因的活性。+将“基因组臭氧列表”替换为“基因组臭氧对象”。

版本0.99.3的更改

• 将c(1:nrow())替换为seq_len(nrow())以避免潜在的问题。

• 修改小插图以避免代码块中的长行。

• 重命名参数' p.value。截断'和' alpha '。

• 重命名参数effect.size。Rate '与' min.effect.size '。

• 更新。bib文件。增加了遗漏的引用。删除重复引用。

• 将所有c(1:…)替换为seq_len()。

• 将vignettes Rmd文件中的\texttt替换为使用“' '”的正确格式。

• 将vignettes Rmd文件中的\textit替换为使用“**”的正确格式。

• 调整了小插图Rmd文件中的图像大小。

• 更新R文档。

0.99.2版的更改

• 提交日期:2019-08-18

• 将joemsong作为通信作者添加到提交中。

0.99.1版的更改

• 提交日期:2019-08-17

• 重新格式化Bioconductor提交的包。

0.99.0版本的更改

• 提交日期:2019-08-17

• 包装完整的包裹。

GenomicRanges

1.38.0版的更改

新功能

• GPos对象现在以两种形式存在:UnstitchedGPos和StitchedGPos GPos现在是一个虚拟类，有两个具体的子类:UnstitchedGPos和StitchedGPos。在UnstitchedGPos实例中，位置存储为整数向量。与旧的GPos实例一样，在StitchedGPos实例中，位置存储为IRanges对象，其中每个范围表示连续位置的运行。这类似于ipo /UnstitchedIPos/StitchedIPos的情况。更多信息请看GPos。旧的序列化GPos实例可以使用updateObject()转换为StitchedGPos实例。

• GPos对象现在可以保存名称

• 对gpo的强制现在会传播名称

• 添加GRangesFactor类(Factor衍生物)。看到了什么? GRangesFactor

用户可见的重大更改

• 出口from_GPos_to_GRanges ()

• 对GenomicRangesList层次结构的一些重组(参见提交f988a5a9)。

• 交换GRanges()构造函数的参数“seqlength”和“seqinfo”的顺序，现在后者在前者之前。

已弃用且已失效

• 删除RangedData对象的finoverlap、seqnames和seqinfo<-方法。这些方法在BioC 3.8中已弃用，在BioC 3.9中已失效。

错误修复

• 从RangesList到GRanges的强制转换对于序列级差异更健壮

• 修复了isSmallGenome()中的错误(由sum()在R >= 3.5中的变化引入)

GenomicScores

1.10.0版本的更改

用户可见更改

• 增加了对最新版本3.0 gnomAD MAF数据的支持，存储在包MafDb.gnomAD.r3.0.GRCh38中。

• 单个等位基因频率现在可以从MafDb检索。*当' ref '和' alt '参数被赋予函数' gscores() '和' score() '时，包。详情请参阅手册页和小插图。

• 非snr现在搜索参数type= " equal " finoverllaps()。这意味着只返回从精确匹配到非snr的分数。

错误修复

• 修复了' getscores(')函数阻止访问AnnotationHub下载的文件的错误

• 修复了当多等位基因变体存储在VCF文件的不同记录中时，从非snv中访问MAF值的错误。

ggtree

版本1.99.1的更改

• 修复了树$edge的geom_highight的错误。length = NULL (2019-10-16, Wed) - https://groups.google.com/d/msg/bioc-ggtree/GULj-eoAluI/Llpm-HbfCwAJ
• 强化金图法(仅适用于树形图)(2019-09-28，周六)- ggdensitree(2019-09-11，周三)- https://github.com/YuLab-SMU/ggtree/pull/253 - https://github.com/YuLab-SMU/ggtree/pull/255 - https://yulab-smu.github.io/treedata-book/chapter4.html#visualize-a-list-of-trees

1.99.0版本的更改

• 为ggtree v=2.0.0做好准备

1.17.5版的更改

• 加强分层聚类对象的方法，包括agnes, diana和twins(2019-08-30，周五)-现在geom_hilight支持unroot和daylight布局(2019-08-28，周三)-通过调用geom_hilight_arouncle -根据gggenes的变化更新geom_motif并允许标记基因(2019-08-27，周二)- https://yulab-smu.github.io/treedata-book/chapter11.html#genome-locus
• 重新实现geom_strip，提供更健壮的标签条带支持，可以使用名称或id输入分类单元。-支持ade4包中定义的phylog (2019-08-14, Wed) - https://yulab-smu.github.io/treedata-book/chapter9.html#phylog

1.17.4版的更改

• 现在geom_cladelabel支持无根和日光布局(2019-08-14,Wed) -通过集成geom_cladelabel2 -定义的nodeab方法为ggtree转换节点号为标签(2019-08-09,Fir) -重新定义nodeid为S3通用在tidytree v=0.2.6 -改变原始函数为ggtree的方法-将nodeid函数为树对象移动到treeio - defunct gzoom函数-引入rootnode参数在geom_tree与默认= TRUE，并表现为以前的版本(2019-08-08，Thu) -不可见根对其本身的线段具有优势，因为线段的数量与节点的数量一致。-如果rootnode = FALSE，将没有根到它自己的线段。-扩展ghheatmap以支持崩溃节点(2019-08-06，周二)- https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/pull/243 -支持hclust和树状图(2019-07-31，周三)

1.17.3版的更改

• 删除重新导出treeio解析器功能，用户现在需要显式加载treeio (2019-07-24, Wed) -导出layout_circular, layout_fan和layout_矩形- layout_dendrogram和theme_dendrogram - https://yulab-smu.github.io/treedata-book/chapter10.html#dendrogram - scale_x_range为geom_range (2019-07-23, Tue) - change分支添加第二个x轴。长度参数的中心为geom_range

1.17.2版的更改

• (2019-07-11，周四)
• 塌陷模式参数- geom_tiplab现在与“圆形”和“扇形”布局一起工作(2019-07-05，周五)- geom_inset用于向特定节点添加子图(另请参阅v=1.3.8中引入的inset函数)

1.17.1版的更改

• facet_data用于提取facet_plot或geom_facet中使用的数据(2019-07-02,Tue) - geom_tree中的连续参数到从父到子的连续颜色边(2019-09-25,Tue) - https://yulab-smu.github.io/treedata-book/chapter4.html#color-tree - root。fortify和ggtree(2019-05-27, Mon)的位置参数- geom_facet，一个geom层版本的facet_plot (2019-05-23, Thu) -更新scale_x_ggtree，现在我们可以使用gheatmap() + scale_x_ggtree() (2019-05-22, Wed) -扩展xlim_expand来使用ggplot2 (2019-05-20, Tue) - https://yulab-smu.github.io/treedata-book/chapter9.html#xlim_expand -在gheatmap(2019-05-16, Thu)中添加legend_title变量

GNET2

1.1.3版的更改

• 修复模块功能问题。

1.1.2版的更改

• 更新情节格式。

1.1.1版的更改

• 修复可能导致树结构错误的几个条件。

GOfuncR

1.5.2版的更改

用户级的变化

• 更新GO-graph(版本07-Oct-2019)

1.5.1版的更改

新功能

• 添加refine()函数，将富集分析的结果限制到更特定的类别

石墨

1.31.1版本变更(2019-10-24)

• 更新所有通路数据。

• 删除HumanCyc路径(数据库现在需要订阅)。

gscreend

版本0.99.4的更改

• 用BiocParallel::bplapply()替换parallel::mclapply()

• 更新了停止/警告/消息功能。测试采样时间点是否正确命名。

GSEABenchmarkeR

1.6.0版的更改

• 新功能evalTypeIError通过样本排列计算I型错误率:-在一个或多个表达式数据集上计算一个或多个丰富方法-支持将排列分割成定义大小的块，并调用分区的并行计算

• 新功能evalRandomGS对于随机基因集的评估:-估计当应用于定义大小的随机基因集时，富集方法被拒绝的原假设的比例(=显著基因集的比例)-对所选表达数据集上的一种或多种富集方法进行评估

• 新论点方法到evalRelevance-“auc”:基于ROCR包进行ROC/ auc分析，-“cor”:计算一个标准的相关度量，如斯皮曼秩相关，-一个用户定义的自定义行为函数。

• 新功能metaFC用于在表达数据集的概要中总结单个数据集的折叠变化

• 新功能plotDEDistribution而且plotNrSamples为探索差异表达和样本量横跨表达数据集的纲要

• 对用户定义的基准测试输入的扩展支持，包括用户定义的丰富方法的简化插件(感谢Marcel Ramos @LiNk-NY)

GSVA

1.34版的更改

错误修复

• 修复了当parallel::detectCores()返回NA而不是整数核数时处理的错误，这可能发生在在docker容器中运行GSVA时。Bug报告和拉请求修复感谢Aaron (https://github.com/rcastelo/GSVA/pull/10)。

• 修正了处理参数' method= " ssgsea " '和' tau=0 '时的错误。Bug报告，感谢Lena Morill (https://github.com/rcastelo/GSVA/issues/4)。

gtrellis

1.17.1版的更改

• 修正了选择染色体的错误。

Gviz

1.29.1版的更改

新功能

• 暴露了在AnnotationTrack类中为feather (arrowBar)指定宽度和距离的可能性

错误修复

• 修复了subseq函数ReferenceSequenceTrack

• 更改了标记和值的可视位置DataTrack=>对齐所有到+ 0.5位置，它匹配SequenceTrack而且AnnotationTrack可视化

• 更改了当前打开设备的透明度支持检查supportsAlpha，点从中心移动到左下角

HDF5Array

1.14.0版本的更改

新功能

• 从TENxMatrix(或TENxMatrixSeed)添加矫顽力到dgCMatrix

用户可见的重大更改

• h5mread()参数' starts '现在默认为NULL

错误修复

• H5mread()现在支持连续布局的数据集(即不分块)

HDTD

1.19.1版本变更(2019-10-24)

• 更新引用文件。

• 修正了小错误。

hiAnnotator

1.19.0版本的更改

• 删除强制链转换为' + '和makeGRanges与添加链为' * '如果没有发现。

HIBAG

1.22.0版本的更改

• 修改文件名“vignettes/HIBAG_Tutorial”。Rmd“到”小插图/HIBAG。限制型心肌病”,因此装饰图案(“HIBAG”)能直接工作

希尔达

0.99.11版本变更(2019-09-10)

• 在论文被PeerJ收录后更新引文

0.99.10版本变更(2019-07-24)

• 修复Bioconductor评审员所评论的问题

0.99.9版本变更(2019-07-24)

• 修复Bioconductor评审员所评论的问题

0.99.8版本变更(2019-06-22)

• 删除git跟踪.o和.dll文件

0.99.7版本变更(2019-06-22)

• 删除git跟踪.o和.dll文件

0.99.6版本变更(2019-06-22)

• 删除git跟踪.o和.dll文件

0.99.5版本变更(2019-06-22)

• 删除git跟踪.o和.dll文件

0.99.4版本变更(2019-06-22)

• 删除git跟踪.o和.dll文件

0.99.3版本变更(2019-06-21)

• 修复Bioconductor评审员所评论的问题

0.99.2版本变更(2019-06-05)

• 移除pmsignature依赖

0.99.1版本变更(2019-06-04)

• 提交给Bioconductor

hipathia

2.1.1版本变更(2019-05-17)

• 添加函数mgi_from_sif，它允许从SIF + ATT文件创建路径对象。

HIREewas

1.3.1版的更改

• 增加引用文件。

HPAanalyze

1.3版的更改

• 1.3.3版的更改
  • 修复1.3.2版本引入的错误，其中hpaVisPatho绘制错误。
  • 在HPAanalyze手稿中增加了一个与数字代码的小插图。
• 1.3.2版的更改
  • 为了减少依赖，hpaVis现在使用gridExtra来处理多个地块，而不是牛场
  • 移除对reshape2的依赖
• 1.3.1版的更改
  • hpaExport现在支持csv和tsv。
  • 支持JSON导出是通过小插图添加的。
  • 修复未安装curl时hpaXmlGet报错的错误。
  • 现在大多数功能同时具有HGNC基因名称和集成id。
  • hpaVisSubcell现在允许用户选择可靠性分数。
  • 移除对magrittr的依赖
• 1.3.0版的更改
  • 启动Bioconductor 3.10的devel

理想的

1.10.0版本的更改

新功能

• ggplotCounts获得了一个新的参数labels_exclude，用于控制图中不同标签的位置——当有大量样本可用时，这个参数非常有用

错误修复

• 修复了应用程序初始化时由于shinyAce在>= 0.4.0版本引入的新行为而导致的错误-发生的方式与pcaExplorer相同

其他的笔记

• 根据BiocCheck的建议，更好的类检查是(…

idr2d

0.99.2版的更改

• 为IDR绘图功能增加了一致的刻度和限制

• 更新的功能文档

0.99.1版的更改

• 增加了Li等人论文的参考文献

• 新增诊断图

• 改变排名顺序

• 增加IDR1D功能

• 修正了当地/全球印尼盾问题

0.99.0版本的更改

• 最初版本

IgGeneUsage

0.99.0版本变更(2019-07-15)

• 提交给Bioconductor

igvR

1.6版的更改

新功能

• bam(对齐)轨道现在支持

• 主题徽标现在显示点击适当配置的轨道

• pkgdown网站(小插图和手册页)在https://paul-shannon.github.io/igvR/index.html

• 支持更多基因组:hg38, hg19, hg18, mm10, bostau8, canfam3, ce11, danrer10, danrer11, dm6, gorgor4, panpan2, pantro4, pfal3d7, rn6, sacer3, susscr11, tair10

• 发送到浏览器的R命令现在只在Javascript命令完成时才返回

• 使用igv.js 2.3.2版本构建

immunoClust

1.17.3版的更改

• 修正了sub - set. immunometa中的CHANGES *错误

1.17.2版的更改

• 新特性*在元聚类结果上引入immunoMeta-class，以构建和注释分层种群/子种群树

• 使用分散聚类自动注释元集群的CHANGES *痕迹被删除。这种方法并不是很有效。相反，引入了immunometa类，为元集群的手动注释提供了方法。请参阅手册页和小插图了解更多细节。*设置。种子从集群例程中移除。用细胞获得可重复的结果。进程函数集。种子必须设置显式之前。

1.17.1版的更改

• 更改*次要错误修复和代码清理*次要额外选项的免疫集群.plot/splom

infercnv

1.1.4版本变更(2019-10-29)

• 修复了当某些输入注释仅为数字时将其正确读取为字符的读取问题。

• 增加检查HMM_report_by选项与analysis_mode选项是否兼容。如果不是，请自动更改。

• 修复了在之前的版本更改后读取贝叶斯过滤HMM结果add_to_seurat以保持CNV id和状态缩放的问题。

1.1.3版本变更(2019-09-16)

• 修复了在HMM步骤上重新加载检查。+添加了新的平滑方法，“坐标”，使用基于碱基对距离(大约10.000.000似乎是窗口大小的一个好的开始)到当前基因的窗口来平滑每个细胞数据。由于此时hspike不模拟染色体上的基因距离/位置，HMM i6模式与这种平滑方法不兼容，如果两者尝试一起使用，将返回错误。

• 在add_to_seurat方法中增加了一个bp距离公差来“合并”不同子集群中实际上相同的CNV的顶部CNV。

• 删除了顶部任何类型的CNV字段，因为它是多余的顶部损失和顶部副本。

• 添加了已识别的顶级cnv的文本输出，因为它们的碱基对公差与原始HMM输出相比聚集了一些。

• 增加了一个参数" up_to_step "，在给定步骤后停止infercnv::run()。

• 修复了infercnv_obj中@options字段的内容，以与对象创建参数相同的形式存储非默认运行时参数。

• 更新以便HMM预测输出的名称中包含analysis_mode，并且在使用不同模式时不会被覆盖。还可以知道哪些对文件现在一起重新加载。

• 更新add_to_seurat，以便它根据@options字段检查运行中使用的analysis_mode，以重新加载匹配的HMM预测或贝叶斯网络过滤的预测。

• 更新了样本模式的“subclustering”方法，使@tumor_subclusters$subclusters索引具有附加的单元格名称，以便能够映射回add_to_seurat。

• 如果需要，即使步骤20/21已经完成，也允许恢复HMM步骤。

1.1.2版本变更(2019-07-08)

• 增加了从HMM结果中写入广泛的预测特征表或将其添加为元的方法。如果提供了Seurat对象，则将数据转换为Seurat对象。

• 修改保存/重新加载系统，以存储非默认参数，并在尝试重新加载备份时跟踪每一步的相关选项。也检查输入计数矩阵单位与重新加载(哈希在对象创建时)。

• 增加了image()选项useRaster到run()和plot_cnv()的链接，默认情况下能够启用，显著加快绘图速度。

1.1.1版本变更(2019-05-20)

• 添加方法，对每个注释组的给定单元格数量或给定频率进行infercnv对象采样。这是为了便于绘制所有注释组具有相同总体高度的图形，以及对非常大的数据集进行下采样，否则绘制这些数据集将花费太长时间(同时仍然对完整数据进行分析)。

• 增加了将每个注释组绘制到不同图形并结合采样的方法。主要用于拆分大型数据集的数据。

• 在run()中增加了对output_format选项的支持，以链接到plot_cnv()，从而在分析过程中只支持写文本输出。

1.0.4版本变更(2019-09-16)

• 修复了在指定时找到群集的contig的问题。

• 增加了对plot_cnv的2单元格组的支持。

• 修正要检查的输入文件类型。

• 使plot_cnv在提供非空ref_contig参数时自动重新计算集群。

• 修复了当提供多个ref_contigs且cluster_by_group为False时的plot_cnv()。

• 修复在plot_cnv中使用n ref_contig时只考虑1/n个基因的问题。

• 修复plot_cnv中使用多个ref_contig和cluster_by_groups=FALSE时创建文件的错误。

• 贝叶斯过滤现在在输出中保留CNV id

1.0.3版本变更(2019-07-05)

• 修复了绘制图形时文本输出中缺失的树状图。

• 修复拆分引用时保存对象的路径。

• 修复使用num_ref_groups选项时创建文件名的问题。

• 修复从num_ref_groups中拆分引用的方法返回的引用单元格索引，该方法在引用未排序时位于矩阵的开头。

• 修正了支持data.frame作为计数矩阵的输入类型。

1.0.2版本变更(2019-05-21)

• 减少峰值内存使用。

• 修正了使用稀疏矩阵和无引用的非随机树方法时的子集群定义。

1.0.1版本变更(2019-05-20)

• 当在样本模式下运行时为组定义集群时，改进了。

• 固定支持NA被理解为output_format值到plot_cnv()，如果用户只想生成文本输出而不是plot。

• 修正当单元格在输入矩阵和注释文件中排序不一致时，热图和文本输出中的单元格和颜色条的顺序。

• 修正当一个组只有1个单元时的(子)集群定义。

• 修复了plot_cnv()来处理只有1个单元格的观察组(不能分层聚类)，当没有引用不是聚类时使用单个引用组，以及使用单个单元格的单个引用组。

InPAS

1.17.3版的更改

• 更新文档。

1.17.2版的更改

• 添加cleanUpdTSeq的引用。

IRanges

2.20.0版的更改

新功能

• IPos对象现在以两种形式存在:UnstitchedIPos和StitchedIPos。在UnstitchedIPos实例中，位置存储为整数向量。与旧的ipo实例一样，在StitchedIPos实例中，位置存储为IRanges对象，其中每个范围表示连续位置的运行。更多信息见ipo。旧的序列化ipo实例需要使用updateObject()转换为StitchedIPos实例。

• IPos对象现在可以保存名称

• IRanges()和IPos()构造函数现在接受用户提供的元数据列

• 为CharacterList对象添加grep()、startsWith()和endsWith()方法

用户可见的重大更改

• as.data.frame(IRanges)现在传播元数据列

• 移动splitAsList()到S4Vector包

• 从S4Vector包中移动S4类“atomic”

• 不再导出%in%(是包在定义%in%方法时遗留的内容)

已弃用且已失效

• 在BioC 3.9中被弃用后，以下RangedData方法现在已经失效:finoverllaps, rownames<-， colnames<-， columnMetadata, columnMetadata<-， c, rbind, as。env, as.data.frame，以及强制从RangedData到DataFrame。

• 删除以下RangedData方法:- score, score<-， lapply, within, countOverlaps;-强制从list, data.frame, DataTable, Rle, RleList, RleViewsList, IntegerRanges，或IntegerRangesList到RangedData。这些方法在BioC 3.8中已弃用，在BioC 3.9中已失效。

错误修复

• 修复IRanges对象的end() setter中整数溢出的问题。

iSEE

1.5.13版本的更改

• 在热图中选择的特征顺序从上到下进行选择。

1.5.12版的更改

• 支持从aceEditor和fileInput输入基因列表。

1.5.11版本的更改

• 重命名isColorMapCompatible为checkColormapCompatibility。

• 修复优雅的服务器端处理checkColormapCompatibility。

• 在小插图中更新关于面板组织的文档。

1.5.10版的更改

• 修复测试，为自定义绘图函数提供非空选择。

1.5.9版的更改

• 介绍虫子彩蛋。

1.5.8版的更改

• 用logNormCounts替换已弃用的scater::normalize。

1.5.7版的更改

• 简化redDimPlotDefaults对空reduceddim的保护。

• 修复了声明所有面板类型不可用的问题。

1.5.6版的更改

• isSpike和sizeFactorNames弃用后的更新。

1.5.5版的更改

• 添加modeEmpty()。

• 支持零行initialPanels参数。

1.5.4版的更改

• 增加了支持文件上传服务器重新初始化。

• 将观察者移动到单独的文件。从代码覆盖中排除。

• 更新对ReprocessedAllenData()的调用，以只加载tophat_counts分析。

1.5.3版的更改

• 在弃用data(allen)之后使用ReprocessedAllenData()。

1.5.2版的更改

• 小文件修复..

• 不允许在initialPanels的Name字段中重复值。

• 下采样点随机。

1.5.1版的更改

• 修复表链接的报告。

1.5.0版的更改

• Bioconductor释放。

IsoformSwitchAnalyzeR

1.7.2版本变更(2019-10-18)

• 更新类型:重要。

• 引入了analyzeIUPred2A()用于分析内在无序区域(以及其中的结合位点)。为了实现这一点，还做了以下更改:* analyzeNetSurfP2()被扩展到在结果中创建idr_type列* analyzeSwitchConsequences()被扩展到处理idr_type。它也被升级到处理IDR长度的巨大差异。*“exampleSwitchListAnalyzed”对象中包含的数据被更新为包含IUPred2A分析的结果(而不是NetSurfP2分析)*与exampleswitchlist中介相关的NetSurfP-2分析的内置数据文件被IUPred2A分析的相应数据所取代。* switchPlotTranscript()(由switchPlot()内部使用)被扩展到也处理IDR类型* switchPlot()布局为新的注释重新优化。* isoformSwitchAnalysisPart2()被更新为也处理IUPred2A输入。*小插图已相应更新。

• switchPlotTranscript()(因此也是switchPlot)现在以一种更好的方式使用annotationImportance。它没有删除注释(这在比较计算分析和可视化输出时可能会导致问题)，而是使用annotationImportance将数据绘制为最重要的层——这意味着没有跳过注释。

• switchPlotGeneExp()被更新为跟随switchPlotIsoExp()和switchPlotIsoUsage()在由switchPlot()函数使用时所使用的条件着色。

• 修正了switPlot()中的一个错误，该错误导致将添加到plot中的“增加/减少使用量”解释为所提供alpha的最小值而不是最大值。

• 修正了analyzeSwitchConsequences()中可能导致“domain_length”结果类型给出错误结果的错误。现在' domain_length '测试记录相同类型(相同hmm_name)的重叠域的长度差异

• isoformSwitchAnalysisPart2()现在也使用n=Inf来创建所有的图(NA具有向后兼容的相同功能)。

• importdata现在确保designmatrix中列的顺序始终不变。

• 所有导入外部分析的函数，支持多个文件，现在自动删除重复的interes。

• extractExpressionMatrix函数贬值。

• 所有函数文档都进行了拼写检查。

• 各种文档改进。

• 错误消息改进。

1.7.1版本变更(2019-07-19)

• 更新类型:Minor。

• 版本碰撞由于生物导体释放。

• 更新的新闻布局，按照Bioconductor指南。

• switchPlotTranscript()也被扩展为表示增加/减少/不变的异构体使用，从而更容易解释。这也需要switchPlotTranscript()和switchPlot()更新了额外的参数来控制这种行为。switchPlotTranscript()函数被进一步更新，当单独使用(也就是不在switchPlot中使用)时，它也可以指示重要性(用星号表示)和大小(dIF)，使其成为switchPlot的一个很好的替代方案。

• switchPlotGeneExp()， switchPlotIsoExp()， switchPlotIsoUsage()被美化了，现在也显示了绘制的基因的名称。

• importtrdata()和importGTF()现在也支持导入RefSeq GFF文件(从ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/下载，见FAQ在小插图)。这应该增加了在Ensembl目录中不存在的多种物种的使用便利性。

• importtrdata() *现在也从注释中删除不存在的内含子，即使它是作为GRange提供的(以前仅用于GTF文件)。*当removeTECgenes = TRUE时不再移除NA作为生物型的异构体。*扩展到更好地处理基因名称时，novelt转录预测。具体来说，如果gene_name列中有NA(例如，像StringTie所做的那样)，这些将自动分配与来自相同gene_id的其他异型相同的基因名称(仅适用于单个gene_name与gene_id相关联的情况)。

• *更好地处理可能导致错误发生的罕见设计设置。*现在处理一些异构体的数据分析，仅在比较的子集中分析

• extractSwitchSummary()也被扩展为打印交换机数量。

• 在extractSequence()中修复了一个错误，该错误在注释了多个停止密码子的CDS序列时发生失败

• 修复了导致extractSplicingSummary()只返回超过“mineventsfor”事件的剪接类型的摘要的错误。

• analyzeNetSurfP2()被更新为处理多个文件，因为最近限制了可以上传到web服务器的序列数量。

• switchPlotTopSwitches()和extractTopSwitches()现在使用n = Inf来输出所有(尽管为了向后兼容，内部NA被转换为Inf)。

• subsetSwitchAnalyzeRlist()被改进为在边缘情况下更加稳定。

• isoformToGeneExp()被改进*以更加用户友好。*直接支持存储在GTF文件中的注释(它自己导入到R中)。

• analyzePFAM()已更新为更健壮的边缘用例

• 改进的错误消息在多个功能。

• 各种文档更新。

• 各种稳定性更新。

烤肉串

1.20.0版的更改

• 作为Bioconductor 3.10的一部分发布

1.19.1版的更改

• 从包小插图中删除更改历史，以便于维护

1.19.0版本的更改

• Bioconductor 3.10 devel的新分支

KEGGprofile

1.27.4版的更改

• 修复小插图中的bug

• 改进了R cmd检查中的注释和警告

1.27.3版的更改

• 对plot_pathway_overall函数的改进

1.27.2版的更改

• 修复了由biomaRt包更新导致的convertId函数错误

1.27.1版的更改

• 修复了由于KEGG网站更新导致的download_KEGGfile函数错误。

• 新函数:plot_pathway_overall函数，在通路水平绘制基因表达。

• 文档和示例的改进。

KnowSeq

0.99.55版本变更(2019-10-09)

• 一些小的错误修复和增强，xgrid/ygrid添加到分类图进一步版本

• MAC_OS对齐工具支持

• 将RUV纳入批量效应方法

0.99.51版本变更(2019-08-19)

• 新的方法web平台增加(targetValidation)检索疾病在DEGsToDiseases功能

版本0.99.42的更改

• dataPlots genesBoxplot模式改进

0.99.31版本变更(2019-07-17)

• 支持向量机函数的最佳优化参数

0.99.30版本变更(2019-06-05)

• 与Bioconductor一起发布初始版本

• 对齐函数只适用于Unix系统(目前)

• 管道的其余部分完全适用于所有操作系统，包括windows和MAC_OS

limma

3.42.0版的更改

• 所有limma数据类的新head()和tail()方法。

• TestResults对象的新unique()和子集方法。以前，一个子集TestResults对象变成了一个普通的数字矩阵，但现在保留了TestResults类。也允许单索引子集，但生成一个数值向量。

• Roast()和mroast()现在使用更少的内存。现在，不管使用的旋转次数如何，内存使用仍然是有限的。当approximate .zscore=TRUE时，两个函数都比以前快。一个新的论点遗产如果用户希望精确地再现limma 3.40.0的数值结果，则可以关闭这些改进。默认的旋转次数nrot从999增加到1999。修复了roast()和mroast()的错误指数是基因号或行名的字符向量。以前这种用法失败了。

• 完全重写zscoreT()，它现在稍微快了一些，并为规范化转换提供了两个新选项。新的论证方法指示何时使用哪个转换约= TRUE．默认的近似方法由“hill”改为“bailey”。zscoreT()现在允许NA值约= TRUE并且对所有有效的df值正确工作。以前约= TRUE返回NA结果df无穷大或<= 0.05。Wallace(1959)提出了一个简单的鲁棒近似来处理非常大或非常小的问题df值。以前约= FALSE对待任何df大于10000为无穷大;这个阈值现在提高到1e300。

• tZScore()稍微快一点。

• 新论点gene.weights用于fry()，以匹配mroast()的参数和行为。以前，基因权重只能通过指数论点。弗莱的混合p值现在考虑了基因权重。以前在fry的混合p值计算中没有使用基因权重。

• 添加参数块，相关而且权重轰击()并移除.．.论点。

• 更新voomWithQualityWeights()的参数，以匹配limma 3.40.0中对arrayWeights()的修订。添加新参数var.group．

• 新的参数xlab，ylab而且主要plotFB()。默认的绘图标题现在包括来自数据对象的列名。默认为pch增加到0.3。

• plotWithHighlights和plotMD。MArrayLM现在对这种情况给予特殊处理状态是一个TestResults对象。

• 更新用户指南中的Yoruba案例研究，调用voom()和duplicateCorrelation()两次，而不是一次。

• 更新用户指南:更新Rsubread参考，更正13.2节中关于1/sigma^2先验分布的注释，并重新运行约鲁巴和帕西拉案例研究。

• 在文档中始终使用“RNA-seq”和“ChIP-seq”，而不是“RNA-seq”和“ChIP-seq”。

• 现在设置了approx()函数的所有用法关系=列表(“命令”,意思是)，除了fitFDistRobustly()使用关系=意味着．这一变化是由R 3.6.0中使用默认for的变化引起的关系中出现关联时生成警告消息x．新代码给出了相同的结果，但速度略快，并避免了警告信息。由于这个变化，limma现在取决于R >= 3.6.0。

• 修复barcodeploy()中的bug指数或index2都是字符向量。

lionessR

0.99.2版本变更(2019-09-30)

• 修改summarizeexperiment对象作为输入时的行为

• 在小插图中使用summarizeexperiment对象

• 为小插图添加描述

• 更改手册中的lioness函数示例

0.99.1版本变更(2019-09-05)

• 修正了矩阵没有列名的错误

• 接受summarizeexperiment对象作为输入

0.99.0版本变更(2019-08-19)

• 提交给Bioconductor

lipidr

版本1.99.2的更改

• 突破性更改:核心对象更改为lipidomicexperiment。

• 增加了对靶向和非靶向脂组学分析的支持。

• Lipidr可以接受数值矩阵作为输入。

• 增加了与代谢组学工作台API的集成，以启用数据挖掘。

Maaslin2

0.99.15版本变更(2019-08-05)

• 为分类图增加价值。

• 添加bioconductor MacOS自动构建/测试所需的另一个依赖项

0.99.14版本变更(2019-07-31)

• 增加bioconductor MacOS自动构建/测试所需的两个依赖项

0.99.13版本变更(2019-07-31)

• 添加生物导体的迭代:添加回许可证文件，并对小插图的编码部分进行小更改。

• 修改手册页以包含新选项。

0.99.12版本变更(2019-07-26)

• 增加了新的选项来设置热图中显示的特征的最大数量。

• 修复热图，包括前N个特征的所有重要值行，而不是只包括找到前N个特征后的行。

0.99.11版本变更(2019-07-24)

• 更新演示到HMP2数据(由Himel提供)。

0.99.10版本变更(2019-07-19)

• 对文档进行了一些小修改，以更新依赖安装说明以匹配bioconductor。

0.99.9版本变更(2019-07-18)

• 为自动测试向名称空间添加依赖项。

0.99.8版本变更(2019-07-18)

• 为bioconductor MacOS构建测试添加另一个依赖项

0.99.7版本变更(2019-07-17)

• 将文件路径更改为相对于windows测试的包。

0.99.6版本变更(2019-07-17)

• 修复小插图中R部分的格式以通过测试。

0.99.5版本变更(2019-07-17)

• 更新R段小插图格式。

• 更改windows的测试路径。

0.99.4版本变更(2019-07-17)

• 更新R版本。

• 修改了生物导体构建的小插图格式。

0.99.3版本变更(2019-07-17)

• 根据来自bioconductor审查的反馈对包进行了修改(增加描述、对数据文件的注释、将测试更新为testthat、压缩小插图部分并更新安装到bioconductor方法、删除包的测试、使用seq_len和lapply)

0.99.2版本变更(2019-06-27)

• 在热图中显示前N个特征，而不是前N个关联

0.99.1版本变更(2019-06-05)

• 修正图以允许值中的NAs

0.99.0版本变更(2019-05-24)

• 在热图中只显示前50个协会

• 使用静态热图绘制颜色

• 在箱形图中，对于长文本字符串(如果set中有超过5个字符)，使用x轴文本的角度

• 对于较大的y轴标签，减小字体大小(如果超过15个字符)

• 连续标注的图上加Ns，分类标注的图上加x轴标签

0.3.0版本变更(2019-05-20)

• 图表现在显示标准化/过滤/转换的数据

• 提交给bioconductor的包装修改

0.2.3版本变更(2018-12-20)

• 将过滤移到归一化之后

• barplot的更新

0.2.2版本变更(2018-11-15)

• 修复了可视化中单列的问题(谢谢，sma!)

• 向依赖项添加散列

• 更改输出列名以匹配data.frame名称

• 添加绕过绘图的选项

• 使用lme4和lmerTest为LM添加交叉随机效果

• 修正ZICP装配错误

• 向结果添加标准错误

• 将热图列名旋转45度

0.2.1版本变更(2018-10-10)

• 更新读取/切片以支持单一特性的输入文件。

0.2.0版本变更(2018-10-09)

• 根据元数据名称对箱线图/散点图进行分组。

• 用pdf替换ggsave以打印热图/图，以解决ggsave Rplot.pdf问题。

• 添加tryCatch以允许热图中的错误，但仍然打印其他图。

• 允许数据/元数据输入为文件或data.frame的路径。

• 从maaslin2函数返回适合的数据。

• na。模型中的默认动作适合na.exclude。

0.1.0版本变更(2018-09-27)

• 初始标记发布。

MACSQuantifyR

0.99.0版本变更(2018-11-14)

• 未提交o GUI界面o排序统计图形

maftools

2.2.0版的更改

新的功能和特性

• survGroup，mafSurvGroup-预测与生存相关的基因/基因组。问题:# 396

• 新论点改变在oncoplot来绘制基于CNV或突变的顶级基因。默认是假．问题:# 405

弃用

• oncotate- Oncotator不再被Broad支持问题:#403 #384 #381

• findPathways论点somaticInteractions函数已弃用

用户水平显著提高

• 签名分析已被修改为更灵活。它现在包括三个功能，即:

• estimateSignatures-用于测量一系列值的综合相关度量(拟合优度的度量)

• plotCophenetic-从中绘制综合相关度量的弯头图estimateSignatures并帮助确定一个最佳的签名数量(n)．

• extractSignatures-然后提取最终结果n签名

• compareSignatures现在有两个已知签名数据库。经典的30个签名和更新的67个COSMIC SBS签名。

错误修复

• gisticChromPlot错误修复。问题:# 392

• annovarToMaf修复了没有外显子变体的结果的错误。问题:# 388

• 避免与情节:布局与graphcis:布局．问题:#387 #202

• 修复侧栏高度在癌图与副本编号数据。问题:# 383

• 更新y轴标签tcgaCompare情节。问题:# 366

• annovarToMaf用MNPs注释变体。问题:# 335

MAGeCKFlute

1.4.3版的更改

• 根据使用定义的基因集进行富集分析时，清除bug。

• 优先考虑NormalizeBeta。

• 自定义KEGG路径(04***)

1.4.1版的更改

• 优先考虑许多功能。

事

1.11.7版本变更(2019-10-25)

错误修复

• 修复了' rowStats() '和' colStats() '在计算小维度上的组统计信息时的错误

1.11.6版本变更(2019-10-23)

新功能

• 增加了' locmax() '函数用于查找局部最大值

• 增加了' binvec() '函数用于对向量进行装箱

1.11.5版本变更(2019-10-13)

新功能

• 暴露' chunk_apply() '用于在并行化的向量和矩阵块上应用函数

1.11.4版本变更(2019-10-13)

新功能

• 增加了' rowStats() '和' colStats() '方法，用于对矩阵的行和列应用分组汇总统计

用户可见的重大更改

• ' apply() '和' lapply() '方法现在尝试尊重对象的' chunksize() '

• 增加了getOption(' matter.default.chunksize ')用于设置matter对象的默认chunksize

1.11.3版的更改

用户可见的重大更改

• 更快地设置基于物质的ALTREP对象

• 更新' bsearch() '，当tol > 0时返回最接近的匹配

• 增加了getOption(' matter.dump.dir ')来控制matter对象的临时文件存储位置

1.11.2版的更改

新功能

• 强制转换为原生R类型现在为大多数“物质”对象返回ALTREP表示

• 使用' as.altrep() '方法将现有的' matter '对象强制为ALTREP，或将原生R类型强制为' matter '支持的内存不足ALTREP对象

• ALTREP强制可以通过新的选项来控制:getOption(' matter.coerc . ALTREP ') getOption(' matter.coerc . ALTREP .list ') getOption(' matter.wrap.altrep ')

• 看到了吗?matter-options有关详细信息,

用户可见的重大更改

• ' matter '对象的' show() '方法现在打印数据头的预览

• 可以使用新的选项getOption(' matter.show.head ')和getOption(' matter.show.head.n ')来控制数据打印。

1.11.1版的更改

新功能

• 增加了' stream_stat '类，用于流式统计函数s_mean()， s_var()， s_sd()等。

MEB

版本0.99.3的更改

• 最新的。

0.99.2版的更改

• 更新包，使用roxygen构建命名空间，并在MEB函数中使用seq_len()。

0.99.1版的更改

• 更新包。

0.99.0版本的更改

• 更新包转换数据格式，使数据输入和输出与标准Bioconductor表示(如summarizeexperiment)一致。

MetaboSignal

1.14.1版的更改

• MS_keggNetwork返回交互子类型(例如激活)而不是类型(例如PPrel)。谢谢Shilpa Harshan注意到这一点!

metagene2

1.1.4版本变更(2019-07-12)

• 改进设计中控制样本的文档。

1.1.3版本变更(2019-05-13)

• 当参数验证失败时，metagene2对象现在将退回到前一组参数，而不是最终处于无效状态。

1.1.2版本变更(2019-05-09)

• rnaseq模式现在默认设置strand_specific为TRUE。

1.1.1版本变更(2019-05-03)

• 增加了log2_ratio正常化选项。

• 修复了阻止strand_specific和stitch模式协同工作的错误。

1.1.0版本变更(2019-04-05)

• 提交包给Bioconductor。

metaMS

1.21.4版的更改

• 在注释管道中拉请求接受错误更正

1.21.2版的更改

• 改变维护者

MetCirc

1.15.2版本变更(2019-09-09)

• 添加codecov

• 添加Travis-CI进行持续集成

1.15.1版本变更(2019-08-29)

• 在依赖项中添加ggplot2

• 将GPL-2更改为GPL-3许可证

1.15.0版本变更(2019-04-23)

• 实现MSnbase Spectra/Spectrum2作为MS2光谱的容器，改变它们接受光谱对象的所有函数

• 将MSP文件转换为谱文件

• 更改数据文件:change convertMSP2MSP。RData来convertMsp2Spectra, create spectra.RData, update similarityMat.RData

• 删除数据文件:binnedMSP。RData idMSMStoMSP。RData

MethCP

0.99.0版本的更改

• 提交给Bioconductor

methrix

0.99.0版本的更改

o提交给Bioconductor

methylGSA

1.3.5版的更改

• 使用IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19

1.3.2版的更改

• 闪亮的应用程序是可用的包

1.3.1版的更改

• 修复了methylgometh中的Bug

MGFR

1.10.1版的更改

• 将getBM()中使用的参数“entrezgene”更改为“entrezgene_id”，因为这在Ensembl数据库中被更改，并在内部函数“.get.genes.rnaseq()”中导致错误。

微生物组

2.0版本变更(2019-08-20)

• 添加了Spreadplot功能

• 从函数中删除现成的主题

• 添加is.compositional

• 修正了core_members中的一个错误(现在也允许非组成检测)

• 删除rm。na option from aggregate_taxa

• 弃用noncore_*函数(替换为rare_*函数)

• 删除variable_members函数

• 从R-3.3.3及更低版本移除支持

microbiomeDASim

0.99.0版本变更(2019-08-26)

• 提交给Bioconductor

miRSM

1.3.2版的更改

• 更新miRSM功能<2019-09-11，星期三>

1.3.1版的更改

• 增加模块化分析<2019-08-12,Mon>

miRspongeR

1.11.1版的更改

• 添加引文<2019-05-10,Fri>。

mixOmics

6.8.6版本的更改

新功能/增强

-

错误修复

• 修复了单个样本预测的预测函数错误-修复了长变量名的plotloading错误

小的改进

• plotIndiv的组参数中的缺失值不再抛出错误- mixOmics::predict函数文档现在更容易访问

6.8.5版的更改

错误修复

• 修正了linnerud数据集的名称。

6.8.4版的更改

小的改进

• 包启动消息，直接喜欢有用的资源- mixOmics函数文档消除了歧义，说明如何获得包帮助。

6.8.3版的更改

新功能/增强

• 你现在可以自定义auroc图。更多信息请参考文档。

错误修复

• 固定曲调。SPLS和pef。Plsda在使用cpu参数进行并行处理时出现错误

小的改进

• Auroc帮助文件现在更新了最新的变化

6.8.2版的更改

小的改进

• 更新了onLoad消息，讨论论坛信息，错误报告，和更多-从pca中删除遗留的comp.tol参数

6.8.1版的更改

错误修复

• 穿孔。在提取名字的情节错误修复-少数修复调。splsda与AUC

小的改进

• 情节。perf现在尊重自定义y范围的ylim参数-添加行为准则-更新的描述与错误报告和生物视图
• 更新的自述

MMAPPR2

0.99.0版本的更改

• 提交给Bioconductor

MMUPHin

0.99.2版本变更(2019-10-21)

• 修改Maaslin2_wrapper和rma_wrapper的默认输出为tempdir()

0.99.1版本变更(2019-10-15)

• 切换参考链接的图和fpc在Rd文件。

0.99.0版本变更(2019-10-15)

• 首次提交给Bioconductor。

MOSim

0.99.0版本变更(2019-06-13)

• 提交给Bioconductor

motifStack

1.29.8版的更改

• 从小插图中删除谷歌学者。

1.29.7版的更改

• 在小插图中添加谷歌学者。

1.29.6版的更改

• 修复了“网格”和“图形”输出混合plotMotifStackWithPhylog的错误

1.29.5版的更改

• 修复importMatrix不能处理空矩阵的错误。

1.29.4版的更改

• 修复了标记在对齐时移动位置的错误。

1.29.3版的更改

• 接受pcm为plotMotifLogoA

• Geom_motif接受x,y，宽度，高度

1.29.2版的更改

• 添加标记

1.29.1版的更改

• 添加函数geom_motif

msa

1.18.0版本的更改

• 作为Bioconductor 3.10的一部分发布

1.17.2版的更改

• 从包小插图中删除更改历史，以便于维护

1.17.1版的更改

• 固定正则表达式，以符合PCRE2

• 修复了gc库的Windows makefile

• 固定的Windows清理脚本

• 固定的src / Makevars.win

1.17.0版本的更改

• Bioconductor 3.10 devel的新分支

MSnbase

2.11版的更改

2.11.13的变更

• 修复readSRMData (issue #486)中导致函数不区分具有不同前体碰撞能量的色谱图的错误。

2.11.12的变更

• 修复了pickPeaks中的错误:为匹配提供的msLevel的光谱设置变量居中为TRUE。—增加参数msLevel。光滑。

2.11.11的变更

• 更新新闻文件标题以与其他Bioc包一致。

2.11.10的变更

• 对consensusSpectrum的更新:添加参数mzFun，允许为m/z值定义聚合函数，将mzd的默认值更改为0(因此默认情况下避免估计m/z差异)，并将参数intensityFun的默认值更改为中值。

2.11.9的变化

• 使用最新的mzR

2.11.8的变化

• 更新URL指向pkgdown站点

2.11.7的变化

• 在consensusSpectrum中增加参数weighted，默认报告共识峰值的m/z值的强度加权平均值，改为报告最大峰值<2019-09-12 Thu>的m/z值。

2.11.6的变更

• 更新以匹配mzR版本2.17.4 <2019-09-04 Wed>的变化。-在pickPeaks中添加参数msLevel，允许在特定的MS级别中拾取峰值。参见#478 <2019-09-04星期三>。

2.11.5的变化

• 使用filterMsLevel, filterMz, filter极性，filtertert, filtericittionnum, filterEmptySpectra, filterPrecursorScan, productMz, filterPrecursorMzandfilterIsolationWindowgenerics fromProtGenerics。

2.11.4的变化

• plot,Spectrum,Spectrum现在也支持MS1频谱(见#477)<2019-07-23 Tue>

2.11.3的变更

• Make combineFeatures一个方法<2019-05-31 Fri> -删除关于在MSnbase 1.17.6(2015-06-21)中引入的calculateFragments '中“changes”参数含义改变的消息。<2019-06-01周六> -实现组合espectra,MSnExp(见#474)<2019-06-02周二>。

2.11.2的变更

• 修复了calculateFragments中中性损失计算的错误。对于“水的损失”，去掉了HO~2~的质量，而不是H~2~O(见#462)。感谢Max Helf (@mjhelf)的修复(见#463)<2019-05-31周五>。

2.11.1的变更

• 将泛型迁移到ProtGenerics

2.11.0的变化

• Bioconductor 3.10 (devel)

msPurity

1.11.5版的更改

• Frag4feature fileid修复了从因子到字符的转换

• 添加缺失的plyr:: reference(感谢jsaintvanne)

1.11.3版的更改

• combineAnnotation函数的大修。现在使用本地数据库，因为以前的API调用将花费太多的时间来完成，并且不可用

• createMSP的各种更新，使其与Galaxy工作流兼容

• 添加到purity ya的参数，允许用户在计算插入的前体离子纯度时，在扫描之间更改MZ值的PPM公差

• 更新spectralMatching结果列，以包括额外的细节(例如保留时间)

• 更新spectralMatching，使PostgreSQL或MySQL数据库可以作为查询或库的输入

1.11.2版的更改

• 修复了使用MSMS数据的EIC的错误

1.11.1版的更改

• 修复了不使用元数据表时重复MSP光谱的错误

• 为“创建数据库”代码增加了xcms3到xcmsSet转换

• 修复了sirius组合注释(不正确的列格式)

1.11.0版本的更改

• Bioconductor开发(自动版本碰撞)

mzR

2.19.6版的更改

• pwiz后端头返回NA而不是0未定义或缺失信息<2019-09-24 Tue>。

• pwiz后端重写的峰值(较小的性能改进)<2019-09-26 Thu>。

2.19.5版的更改

• version bump强制使用最新的Rcpp构建

2.19.4版的更改

• 添加标题列scanWindowLowerLimit和scanWindowUpperLimit

2.19.3版的更改

• 使用ProtGenerics::公差generic <2019-08-16 Fri>

2.19.2版的更改

• 修复问题190，在clang-8.0上编译

2.19.1版的更改

• 删除分析器泛型，现在在ProtGenerics <2019-05-13 Mon>

NADfinder

1.9.2版的更改

• 更新引用。-更新trimPeaks。R来filter peaks using adjusted pvalues and trimmed peaks by removing windows with zscore < 1.696

1.9.1版的更改

• 添加引用。

NBAMSeq

1.1.1版本变更(2019-08-16)

• 添加了一个新的功能makeplot

• 对小插图中的可视化部分进行了修改

ncGTW

0.99.7版本变更(2019-08-22)

• 添加citaion

0.99.2版本变更(2019-06-19)

• 提交给Bioconductor

0.5.0版本变更(2019-04-02)

• 上传到GitHub

netboost

1.1.3版本变更(2019-08-01)

• 引入完全基于排名的扩展(netboost(…，robust_PCs=TRUE,filter_method= " spearman "，method= " spearman "))。

1.1.1版本变更(2019-05-06)

• 介绍基于皮尔逊、斯皮尔曼和肯德尔滤波的方法。

ngsReports

1.1.1版的更改

• 添加plotAlignmentSummary ()

• 添加plotFastqcPCA ()

• 为importNgsLogs()添加了quast, busco, cutadapt, featurests, trimmomatic, flagstats和AdapterRemoval支持

• 为importNgsLogs()的报告类型启用自动检测

1.0.2版的更改

• 增加了A.thaliana的默认gctheory对象的转录组GC内容

1.0.1版的更改

• 默认FastQC模板中的表现在可以滚动查看更大的数据集

• 从默认FastQC模板中删除Kmers

• 更正了小插图中的错别字，添加了单独的许可证文件并更正了dplyr更新

• 修正了writeHtmlReport的依赖关系

NormalyzerDE

1.3.3版的更改

• 使用experimentObj执行NormalyzerDE时扩展了输入验证

1.3.2版的更改

• 正确显示状态文本中被NA替换的值的数量

1.3.0版的更改

• 与Bioconductor的更改同步

normr

1.11.2版的更改

• 添加正确的引用

1.11.1版的更改

• 维护者邮箱地址更新

omicplotR

1.5.4版的更改

• 显式调用一些函数以防止冲突(jsonlite::fromJSON)

• 正确的命名空间和描述

• 从ui中删除“require(libraries”

• 修正了计算aldex对象的错误。有时需要点击两次生成效果图。

• 版本撞

• 在rab_script和server中将T更改为TRUE。R

1.5.1版的更改

• 选择伪计数或CZM

• 改变了如何手动选择效果大小的条件。现在，输入列号

• 增加了直接从MGNify数据库通过输入研究ID下载GO纤薄注释特征表的能力

• 增加了交互效应大小的密度图

• 目前依赖于ALDEx2的特定版本(临时)

OmnipathR

0.99.12版本变更(2019-10-21)

• 复合体中基因之间的分离(从破折号到下划线)的修改

0.99.0版本变更(2019-10-10)

• 提交给Bioconductor

OncoSimulR

2.15.2版本变更(2019-08-14)

• 尝试在FitnessLandscape/input.c中阻止fscanf警告

2.15.1版本变更(2019-06-06)

• 添加麦哲伦的来源和功能从麦哲伦。

2.15.0版本变更(2019-06-06)

• 碰撞版本匹配当前的Biocdevel。

onlineFDR

1.4.0版本的更改

修改

• 增加了Tian和Ramdas的在线FWER算法[2019b]

• 增加Tian和Ramdas [2019a]的ADDIS算法

• 增加了Zrnic等人[2018]的异步在线测试算法。

• 增加了在线FDR控制的SAFFRON程序[Ramdas等人，2018]

• 增加了Ramdas等人的alpha投资程序。[2018]

• 更新后的装饰图案

• 弃用LORDdep，增加了LORD的功能

• 已弃用bonfinite，由AlphaSpending取代

• 删除了LORD版本1和2

• 添加单元测试

• 更新的引用

• 更新的作者

oppti

版本0.99.13的更改

第一个版本Bioconductor 3.10发行版(2019年9月)中的功能

• artImpute通过忽略离群值，人为地忽略和单独地计算每个数据条目

• clusterData分级聚类分析

• dropMarkers筛选标记

• dysReg分析失调(突出)事件

• markOut显示外围表达式

• oppti离群蛋白和磷酸靶的鉴定

• 分析假定的异常值

• 绘制密度

• rankPerOut根据异常事件的百分比对标记进行排名

• 分析失调的显著性

Organism.dplyr

1.14.0版本的更改

新功能

• src_organism()支持选项overwrite=FALSE，可选择性地覆盖从以前的txdb版本创建的现有(缓存)资源。

• src_organism()支持从TxDb对象进行构造。

先驱者

1.3.2版的更改

• 文档

• 新的绘图功能- plotExpectedVsObservedCounts() - plotCountGeneSampleHeatmap() - plotExpressedGenes()

• 小错误修复

• 链接到出版物修订版0.99.29

• 重大变化

• 改进的自编码器模型。

• 更新的API

• 改进默认参数。第二生物导体提交0.99.10

• 更小和更快的示例数据集

• c++中的损耗和损耗梯度

• 修复了初始BIOCONDUCTOR提交0.99.8的错误

• 更好的文档

• 默认值变化很小

• 代码清理和改进

• 修正了R自动编码器0.99.7的错误

• 添加自动编码器的R实现

• 默认值变化很小

• 更新和完成文档

• 小错误修复和更新自动修正0.99.6

• 绘图函数的微小变化

• 更新接口到自动更正

• 错误修复了GITHUB发布的先锋0.99.5

• 在GitHub上预发布的先驱者初始设置的先驱者版本0.99.2

• 初始设置的OUTRIDER包

• 增加了自动校正(自动编码器)作为标准化功能

pathwayPCA

1.1.1版的更改

2019-06-06

我们在Bioconductor 3.9 devel上的构建在第二个小插图中失败了。这个补丁解决了这个问题。

Pbase

0.25.1版的更改

• 删除映射函数，移动到ensembldb包。< 2019-08-08 >星期四

• 标记已弃用包<2019-08-08 Thu>

pcaExplorer

2.12.0版本的更改

错误修复

• 修正了应用程序初始化时由于shinyAce在>= 0.4.0版本中引入的新行为而导致的错误-如果提供了过高的类别报告，topGOtable不会生成带NAs的行

其他的笔记

• topGOtable返回的data.frame中的列的类型现在正确地引用了它们所包含的类型-例如，p值现在存储为数值-引用现在引用了已发表的手稿- https://doi.org/10.1186/s12859-019-2879-1

PCAtools

2.0.0版的更改

• 添加parallelPCA函数来执行Horn的并行分析，它选择一个理想的主成分数量来保留(由Aaron Lun提供)

• 添加了findElbowPoint函数，它可以在解释的方差曲线中找到弯头点，也可以用来确定要保留的主成分的数量(由Aaron Lun提供)

• 用户现在可以为点指定自定义标签

• 修复了双标图将所有东西都涂成黑色的单色参数的错误

peakPantheR

0.99.3版本变更(2019-10-01)

• Bioconductor提交的修订

0.99.2版本变更(2019-09-10)

• Bioconductor提交的修订

0.99.0版本变更(2019-06-09)

• 提交给Bioconductor

完美的

0.99.11版本变更(2019-09-19)

• 固定的错误

• 对移除骑士数据集进行了以下重大更改

0.99.10版本变更(2019-09-17)

• 提交给Bioconductor

PGA

1.15.1版的更改

• 从融合事件构建蛋白质数据库的实现(buildFusionProteinDB)。目前，该函数只支持STAR-fusion的调用结果。

1.14.1版的更改

• 增加参数设置FDR

• 更新解析器程序V

PhyloProfile

版本0.99.31的更改

• 提交给Bioconductor

钢琴

2.2.0版的更改

错误修复

• 修复loadMAdata中import exprs<- bug。

2.0.1版的更改

错误修复

• 修复了exploreGSAres()中网络图中的错误消息处理。

Pigengene

1.11.34版本变更(2019-10-21)

一般

• 管道现在在小插图中一步一步地解释。

1.11.32版本变更(2019-10-18)

现有功能的更改

• compute的Data参数。色素原现在可以是一个只有一列的矩阵。

1.11.30版本变更(2019-10-02)

现有功能的更改

• doRetuNetworks参数现在被添加到combine.networks函数中。

1.11.28版本变更(2019-10-01)

新功能

• Message.if()现在被导出。

1.11.26版本变更(2019-09-26)

现有功能的更改

• 在gene.mapping()函数中更好的QC，如果输入不合适，可能的键将被打印出来。

新功能

• Save.if()现在被导出。

1.11.24版本变更(2019-09-03)

错误修复

• 在combine.network()函数中，selectedModules不需要是“All”。同样，如果saveFile=NULL，将不会保存任何内容而不会出现任何错误。

1.11.20版本变更(2019-05-15)

现有功能的更改

• Data和Labels现在可以是列表，在分析之前将使用combine.network()进行组合。

1.11.4版本变更(2019-05-02)

错误修复

• Repeat.data (times=1，…)现在产生有效输出。

podkat

1.18.0版本的更改

• 作为Bioconductor 3.10的一部分发布

1.17.3版的更改

• 从包小插图中删除更改历史，以便于维护

1.17.2版的更改

• DESCRIPTION文件(GNU的系统要求)和src/Makevars的微小更改

1.17.1版的更改

• 更改VariantAnnotation类的summary()方法，以便与GenomicRanges包中的print()方法保持兼容

• 文档和包小插图的相应小调整

1.17.0版本的更改

• Bioconductor 3.10 devel的新分支

聚酯

版本1.99.3的更改

• 现在导出NB函数

• 注意GitHub上的1.99.3版本是Bioconductor上的1.1.0版本。

版本1.99.2的更改

• 修复了片段生成中的错误(转录本的最后2个碱基从未测序)

pqsfinder

2.2版的更改

用户可见的重大更改

• 默认最低PQS分数从52降低到47。47分显示了Marsico等人2019年提供的新G4测序数据的最佳平衡准确性。

错误修复

• 修正了允许无限长度的第三循环导致无效内存访问和随机得分的错误。

proDA

0.99.0版本变更(2019-06-02)

• 首次提交

pRoloc

1.25版的更改

1.25.2版的更改

• 修复了新的biomart属性<2019-08-09 Fri> - Bug修复:将fcol传递给helper函数(参见https://support.bioconductor.org/p/123614/) <2019-08-09 Fri>

1.25.1版的更改

• 始终使用mvtnorm::dmvnorm <2019-06-21 Fri>

1.25.0版的更改

• Bioc 3.10的版本变化

ProtGenerics

1.17.4版的更改

• 光谱和色谱包需要新的泛型<2019-08-20周二>

1.17.3版的更改

• 新公差泛型<2019-08-16周五>

1.17.2版的更改

• 新的泛型(见issue #8) <2019-05-12 Sun>

1.17.1版的更改

• 从MSnbase <2019-05-11 Sat>移动许多泛型

PureCN

1.16.0版本的更改

新功能

• 在质量较差的区域标记段

• predictSomatic现在提供对数可能性的等位基因平衡(等位基因。失衡列)为每个变体

• 增加了readLogRatioFile函数来读取GATK4的DenoiseReadCounts输出文件，其中包含log2肿瘤/正常比率

• 增加了readSegmentationFile函数来读取包含分段log2肿瘤/正常比率的GATK4 ModelSegment输出文件

• 增加callAmplificationsInLowPurity调用样本中< 10%纯度的基因水平扩增

• Dx。Rnow reports chromosomal instability scores (available also via callCIN function)

• Dx。Rsupports deconstructSigs 1.9.0 and COSMIC signatures v3. To run both v2 and v3, simply add –signature_databases signatures.exome.cosmic.v3.may2019:signatures.cosmic to Dx.R

用户可见的重大更改

• 使filterTargets和createTargetWeights失效

• setMappingBiasVcf现在返回data.frame

• 最佳实践现在是基于html的

• 在setMappingBiasVcf中将normal.panel.vcf.file重命名为mapping.bias.file;在1.18中，setMappingBiasVcf将不再接受VCF，而是需要一个预先计算的映射偏差RDS文件。

• calculateIntervalWeights现在直接由createNormalDatabase调用，信息包含在normalDB RDS对象中。因此，不建议使用此函数。

• 列基因。mean in callchanges输出现在加权区间权重可用时

• 修改preprocessinterval中min.target.width的默认值从10到100 (#73)

• 写所取代。表与数据。表::fwrite自动支持生成gzip输出(需要数据。表1.12.4，#106)

• 报道。Rnow gzips BAM file coverage (requires data.table 1.12.4, #106)

• 输出覆盖文件现在将FALSE编码为0,TRUE编码为1

• PureCN。Rnow bgzips and tabix indexes VCFs when –vcf is provided

修正

• 修复了CCF计算中导致NAs的错误(发生在高覆盖率的样本中，> 1等位基因拷贝数的早期突变)

• 修复了preprocessinterval中出现小目标(< min.target.width)时的错误

• 修复了当VCF包含索引时callMutationBurden中的错误(#82)

• 当snp时，死亡与有用的错误消息。黑名单导入失败

• 检查输入分割文件的缺失值导致崩溃

• 修复了当ALT字段错过ref计数时Varscan2产生vcf的崩溃(#109)

pwrEWAS

0.1.0版的更改

• 初始版本

QDNAseq

1.21.6版本变更(2019-09-25)

错误修复

• 到“GEM库”工具的链接被破坏。

1.21.5版本变更(2019-09-09)

错误修复

• QDNAseqSignals上的plot(…，logTransform=TRUE, doSegments=TRUE)会错误地定位超出范围的段，因为它忘记对这些异常值进行对数变换。

1.21.4版本变更(2019-09-06)

重大的改变

• Bin注释数据文件不再自动下载。它们是Bioconductor注释包qdnnaseq的一部分。hg19和qdnnaseq。Mm10，用户自行安装。如果没有安装，现在将产生一个错误。这一变化的原因是QDNAseq维护者将不再在线(在云中)托管QDNAseq bin注释文件。

1.21.3版本变更(2019-09-04)

新功能

• 所有产生详细输出的函数都获得了参数' verbose '。为了向后兼容，它目前默认为' verbose=TRUE '，但在未来的版本中可能会更改为' verbose=FALSE '。

改进

• callBins()现在尊重选项' QDNAseq::verbose '，用于控制CGHcall包的输出是否应该被中继。

• 内存:利用内存效率更高的matrixStats函数colSums2()、colMeans2()等。

弃用和失效

• segmentBins()的参数“seeds”已弃用，因为它没有使用适当的并行随机数生成(RNG)。我们现在依赖的是未来。apply::future_lapply(…，future.seed=TRUE)

1.21.2版本变更(2019-09-03)

重大的改变

• 包现在导入“future”和“future”。应用的包;此前，“未来”被列为建议方案。

• 软件包不再依赖于BiocParallel。

• binReadCounts()现在使用future框架而不是BiocParallel进行并行化。

改进

• 内存:在更多的地方避免数据类型强制，例如，确保向量和矩阵的初始值是正确的数据类型(而不是默认的NA，这是一个逻辑值)。

软件质量

• 使用经过充分测试的future的future_lapply()和future_apply()。应用包而不是内部模拟实现。

• 测试:现在也在测试并行处理的数值再现性(使用未来的策略“多会话”和“多核”)。

• 测试:现在断言数值再现性也segmentBins()和callBins()。

1.21.1版本变更(2019-08-30)

重大的改变

• exportVCF()不再被导出。使用exportBins(…，format= " vcf ")代替。

qPLEXanalyzer

1.3.2版的更改

• 将mergePeptides添加到NAMESPACE

1.3.1版的更改

• 增加了合并肽功能，将相同的肽总结为特定蛋白质的单个肽。

Qtlizer

0.99.12版本变更(2019-09-06)

• Eval =false的包安装在小插图

• 小插图的标题变化

0.99.11版本变更(2019-09-03)

• 合并Bioconductor评审员的意见

0.99.10版本变更(2019-08-27)

• 小

0.99.9版本变更(2019-08-27)

• 错误修复，错误处理

0.99.8版本变更(2019-08-27)

• 额外的HTTP错误处理

0.99.7版本变更(2019-08-27)

• 小

0.99.6版本变更(2019-08-27)

• 代码修改

0.99.5版本变更(2019-08-27)

• 增加了参数return_obj，可以获得一个GenomicRanges::GRanges对象

0.99.4版本变更(2019-08-14)

• 增加参数ld_method和corr

0.99.0版本变更(2019-08-12)

• 提交给Bioconductor

RaggedExperiment

1.10.0版本的更改

Bug修复和小的改进

• 包括qreduceAssay示例的TCGAutils函数的引用
• 为raggeexperiment构造函数添加健壮性，包括单元测试
• 在小插图中包括类和分析操作概述示意图

Rcpi

1.21.1版本变更(2019-05-17)

改进

• 移除AppVeyor CI，因为频繁的Bioconductor安装和依赖问题，这些问题与包本身无关。更新了GitHub存储库链接，因为最近的句柄变化。更新了小插图的风格。

Rcwl

1.1.12版本变更(2019-09-09)

• 添加ExpressionTool, Extensions和Metadata

1.1.7版本变更(2019-07-25)

• 新特性，baseCommand与R函数一起工作

RcwlPipelines

1.1.14版本变更(2019-10-21)

• 增加pvactools新抗原预测管道

1.1.8版本变更(2019-08-22)

• 添加更多体细胞变异调用:VarScan2, LoFreq，缪斯，SomaticSniper, VarDict，柳叶刀，蝠鲼，strelka2

1.1.5版本变更(2019-07-19)

• 结构更新:导出所有工具和管道。

• 增加了GATK4 Mutect2工具和管道。

• 在cwlTools元数据中增加命令和容器。

• 装饰图案更新。

1.1.2版本变更(2019-05-22)

• 修复cwltool 2019的samtools索引错误

RCy3

2.6.0版的更改

• 新增函数:—createGroupByColumn—clearEdgeBends—getNodePosition

• 为- getSelectedNodes - getSelectedEdges返回suid的新参数

• 作为命名列表返回的节点和边缘属性值

• 更快的结果获得所有节点和边缘属性值，#78

• 在导出函数中更健壮的文件类型处理

• 在createNetworkFromDataFrames中更健壮的数据帧处理

• 新支持加载列表数据

• 文档修复-增加过滤器概述小插图-改进文件类型处理描述

2.4.4版的更改

• 错误修复-过滤器函数- #73错误的参数

2.4.3版的更改

• 错误修复-导入函数- #62修复默认目录

2.4.2版的更改

• 错误修复- getEdgeInfo - #61缺失的函数

2.4.1版的更改

• 错误修复- getLayoutPropertyNames - #59固定返回值- createNetworkFromIgraph - #58扁平列表属性为字符串

ReactomeGSA

0.99.8版本变更(2019-08-13)

• 删除的包启动消息

• 名称的拼写更改为ReactomeGSA

• 从方法签名中删除了所有默认值

• 为ReactomeAnalysisRequest类添加了构造函数。

0.99.7版本变更(2019-07-22)

• 修改了get_reactome_methods函数，以提供更可读的概述

• 将反应体分析服务API URL改为新域名。

0.99.6版本变更(2019-07-09)

• 例子中的小错误修正

0.99.5版本变更(2019-07-09)

• 更新小插图到新的API数据类型

• 添加了新的函数remove_dataset

• 修正了在AnalysisRequests中覆盖现有数据集时的错误

• 修正了路径函数没有对路径表进行排序的错误

0.99.0版本变更(2019-07-01)

• 提交给Bioconductor

重新计票

1.11.14版的更改

• 增加了一条新闻。Md文件来跟踪包的更改。

1.11.13版本的更改

新功能

• 增加了函数getTPM()在https://support.bioconductor.org/p/124265和基于Sonali Arora等https://www.biorxiv.org/content/10.1101/445601v2讨论。

1.11.12版本的更改

错误修复

• 现在geo_features()可以处理@Jacques.van-Helden在https://support.bioconductor.org/p/116480/上报告的场景。

1.11.7版的更改

用户可见的重大更改

• 将.load_install()重命名为.load_check()，因为该函数现在只检查包是否已安装，如果缺少则返回错误。该错误向用户显示如何安装他们丢失的包，而不是自动安装。这符合马塞尔·拉莫斯在https://github.com/leekgroup/recount/issues/14的要求。

1.11.4版的更改

新功能

• 增加了基于//www.andersvercelli.com/developers/how-to/web-query/的函数download_2021欧洲杯体育投注开户retry()，这样download_file()和其他重新计数函数将在放弃之前重新尝试下载文件3次。这应该有助于减少偶尔失败的Bioconductor夜间检查的数量。

地区

1.18.0版本的更改

新功能

• 扩展了对grange的支持。现在可以将覆盖对象(例如toGRanges(coverage(A)))转换为GRanges。它还支持”。assoc "文件产生的PLINK。

• overlapPermTest现在支持B中的多个区域集，并且将对每个区域集执行多置换测试，比单独测试它们快得多。

错误修复

• 多个错误修复

regionReport

1.19.2版的更改

• 增加了一条新闻。Md文件来跟踪包的更改。

用户可见的重大更改

• load_install()重命名为load_check()，因为这个函数现在只检查包是否已安装，如果缺少则返回错误。该错误向用户显示如何安装他们丢失的包，而不是自动安装。这符合马塞尔·拉莫斯在https://github.com/leekgroup/recount/issues/14的要求。

rGREAT

1.17.1版的更改

• 查询GREAT时，分配name和backName

• 使用rmarkdown进行小插图

• 支持GREAT版本4.0.4

• 添加启动消息

rhdf5

2.30.0版本的更改

新功能

• 函数H5Lmove和H5Lcopy现在可以导出并访问。

错误修复

• 打印错误消息时，源文件名不再被破坏。

• character()向量中的NA值现在可以写入HDF5数据集。

Rhdf5lib

1.8版的更改

新功能

• HDF5内部版本更新至1.10.5

错误修复

• 引用pkgconfig()报告的路径，允许在库中安装路径为空白。

Rhtslib

1.18.0版本的更改

新功能

• 编译HTSlib时启用libcurl

• 支持包含空白的安装路径

用户可见的重大更改

• 在所有类unix系统上从动态链接切换到静态链接(参见commit db1d8e17)

• Package现在需要libbz2 & liblzma & libcurl(带有头文件)，以及GNU make。这在新的SystemRequirements字段中声明。

错误修复

• 使用预处理器标志-D_FILE_OFFSET_BITS=64。这解决了大文件在Windows上被截断的棘手问题。参见https://support.bioconductor.org/p/124568/

• 不要在Linux或Mac上覆盖${R_HOME}/etc/Makeconf中设置的CPPFLAGS、CFLAGS或LDFLAGS值

RNAmodR

0.99.0版本变更(2019-04-29)

• 提交给Bioconductor

RNAmodR。AlkAnilineSeq

0.99.0版本变更(2019-04-29)

• 提交给Bioconductor

RNAmodR。毫升

0.99.0版本变更(2019-04-29)

• 提交给Bioconductor

RNAmodR。RiboMethSeq

0.99.0版本变更(2019-04-29)

• 提交给Bioconductor

RnBeads

2.3.3版的更改

• 修正了年龄预测和免疫估计中的非ASCII列名

2.3.2版的更改

• 增加了不同样本组中推断协变量的分层图

的方式

2.13版的更改

2.13.2版的更改

• 删除失败的测试-术语现在已过时<2019-10-12 sam.>

2.13.1版的更改

• 修复测试失败<2019-08-12 Mon>

ropls

1.17.34版的更改

新功能

• ' view '方法(imageF和strF函数的包装器)

1.17.32版本的更改

错误修复

• 情节。oplsMultiDataSet修正以包括.pdf文件中的所有绘图

1.17.30版本的更改

次要的修改

• getMset文档中的其他更正(示例)

1.17.28版的更改

次要的修改

• 纠正getMset文档中的拼写错误(示例)

1.17.26版本的更改

次要的修改

• 在MultiDataSet模型的图中包括集合名称

1.17.24版的更改

次要的修改

• 修正“残差”和“plot-oplsMultidDataSet”的文档

1.17.22版本的更改

内部修改

• 更正了oplsMultiDataSet类文档中的示例

1.17.20版本的更改

新功能

• 当oppls方法应用于ExpresssionSet时，用于根据pData数据帧中的一列着色(评分图)的plotPhenoDataC参数

1.17.18版本的更改

内部修改

• 微小的内部修改

1.17.16版本的更改

内部修改

• 微小的内部修改

1.17.14版本的更改

新功能

• 分析多数据集(' NCI60_4arrays '来自' omicade4 '包)的示例

1.17.12版本的更改

新功能

• 图形上显示多个数据集名称

1.17.10版的更改

新功能

• oplsMultiDataSet对象的绘图方法

1.17.8版本的更改

新功能

• opl现在可以应用于MultiDataSet对象;getMset方法来提取互补的MultiDataSet

1.17.6版的更改

内部修改

• 微小的内部修改

1.17.4版的更改

内部修改

• 微小的内部修改

1.17.2版的更改

新功能

• 信息。txtC和fig.pdfC参数值NULL和NA分别替换为' none '和' interactive '

rpx

1.21版的更改

1.21.3版的更改

• 更新新闻标题

1.21.2版的更改

• 临时修复了问题#5(来自PRIDE服务器的错误URL) <2019-10-02 Wed>

1.21.1版的更改

• 不要设置旧类<2019-08-09周五>

Rsubread

2.0.0版的更改

• Rsubread包被移植到Windows操作系统。

• 新函数cellCounts():生成Chromium 10X单细胞RNA-seq数据的UMI计数。

• flatgtf()函数可以合并或剪切重叠的特征。

• 在开始读映射之前，检查并显示计算机上可用的内存量。

• 优化buildindex()函数中使用的数据结构，以减少其内存使用。

• qualitscores()函数可以从所有读取中检索质量分数。

• featurerts()、align()、subjunc()和prompmapped()函数返回的对象的列名中包含的文件路径将在适当的地方被删除或缩短。

• 如果在同一个输入文件中同时发现单端和配对端读取，featucounts()将被终止。

• 对于所有函数，输入文件名的长度限制增加到1000字节。

RTCA

版本2009-07-13的更改

• combineRTCA(list):附加列重命名为Plate。根据列表项名称计算值。当列表没有名称时，将使用从1开始的整数索引。在文档中特别注意部分带有名称的列表。

• parseRTCA(文件,12月= "。，phenoData, skipWell，…):文档中新增导入预配置的表型数据示例。文档中的详细信息部分被重新编写，以描述解析过程。

• RTCA-class:添加到RTCA类的实验ID

• Makefile:添加Makefile来简化常见任务，如检查和安装

• plotGridEffect:接受' column '而不是' col '作为模式参数，并将模式作为图例的标题呈现。文档更新。

• plotRTCA:从包中删除，由plot函数代替。

RTCGAToolbox

2.16.0版的更改

新功能

• FirehoseData类中的RNASeq2GeneNorm槽现在是一个列表(来自矩阵)-使用tempdir()作为下载getFirehoseData中的数据的默认目录

Bug修复和小的改进

• 将输出对象中的所有RNASeq2GeneNorm数据集保存为列表。以前，只会返回最后一个数据集(#30)-从getFirehoseData中适当的下载位置读取文件
• 移动静态文本文件引用从“canevolve.org”到GitHub托管位置-检查文件大小使用httr而不是“canevolve.org”查询(@mksamur， #32)

rWikiPathways

1.6.0版的更改

• 路径分析小插图的小更新

1.4.1版的更改

• 更新了findPathwaysByLiterature测试用例(修复了一个假阳性失败)-删除了不可用服务:getColoredPathway的测试

S4Vectors

0.24.0版本的更改

新功能

• 添加因子类。与基数R中的factor类似，不同的是factor对象的级别可以是任意Vector的导数。

• 数据帧比较的新方法(作者:Aaron Lun)

• 添加sameAsPreviousROW()泛型和方法的任何，原子，整数，数字，复杂，Rle，数据帧，和对(Aaron Lun)

• 对pair对象支持更多的比较方法

• 添加在HitsList和SortedByQueryHitsList之间来回强制的方法。

• 为Vector衍生物添加anyduplication()方法。

• 在sort,List中支持' by= '参数

• 为Rle对象添加is.finite()方法

• 为FilterRules对象添加“&”方法以方便连接

用户可见的重大更改

• 添加DFrame类(提交36837bdf)。DataFrame()现在返回一个DFrame实例(提交83b09b19)。

• 现在' stringsAsFactors '在强制某物到DataFrame时被设置为FALSE。

• 从IRanges包中移动splitAsList()

• 从IRanges包中移动S4类“atomic”

• 改进用户提供的元数据列的处理

已弃用且已失效

• 删除phead()， ptail()和strsplitAsListOfIntegerVectors()。这些函数在BioC 3.7中已弃用，在BioC 3.8中已失效。

错误修复

• 修复SortedByQueryHits对象上的split()问题(问题#39)

• 修复以下强制:- Hits -> SelfHits - SortedByQueryHits -> SortedByQuerySelfHits - SelfHits -> SortedByQuerySelfHits - Hits -> SortedByQuerySelfHits在此之前修复所有这些强制似乎工作，但实际上他们默默地生产无效的对象。

• 修复了Rle对象的anyduplication()方法(提交63495d6)

• 修复了用矩阵列替换DataFrame列的问题(提交00169dd6)

• 所有show()方法现在返回一个不可见的NULL(提交f4b4ee76)

SAIGEgds

1.0.0版的更改

• 首次生物导体释放

0.99.0版本的更改

• 包提交给Bioconductor

0.9.10版的改动

• 量化结果的SAIGE算法实现

0.9.9版的更改

• 在包中添加小插图

• 默认的随机数生成器在R中改变:“舍入”是默认的RNGkind ()优先于R_3.6.0，但在R中使用了“reject”(>= v3.6.0)。若要复制R (< v3.6.0)创建的结果，请使用RNGkind(“梅森扭扭”，“反转”，“四舍五入”)in R (>= v3.6.0)

0.9.7版的更改

• seqAssocGLMM_SPA():并行负载均衡

0.9.0版本的更改

• 第一个版本的SAIGEgds

嘘

1.14.0版本的更改

• 移除已弃用的dplyr动词。

• 在runPCA()中移除已弃用的method= option。增加ncomponents=默认值为50。弃用use_coldata=和相关选项，改用runColDataPCA()。切换BSPARAM= default到BSPARAM()。

• 增加了runColDataPCA()函数，用于在colData()上运行PCA。切换异常值检测策略，避免mvoutlier的依赖树。

• 添加了annotateBMFeatures()函数，在不修改输入的情况下执行注释。

• 在getbmfeatureanos()中将所有…选项传递给biomaRt::useMart()。

• 为runPCA()等添加了name=参数，以更改输出reducedDim的名称。

• 添加了logNormCounts()函数，以另一种实验感知的方式计算日志规范化计数。通过DropletUtils增加了一个下采样标准化选项。

• 添加了perCellQCMetrics()函数，以另一种实验感知的方式计算每个单元的QC度量。

• 弃用normalize()方法，该方法被认为过于模糊，无法描述函数的实际操作。

• 增加perFeatureQCMetrics()函数来计算每个特性的QC指标。

• 已弃用calculateQCMetrics()函数，由精简的addQCPerCell()和addQCPerFeature()取代。

• 在可能的情况下，将所有函数泛化，以操作summarizeexperiment和数值矩阵。这涉及到将许多方法转换为S4方法以利用分派。受影响的函数包括normalizeCounts()、calculateCPM()、librarySizeFactors()等。

• 增加了calculateTSNE()和相关的方法来直接操作输入矩阵。

• 将use_dimred=参数重命名为dimred=，并对其他参数进行类似的重命名以保持一致性。

• 在runPCA()和getVarianceExplained()中报告解释为实际方差的所有方差百分比。

• 添加了aggregateAcrossCells()和aggregateAcrossFeatures()来创建一个求和的singlecel实验对象。

• 添加mockSCE()函数为文档生成示例对象。

• 在sumCountsAcrossCells()中支持多个因素对单元格进行分组。

• 在sumCountsAcrossFeatures()中支持分组向量列表。

• 为plotHeatmap()添加了order_columns_by=参数，以便根据给定的因素绘制。将默认值更改为更常见的值。

• 增加了plotDots()函数来创建seurat风格的点图。

• 在isOutlier()中删除默认nmads= 3。

scds

1.2.0版的更改

• CXDS性能提升

• 增加启发式估计数量的双重

schex

版本0.99.7的更改

• 将实用功能中的sapply更改为vapply。

版本0.99.6的更改

• 将链接从修拉改为修拉级。

版本0.99.5的更改

• 修正了通过合并冲突引入的错误。

版本0.99.4的更改

• 修正了小插图中的错别字。-增加了ggplot连接到小插图的解释在小插图中增加了iSEE的交互性说明-修正全局变量。修复plot_hexbin_gene中的文档-重新格式化的新闻。-在描述中增加了建议包。

版本0.99.3的更改

• 最小功能包创建。-主要兼容BiocCheck::BiocCheck()和goodpractice::goodpractice()。

scMerge

1.1.6版的更改

• 在输入SCE对象的槽中接受DelayedArray, HDF5Array和dgCMatrix输入。-显著的scSEGIndex速度优化，并添加BiocParallel支持。-发布后更新scSEGIndex引用。- scMerge现在有svd_k输入，控制RUV步骤中所需的特征向量的数量，以允许对大型数据集进行快速逼近。现在使用BiocSingular来管理所有SVD组件。—现在自动清除SCE的行和列中的零。

1.1.5版的更改

• 增加S4Vectors和singlecel实验依赖包的版本限制。

1.1.4版的更改

• plot_igraph将允许在无监督的scMerge期间抑制igraph输出

1.1.3版的更改

• 列名必须是非null且没有重复项

1.1.2版的更改

• 解决了跨多个批次仅使用单一链接单元类型的问题

1.1.0版的更改

• Bioconductor接受

scPCA

0.99.0版本变更(2019-09-13)

• 提交给Bioconductor

食物

1.14.0版本的更改

• 移除已弃用的近似=和pc。约=参数。

• 移除已弃用的批处理校正功能。

• 增加了pairwiseTTests()的选项，用于对数倍变化的标准化。

• 在quickCluster()， denoisePCA()， doubletCells()和build*NNGraph()中更改默认BSPARAM=为BSPARAM()。

• 添加了pairwiseBinom()函数，用于基因表达的成对二项式测试。

• 重命名pairwiseWilcox()的输出字段以使用AUC以减少混淆。增加了lfc=参数来测试对数倍的变化。

• 增加了fitTrendVar()、fitTrendCV2()、modelGeneVar()、modelGeneVarWithSpikes()、modelGeneCV2()、modelCV2WithSpikes()、fitTrendPoisson()和modelGeneVarByPoisson()函数来建模可变性。

• 已弃用trendVar()， technicalCV2()， improvedCV2()， decomposeVar()， trendVar()， testVar()， makeTechTrend()， multiBlockVar()和multiBlockNorm()函数。

• 修改combineVar()，除非特别指示，否则不通过残差d.f.进行加权。

• 增加了combineCV2()函数来组合单独的CV2建模结果。

• 新增测试。findMarkers()中的type=参数用于在成对DE测试之间切换。新增一行。参数可以轻松地在重新排序的表中包含行元数据。已弃用overlapExprs()，在findMarkers()中由type= " wilcox "取代。

• 添加了getTopMarkers()函数，方便地从成对DE结果中检索标记列表。

• 增加了getTopHVGs()函数，方便地从方差建模结果中检索HVG集。

• 在所有接受block=参数的函数中，不能产生结果的任何级别的阻塞因子(例如，由于自由度不足)现在将被完全忽略，不会对任何统计数据有贡献。

• 增加了getDenoisedPCs()函数，用于通用的基于pca的非singlecel实验输入去噪。将denoisePCA()转换为普通函数，删除了任意矩阵的方法。马克斯下降。Rank =默认值为50，大多数情况下速度更快。

• 增加了calculateSumFactors()函数，用于非singlecel实验输入的反褶积因子的通用计算。将computeSumFactors()转换为普通函数，删除了用于ANY输入的方法。自动猜测min.mean=基于平均库大小。

• 已弃用对插入行的所有特殊处理，当插入作为替代实验存储时，不再需要这些处理。

• 弃用。使用= in computeSpikeFactors(), which is no longer necessary when spike-ins are stored as alternative experiments.

• 已弃用的parallelPCA()，已移动到PCAtools包。

• 修改了clusterModularity()以返回上三角矩阵，修复了非对角线权重在对角线上被分割成两个项的错误。添加了as。参数返回一个对数比矩阵。重命名get。参数get.weights=。

• 简化了doubletCells()中的密度计算，以获得更好的鲁棒性。

• 在combinePValues()中增加了method= " holm-middle "选项，以测试大多数单独的空值是否为真。增加了一个min.prop=选项来控制“most”的定义。

• 增加一个pval。type= " some "选项到combineMarkers()，作为其他两种模式之间的折衷。增加了min.prop=选项来调整pval的严格度。Type = " some "和" any "。

• 增加了getClusteredPCs()函数，以提供一个基于集群的启发式方法来选择pc的数量。

• 增加了neighborsTo*NNGraph()函数，从预先计算的NN结果生成(共享)最近邻图。

• 在quickCluster()中切换到只使用前10%的hvg作为内部PCA。

scTensor

1.2.0版的更改

• 在cellCellReport中添加goenrich、meshenrich、reactomeenrich、doenrich、ncgenrich和dgnenrich

• 修复了cellCellSetting中与稀疏矩阵相关的错误

• 所有小插图都更新了

• 添加了一个用于重新分析scTensor结果的小插图

• 一些bug已经修复

scTGIF

0.99.0版本的更改

• 包发布

SeqArray

1.26.0版的更改

新功能

• 新功能seqAddValue ()

公用事业公司

• RLE染色体编码seqBED2GDS ()

• 修改文件名“vignettes/R_Integration”。Rmd“到”vignettes/SeqArray。限制型心肌病”,因此装饰图案(“SeqArray”)能直接工作

• 修正负载平衡的估计剩余完成时间(ETC)seqParallel ()

错误修复

• seqBED2GDS (verbose = FALSE)应该没有显示

变化

• 在小插图中使用SVG文件而不是PNG文件

1.24.2版的更改

新功能

• 中添加编译器信息seqSystem ()

• 新的论点。平衡”、“。Bl_size '和'。bl_progress”seqParallel ()用于负载均衡

公用事业公司

• 改进Unix fork进程的负载平衡seqParallel ()

错误修复

• 修复seqSummary ()无相位数据时

seqCAT

1.8.0版的更改

特性

• 创建概要文件的Python实现已弃用

• SNV配置文件现在存储为数据帧，而不是GRanges对象

• 的create_profile函数现在将概要文件读入内存，而不是将它们存储在磁盘上。现在也在这一阶段进行线粒体变异的去复制和去除

• 的create_profiles函数现在返回一个数据帧列表

• 一个新函数，write_profile，可以将配置文件写入磁盘

• 的read_profile函数现在读取配置文件而不执行任何去重复或删除线粒体染色体

• 的compare_profiles，compare_many而且list_variants函数现在在内部将输入概要文件转换为grange

• 在创建的SNV配置文件中保持FILTER列

• 为零变量概要文件的创建添加一个检查

• 添加对指定输入样例是否存在的检查

• 去除非标准染色体和变体重复删除现在是可选的，过滤文档已经扩展

sevenbridges

1.15.1版的更改

改进

• 在最近的API改进之后，在Project类中添加了created_by、created_on和modified_on等新字段。这样可以在查询项目时更好地筛选项目。详情见小插图。

SharedObject

0.99.2版的更改

• 清理一些格式问题

0.99.0版本变更(2019-05-16)

• 提交给Bioconductor

signatureSearch

1.1.0版本变更(2019-10-23)

• 初始版本

0.99.20版本变更(2019-10-22)

• 提交给Bioconductor -主要变化-使用HDF5文件批量读写矩阵-数据存储在ExperimentHub中

签名者

1.11.1版的更改

• 忽略染色体边缘的突变

SIMLR

1.11.1版本变更(2019-10-13)

• 修复c++错误。

SingleCellExperiment

1.8.0版的更改

• 增加了altExp()和相关方法来获取和设置可选的实验。

• 添加splitAltExps()实用程序，可以一次创建多个可供选择的实验。

• 增加了swapAltExp()实用程序在主实验和替代实验之间交换。

• 弃用isSpike()， spikeNames()和处理spike-ins的相关参数，支持将spike-ins表示为替代实验。

• sizeFactors()和sizeFactorNames()中已弃用的type=，以前只需要为spike-ins存储大小因子。

• reducedDims()表示的内部更改，以简化子集和组合。

singscore

1.5.1版的更改

• 添加了f1000研究发布的工作流链接，演示了在真实数据集上使用singscore (https://f1000research.com/articles/8-776/v2) -允许以类似于景观图的方式在分散图(plotDispersion)上标记样本(projectScoreLandscape)

sitePath

1.1.10版本变更

• 允许用户选择是否在绘图函数中显示小费标签

1.1.9版的更改

• 为' multiFixationSites '函数的重新采样和汇总步骤添加进度条

1.1.8版的更改

• 添加' plot '函数，用于直接绘制' extractSite '的返回值

• 应用重采样方法' multiFixationSites '

• ' fixationSites '函数应用了旧的' multiFixationSites '

1.1.7版的更改

• 添加功能' extractSite '，以允许从' fixationSites '和' multiFixationSites '的结果访问单个站点

1.1.6版的更改

• 添加功能' setSiteNumbering '，以允许操纵网站编号的引用

1.1.5版的更改

• 移动相似度计算到“addMSA”。这会使函数变慢

1.1.4版的更改

• 使用tip总数除以节点数量作为“mineffective”

• 在搜索固定位点时忽略不变位点

1.1.3版的更改

• 暴露' searchDepath '为' multiFixationSites '

1.1.2版的更改

• 使用“multiFixationSites”用于单个和多个固定位点

1.1.1版的更改

• Bug修复:在“fixationSites”中添加新结果时出错

SNPRelate

1.20.0版的更改

• 允许在文件路径中使用前导波浪号snpgdsGDS2BED ()

• 修改文件名“vignettes/SNPRelateTutorial”。Rmd“到”小插图/SNPRelate。限制型心肌病”,因此装饰图案(“SNPRelate”)能直接工作

1.18.1版的更改

• 支持长向量snpgdsIBDSelection ()

寄居

0.99.8版的更改

• 新增单元test - createTrackll()和msd(

版本0.99.7的更改

• 修复了BiocCheck错误checkforsupportsiteregiregistration -解锁了维护人员的电子邮件帐户

版本0.99.6的更改

• 修正了BiocCheck警告-修正了sojourer .r

版本0.99.5的更改

• 修复了Bioconductor提交审查时提出的各种问题。

版本0.99.4的更改

• 修复了Linux构建错误，并删除了无关的.pdf文件

版本0.99.3的更改

• 修复了git克隆Windows的问题

0.99.2版的更改

• 减少了运行示例的时间

0.99.1版的更改

• 修改system.time()格式

0.99.0版本的更改

• 提交给Bioconductor

猎犬

0.99.0版本的更改

• 提交给Bioconductor

SpatialCPie

1.1版的更改

• (1.1.9)增加了如何自定义分辨率和分配功能的小插图的例子

• (1.1.8)改变UI，以更好地利用屏幕的实际空间

• (1.1.7)在阵列图的提示中增加了“顶级基因”的barplot

• (1.1.6)评分现在基于标准化距离

• (1.1.5)增加了数组图的交互性

• (1.1.4)增加数值稳定性

• (1.1.3)增加日志信息

• (1.1.2)性能改进

• (1.1.1)在集群树提示中增加了“top features”的barplot

飞溅

1.10.0版本变更(2019-10-20)

• 添加(实验性的)Kersplat仿真模型。这个模型包含了基因网络和其他有用的特征。

• 重构summariseDiff函数并添加KS统计量。

• 在比较中添加可变基因相关图，在其他比较图中添加小提琴。

• 当从singlecelexperiment对象进行估计时，检查计数分析。

• 修复了simpleSimulate存储参数的地方。

• 修复BASiCSEstimate和sparseDCEstimate中参数没有正确传递的错误。

• 将scater中的sc_example_counts数据集替换为mockSCE函数。

• 整理和改进估计函数示例，并为建议的包添加检查。

• 与其他包更新的兼容性的各种修复。

SQLDataFrame

1.0.0版本变更(2019-10-01)

新功能

• 支持' select '， ' filter '， ' mutate '和' %>% '管道的简洁语法。

• 支持MySQL数据库表的表示和保存。

• 支持惰性跨mysql数据库表聚合，如join, union, rbind等。

错误修复

• 修正了单个方括号与键列的子集的错误。

0.99.0版本变更(2019-04-05)

• 提交给Bioconductor

sRACIPE

1.1.3版本变更(2019-10-17)

• GeneEx添加到inst

1.1.2版本变更(2019-10-17)

• 时间序列选项添加到scracipesimulate

• 小错误修复

ssrch

1.1.1版的更改

• parseDoc不能正确处理文档标题，修正

• DocSet()在1.0+版本中没有成功，因此添加了新的默认值

• parseDoc假定消除了由read.csv生成的与rowname相关的列，该列在1.1.1中被删除

• 增加了通过parseDoc更新DocSet的测试

• 增加了parseDoc更新手册页的注意事项

• 对于1.1.2，将标题作为字符串添加到可搜索的'令牌'集

statTarget

2.0版的变化

新功能

• 新的GUI鼠标悬停帮助信息。日志文件

• 针对代谢组学和蛋白质组学数据的QC-RFSC方法的信号校正

• 随机森林的新特征选择和基于置换的可变重要度度量

• 新的数据预处理PQN/SUM/无归一化中心/无缩放方法

1.15.4版的更改

• 编辑结果表的列名

• 一旦任何组的样本数量小于5，就跳过roc分析。

1.15.3版的更改

• odds.ratio。将一个事件在一个组(A)中发生的概率与在参考组(B)中发生的概率的比值相加，例如odds_of_atb。

Structstrings

1.1.6版本变更(2019-09-23)

• 重构DotBracketDataFrame以从数据实现中分离概念

• 修正了当使用StructuredXStringSet调用getbasep晾时不返回序列列

SummarizedBenchmark

2.3.7版本变更(2019-09-18)

• 错误修正:更新调用tidyr:收集在tidyUpMetrics上班后上班tidyr版本到1.0.0的CRAN

2.3.6版本变更(2019-09-06)

• 取代sc_example_counts数据集的嘘通过呼叫嘘:mockSCE

• 修复由秀。BDData当dataset是一个列表时

2.3.5版本变更(2019-06-22)

• 修复了“功能:错误处理”小插图的索引标题

• 将Rd引用替换为、动荡频仍的rlang::与rlang:报价主题页，因为混叠似乎在Windows构建时引起警告

• 用最新的devel文档更新pkgdown站点

2.3.4版本变更(2019-06-18)

• 修复scRNAseq模拟案例研究小插图，以工作中的变化scRNAseq包

• 添加代码示例和导入语句以通过BiocCheck

• 用最新的devel文档更新pkgdown站点

2.3.3版本变更(2019-06-14)

• 增加了新闻文件来跟踪变化

• 合并包文档和小插图的主要更新

• 新增pkgdown站点

SummarizedExperiment

1.16.0版本的更改

新功能

• 对summarizeexperiment()构造函数的一些改进(参见commit 0d74843c)

• 支持' colData(summarizeexperiment) <- NULL '清除colData

用户可见的重大更改

• summarizeexperiment()构造函数的所有参数现在都是可见的(不再有省略号)，并具有默认值。所以制表符补全是可行的。参见commit 0d74843c

• 现在，summarizeexperiment衍生品的单个分析上的dimnames可以是任何东西(详情请参阅issue #25)

错误修复

• 对summarizeexperiment()构造函数的一些修复(参见commit 0d74843c)

• 解决summarizeexperiment对象上的all.equal()误报问题(详见第16期)

SynMut

1.1.3版本变更(2019-05-08)

• 修改dinu_to。保留算法，增强性能。

1.1.2版本变更(2019-05-08)

• Bug修复:get_optimal_codon中的“dinu_to”ifelse问题。

1.1.1版本变更(2019-05-06)

• 错误修复:" dinu_to "修复错误的结果与" keep == TRUE "参数。

1.1.0版本变更(2019-05-06)

• 撞

目标

0.1.0版的更改

• 提交至Bioconductor

TargetSearch

1.42.0版的更改

用户可见的重大更改

• 正如在1.40.0版本中宣布的那样，图形用户界面将永远消失(即不再存在)。源代码可以在我的github存储库中找到。

新功能

• 最有趣的特性是引入了自定义CDF-4格式，该格式与普通CDF-3格式(由软件供应商导出)保存相同的数据，但允许更快的读取访问(特别是用于绘图)和压缩(以及其他特性)。这是以兼容性为代价的，因为CDF-4文件不太可能在TargetSearch之外使用

• 一种新的基线修正方法，基于保留时间窗口附近的分位数。此外，新的CDF-4文件格式允许存储基线校正值，因此不需要像旧的TargetSearch版本那样每次都重新计算基线。

• 转换为名义质量的新函数。一些GC仪器输出的CDF不是标称质量格式(有些甚至输出高质量精度)。以前，这种类型的文件是不支持的，TargetSearch将拒绝处理它们。现在，所有类型的质量精度都是允许的，显然是以失去精度为代价的。

错误修复

• 主要是代码重构和内部管理。

TCGAutils

1.6.0版的更改

新功能

• oncoPrintTCGA:为突变数据创建oncoPrint可视化
• 支持aliquot_ids作为UUIDtoBarcode函数的输入-插图中的其他部分:CpGtoRanges, UUIDtoBarcode for aliquot_ids
• TCGAprimaryTumors允许用户为给定的curatedTCGAData MultiAssayExperiment对象选择所有原发肿瘤(@vjcitn)

较小的更改和错误修复

• 现在合并临床数据使用两行和列在mergeColData -增加信息错误时查询结果为空在UUIDtoBarcode -更新makeGRangesListFromExonFiles使用S4Vectors::splitAsList (@hpages)

烤面包

版本0.99.7的更改

• 增加选项来改善无参考反褶积中的特征选择。

0.99版的更改

新功能

• 最初的版本。

tofsims

版本099.1的更改

用户可见的重大更改

• 将整个包中的函数行为从ref - call-by- value改为value -by value。相应地调整了所有的例子和小插图。

内部

• 现在依赖于使用' mz '的ProtGenerics

• 用message()交换了各种print()

topconfects

1.1.4版本变更(2018-12-29)

• 准备提交Bioconductor。

1.1.3版本变更(2018-11-14)

• 为limma_confects和normal_confects添加“full”输出选项，这将添加se、df和fdr_zero列。

1.1.2版本变更(2018-06-30)

• 添加DESeq2支持。

• 与非线性效应大小相关的代码已经转移到github上的“ql”分支，等待基本方法的发布，并可能重新考虑和使用更简单的方法。

1.1.1版本变更(2019-09-20)

• 更新引文信息。

1.0.1版本变更(2018-02-04)

• 最初的版本。

topdownr

1.7版的变化

• bio3.10的新版本(devel)

1.7.1版的更改

• 删除新闻文件(只保留新闻.md)。永远不要从colData DataFrame中删除“AgcTarget”列。-从ScanHeadsman输出中剥离空白。- defaultMs1Settings和defaultMs2Settings失效。它们将在3.11[2019-06-19]被移除。

1.7.2版的更改

• 添加readTopDownSet(…，conditions= " scanescription ")作为读取扫描条件的新方法(参见#80/#81)[2019-08-08]。

泛太平洋伙伴关系

3.13.3版的更改

• 取消以下函数:tpp2dPlotCCRGoodCurves, tpp2dPlotCCRAllCurves, tpp2dPlotCCRSingleCurves, tpp2dEvalConfigTable, tpp2dRemoveZeroSias, tpp2dReplaceColNames, tpp2dCreateCCRConfigFile

3.13.2版的更改

• 修改装饰图案

3.13.1版的更改

• 避免小插图中因因子/字符转换而引起的警告

TPP2D

1.1.0版本变更(2019-05-06)

• 结转检测现在通过LDA模型工作

trackViewer

1.21.18版本的更改

• 将新闻文件从“版本变更”更新为“版本变更”。

1.21.17版本的更改

• 移除小插图中的谷歌学者。

1.21.16版本的更改

• 尽量避免BiocStyle引入的错误:Invalid Parameter - /figure-html。

1.21.15版本的更改

• 在小插图中添加谷歌学者。

1.21.14版的更改

• 更新自述文件中的引用。

1.21.13版本的更改

• 修复plotLollipops中的拼写错误。

1.21.12版本的更改

• setTrackXscaleParam接受位置属性。

1.21.11版本的更改

• 按百分比设置棒棒糖的缩放比例。

1.21.10版本的更改

• 修复分数是数字列表的错误。

1.21.9版的更改

• bigwig文件接受负值。

1.21.8版的更改

• 更新图例方法。

1.21.7版的更改

• 修复标签label.parameters.gp。

1.21.6版的更改

• 添加蛋白质API样例代码。

1.21.5版的更改

• 修复棒棒糖茎太长的bug。

1.21.4版的更改

• 为棒棒糖添加形状。

1.21.3版的更改

• 添加shinyApp视频。

1.21.2版的更改

• 添加引用。

1.21.1版的更改

• 修复if条件具有多个逻辑值的错误。

tradeSeq

0.99.9902版本变更(2019-10-23)

• 根据Bioconductor的指导方针，tradeSeq的fitGam和evaluateK函数不再有种子参数。鼓励用户使用该集合手动设置种子。为了重现性目的，在运行这些函数之前播种函数。

0.99.47版本变更(2019-09-02)

• tradeSeq现在提供singleCellExperiment输出o fitGam现在接受aslingshotDataSet所有测试和绘图函数都接受asingleCellExperiment对象，包含tradeSeq输出

0.99.0版本变更(2019-06-22)

• 提交给Bioconductor

0.9.0版本变更(2019-03-15)

• 重新格式化，以满足Bioconductor的指导方针

石棉水泥板

1.2.1版的更改

• 更新作者列表

treeio

1.9.3版的更改

• 添加引文信息(2019-10-05,Sta) -重命名phyPML为as.treedata.pml (2019-10-01, Tue) - as.treedata.pml。金石学类群法(仅适用于树形图)(2019-09-28，周六)

1.9.2版的更改

• 用于节点号和标签之间转换的nodeid和nodelab方法(2019-08-09，周五)- parent， ' ancestor, child, offspringandrootnodemethods fortreedata '(2019-08-07，周三)- read。mega_tabular to parse MEGA Tabular输出(2019-07-16,Tue) - read。mega解析mega NEXUS(实际上与BEAST兼容)

1.9.1版的更改

• rename_taxa现在默认使用第1列作为键，第2列作为值(2019-05-28,Tue) -启用tree_子集指定group_name并启用合并根。通过设置root_edge = TRUE (2019-05-27, Mon) - phylo对象的full_join方法(2019-05-22,Wed) -重新定义根方法来包装::root。phylo兼容性(2019-05-20,Mon) - https://github.com/GuangchuangYu/treeio/issues/18

tRNAscanImport

1.5.3版本变更(2019-08-25)

• 补充道。tRNAprecursor功能，结合基因组序列检索tRNA前体序列

• 修正了新闻文件中的错别字

• 更新的人类tRNAscan示例文件(现在包括高置信度集)

TSRchitect

1.11.12版本的更改

• 更新包括从bam输入文件和数据结构捕获3 '读取，以允许忽略虚假tss。

• 为TSS合并增加了按链排序(和seq/TSS)的功能。

• 做了一个更改，导致mergeSampleData()的显著加速。

• 将qname添加到.bam输入保存的列中。

• 对writeTSR()和writeTSS()的小改动。

• 重写为mergeSampleData)。

• loadTSSobj()的改进。

• 奇点配方的必要更新，以反映上述变化。

tximeta

1.4.0版本的更改

• tximeta现在将使用GTF位置的dirname()下拉RefSeq seqinfo，并假设位于同一目录中的assembly_report.txt的结构具有一定的一致性。不过还需要更多的测试。

• 扩展了外显子和基因范围的缓存。特别是外显子需要很长时间从TxDb构建，因此这节省了相当多的时间。

• 新的“addExons”功能将添加外显子到转录水平的总结实验中，通过将转录grange替换为外显子-转录GRangesList。专门为转录水平设计，参见?addExons中的注释

• tximeta现在也缓存转录范围本身，而不仅仅是TxDb。这将节省tximeta()调用的额外时间!

• 添加' skipSeqinfo '参数，如果设置为TRUE，将避免试图从UCSC获取染色体信息。

tximport

1.14.0版本的更改

• Alevin计数和推断方差现在可以导入~40倍的速度，大量的细胞，利用c++代码从鱼塘包(>= 1.1.18)。

• Alevin推理复制可以导入(也是稀疏的)。要不导入推断复制，设置dropInfReps=TRUE。

Ularcirc

1.3.22版的更改

新功能

• 新的独立函数，不需要闪亮的应用程序:bsj_to_circRNA_sequence()和bsj_fastq_generate()

错误修复

• BUG修复:所有的警告在生物导体现在解决

• BUG修复:在DESCRIPTION中添加依赖项以允许自动安装

1.3.1版的更改

错误修复

• BUG修复:修复了compatible_annotation_db示例中导致生物导体构建错误的代码。

universalmotif

1.4.0版本的更改

新功能

• Scan_sequences(…，threshold.type)选项:' logodds.abs '。允许提供准确的阈值分数。

• Compare_motifs()选项:' min.position.ic '。防止对线中低ic位置影响最终对线评分。

• Compare_motifs()选项:' score.strat '。指示函数如何处理对齐中的单个列分数。这也取代了通过在指标名称前加上“M”来选择总和和平均值的旧方法。组合列分数的策略包括:总和、算术平均数、几何平均数、中位数、Fisher z变换和加权平均数。

• 母题比较指标:平均对数似然比，欧几里得距离平方，海灵格距离，巴塔查里亚系数，曼哈顿距离，下限平均对数似然比，加权欧几里得距离，加权皮尔逊相关系数。

• compare_columns()实用程序:使用compare_motifs()中的比较指标比较两个1d数值向量。

• Compare_motifs()选项:' output.report '。在“比较”时生成输出报告。来’ is provided, showing motif alignments of top matches.

• get_scores()实用程序:从主题中提取所有可能的分数。

• filter_motifs():使用' extrainfo '槽进行过滤。

• MotifComparisonAndPvalues.pdf小插图:比较和p值部分已经从AdvancedUsage.pdf移到它们自己的小插图中。高阶motif、enrichment和run_meme()使用部分已移动到SequenceSearches.pdf。

微小的变化

• 移除了“随机”洗牌方法。

• 在几个函数中使用RcppThread而不是BiocParallel: compare_motifs()， create_sequences()， get_bkg()， motif_pvalue()， scan_sequences()， shuffle_sequences()。这意味着并行化可以在c++代码中实现，这比在R和c++之间切换要快得多。目前motif_peaks()， read_motifs()和write_motifs()是仅剩的提供可选的BiocParallel使用的函数。

• 对函数的许多性能改进依赖于内部c++代码。一些内部R函数已经被c++版本所取代。

• 改变了make_DBscores()和主题比较p值的行为。重新计算内部p值数据库。

• 对于merge_motifs(…，use.type):现在只接受' PPM '。

• 当使用compare_motifs()中的任何方法对所有motifs进行比较时，对角线条目现在正确地显示最大/最小可能的相似性/距离分数。

• 新的内部merge_motifs()实现。这也修复了之前不正确的PPM平均错误。

• read_homer(): logodds分数转换为p值。

• motif_pvalue():新的分数计算器。精确分数的计算仍然是相同的(但使用了更快的c++函数)，但现在通过从大小为“k”的motif分数块随机生成分数分布来计算近似分数。

• motif_pvalue():在尝试使用大motifs时添加了一个安全检查。当nrow(matrix)^k > 1e8时抛出警告，并在继续之前相应地减少k。

• 调整了motif_peaks()中的p值计算，不容易显示Pval = 0，而是从随机峰值中估计正态分布。

• Convert_type():当使用大于零的伪计数时，确保BKG向量中不留下任何零。

• _motifs():将“hits”和“positional”结果分开到它们自己的data.frames中。

• 用message()替换了cat()的几个实例，用于打印进度更新。

• 位置测试已从rich_motifs()中移除。请参阅motif_peaks()测试motif-sequence位置首选项。

• 在read_meme()中:e -值现在额外存储在extrainfo插槽中。这是为了保持e值小于R双精度极限。

• 在read_transfac()中:矩阵值被四舍五入，以防止在读取非整数的矩阵时出错。

• 用新的compare_motifs()方法和参数更新JASPAR2018_CORE_DBSCORES。

• universalmotif print()方法现在不可见地返回对象，而不是NULL。

错误修复

• Read_meme()现在将正确地解析背景字母频率跨越超过一行。

• convert_motifs()将不会错误输出时，试图转换PFMatrix与家族字符向量大于1。

• 修正了导入HOMER图案时p值计算的问题。以前，它会简单地假设日志阈值是p值。现在使用motif_pvalue()正确地计算p值。

1.2.1版的更改

错误修复

• _motifs()中的错误变量

variancePartition

1.15.8版的更改

• 用message()替换cat()

• 添加静音选项的几个功能

• 当使用lmFit时，dream()不会调用eBayes()

1.15.7版的更改

• 正式发布给开发部

1.15.6版的更改

• 修复从第一个基因回收参数值时的收敛错误

• 添加列z.std和F.std到topTable

1.15.4版的更改

• 当固定效果的比例导致问题时，添加错误消息

1.15.3版的更改

• 尝试改变易贝叶斯的顺序

1.15.2版的更改

• 更新装饰图案

1.15.0版的更改

• 推动Bioconductor devel的变化

VariantExperiment

0.99.8版的更改

• saveVariantExperiment通过调用返回新生成的VariantExperiment对象loadVariantExperiment

ViSEAGO

版本0.99.42的更改

• 删除merge_enrichment terms中的环境签名

版本0.99.41的更改

• 在create_topGOdata方法中keep require(" topGO ")

版本0.99.40的更改

• 在create_topGOdata方法中添加attachNamespace(" topGO ")而不是require(" topGO ")以防止生成检查警告

版本0.99.39的更改

• 检查merge_enrichment terms upgrade中的基因背景

版本0.99.38的更改

• 显示GO_cluster打印错误修正方法

版本0.99.37的更改

• 为merge_enrichment terms添加环境选项

版本0.99.36的更改

• 用“NULL”注释id参数签名

版本0.99.35的更改

• 自述文件更新

版本0.99.34的更改

• README更新(从Bioconductor和forgiemia gitlab下载)

• 在create_topGOdata方法中添加require(" topGO ")

版本0.99.33的更改

• merge_enrichment _terms示例更新。

版本0.99.32的更改

• GOterms_heatmap走。群集列转换为字符，以防止数据。表合并错误。

版本0.99.30的更改

• ViSEAGO引文更新

waddR

0.99.6版本变更(2019-10-28)

• p值可重现性特征:o现在使用nextRNGstream为每个基因生成独立的种子o仅在. testwass中设置种子(使用set.seed()) o在WassersteinTest中删除了种子和种子参数的使用。R

0.99.5版本变更(2019-10-14)

• 排列过程的p值再现性特征:o如所述在这里，种子参数已添加到函数wasserstein。Test和wasserstein.sc。

• 修正:o检查“方法”参数在wasserstein的有效性。Sc和wasserstein。由于使用火柴而变得不必要的测试。Arg已经被移除

0.99.4版本变更(2019-10-01)

• 修复了. wasserstenbsp中的错误，其中输出向量中的名称被意外更改，并为该错误添加了一个测试

• bioreview I: o vignette:将SessionInfo()添加到每个vignette/README:更改了单元测试的安装说明:删除了未使用的和注释掉的代码o R:更改为切换语句以调度wasserstein中的不同方法。Test和wasserstein。sc o R:改变了wasserstein的参数顺序。Test和wasserstein。R: wasserstein.test.sp已重命名为. wasserstensp;wassersetin.test.asy被重命名为。wasserstenasy ->，现在都是R/NAMESPACE的私有函数:通过删除@export装饰器，从NAMESPACE中删除了之前的私有函数。fishscombinedpval和.combinePVal

0.99.3版本变更(2019-08-30)

• 修正:o修正了一个错误在wasserstein。在gpd试装期间导致NAs的测试o修正了.gpdFittedPValue中导致gpd试装期间出现NAs的错误

• 瓦瑟斯坦修改。Sc测试并添加了新的测试以重现错误并挑战修复

• squared_wass_decomp中的变化:如果一个条件的标准偏差为0，则不计算分位数-分位数相关性，因为形状项无论如何都将为零。以前，在某些情况下会产生NAs。

• 在调用.relativeError时交换了' true '和' test '值

0.99.2版本变更(2019-08-27)

• DESCRIPTION: o删除了“维护者”字段，改为“Authors@R”，以解决构建警告。角色更改:' cre ' =维护者，' aut ' =作者

0.99.0版本变更(2019-08-27)

• 版本碰撞BioC提交

• 小插图:o添加介绍部分和sessionInfo()到主小插图o添加链接到主小插图

• 代码风格:o尽可能按照BioC约定重命名;o文件重命名为统一的大写驼峰格式;o注释编辑;o引入额外的辅助函数

0.2.8版本变更(2019-08-19)

• R代码重新设计:o新的未导出函数，以帮助避免重复o重新设计所有单单元方法为S4方法，也能够将singlecel实验对象作为输入o bioc风格的函数命名实现o现在使用cpp分解函数代替R中的计算

• 输出名称更改

• 描述已更改以匹配更改的代码

0.2.7版本变更(2019-08-13)

• 修复了interval表/ wasserstein_metric中导致wasserstein的错误。Sc运行失败

• 添加了该错误的测试

0.2.6版本变更(2019-08-08)

• 修复了wasserstein_metric中结果平方的问题

• 在CPP实现方面的工作:o重做CPP中的分位数计算，现在可以产生更准确的近似值o在近似函数中删除过时的参数“p”

• 现在在两个示例测试过程中使用wasserstein_metric

0.2.5版本变更(2019-08-06)

• 通过减少包大小来修复R CMD检查大小错误:布朗桥分布，用于wasserstein的渐近实现。Test现在在第一次运行wasserstein.test时被下载到本地缓存中。在随后的所有运行中都将从那里加载它。

• 修复了wasserstein.test中的Bug

0.2.4版本变更(2019-07-31)

• 增加了wasserstein距离，wasserstein的小插图。Test，和wasserstein.sc

• 固定的例子和无法解析的评论

• R CMD BiocCheck的地址注释…:o删除使用1:…，以支持seq()或seq_len() o删除使用set.seed()，它改变了测试函数的签名o使用4个空格而不是制表符和4个空格的倍数作为缩进

0.2.3版本变更(2019-07-29)

• 解决R CMD检查的注意事项和警告…:o将BiocParallel的变化从导入恢复到增强o删除冗余的导入arm, eva, BiocParallel o删除引用，因为它可以被格式化以满足检查而不命名一篇论文

0.2.2版本变更(2019-07-29)

• 为更改公告添加了这个新闻文件

• 添加了一个文件inst/CITATION，用于保存引文(在发表后)

• 描述文件:o标题和描述改进和缩短o添加生物视图类别:StatisticalMethod, SingleCell, differalexpression o在描述中添加BugReports和URL o将前导入生物并行更改为增强

• 对NAMESPACE的更改:o显式声明应该从包arm、eva和BiocParallel导入的函数

• 将包中的所有代码文件更改为max。每行80个字符

xcms

3.7.5版的更改

• 删除xcmsMSn小插图(基于旧的xcms)。

3.7.4版的更改

• mzClust对应分析:检查并修复峰值矩阵mz列中的缺失值(issue #416)。

3.7.3版的更改

• 在XCMSnExp对象上的plot type = " XIC "将绘制矩形，表示已识别的色谱峰。

• 添加描述用xcms进行LC-MS/MS数据分析的小插图。

3.7.2版的更改

• 修复文档(问题#401)。

• 添加对SWATH数据分析的支持。

3.7.1版的更改

• 为色谱对象增加关联方法。

• 在plotAdjustedRtime中添加参数lwd。

• 为色谱对象添加对齐方法。

• 添加findChromPeaksIsolationWindow以启用隔离窗口中的色谱峰检测。

• 修复了chromPeakSpectra中method = " signal "的问题。

• chromPeakSpectra和featureSpectra现在返回带有前体m/z >= mzmin， <= mzmax和保留时间>= rtmin， <= rtmax的MS2光谱。

• 改进chromPeakSpectra和featureSpectra的性能。

zinbwave

1.7.5版本变更(2019-10-08)

• 更改的默认值zinbwave来observationalWeights = FALSE在不需要权重时加速计算。

• 添加参数零通胀=真的:当设置为FALSE时，一个负二项式模型是适合的。

• 删除了对连系动词包装避免依赖gsl．

来自新的和现有数据实验包的新闻

benchmarkfdrData2019

0.99.15版本变更(2019-06-06)

• 更新小插图，以删除过多的打印数据对象

0.99.14版本变更(2019-05-08)

• bioc4:为安装包添加了非eval代码卡盘

0.99.13版本变更(2019-05-08)

• 基于Bioconductor评审反馈的更改

• bioc1:在DESCRIPTION文件中添加' BugReports: '字段

• bioc2:从vignette中删除了“remotes”pkg的引用

• bioc3:为从ExperimentHub加载资源的alt方法添加细节

0.99.12版本变更(2019-05-07)

• 显式地向每个Rd添加元数据参数文档

• 更新description文件中的描述

0.99.11版本变更(2019-05-06)

• 修复了一个文档引用的错别字

0.99.10版本变更(2019-05-06)

• 添加元数据docs的参数

• 将示例更改为只加载元数据

0.99.9版本变更(2019-05-06)

• 为所有文档添加了运行示例

• 修正了一个文档引用中的错别字

0.99.8版本变更(2019-05-04)

• 在R文件中添加了包含roxygen2代码的所有数据对象的文档

0.99.7版本变更(2019-04-24)

• 改变新闻消息为0.99.6，以防止BiocCheck警告

0.99.6版本变更(2019-04-24)

• 在make-data Rmd文件中更改T/F为TRUE/FALSE

• 更改了plotmethodrinking代码中检查对象类的方式

0.99.5版本变更(2019-04-23)

• 删除和未跟踪。rproj文件

0.99.4版本变更(2019-04-23)

• 从git跟踪中删除。rproj文件

0.99.3版本变更(2019-04-23)

• 修正了DESCRIPTION文件中的错别字

• 新增NAMESPACE文件

0.99.2版本变更(2019-04-23)

• 添加webhook后触发新的构建

0.99.1版本变更(2019-04-23)

• 更新小插图和触发新的构建后，数据已经移动到ExperimentHub

• 添加引用和新闻文件

• 为作者添加ORCID

0.99.0版本变更(2019-04-09)

• 提交给Bioconductor

chipenrich.data

2.10.0版本的更改

• 增加了proxReg: enhancers.dnase_thurman所需的数据。0, gene.enh.desc, spline.log_dtss.90ENCODE

depmap

版本0.99.6的更改

• 19第三季度数据
• 新的数据加载函数

0.99.0版本的更改

• 准备提交Bioconductor

derfinderData

2.3.4版的更改

• 增加了一条新闻。Md文件来跟踪包的更改。

DMRcatedata

2.0.0版的更改

• 数据包现在使用ExperimentHub

• 对象myBetas, CpGs, tx.hg19, tx.hg38和tx.mm10已经退役

• hg19对象。generanges hg19。通,hg38。generanges hg38。通,mm10。Generanges和mm10。添加了extractRanges()和dmr plot()的注释。

dsQTL

2.17版的更改

用户可见更改

• ch2locs(可通过dsQTL::getSNPlocs检索)已在大约1850个位置被更改，其中rs编号已与hg19地址相关联;dsQTL区域是hg18，所有chr2…SNP地址也是。以前，在http://eqtl.uchicago.edu/dsQTL_data/GENOTYPES/的Chicago发行版中使用的可发现rs号是通过SNPlocs…20111119映射的，但现在它们直接来自Chicago文本文件。

HDCytoData

1.5.4版的更改

• 添加web_aml_sim和web_bcr_xl_sim数据集

• 更新文档

MMAPPR2data

0.99.20版本变更(2019-05-30)

• 已提交给Bioconductor，审核流程接近尾声

• 相关更新请参见MMAPPR2包中的新闻

MouseGastrulationData

0.99.0版本变更(2019-06-17)

• 提交给Bioconductor

PhyloProfileData

0.99.0版本变更(2019-05-30)

• 提交给Bioconductor

PtH2O2lipids

2016-04-21版本变更

• Bioconductor的初始版本

pwrEWAS.data

0.1.0版的更改

• 初始版本

RforProteomics

1.23.1版的更改

• remove getThermoHelaPRTC function (server down) <2019-10-24 Thu> . remove getThermoHelaPRTC function (server down

RNAmodR。数据

0.99.0版本变更(2019-04-29)

• 提交给Bioconductor

SBGNview.data

0.99.10版的更改

• 增加基因表达演示数据集。

scRNAseq

2.0.0版的更改

• 增加了很多新的ExperimentHub数据集，灵感来自simpleSingleCell用例和Martin Hemberg的网站。

• 现在所有输出都是singlecel实验实例，spike-ins存储为可选实验。

• 弃用内置数据集，支持ExperimentHub等等物。

signatureSearchData

1.1.0版本变更(2019-10-23)

• 初始版本

0.99.10版本变更(2019-10-22)

• 在ExperimentHub中存储数据

• 批量保存LINCS gctx文件到hdf5文件

• 将cmap数据库(cmap, cmap_rank, cmap_expr)保存到hdf5文件

• 将hdf5文件作为summarizeexperiment对象加载到R中

• Hdf5文件包括矩阵，行名和冒号

0.99.0版本变更(2019-04-02)

• 在LINCS gctx文件中加载矩阵并保存为HDF5支持的SE对象需要50Gb内存

TENxBUSData

0.99.0版本变更(2019-01-08)

• 提交给Bioconductor进行审查

来自新的和现有工作流的新闻

BgeeCall

1.1.1版的更改

• 更好地管理成绩单版本

• 当为多个库生成调用时，管理输出目录

• 当为多个库生成调用时，管理记录版本

1.1.0版的更改

• 对于readLength <= 50bp的库，将kallisto索引的kmer大小从21更改为15

• 可以选择输出目录吗

• 默认情况下，输出目录使用更简单的树状结构

• 可以使用社区生成的参考基因间序列吗

• 可以使用自定义参考基因间序列从本地fastq文件

CAGEWorkflow

1.1.5版的更改

• 更新了来自F1000审稿人的建议。

• 增加了F1000论文作为引用。

• 略有更新的代码示例，以符合新的Bioconductor发布。

弃用和失效的包

12个软件包从这个版本中被移除(在Bioc 3.9中被弃用后):flowQ, rMAT, TSSi, flowQB, rSFFreader, ProCoNA, spliceSites, DOQTL, NGScopy, SVM2CRM, miRsponge, htSeqTools

19个软件在这个版本中被弃用，并将在Bioc 3.11中被移除:SNPchip、rHVDM、GenomeGraphs、plateCore、charm、HTSanalyzeR、PathNet、Rchemcpp、exomePeak、flipflop、Pbase、RnaSeqSampleSize、birte、SEPA、CNPBayes、dSimer、mlm4omics、condcomp、brainImageR

在此版本中删除了两个实验数据包(在BioC 3.9中已弃用):PGPC, flowQBData。

有三个实验数据包在本版本中已弃用，并将在Bioc 3.11中删除:charmData, facopy。annot allenpvc。

这个版本删除了两个注释包:MafDb.gnomADex.r2.0.1。GRCh38 MafDb.gnomAD.r2.0.1。GRCh38(它们已被MafDb.gnomADex.r2.1取代。GRCh38 MafDb.gnomAD.r2.1.GRCh38)

有两个注释包在本版本中已弃用，并将在Bioc 3.11中被移除:MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137。hs37d5, MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.GRCh38