chipenrich

DOI:10.18129 / B9.bioc.chipenrich

ChIP-seq峰值数据的基因集富集

Bioconductor版本:发行版(3.16)

chip - enrichment和poly - enrichment使用来自ChIP-seq实验的峰进行基因集富集测试。该方法对基因长度、基因周围序列的可映射性等混杂因素进行了经验校正。

作者:Ryan P. Welch [aut, cph], Chee Lee [aut], Raymond G. Cavalcante [aut], Kai Wang [cre], Chris Lee [aut], Laura J. Scott [ths], Maureen A. Sartor [ths]

维护者:Raymond G. Cavalcante

引文(从R内,输入引用(“chipenrich”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“chipenrich”)

超文本标记语言 R脚本 chipenrich_vignette
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews ChIPSeq表观遗传学FunctionalGenomicsGeneSetEnrichmentHistoneModificationImmunoOncology回归软件
版本 2.22.0
在Bioconductor BioC 2.13 (R-3.0)(9.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 3.4.0)
进口 AnnotationDbiBiocGenericschipenrich.dataGenomeInfoDbGenomicRanges, grDevices,网格,IRanges晶格latticeExtra质量、方法、mgcvorg.Dm.eg.dborg.Dr.eg.dborg.Hs.eg.dborg.Mm.eg.dborg.Rn.eg.db平行,plyrrmsrtracklayerS4Vectors(>= 0.23.10),统计,stringr,跑龙套
链接
建议 BiocStyledevtoolsknitrrmarkdownroxygen2testthat
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包 chipenrich_2.22.0.tar.gz
Windows二进制 chipenrich_2.22.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) chipenrich_2.22.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) chipenrich_2.22.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chipenrich
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/chipenrich
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/chipenrich/
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/chipenrich/
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