DMRcate

DOI:10.18129 / B9.bioc.DMRcate

甲基化阵列和测序空间分析方法

Bioconductor版本:发行版(3.16)

使用全基因组亚硫酸氢盐测序(WGBS)和Illumina Infinium阵列(450K和EPIC)数据从人类基因组中重新鉴定和提取差异甲基化区域(DMRs)。提供过滤可能被snp和交叉杂交混淆的探针的功能。包括GRanges生成和绘图功能。

作者:蒂姆·彼得斯

维护人员:Tim Peters

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

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browseVignettes(“DMRcate”)

PDF	R脚本	DMRcate包使用指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	报道，DNAMethylation，DataImport，DifferentialExpression，DifferentialMethylation，表观遗传学，GeneExpression，遗传学，GenomeAnnotation，MethylationArray，微阵列，MultipleComparison，OneChannel，预处理，质量控制，测序，软件，TimeCourse，TwoChannel，WholeGenome
版本	2.12.0
在Bioconductor	BioC 2.14 (R-3.1)(8.5年)
许可证	文件许可证
取决于	R (>= 4.0.0)
进口	ExperimentHub，bsseq，GenomeInfoDb，limma，刨边机，DSS，minfi，missMethyl，GenomicRanges，plyr，Gviz，IRanges，统计，utils，S4Vectors、方法、图形、SummarizedExperiment
链接
建议	knitr，RUnit，BiocGenerics，IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19，IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19，FlowSorted.Blood.EPIC，tissueTreg，DMRcatedata
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	冠军，methylationArrayAnalysis
进口我
建议我	missMethyl
给我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	DMRcate_2.12.0.tar.gz
Windows二进制	DMRcate_2.12.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	DMRcate_2.12.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	DMRcate_2.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DMRcate
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DMRcate
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DMRcate/
软件包下载报告	下载数据