bamsignals

doi：10.18129/b9.bioc.bamsignals

从BAM文件中提取读取计数信号

生物导体版本：版本（3.15）

该软件包允许从索引的BAM文件有效地获得计数向量。它计算给定基因组范围中的读取数量，并计算读取曲线和覆盖率。它还处理配对端数据。

作者：Alessandro Mammana [AUT，CRE]，Johannes Helmuth [aut]

维护者：Johannes Helmuth

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ bamsignals”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Bamsignals”）

html	R脚本	BamSignals包装简介
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	结盟，，，，覆盖范围，，，，DataImport，，，，测序，，，，软件
版本	1.28.0
在生物导体中	Bioc 3.1（R-3.2）（7年）
执照	GPL-2
要看	R（> = 3.5.0）
进口	方法，生物基因，，，，RCPP（> = 0.10.6），iranges，，，，基因组机，，，，Zlibbioc
链接	RCPP，，，，Rhtslib（> = 1.13.1），Zlibbioc
建议	测试（> = 0.9），rsamtools，，，，生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown
系统要求	gnu做
增强
URL	https://github.com/lamortenera/bamsignals
BugReports	https://github.com/lamortenera/bamsignals/issues
取决于我
进口我	Aneufinder，，，，Chromstar，，，，Epigrahmm，，，，核粒子，，，，NORMR，，，，细分器
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	bamsignals_1.28.0.tar.gz
Windows二进制	bamsignals_1.28.0.zip（仅64位）
MacOS 10.13（高山脉）	bamsignals_1.28.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bamsignals
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/bamsignals
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/bamsignals/
软件包下载报告	下载统计