地区

DOI:10.18129 / B9.bioc.regioneR

基于排列试验的基因组区域关联分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

regioneR提供了一个基于可定制排列测试的统计框架，以评估基因组区域集和其他基因组特征之间的关联。

作者:Anna Diez-Villanueva ， Roberto Malinverni < Roberto。malinverni在gmail.com>和Bernat Gel

维护者:Bernat Gel

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“区域”)

超文本标记语言	R脚本	地区的装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq，CopyNumberVariation，DNASeq，遗传学，MethylSeq，软件
版本	1.30.0
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(8年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	GenomicRanges
进口	memoise，GenomicRanges，IRanges，BSgenome，Biostrings，rtracklayer，并行，图形，统计，utils，方法，GenomeInfoDb，S4Vectors、工具
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	karyoploteR，regioneReloaded
进口我	annotatr，ChIPpeakAnno，CNVfilteR，CopyNumberPlots，karyoploteR，RgnTX，RIPAT，RLSeq，UMI4Cats
建议我	CNVRanger，EpiMix
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	regioneR_1.30.0.tar.gz
Windows二进制	regioneR_1.30.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	regioneR_1.30.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	regioneR_1.30.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/regioneR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/regioneR
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/regioneR/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/regioneR/
软件包下载报告	下载数据