希尔达

DOI:10.18129 / B9.bioc.HiLDA

利用分层潜狄利克雷分配对突变特征的突变暴露进行统计推断

Bioconductor版本:发行版(3.16)

在贝叶斯框架下构建的应用分层潜狄利克雷分配的包。它在统计学上检验突变特征(白石模型特征)的突变暴露在两组之间是否不同。该包还提供推理和可视化。

作者:杨智[aut, cre]，白石雄一[ctb]

维护人员:zhiyang

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“希尔达”)

超文本标记语言	R脚本	HiLDA的介绍
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文本		安装

细节

biocViews	贝叶斯，测序，软件，SomaticMutation，StatisticalMethod
版本	1.12.0
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(3年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1)，ggplot2
进口	R2jags，abind，cowplot、网格forcats，stringr，GenomicRanges，S4Vectors，XVector，Biostrings，GenomicFeatures，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BiocGenerics，tidyr， grDevices, stats，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene， utils，方法，Rcpp
链接	Rcpp
建议	knitr，rmarkdown，testthat，BiocStyle
SystemRequirements	缺口4.0.0
增强了
URL	https://github.com/USCbiostats/HiLDAhttps://doi.org/10.1101/577452
BugReports	https://github.com/USCbiostats/HiLDA/issues
全靠我
进口我	selectKSigs
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	HiLDA_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	HiLDA_1.12.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	HiLDA_1.12.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	HiLDA_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HiLDA
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/HiLDA
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/HiLDA/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/HiLDA/
软件包下载报告	下载数据