2018年5月1日

Bioconductors:

我们很高兴宣布Bioconductor 3.7,包含1560个软件包,342实验数据包,919注释包,和21工作流。

有98个新的软件包,16个新数据实验包、2个新的工作流,和许多更新和改进现有的包;与R 3.5.0 Bioconductor 3.7兼容,支持在Linux上,32位和64位Windows, Mac OS x这个版本将包括一个Bioconductor更新Amazon Machine Image和码头工人的容器。

访问//www.andersvercelli.com对细节和下载。

内容

• 开始使用Bioconductor 3.6
• 新的软件包
• 新闻从新的和现有的包
• 弃用和已经包

开始使用Bioconductor 3.7

更新或安装Bioconductor 3.7:

1. 安装R > = 3.5.0。Bioconductor 3.7设计明确了这个版本的R。

2. 按照说明在//www.andersvercelli.com/install/。

新的软件包

有98个新的Bioconductor软件包在此版本中。

• 适应Data-adaptive测试统计数据代表一个通用方法来执行多个假设检验的影响大小,同时保持诚实,统计推断在操作在高维设置。这里提供的公用事业公司一般使用这种方法扩展到许多常见数据分析的挑战出现在现代计算和基因组生物学。

• 亚瑟士与一组纯代谢物参考光谱、asic量化代谢物的浓度在一个复杂的光谱。代谢产物的鉴定是由拟合的光谱混合模型库与稀疏惩罚。描述的方法及其统计特性Tardivel et al . (2017) < doi: 10.1007 / s11306 - 017 - 1244 - 5 >。

• bcSeq这个Rcpp-based包实现了一种高效的数据结构和算法进行对齐的短读CRISPR或者shRNA屏幕参考条码库。测序错误被认为是和匹配质量评价是基于phr分数。贝叶斯分类器是用来预测的原始条形码阅读。包支持提供用户定义的概率模型来评估匹配的品质。包也支持多线程。

• BEARsccBEARscc是一个噪声估计和喷射工具,旨在评估假定的单细胞RNA-seq集群实验噪声估计的上下文中ERCC激增的控制。

• BiFETBiFET标识TFs的足迹在目标区域与背景区域中被纠正偏差产生的失衡后读计数和GC内容目标和背景之间的地区。对于一个给定的TF k, BiFET测试零假设目标区域具有相同的概率有脚印的TF k为背景区域而纠正读计数和GC含量偏差。为此,我们使用的数量目标地区的足迹TF k, t_k作为测试数据和计算假定值的概率观察t_k或多个目标地区的足迹在零假设下。

• BiocOncoTK为公司提供中央接口的各种工具分析癌症的研究。

• BioNetStat一个包执行微分网络分析,微分节点分析(微分coexpression分析),网络和代谢途径的观点。

• CAGEfightR笼是一种广泛使用的高通量分析测量转录起始站点(TSS)活动。CAGEfightR R / Bioconductor方案执行广泛的公共笼数据分析任务。核心功能包括:进口笼TSS (ctss),标签(或单向)集群TSS识别、双向聚类为增强器识别、注释与成绩单和基因模型,计算TSS笼的形状和量化矩阵表达式,表达式。

• ccfindR一组为癌症单细胞RNA-seq分析工具。细胞集群和特征基因选择分析采用最大似然法和贝叶斯非负矩阵分解算法。输入数据集包括RNA数矩阵,基因和细胞条形码注释。分析输出系数矩阵为多个等级、质量措施(最大似然)或证据(贝叶斯)排名。军售计划包括下游分析工具,包括meta-gene识别、可视化,rank-based树木细胞集群的建设。

• CellScoreCellScore包包含函数来评估细胞的身份一个测试样本,给定一个细胞过渡定义开始(供体)细胞类型和所需的靶细胞类型。评估是基于一个评分系统,使用一组标准的样本已知的细胞类型,参考集。功能进行了大量的微阵列数据从一个平台上(人类基因组U133 Affymetrix + 2.0)。原则上,该方法可以应用于任何表达数据集,只要有足够数量的标准样品和数据标准化。

• 负责从基因表达数据识别基因组复制或删除。

• 别致的质量控制管道ChIP-seq数据使用一组全面的质量控制指标,包括此前提出的指标以及小说的,基于局部特征的浓缩。样本的框架允许评估质量与尖锐或广泛的浓缩,而此前提出的指标没有考虑这些。别致的提供了一个参考纲要质量控制指标和训练有素的得分机器学习模型样本。

• ChIPSeqSpike染色质Immuno-Precipitation紧随其后测序(ChIP-Seq)是用来确定任何感兴趣的蛋白的结合位点,如转录因子或组蛋白有或没有一个具体的修改,在基因组范围内。协议的许多步骤可以引入偏见使ChIP-Seq比定量定性。例如,它表明全球组蛋白修饰的差异不被传统下游数据标准化技术。案例研究报告没有差异,组蛋白H3 lysine-27三甲基(H3K27me3)在Ezh2抑制剂治疗。为了解决这个问题,外部激增控制被用来跟踪技术条件之间的偏见。插入外源DNA从不同non-closely相关物种在协议来推断扩展因素使一个精确的正常化,从而揭示了抑制剂的效果。ChIPSeqSpike提供工具ChIP-Seq激增正常化。准备使用缩放权贵文件和缩放因子值作为输出。ChIPSeqSpike还提供了工具ChIP-Seq激增评估和分析通过一个通用的图形函数的集合。

• CTDquerier包比较Toxicogenomics从数据库检索和可视化数据(http://ctdbase.org/)。下载的数据格式化为下游DataFrames分析。

• CytoDx这个包提供了函数,预测临床结果使用单细胞数据(如流式细胞仪数据,RNA单细胞测序数据)没有细胞控制或聚类的要求。

• ddPCRclustddPCRclust算法可以自动量化的非正交的cpd ddPCR反应与四位目标。为了确定正确的滴数为每个目标,是至关重要的正确识别所有集群和标签都基于自己的立场。更多信息可以分析哪些数据以及一个模板需要格式化,请检查装饰图案。

• DEComplexDisease它的目的是找出差异表达基因(度)对于复杂的疾病,特点是异构的基因表达谱。不同于建立度分析工具,它并不承担复杂疾病的病人分享共同度。通过应用bi-clustering算法,DECD发现度共享的许多病人。这样,DECD描述了小说复杂疾病的度语法,例如一个基因列表由200年30%的基因差异表达研究复杂疾病。应用DECD分析结果,用户可以找到病人受到基于共享签名相同的机制。

• decontam简单的统计识别污染标志基因序列特征或宏基因组数据。适用于任何类型的特性来源于环境测序数据(例如asv、辣子鸡、分类群的杂志,…)。需要DNA定量数据或测序负控制样本。

• DEScan2集成的峰值和微分调用者,专门为广泛的外遗传性的信号。

• DEsingleDEsingle是微分表达式(DE)的R包分析单细胞RNA-seq (scRNA-seq)数据。它定义和检测3两组之间的差异表达基因类型的单个细胞,对于不同的表达状态(DEs),微分表达丰度(DEa),和一般的微分表达式(度)。DEsingle雇佣Zero-Inflated负二项模型来估计实际的比例和辍学0和定义和检测DE基因的3种类型。结果表明,DEsingle优于现有方法scRNA-seq DE分析,和可以显示不同类型的基因在不同的生物功能丰富。

• diffcoexp识别不同的工具coexpressed链接(dcl)和不同coexpressed基因(DCGs系统)。dcl基因对有明显不同的两种条件下的相关系数。DCGs系统与偶然dcl明显多于基因。

• diffcyt统计方法在高维微分发现血细胞计数(包括流式细胞仪、血细胞计数质量或CyTOF oligonucleotide-tagged血细胞计数)利用高分辨率集群和主持测试。

• dmrseq这个包实现基因组扫描的方法来检测和执行准确推断从亚硫酸氢全基因组测序数据差异甲基化区域。方法是基于比较检测到零分布集中区域,可以实现,即使只有两个样品每人口是可用的。区域层次上的统计数据拟合得到的广义最小二乘法(gl)回归模型嵌套误差自回归相关结构的影响利息改变了甲基化比例。

• DominoEffect功能支持热点残基在蛋白质的识别和注释。这些个别氨基酸积累突变以更高的速度比周围地区。

• drawProteins这个包蛋白质图表来自Uniprot API输出。从JSON返回的命令,它会创建一个dataframe Uniprot功能的API。这个几何学dataframe可以使用基于ggplot2和基础R蛋白示意图。

• DropletUtils提供了大量的实用函数处理单细胞(RNA-seq)数据从液滴技术如10 x基因组学。这包括数据加载、识别细胞空滴,切除barcode-swapped pseudo-cells,并将采样数矩阵。

• enrichplot“enrichplot”包实现了几种可视化方法解释功能性浓缩从奥拉或GSEA分析结果。所有的可视化方法是基于“ggplot2”图形开发的。

• 小伙子使用KEGG浓缩的代谢组学数据条目。给定一组影响化合物的,小伙子建议影响反应,酶,模块和通路使用标签在知识传播网络模型。结果呈现子网可以出口。

• 空对空导弹特征选择的目标是识别和消除冗余,从高维数据集和嘈杂的变量无关。选择信息特征影响随后的分类和回归分析通过提高他们的整体表现。提出了几种方法进行特征选择:他们中的大多数依赖于单变量统计,相关性,熵测量或后退/前进回归的使用。在此,我们提出一个有效的、健壮的和快速的方法,采用随机优化方法对高维。空对空导弹的遗传算法是一种创新的实现选择健壮的高维特性和具有挑战性的数据集。

• GateFinder给定一个向量的集群成员的细胞群,确定一系列盖茨(在二维散点图多边形过滤器)细胞类型的隔离。

• GDCRNATools下载这是一个易于使用的计划、组织、和综合分析RNA表达数据在环球数码创意重点破解lncRNA-mRNA在癌症相关的龙头、监管网络。三个数据库lncRNA-miRNA交互包括spongeScan,母星和miRcode,以及三个数据库包括miRTarBase mRNA-miRNA交互,母星,miRcode为龙头、网络建设纳入包。limma、磨边机和DESeq2可以用来识别差异表达基因/ microrna。功能富集分析包括,KEGG,可以基于clusterProfiler和执行做包。单变量CoxPH和公里生存分析的多种基因可以在包来实现。除了一些常规的可视化功能,比如火山情节,酒吧的阴谋,阴谋和公里,几只闪亮的应用开发促进当地的可视化结果网页。

• GDSArrayGDS文件被广泛用于表示的基因或序列数据。GDSArray包实现了GDSArray类来表示节点在GDS文件在一个矩阵像表示,允许简单的操作(如构造子集,数学变换)R。磁盘上的数据保持在需要之前,这样可以处理非常大的文件。

• GeneStructureToolsGeneStructureTools可用于创建在硅片可变剪接事件,并分析潜在影响对功能基因产物。

• gep2pep途径表达谱(pep)是基于路径的表达(定义为组基因)而不是单个基因。这个包将基因表达谱转换成活力并执行两通路富集分析和实验条件,如“药物组富集分析”和“gene2drug”药物发现分别分析。

• GOfuncRGOfuncR执行基因本体基于本体浓缩富集分析软件函数。GO-annotations得到OrganismDb或OrgDb包(Homo。智人的默认情况下);GO-graph是包含在包和定期更新(10 - 4月- 2018)。GOfuncR提供标准的候选人与背景浓缩使用超几何测试分析,以及三个额外的测试:(i) Wilcoxon rank-sum排名时使用基因测试,(ii)二项测试时使用的基因是与两项和(iii)卡方或确切概率法中使用的情况下与四项相关联的基因。对多个测试和测试的相互依存,family-wise错误率计算基于相关的基因的随机排列变量。GOfuncR还提供了工具来探索本体图和注释,并选择考虑gene-length或空间聚类的基因。从版本0.99.14还可以提供自定义注解和本体。

• GSEABenchmarkeRGSEABenchmarkeR包实现了一个可扩展的框架,用于可再生的评价集,基于网络的方法浓缩基因表达数据的分析。这包括支持这些方法的有效执行全面真实数据概略(微阵列和RNA-seq)标准工作站和机构的电脑上使用并行计算网格。方法可以评估对运行时,结果的统计学意义,相关表型研究。

• gsean生物分子在生物很少单独工作。他们通常彼此合作的方式进行交互。生物过程太复杂,理解不考虑这样的交互。因此,基于网络的程序可以被视为强大的方法来研究复杂的过程。然而,许多分析方法设计了单个基因。据说基因技术基于生物网络如co-expression比那些使用更精确的方式来表示信息列表的基因。这个包的目的是将基因表达和生物网络。生物网络是由基因表达数据和用于基因集富集分析。

• hipathiaHipathia是计算的方法从转录组数据的信号转导信号通路。方法是基于迭代算法可以计算出通过一个网络节点的信号强度考虑每一个基因的表达水平和信号的强度。它还提供了一种新方法功能分析允许计算信号到达每个通路的功能注释。

• hmdbQuery为探索人类代谢组的数据库定义工具,包括函数来检索特定的代谢物条目和数据快照与成对协会(metabolite-gene,蛋白质,疾病)。

• iCNV综合拷贝数变异(CNV)检测来自多个平台和实验设计。

• igvR对进口的访问。j年代,the Integrative Genomics Viewer running in a web browser.

• IMMAN重建Interlog蛋白质网络(IPN)集成来自多个蛋白质相互作用网络(PPINs)。我使用这个包,覆盖不同PPINs守恒的不同物种之间常见的网络将适用。

• InTAD包是集中在检测基因表达之间的相关性和选择外遗传性信号即增强剂从ChIP-seq获得数据拓扑关联域内(TADs)。各种参数可以控制调查外部因素的影响和可视化的土地可供每个分析步骤。

• iSEE提供函数来创建一个交互式Shiny-based探索数据存储在SummarizedExperiment对象的图形用户界面,包括行和列级元数据。特别注意了单细胞SingleCellExperiment对象中的数据降维的可视化结果。

• iteremoval包提供了一个灵活的算法筛选两个截然不同的群体的特点考虑过度拟合和总体性能。最初为甲基化位点筛选门店数据,它也可以作为一个通用的特征选择方法。算法的每一步实施,提供了一个默认的方法简单,方法可以取而代之的是一个用户定义的函数。

• kissDE检索condition-specific变体RNA-seq数据(SNVs, alternative-splicings indels)。已经开发的后处理KisSplice,但也可以使用用户自己的数据。

• LineagePulseLineagePulse是一个微分表达式和表达模型拟合包适合单细胞RNA-seq数据(scRNA-seq)。LineagePulse占批处理效果,退出和可变测序深度。可以使用LineagePulse执行纵向差异表达分析在拟时间之间的连续协调或离散的细胞组织(例如预定义的集群或实验条件)。适合可以直接从LineagePulse表达模型。

• loci2pathloci2path执行statistics-rigorous浓缩eQTLs基因组分析感兴趣的区域。使用eQTL Genotype-Tissue表达式(GTEx)项目提供的集合,从MSigDB路径集合。

• MACPETMACPET包可用于ChIA-PET结合位点分析数据。MACPET读取ChIA-PET BAM数据或山姆格式和数据分离到Self-ligated,内部,Inter-chromosomal宠物。此外,MACPET把基因组分为地区和适用于二维混合模型识别候选的峰值/绑定网站使用倾斜广义students-t分布(SGT)。它然后使用一个本地泊松模型寻找重要的结合位点。MACPET主要是用c++编写的,它支持BiocParallel包。

• MAGeCKFlute下游MAGeCKFlute旨在我司分析,利用基因提供通过MAGeCK或MAGeCK-VISPR汇总数据。质量控制、标准化和屏幕达到识别CRISPR屏幕数据执行管道。确定管道内点击分类基于实验设计,并随后被功能富集分析。

• 马提尼马提尼处理固有的低功率GWAS研究利用先验知识表示成一个网络。snp是网络的顶点,边代表生物它们之间的关系(基因组邻接,属于同一基因的物理相互作用蛋白质产品)。网络扫描使用烤饼,看起来snp最大限度地与表型相关的组织,形成一个子网。

• mCSEA识别diferentially甲基化区域(dmr)预定义区域(启动子、CpG群岛…)使用Illumina公司从人类基因组的450 k或史诗微阵列数据。提供的方法排列CpG探测器基于线性模型,包括绘图功能。

• mdp分子的扰动程度webtool量化样本的异质性。data.frame使数据需要包含至少两个类(控制和测试)和分配一个分数所有样品基于摄动相比,他们是如何控制。它是基于分子距离健康(Pankla et al . 2009年),通过添加选项和扩展了该算法计算z分数使用修改后的z分数(使用平均绝对偏差),改变z分数归零阈值,看看基因是最为不安的在测试与控制类。

• 联合化疗包新创的检测拷贝数删除目标排序的三人小组的高灵敏度和阳性预测值。

• MetaNeighborMetaNeighbor允许用户跨数据集使用的邻居投票量化细胞类型可复制性。

• missRowsmissRows包实现了MI-MFA方法处理丢失的个人(“生物单位”)multi-omics数据集成。MI-MFA方法生成多个估算数据集的多个因子分析模型,然后产生结果,结合在一个共识的解决方案。个人包提供了估算坐标的函数和变量,将缺失的个体,和各种诊断图检查missingness和可视化的模式由于缺失值的不确定性。

• MSstatsQCguiMSstatsQCgui是一个闪亮的应用提供了纵向系统适用性为蛋白质组学实验监测和质量控制工具。

• netSmoothnetSmooth R包网络单一细胞RNA序列数据的平滑。利用蛋白质等生物网络交互作为基因co-expression先知先觉,netsmooth改善从嘈杂的细胞类型识别,稀疏scRNAseq数据。

• OmaDB一个包从数据库OMA orthology预测数据的下载。

• omicplotR闪亮的应用视觉探索使数据集组成,并使用ALDEx2差丰度分析。用于探索RNA-seq meta-RNA-seq 16 s rRNA基因测序与主成分分析等可视化biplots(彩色可视化每个变量使用元数据),系统树图和堆叠柱形图,情节(ALDEx2)的影响。输入是一个计数表和元数据文件(如果存在元数据),带有过滤选项数据统计或元数据删除计数低,根据选择的元数据或可视化选择样本。

• omicsPrintomicsPrint提供了交叉功能使遗传指纹分析,例如,来验证样品多个组学数据类型之间的关系,即基因组、转录组、表观遗传(DNA甲基化)。

• ORFik工具操纵RiboSeq, RNASeq和CageSeq数据。ORFik极其快速的通过使用C数据。表和GenomicRanges。包允许重新分配开始CageSeq记录使用的数据,自动转移RiboSeq读,发现整个基因组的开放阅读框架和许多更多。

• perturbatrperturbatr级间分析大规模遗传扰动屏幕集成数据集组成的多个屏幕。为多个集成微扰屏幕之间的层次结构模型,该模型考虑了方差不同生理条件下安装。基因影响的结果列表然后进一步扩展使用网络传播算法对假阴性。

• phantasusPhantasus是视觉和交互的web应用程序基因表达分析。Phantasus基于睡眠——热图可视化和分析基于网络的软件,集成了一个R环境通过OpenCPU API。除了基本的可视化和过滤方法,R-based k - means聚类等方法,主成分分析或微分表达式分析limma包支持。

• plyrangesdplyr-like界面相互作用的范围和GenomicRanges共同Bioconductor类。通过提供一个语法和一致的方式操纵这些类为新Bioconductor accessiblity用户是希望增加。

• pogo提供简单的工具查询bhklab PharmacoDB、建模API输出,并整合细胞和复合本体。

• PowerExplorer估计和预测之间的权力组织和多个样本大小与模拟数据,模拟操作是基于分布参数估计从所提供的输入数据集。

• powerTCR这个包提供了一个模型克隆细胞剧目的大小分布。此外,它允许比较分析基于理论模型符合TCR曲目库。

• RandomWalkRestartMH这个包执行随机漫步和重启多路复用和异构网络。这是本文中所描述的:“随机漫步和重启多路复用和异构生物网络”。https://www.biorxiv.org/content/early/2017/08/30/134734

• RcisTargetRcisTarget识别转录因子结合主题(TFBS)安置在一个基因列表。在第一步,RcisTarget选择DNA图案的席位在转录起始站点的环境(TSS)基因的基因簇。这是通过使用一个数据库,其中包含全基因组跨物种为每个主题的排名。TFs的图案,然后注释和规范化的高浓缩的分数(NES)被保留。最后,对于每个主题和基因簇,RcisTarget预测候选靶基因(即基因的基因片段的排名高于前缘)。

• Rgin烤饼的c++实现。

• RGMQL这个包将GenoMetric查询语言(GMQL)功能到R环境中。GMQL是一个高层次、声明性语言管理异构基因组数据集用于生物医学目的,使用简单的查询处理基因组区域及其元数据和属性。GMQL采用算法有效地用于大数据使用云计算技术(如Apache Hadoop和火花)允许GMQL现代基础设施上运行,以达到可伸缩性和高性能。它允许创建、处理和提取基因来自不同数据源的数据在本地和远程。我们RGMQL函数允许复杂的查询和处理利用R惯用模式。RGMQL包还提供了一组丰富的辅助类,允许复杂的输入/输出管理和排序,如:ASC, DESC,袋,最小值,最大值,和,AVG,中位数,性病,Q1、Q2、Q3(和许多其他人)。注意,许多RGMQL函数不直接在R环境中执行,但推迟到真正执行。

• RNAdecayRNA的RNA降解是通过测量监控抑制RNA合成后丰富。这个包有功能和示例脚本,以促进(1)数据归一化,(2)数据建模使用常数衰减率或时间衰变率模型,(3)治疗或基因型效应的评估,和(4)绘制的数据和模型。数据规范化:函数和脚本使容易最初的正常化(T0) RNA丰富,以及人工通货膨胀的方法正确读取每百万(RPM)在全球assesements丰富的总大小deacreases RNA池。然后建模:规范化数据建模使用最大似然参数。进行治疗或基因型比较(4),建模步骤模型所有可能的治疗效果在每个基因重复建模与模型参数(即约束。A和B,治疗的衰变率建模与他们平等,后来又允许他们单独改变)。模式选择:AICc值为每个模型,计算和模型选择AICc最低的。选择模型的建模结果然后编译成一个单独的数据帧。图形绘制:一个函数轻松地提供可视化数据和所选模型使用ggplot2包功能。

• RSeqAn头从SeqAn c++库,以方便使用的R。

• rWikiPathways使用这个包与WikiPathways API接口。

• scFeatureFilterR实施correlation-based Joshi实验室开发的方法来分析和过滤处理单细胞RNAseq数据。它返回一个过滤版本的数据只包含基因表达值受到系统噪声的影响。

• scmeth函数来分析甲基化数据可以在这里找到。一些功能相关的单个细胞甲基化数据但大多数其他功能可以用于任何甲基化数据。强调这个工作流是全面质量控制报告。

• Sconify这个包,再基于统计数据和可视化和大规模cytometery数据流。这给tSNE地图“褶皱变化”功能和数据质量度量提供了一个通过评估歧管重叠fcs文件将是相同的。其他应用程序使用这个包包括归责、冗余、标志和测试的相对信息损失低维嵌入相比原来的歧管。

• SDAMS这个包利用Semi-parametric微分丰富(SDA)方法用于代谢组学和蛋白质组学数据分析质谱。SDA能够有效地处理非正态分布数据和提供了明确的量化的影响大小。

• SEPIRASEPIRA(系统监管活动的表观基因组学推理)是一种算法,推断sample-specific转录因子的活动从全基因组表达或DNA甲基化的样本。

• seqsetvisseqsetvis支持多个基因组数据集的可视化和分析。尽管seqsetvis设计的比较mulitple ChIP-seq数据集,这个包是域无关,并允许多个基因组协调文件的处理(榻文件)和信号文件(有重大影响的文件或限速的bam)。

• sevenC染色质真核基因组的循环是一个重要的特性,可以使监管序列,如增强剂或转录因子结合位点,在监管目标基因的物理相近。在这里,我们提供sevenC, R包使用蛋白结合信号从ChIP-seq和主题信息预测染色质循环事件序列。密切结合的蛋白质的交联环锚在锚位点导致ChIP-seq信号。这些信号是用于CTCF主题对彼此和他们的距离和方向预测是否交互。由此产生的染色质循环可以用来把增强剂或转录因子结合位点(如ChIP-seq山峰)监管目标基因。

• SIAMCAT管道统计推断的微生物群落和主机表型之间的关联(SIAMCAT)。分析微生物数据的主要目标是确定社区组成的变化与环境因素有关。特别是人类微生物组成与主机表型等疾病已经成为激烈的研究领域。为此,健壮的统计建模和生物标记提取工具包至关重要的需要。SIAMCAT提供了一个完整的管道支持数据预处理,统计协会测试、统计建模(套索逻辑回归),包括工具的评估和解释这些模型(如交叉验证、参数选择、ROC分析和诊断模型的情节)。

• 印R包检测生物学途径的选择。使用基因选择分数和生物学途径数据,可以搜索一个高分子网内基因的途径和测试他们的意义。

• singleCellTK运行常见的单细胞分析直接通过浏览器包括微分表达式,将采样分析,集群。

• singscore一个简单single-sample基因签名计分法,使用rank-based统计分析样本的基因表达谱。分数的表达活动基因集single-sample层面。

• SparseSignatures点突变发生在基因组可以分为96类基于变异的基础,基础是突变为及其两个侧翼基地。因此,对于任何一位病人,可以代表所有的点突变发生在病人的肿瘤作为一个向量的长度为96,其中每个元素表示的数突变对于一个给定的类别在病人。突变签名代表的模式诱变剂或诱变产生的突变细胞内的过程。每个签名也可以表示为一个向量的长度为96,其中每个元素表示这个诱变过程生成一个突变的概率96以上的类别。在这个R包中,我们提供了一组函数提取和可视化最解释变异的突变特征项大量患者。

• srnadiff微分表达式的小RNA-seq当参考注释不。

• SummarizedBenchmark这个包定义了BenchDesign SummarizedBenchmark类建筑,执行和评估基准实验的计算方法。SummarizedBenchmark类扩展了RangedSummarizedExperiment对象,旨在提供基础设施存储和比较的结果应用不同的方法来共享数据集。这个类提供了一个集成接口存储元数据等方法参数和软件版本以及地面真理(当这些可用)和评价指标。

• TCGAutils一套辅助功能检查和操纵,TCGA数据包括数据从curatedTCGAData获得实验方案。这些功能旨在简化处理,TCGA数据更易于管理。

• TFEA.ChIP包分析转录因子浓缩在一组基因利用ChIP-Seq实验数据。

• TFutils包使用TF数据。

• TissueEnrichTissueEnrich包是用来计算组织基因的浓缩在一组输入基因。例如,用户可以输入从RNA-Seq数据最高度表达基因,或基因co-expression模块,以确定哪些组织基因丰富的数据集。组织处理RNA-Seq数据定义的基因从人类蛋白质图谱(HPA) (Uhlen et al . 2015), GTEx (Ardlie et al . 2015年),和鼠标编码(沈et al . 2012年)使用的算法HPA (Uhlen et al . 2015年)。超几何测试被用于确定输入之间的组织基因丰富的基因。随着组织基因浓缩,TissueEnrich包也可以用来定义组织基因表达数据集提供的用户,然后可以用来计算组织基因充实。

• 时尚的时尚实现分段(或断点)回归模型来估计断点代表每个特性变化表达式/基因高通量数据和命令的条件。

• tRNAscanImport包进口tRNAscan-SE为农庄组织对象的结果。

• TTMapTTMap是一个一起组样本的聚类方法相同的偏差与对照组相比。这是特别有用的数据时小。参数是免费的。

• TxRegInfra这个包提供基因组元数据的接口,用于监管创建网络,重点是noSQL的解决方案。目前定量表征eQTLs, DnaseI过敏症网站和数字基因组组装的足迹RaggedExperiment API的使用扩展内存不足。

• vidgervidger的目的是快速生成信息丰富的可视化解释结果从三个基因差异表达的广泛使用的工具:Cuffdiff DESeq2,磨边机。

新数据实验包

有16个新的Bioconductor数据实验包在这个版本。

• ASICSdata1 d NMR光谱和额外的数据用于asic包。生1 d力量光谱数据文件被发现在MetaboLights数据库(https://www.ebi.ac.uk/metabolights/,研究MTBLS1)。

• BloodCancerMultiOmics2017包包含数据的主要血液癌症百科全书(速度)项目与一个完整的可执行记录的统计分析和再现了人物给出“血癌Drug-perturbation-based分层”到迪特里希年代,ole M, Lu J。J .中国。投资。(2018)128 (1):427 - 445。doi: 10.1172 / JCI93801。

• ChIC.data这个包包含注释和metagene别致的包配置文件数据。

• CLLmethylation包包括DNA甲基化数据主要的慢性淋巴细胞白血病样本包含在主血癌百科全书(速度)项目。原始数据从450 k DNA甲基化数组存储在欧洲Genome-Phenome存档(EGA)加入EGAS0000100174数量。关于这个项目的更多信息请参阅本文“血癌Drug-perturbation-based分层”到迪特里希年代,ole M, Lu J。J .中国。投资。(2018)和R / BloodCancerMultiOmics2017 Bioconductor包。

• HDCytoData数据包包含一组高维血细胞计数数据集保存在SummarizedExperiment和flowSet Bioconductor对象格式,包括行和列元数据描述样本,细胞群(簇),和蛋白质标记。

• hgu133plus2CellScoreCellScore标准数据集包含表达数据从各种各样的人类细胞和组织,应作为标准CellScore计算细胞类型。所有数据从公共数据库如基因表达综合策划(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)或ArrayExpress (https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/)。这个标准数据集只包含数据从Affymetrix GeneChip人类基因组U133 + 2.0微阵列。样品是手工注释使用数据库信息或咨询的出版物的数据集的起源。样例注释存储在phenoData expressionSet对象的位置。原始数据(玻璃纸文件)处理affy包生成存在/没有调用(mas5calls)和background-subtracted值,然后归一化的R-package yugene产生最终的表达式值标准表达式矩阵。的注释表微阵列从BioC注释包hgu133plus2检索。所有数据都存储在一个expressionSet对象。

• HMP16SDataHMP16SData是Bioconductor ExperimentData包人类微生物组的项目(HMP) 16 s rRNA测序数据变量地区1 - 3和3 - 5。原始数据文件提供的包从HMP下载数据分析和协调中心。处理过的数据是通过ExperimentHub SummarizedExperiment类对象。

• mCSEAdata数据对象一些mCSEA包功能所必需的。也有例子说明mCSEA包功能的数据对象。

• MetaGxBreast的乳腺癌转录组数据集的集合的一部分MetaGxData计划纲要。

• MetaGxOvarian卵巢癌转录组数据集的集合,是MetaGxData计划纲要的一部分。

• MetaGxPancreas胰腺癌转录组数据集的集合,是MetaGxData计划纲要的一部分。

• RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bpRcisTarget数据库:基于基因的转录因子主题排名和注释。这个包包含了4.6 k图案的一个子集(cisbp图案),得分仅在500英国石油公司上游和TSS。看到RcisTarget教程下载完整的数据库,包含20 k图案和搜索空间10 kbp TSS。

• RGMQLlib一个包,其中包含scala库调用GMQL从R RGMQL包使用。它包含一个可伸缩的数据管理引擎在Scala编程语言编写。

• TCGAbiolinksGUI.data支持数据TCGAbiolinksGUI包。它包括以下对象:glioma.gcimp。模型,glioma.idhwt。模型glioma.idhmut.model glioma.idh。模式、probes2rm maf.tumor GDCdisease。

• TENxBrainData单细胞RNA-seq数据130万年从E18小鼠大脑细胞,由10倍基因组学。

• tissueTreg包提供了准备使用表观基因组(来自TWGBS)和转录组(RNA-seq)从研究中获得的各种组织(PMID Delacher Imbusch 2017: 28783152)。调节性T细胞(Treg细胞)执行两种不同的功能:他们保持自我耐受性,支持器官内稳态Treg细胞分化到专业组织。底层数据集的特征,表观遗传和专业组织Treg细胞转录组修改。

新的工作流程

• BiocMetaWorkflowBioconductor工作流描述如何使用BiocWorkflowTools与一个R减价文档提交Bioconductor和F1000Research。

• simpleSingleCell这个工作流实现了一个低级的分析管道使用残渣scRNA-seq数据,拟声唱法和其他Bioconductor包。它描述了如何对库,执行质量控制标准化的特异性偏见,基本数据探索和细胞周期阶段识别。程序检测高度可变基因,显著相关基因和subpopulation-specific标记基因也会显示出来。这些分析演示了在一系列公开scRNA-seq数据集。

来自新的和现有的软件包的新闻

ABSSeq

版本:2017-12-18日期:2017-12-18类别:更新!完善qtotal (R函数:qtotalNormalized文本:

版本:2017-07-18日期:2017-07-18类别:更新!适应aFold模型对于复杂的设计与线性模型(R函数:ABSSeqlm文本:

版本:2017-06-02日期:2017-06-02文本:1)更新!引入新方法为qtotal正常化(R函数:qtotalNormalized) 2)现在aFold温和派褶皱变化总体分散和gene-specific色散

版本:2017-02-14日期:2017-02-14类别:更新!添加新方法:aFold叫德通过叠化文本:

ADaCGH2

版本变化2.19.2 (2018-04-19):

• 更多的警告在Windows上从Rd文件链接。

2.19.1版本的变化(2018-04-17):

• 防止警告窗口链接Rd文件。

适应

版本1.0.0的变化:

• 这个包的第一个版本是由作为Bioconductor 3.7的一部分,2018年4月。适应R包提供例程的方法首先描述技术的手稿1和软件的论文2:1。赫亚兹Weixin Cai,尼玛美国,阿兰·e·哈伯德。Data-adaptive多重假设检验的统计数据在高维设置。2。Weixin Cai,艾伦·e·哈伯德尼玛赫亚兹美国。适应:Data-Adaptive统计数据高维测试在R。

affycoretools

版本:1.52.0类别:改变makeImages策划使用ggplot2而非晶格

版本:1.52.0类别:添加一个新函数,vennInLine,旨在允许放置

版本:1.52.0类别:维恩图在Rmarkdown-derived HTML文档,尤其是那些

版本:1.52.0类别:使用BiocStyle包格式。维恩图

版本:1.52.0类别:包含可点击链接将打开包含结果的HTML表

版本:1.52.0类别:基因的发现,细胞内的图

ALDEx2

1.10.1版本的变化:

• 固定一个bug,样本的顺序影响了数据的集中

amplican

1.1.2版本的变化:

• 如ampliCan支持现在其他对准器与山姆格式。如bwa mem (cigarsToEvents)和一对格式。浮雕needleall (pairToEvents)

• HDR量化

• 超过10倍的加速从联盟中提取事件

AneuFinder

版本是1.7.2变化:

新功能

• 新方法“edivisive”可用。

• 断点检测可用于Aneufinder (…, strandseq = TRUE)和Aneufinder (…, strandseq = FALSE)

• 可以选择一个滑动窗口stepsize除了binsize方法“嗯”。这提高了分辨率检测到断点。

• Aneufinder断点(…,strandseq = TRUE)报告文件夹BROWSERFILES置信区间。

• Aneufinder断点检测(…,strandseq = TRUE)有一个额外的断点细化步骤,提高了定位的断点。

用户级的重大变化

• 重组输出文件夹结构和增加的需要

• 重命名参数“阴谋。南加州爱迪生公司”到“plot.breakpoints”。

• 默认GC修正现在完成loess-fit而不是二次拟合。这应该提高精确度。

• 默认的ε是现在的每股收益= 0.01(之前的每股收益= 0.1)方法“嗯”。

AnnotationFilter

1.3.1版本的变化:

新功能

• 添加DoubleFilter

AnnotationHub

的变化版本2.12.0:

错误修复

• 提示许可当下载很多(超过AnnotationHubOption (“MAX_DOWNLOADS”))资源。

修改

• readMetadataFromCsv搬回AnnotationHubData。

• 使用AnnotationHubData:: makeAnnotationHubMetadata验证metadata.csv

AnnotationHubData

的变化版本1.10.0:

修改

• readMetadataFromCsv搬回AnnotationHubData。

• 使用AnnotationHubData:: makeAnnotationHubMetadata验证metadata.csv

• readMetadataFromCsv现在内部函数

annotatr

的变化版本1.6.0:

新功能

• 添加对鸡(galGal5)的支持。

面向用户的变化

• 添加两个变量在能力方面plot_numerical ()。

• 添加的能力保持复制地区summarize_categorical()和plot_categorical ()。这是中的“被”参数来完成前和“x”和“填补”参数在后者,并通过其内容到”。点的参数dplyr: distinct_ ()。

• 使TxDb OrgDb包建议而不是进口。注意:这个可以节省空间,但还需要根据需要下载相应的包。

• 添加list_env annotatr_cache环境()函数来看看自定义注解已经阅读并添加到缓存中。

修正

• 与dplyr取代dplyr:: summarize_each_ ():: summarize_at()符合dplyr包中弃用。

• 前缀builtin_函数annotatr::这包导入annotatr不要遇到错误。

anota2seq

版本1.0.1的变化:

• 我们改变语义缓冲到缓冲(mRNA)和缓冲到缓冲(mRNA向下),所以更直观的解释。

• 添加定制选项anota2seqPlotFC和anotat2seqPlotPvalues功能

• 固定一臭虫,其unitialized对象被访问“regModes”是导致一个不提供信息的错误消息。

aroma.light

3.9.1版本的变化(2017-12-19):

新功能

• robustSmoothSpline()现在支持使用图基biweight(除了已经文物的L1)估计。看到“方法”的论点。由于亚伦Lun剑桥英国癌症研究学院添加这个特性。

版本变化3.9.0 (2017-10-30):

• 版本号是撞Bioconductor猛击版本,目前BioC 3.7 R (> = 3.5.0)。

亚瑟士

版本:0.99.0类别:第一个版本提交给Bioconductor文本:

版本:0.99.0类别:新功能文本:预处理功能:基线校正、对齐,

版本:0.99.0类别:正常化文本:纯光谱库管理功能

版本:0.99.0类别:正常化文本:装箱算法

版本:0.99.0类别:正常化文本:诊断工具来评估量化的质量

版本:0.99.0类别:正常化文本:post-quantification统计分析功能:PCA, OPLS-DA

版本:0.99.0类别:和克鲁斯卡尔-沃利斯检验文本:

版本:0.99.0类别:改进文本:用户指南

版本:0.99.0类别:改进文本:光谱量化

版本:0.99.0类别:改进文本:与BiocParallel包

版本:0.99.0类别:以前的版本在凹口文本:

版本:0.99.0类别:新功能文本:从力量输入的数据文件

版本:0.99.0类别:新功能文本:光谱量化

版本:0.99.0类别:新功能文本:用户指南

ASpli

1.5.1版本的变化:

错误修复

• readCounts支持相同的基因名称在不同的染色体。

• 固定的readCounts minAnchor参数默认值代码,手册页和装饰图案。

吸引

版本:1.31.1日期:2018-03-28类别:修复bug当定制基因和表达集合id都有同样的基因

AUCell

的变化版本1.2.0:

• 添加的应用程序修改阈值

• 增加了对稀疏矩阵(dgCMatrix)的支持

• 新功能:AUCell_plotTSNE ()

• AUC值归一化默认最大值1。

基础知识

版本变化1.1.63 (2018-04-27):

• 额外的警告消息时补充道食物正常化未能产生积极的大小的因素

版本变化1.1.62 (2018-04-21):

• 回归现在是一个强制参数BASiCS_MCMC,隐藏功能,文档和单元测试相应更新。

• 小装饰图案澄清默认参数的更新newBASiCS_Data

• BASiCS_Filter适应再也没有警告的情况下和次要缺陷解决

• 添加单元测试BASiCS_Filter

• 小虫固定的再也没有警告的情况下BASiCS_DenoisedCounts

的变化版本1.1.61:

• 回归现在是一个强制参数BASiCS_MCMC相应地,隐藏的功能和一些单元测试更新。

版本变化1.1.60 (2018-04-19):

• 更新描述文件引入残余over-dispersion测试

版本变化1.1.59 (2018-04-19):

• 的文档RefFreq在BASiCS_Chain类。

版本变化1.1.58 (2018-04-19):

• 更新在装饰图案完全将回归和non-spike基础模型。

版本变化1.1.57 (2018-04-16):

• 小新闻文件的变化

版本变化1.1.56 (2018-04-16):

• 轻微的变化BASiCS_MCMCcppNoSpikes.cpp为了避免在BioC警告

版本变化1.1.55 (2018-04-16):

• 加速的BASiCS_TestDE通过避免不必要的计算

版本变化1.1.54 (2018-04-15):

• 引用文件更新,包括最新的基础bioRxiv预印本

版本变化1.1.53 (2018-04-13):

• 固定的错误在策划TestDE函数

• 装饰图案中添加额外的代码来构造BASiCS_Data没有峰值

• 添加情节显示剩余可变性在测试期间的变化

版本变化1.1.52 (2018-04-09):

• 添加额外的句子来装饰图案描述BASiCS_Data代SpikeInfo时不可用

版本变化1.1.51 (2018-03-26):

• 调整BASiCS_TestDE函数输出data.frames包含相同的基因。

版本变化1.1.50 (2018-03-26):

• 删除抵消BASiCS_TestDEφ校正的功能

版本变化1.1.49 (2018-03-22):

• 固定链接BASiCS_Chain文档在BASiCS_showFit医生

版本变化1.1.48 (2018-03-22):

• 排除ε对象和RefFreq对象从有效性测试链类

版本变化1.1.47 (2018-03-21):

• 减少数量的基因数据的例子

• 单元测试相应更新

• 尼尔斯·加描述的维护者

版本变化1.1.46 (2018-03-21):

• c++代码分割成单独的功能

• 一个文件每个主要功能为效用函数和个人文件

• 创建的主要功能和效用函数的头文件

版本变化1.1.45 (2018-03-21):

• 在c++代码移动到函数的消息

版本变化1.1.44 (2018-03-21):

• HiddenVarDecomp适应再也没有警告的情况下

• 单元测试的BASiCS_VarDecomp相应的扩大

• 规范的colnames和rownames添加到newBASiCS_Data

• colnames和rownames现在指定为输出的一部分吗BASiCS_DenoisedCounts和BASiCS_DenoisedRates

版本变化1.1.43 (2018-03-20):

• 批处理信息搬到colData而不是元数据当构建一个SingleCellExperiment对象通过newBASiCS_Data函数。这有助于数据构造子集。

• BASiCS_MCMC和HiddenBASiCS_MCMC_InputCheck相应更新

• SummarizedExperiment: colData和S4Vectors: DataFrame作为进口添加名称空间

版本变化1.1.42 (2018-03-20):

• OrderVariable默认值设置为“GeneIndex”BASiCS_TestDE

• 固定的用法OrderVariable在BASiCS_TestDE回归情况

• 相关的单元测试相应更新

• 失踪去噪利率/计数检查为再也没有添加到单元测试案例

• 引用文件已被添加

版本变化1.1.41 (2018-03-20):

• BASiCS_MCMC:默认值WithSpikes设置为假当该值没有spike-ins可用的数据

版本变化1.1.40 (2018-03-20):

• 修复的小虫子BASiCS_DenoisedRates,再也没有

• 增加了运用利率/计数为再也没有检查单元测试案例

版本变化1.1.39 (2018-03-20):

• 运用计数/利率为回归例添加到单元测试

• BASiCS_DenoisedCounts用于再也没有警告的情况下

• BASiCS_DenoisedRates用于再也没有警告的情况下

版本变化1.1.38 (2018-03-20):

• 有效性检查更新BASiCS_Chain和BASiCS_Summary类。这占不同的参数配置

• 总结排除的方法RefFreq再也没有的情况下

• 单元测试fo再也没有相应更新

版本变化1.1.37 (2018-03-20):

• φ从输出中删除BASiCS_MCMC为再也没有例

• 单元测试相应更新

• 检查参数名称添加到单元测试

版本变化1.1.36 (2018-03-18):

• 固定的错误newBASiCS_Data定义一个默认值科技当spike-ins不是可用的。由于Muad Abd El干草(@Cumol)指出这个问题。

版本变化1.1.35 (2018-03-18):

• 新的单元测试(模块):示例数据,开始值密度,密度采样器固定起始值(峰值/再也没有;回归/ no-regression)

版本变化1.1.34 (2018-01-31):

• HiddenBASiCS_MCMC_Start编辑占新的默认参数值食物:computeSumFactors调用

• 单元测试相应更新

• 进口/显示包现在在字母顺序

• 小BiocCheck的建议风格的变化

版本变化1.1.33 (2018-01-30):

• 在HiddenBASiCS_MCMC_Start,积极= TRUE添加到食物:computeSumFactors当估计大小因素包含无效的值。感谢麦克·摩根,暗示这个解决方案。

版本变化1.1.32 (2018-01-29):

• 修复,确保BASiCS_MCMC函数添加细胞\φ美元的标签

• makeExampleBASiCS_Data现在生产有效colnames(电池标签)

• 固定colnames \φ参数在所有数据美元的例子

• 扩展的有效性测试BASiCS_Chain类

• rownames和colnames方法创建BASiCS_Chain类

• 添加示例和单元测试BASiCS_VarianceDecomp函数

版本变化1.1.31 (2018-01-22):

• 更新的文档BASiCS_showFit方法

版本变化1.1.30 (2018-01-22):

• 致力于三角一个新构建

版本变化1.1.29 (2017-12-21):

• showFit通用更名为BASiCS_showFit(以避免潜在的冲突)

版本变化1.1.28 (2017-12-20):

• 在BiocStyle漫画头

• 在BASiCS_TestDE功能:ProbThresholdE论点更名为ProbThresholdR

• 在BASiCS_TestDE功能:ProbThresholdE论点更名为ProbThresholdR

• 例如更新文档BASiCS_Chain对象

• 小额外修改文档

版本变化1.1.27 (2017-12-20):

• 小错误解决displayChainBASiCS方法

• 减少实例对象的大小

• 单元测试相应更新

• 在BASiCS_TestDE功能:PsiE论点更名为EpsilonR

版本变化1.1.26 (2017-12-20):

• 装饰图案参考书目搬到.bib文件

• 添加图来总结不同的实现

• 减少实例对象的大小

• 单元测试相应更新

• 子集方法创建BASiCS_Chain对象

• 删除参数λ从BASiCS_Chain对象(存储)

• R /方法。R+R/Classes.R updated accordingly

• newBASiCS_Chain相应的更新。

• 代码格式showFit

版本变化1.1.24 (2017-12-18):

• 减少没有迭代的快速测试的单元测试

• 图书馆hexbin添加进口(所需showFit)

• 装饰图案编辑(快速启动的简化)

版本变化1.1.23 (2017-12-18):

• 小改进文档

版本变化1.1.22 (2017-12-15):

• 文档ChainSCReg和ChainRNAReg数据补充道

• 固定showFit方法

• 更新dpi选项装饰图案以减少. html的大小

• 默认值为ConstrainProp设置为0.20(再也没有)

• 单元测试相应更新(再也没有)

版本变化1.1.21 (2017-12-13):

• ConstrainProp添加一个可选的理由BASiCS_MCMC(再也没有)

版本变化1.1.20 (2017-12-11):

• 在装饰图案dpi更新选项

版本变化1.1.19 (2017-12-09):

• 扩展描述描述,回归和non-spike情况

• 改变减价rmarkdown引擎编译装饰图案包括目录

版本变化1.1.18 (2017-12-08):

• 小错误HiddenBASiCS_MCMC_NoSpikesParam解决

版本变化1.1.17 (2017-12-07):

• 再也没有警告的情况下停止扩展规模因素(HiddenBASiCS_MCMC_Start)

• 单元测试相应更新

• 额外的单元测试来确保再也没有结果匹配对象有/没有峰值时设置WithSpikes = FALSE

• 再也没有警告的情况下修改限制(处理非零基因)

• 的默认值ConstrainType设置为1BASiCS_MCMC(仅再也没有)

的变化版本1.1.16 (2017-11-29):

• 的变化BASiCS_MCMC再也没有,因此只有基因与零的总数被排除在可识别性约束

1.1.15版本的变化(2017-11-29):

• 错误固定在AtLeast2Cells(BASiCS_MCMC再也没有+回归函数)定义当原始数据峰值

版本变化1.1.14 (2017-11-29):

• 小虫子解决再也没有警告的情况下当原始数据峰值

• 新的单元测试来评估

版本变化1.1.13 (2017-11-28):

• 固定存储的RefGene在再也没有StochasticRef = FALSE

的变化版本1.1.12 (2017-11-28):

• 额外的变化改善再也没有警告的情况下使用

版本变化1.1.11 (2017-11-24):

• 小错误的调用HiddenBASiCS_MCMCcppNoSpikes已经解决了

版本变化1.1.10 (2017-11-27):

• HiddenBASiCS_MCMC_Start更新删除regression-related hyper-params

• HiddenBASiCS_MCMC_ExtraArgs更新,包括regression-related hyper-par

• BASiCS_MCMC相应的修改

• 自适应方差固定的存储没有增长的情况

版本变化1.1.9 (2017-11-24):

• 意味着只有在需要时更新(回归);单元测试相应更新

• deltaUpdateNoSpikes+deltaUpdateRegNoSpikes删除不再需要

• 简化的条件deltaUpdateReg

• 小的变化统一用c++代码格式文件

• 符号的改变:φ取而代之的是年代在再也没有实现

• 单元测试相应的改变(没有增长)

• 小风格的变化BASiCS_MCMC

• BASiCS_MCMC函数分解成小函数(容易阅读)。这将创建下列隐藏的功能:HiddenBASiCS_MCMC_InputCheck,HiddenBASiCS_MCMC_ExtraArgs,HiddenBASiCS_MCMC_NoSpikesParams,HiddenBASiCS_MCMC_OutputStore和HiddenBASiCS_MCMC_RefFreqStore

• 再也没有和回归之间的合并案例完成(代码进行测试)

• 轻微改变存储的参考频率(峰值)

版本变化1.1.8 (2017-11-21):

• muUpdateRegNoSpikes和deltaUpdateRegNoSpikes添加到c++代码

• 清理的c++代码(重复调试检查制成功能)

• lambdaUpdateReg创建一个单独的函数

• 向量化的计算与回归的实现

• 全球数量(如发票(V0))采取外看(回归)

• sigma2UpdateReg创建一个单独的函数

• betaUpdateReg创建一个单独的函数

• 固定错误sigma2更新(回归);单元测试相应更新

1.1.7版的变化(2017-11-20):

• 尼尔斯·添加为作者在cpp文件

• 再也没有警告的情况下更新单元测试(变化由于意义下改变裁判)

• 的变化BASiCS_MCMC这只生物计数c++

• 添加的分解muUpdateReg和deltaUpdateReg(c++代码)

1.1.6版本的变化(2017-11-15):

• 增加了对回归的原型+再也没有取样器

1.1.5版本的变化(2017-11-15):

• 删除倒塌取样器原型(从c++和R)——搬到CollapsedSampler分支

• 基因用于随机引用数目增加到10%的基因(峰值)

改变版本1.1.4 (2017-11-12):

• 只包括基因表达在至少2细胞/条件差残余色散测试(回归)

的变化版本1.1.3 (2017-11-08):

• 倒塌的取样器实现(测试)

• 单元测试回归原始

• 版本号撞

• 商店TableRef在StoreDir目录(没有增长的情况下)

更改版本1.1.2 (2017-11-08):

• 骨架的取样器集成的年代

1.1.1版的变化(2017-11-08):

• “ggplot2”添加到进口

• SpikeInfo改变默认值为NULLnewBASiCS_Data函数

• 清洁的HiddenBASiCS_MCMCcppNoSpikes

• 清洁再也没有实现的充分条件

• 固定的错误在随机参考实现

• 再也没有警告的情况下添加单元测试(估算)

• 小胼胝更改合并回归

• 从“埃塔”参数总结方法(回归)

• 纠正HPD区间计算ε和sigma2(回归)

• 添加标记为“ExcludedFromRegression”基因BASiCS_TestDE

改变版本1.1.0 (2017-08-16):

• 微小的变化需要通过BiocCheck(使用formatR和BiocChecks)

• 版本号撞bioconductor 3.6版本之后

bcSeq

版本1.0.1类别:固定windows版本的bug造成的pthread文本:

版本:1.0.2类别:添加辅助函数对用户文件文本进行预处理:削减adpators“trimRead”。“uniqueBar”从库文件中提取独特的条形码序列

版本:1.0.3类别:“对齐”改为“映射”的标题文本:

版本:1.0.4类别:“for”改为“在”标题文本:

beachmat

1.1.13版本的变化:

• 环境变量改为BEACHMAT_RPATH的一致性与其他包。

• 添加本地支持换位和构造子集DelayedMatrix对象。

• 添加支持按原样实现否则不支持矩阵,包括DelayedMatrix对象与其他延迟操作。

• 添加了get_const_col_indexed()方法对输入矩阵,对稀疏表示尤其快。

• 添加了set_col_indexed()和set_row_indexed()方法的输出矩阵。

• 更新后的片段和扩展测试套件。

bioCancer

版本:1.7.05文本:省略importFrom clusterProfiler阴谋

版本:1.7.04文本:出口图和viNetwork报告

版本:1.7.04文本:重置图像大小circomics 1024 px

版本:1.7.03文本:将网络部件保存为HTML和png

版本:1.7.03文本:使用swithc按键对网络选项卡。

版本:1.7.03文本:setwd为windows系统(~)/ setwd (Sys.getenv (“R_USER”))

版本:1.7.02文本:解决冲突renderMetabologram renderCoffeewheel。重新定义initCoffeewhell / htmlwidges

版本:1.7.02文本:报告circomics部件减价文档

版本:1.7.02文本:将静态轮保存为html和png(低分辨率)

版本:1.7.02文本:需要phantomJS catupe html小部件输出为png文件

版本:1.7.01文本:添加帮助?菜单

版本:1.7.01文本:改变停止消息

版本:1.7.01文本:addResourcePath数字

版本:1.7.00类别:蜕变:bioCancer辐射。数据扩展文本:

版本:1.7.00类别:包的大小减少一半14 - > 7 mb文本:

BiocCheck

1.16版本的变化:

错误修复

• 正确处理交互BiocCheck()的参数

BiocFileCache

1.3版本的变化:

新功能

• (诉1.3.35)一篇文章下载处理文件保存到缓存中。

• (诉1.3.28)添加BiocFileCache问= TRUE参数()。

• (诉1.3.24)添加功能makeBiocFileCacheFromDataFrame将data.frame BiocFileCache

• (诉1.3.19)etag现在检查除了最后修改时间来确定当地当前版本的文件

• (诉1.3.16)importbfc exportbfc负载输出

• (诉1.3.15)exportbfc允许用户创建出口均相关的存档文件

• (诉1.3.11)bfcisrelative检查rtype =“当地”除了相对的

• (诉1.3.11)Helper函数检查rtype地方性质的,而是相对的,必要时和web和更新

• (诉1.3.10)添加功能检查可移植性BiocFileCache: bfcisrelative

• (诉1.3.10)添加函数转换为可移植性的rpath: bfcrelative

• (就)可选下载web资源当添加缓存bfcadd(下载= TRUE)

模式的改变

• (诉1.3.36)到期补充道

• (诉1.3.19)etag补充道

• (就)最后修改时间默认是NA

用户可见的变化

• (诉1.3.38)…的观点和不公开,这包括bfcadd最初的…是pasesed file.copy。这个用范克廉…用于函数bfcadd (), bfcupdate()和bfcdownload()这可能潜在的下载该文件。

• (诉1.3.30)bfcnew (), bfcadd(),接受向量参数;性能改进和

• (诉1.3.25)bfcinfo bfcquery将显示完整的rpath即使存储为相对的

• (诉1.3.22)提示用户只有一次当使用默认的缓存

• (诉1.3.17)覆盖现有文件时提示用户

• (诉1.3.16)添加importbfc范克廉提取exportbfc和负载的输出对象

• (诉1.3.16)添加范克廉exportbfc出口或黄东海的子集

• (诉1.3.16)bfcisportblae exportbfc bfcportbale移除

• (诉1.3.14)在黄东海创造,选择更新最新的模式

• (诉1.3.13)bfcportable运行在所有的id,而不是单独询问

• (诉1.3.12)bfcisrelative / bfcrelative改为bfcisportbale / bfcportable

• (诉1.3.11)web资源的rpath被存储为相对链接

• (就)如果web资源没有下载,bfcneedsupdate是正确的

• (就)本地和非下载web将最后修改时间NA

• (诉1.3.6)更新默认缓存位置如何确定

• (1.3.1)暴露:web资源配置参数的功能

错误修正

• (诉1.3.40)正确trycatch cache_info。cache_info缺陷解决方案被输出NA即使现在,现在如果存在手动获取值

• 更新access_time(诉1.3.37)正确的功能

• 回国后(诉1.3.26)补丁cache_info etag, last_modified

• (诉1.3.4)cache_info bug补丁

BiocInstaller

的变化版本1.30.0:

新功能

• biocLite()支持使用遥控器github库包,而不是devtools。这种变化应该对最终用户透明。(从彼得希https://github.com/Bioconductor/BiocInstaller/issues/4)

BiocParallel

1.14版本的变化:

错误修复

• (v 1.13.1) bpiterate序列法不unlist乐趣之前减少的结果。

BiocStyle

的变化版本2.8.0:

用户可见的明显变化

• 添加“relative_path”参数“pdf_document”

• 添加参数“titlecaps”“html_document”

• 已弃用功能

错误修复

• 修复一个缺陷在生成导航链接导致一个空文档时没有部分进行合并

biomaRt

的变化版本2.36.0:

错误修复

• 修补问题返回可用数据集的列表,如果一个或多个数据集的描述包括一个撇号(运用引入新的灵长类动物)。

• 发现情况ensemblRedirect = FALSE仍被忽视。

• 改变查询提交在检测到重定向时应对显然运用镜子的新行为。

微小的变化

• 增加查询超时限制5分钟。

biosigner

1.7.4版本的变化:

内部修改

• 单元测试在Windows 32位禁用

版本是1.7.2变化:

内部修改

• 修改的单元测试

biotmle

更改版本1.4.0:

• 一个更新版本的这个包Bioconductor 3.7, 2018年4月发布。

• 这个版本主要实现了微小的变化,包括使用颜色的情节产生的可视化方法。

bnbc

1.1.2版本的变化:

• 删除不需要的文件。

BPRMeth

的变化版本1.6.0:

• 添加额外的观测模型:“二项”,“伯努利”、“测试版”和“高斯”。

• 添加对贝叶斯推理的functionlity使用平均场变分推理推断和集群配置文件。

• 为傅立叶基函数添加功能。

• 更新使用ggplot2绘图功能。

BrowserViz

版本2.1.0的变化:

新功能

• Javascript代码使用npm和webpack

• R代码使用最新httpuv RStudio,异步websocket windows支持

CAGEfightR

0.99版本的变化:

• 提交CAGEfightR Bioconductor

篮球选手

的变化版本1.21.6:

• mergeCAGEsets接受CAGEexp对象作为输入。

• ctss现在由gpo对象,更紧凑的记忆和展出,同时还继承农庄。

的变化版本1.21.5:

• 简化CAGEexp构造函数,类似于一个用于CAGEset对象。

• 新removeStrandInvaders()函数来计算和删除链侵入文物(见唐et al ., 2013年,doi: 10.1093 / nar / gks112)。

• 标签群排序之前存储在篮球选手对象。

• plotAnnot: -新的ggplot2:“方面”选项:facet_wrap情节()。——更好的文档“作用域”的阴谋。-删除“customScope”参数:传递一个函数直接“范围”的论点。

• SummarizedExperiment plotCorrelation2:新方法,DataFrame data.frame和矩阵。——纠正相关矩阵的输出(以前对角线的值是0和其他值交换)。

• plotReverseCumulatives: fitInRange接受一个“零”的价值关掉幂律拟合。——新的“传奇”参数删除传说当设置为“FALSE”。——轴范围和标签可以修改xlab / ylab和xlim / ylim。——梯子步骤开始的值,而不是集中在。

• 改变颜色:允许小写字母的颜色名称。

的变化版本1.21.4:

• 纠正一个错误那是崩溃CAGEset对象加载多个BAM文件时。

• 负载BAM与readGAlignments缺口对齐()而不是scanBam ()。负链上没有这个修正,TSS立场是不正确的,以防indels的阅读。

• 部分支持加载在CAGEexp BAM数据对象。(correctSystematicG尚未实现)

• 添加多核处理hanabi函数。

的变化版本1.21.3:

• 加强语法有效样本CAGEexp班上的名字。

的变化版本1.21.2:

• 构成了rowData在使用纯DataFrame seqNameTotals插槽。

1.21.1版本的变化:

向后不兼容的更改

• 绘制函数将它们的输出发送到图形设备而不是写一个文件。这使得使用更加符合大多数绘图函数R。

新功能

• 新的“CAGEexp”类扩展MultiAssayExperiment类。它表达数据存储更有效地比“CAGEset”,并使用核心Bioconductor typse本身。向后兼容性还支持许多原始的“CAGEset”对象的通用函数。

• 新的“CTSS”和“TagClusters”类包装农庄组织对象,类型安全。

• 新功能等质量控制plotAnnot()或hanabiPlot ()。看到CAGEexp装饰图案的细节。

• 数据导出为DESeq2 DESeqDataSet对象与新“consensusClustersDESeq2”和“GeneExpDESeq2”功能。

• 新的“bedctss”格式加载FANTOM5和FANTOM6笼数据。

• 新的“CAGEscanMolecule”格式加载CAGEscan 3.0数据。

• 多核parallelisation BiocParallel而不是平行的。

• sampleList()的新函数帮助循环和样品拉普兰人()。

• 新plotCorrelation2()函数,速度比plotCorrelation(),因为它是黑色和白色。

• 多核加载CTSS CAGEexp对象中的数据。

其他的变化

• 示例数据”exampleCAGEexp”、“exampleCAGEexp”和“exampleZv9_annot”现在是延迟加载。

• 通过R CMD检查没有错误或笔记。

• 空可以作为基因传递的名字,绕过要求BSgenome对象时,实际上不需要。

• CAGEexp对象,表达分位数位置给出相对于集群网站开始。

• 由于性能的原因,分位数问现在的位置计算的第一个基地累计表达式的位置高于或等于Q %总表达式的一个集群。

文档更新

• Roxygen用于生成手册页。

• 一个新的小插图描述了“CAGEexp”类。

癌症

版本:1.11.01文本:rm grDevicesγ= 1.5理由:彩虹的功能

版本:3.1文本:

版本:3.2文本:维度水平将情节。1 - dialogMetOption():添加“圆环”参数使getMetDataMultipleGene之间的区别()和getListMetData () 2 - getGeneList():添加rm (“GeneListMSigDB””, envir = " myGlobalEnv”)

红衣主教

的变化版本1.11.2:

新功能

• 添加‘writeMSIData’,‘writeImzML’,‘writeAnalyze MSI数据写入方法支持的文件格式

• 增加了对磁盘上的支持“加工”imzML(通过参数的附加。只有在“readImzML”方法)

用户可见的明显变化

• 包“物质”是用于所有文件I / O

• 使用“Hashmat”转向使用“sparse_mat”类从“物质”“加工”imzML数据

错误修复

• 改变编译器设置解析XML,所以阅读大型imzML文件现在应该使用更少的内存(但可能需要稍长一些的小文件)

1.11.1版本的变化(2017-10-25):

用户可见的明显变化

• 使用“滴= NULL”从现在开始,而不是“滴= NA '做内变质构造子集SimageData的对象

错误修复

• 使用“键”和“键< -”一般从“物质”

cbaf

版本变化1.2.0 (2018-04-26):

新功能

• heatmapOutput()现在可以确定的热图保证金和列和行名称自动大小。

• 新的图像格式TIFF, JPG, BMP heatmapOutput除了前面的PNG文件格式()。他们可以选择从processOneStudy()和processMultipleStudies或直接从heatmapOutput()函数。

• heatmapOutput()现在使用两种方法对排名前的基因产生的热图(s)。其中一个是适合发现基因,具有独特的高值在一个或几个癌症研究而其他方法艾滋病在铜鼓基因具有高值在多个/许多癌症。

• 如果函数argumnets输入错误,更有意义的错误将会出现。

• 所有的功能都得到了改善。

ccfindR

版本变化0.99.4 (2018-04-06):

变化

• 从filter_genes分割图功能()plot_genes ()。

• 将文件名参数从read_10x()和write_10x ()。

CellNOptR

版本变化1.25.0 (2018-01-10):

• BUG修复*修复灰色盒子在plotOptimResultsPan plotOptimResultsPan *误差大于99.9%时颜色是白色(而不是红色)* c模拟器故障修复:0时,节点是抑制和测量复位为0,但抑制剂。解决很简单:不要重置抑制剂,时间是0 * 0解决问题时间不正确模拟(见https://github.com/cellnopt/CellNOptR/issues/6)这种修复回归BUG修复后在释放1.11.3 * sif的节点名称文件包含这个词和(如配体)将不再导致和节点*修复问题矩阵构造子集,当构造子集转换矩阵向量* plotOptimResultsPan:计算均方根误差(背景着色),NA数据不计入数据点的数量

• 改变* Bioconductor版的包有合并Github的版本导致微小的变化* readSIF只读取/独特的交互行从SIF文件* plotOptimResultsPan和plotCNOlist情节中间值提示值(0,1)CNORode插件

• *添加新特性readErrors CNOlist和writeErrors功能:读/写测量误差/方差/ MIDAS文件* toSBML()函数将模型写到SBMLqual格式* makeCNOlist()可以用多个进口大富翁,连续提示*添加新功能叫做crossInhibitedData水平

ChemmineR

的变化版本2.32.0:

新功能

• SDFDataTable函数,允许在web浏览器中查看复合图像和数据。

• 阅读。SDFset现在可以跳过化合物在自卫队与语法错误文件。

• 功能“getid”,“searchString”,和“searchSim”修改查询pubchem直接而不是通过web服务“ChemmineTools”中间。

chimeraviz

1.5.6版本的变化:

变化

• 接口处理chimeraviz改变了遵守https://github.com/jimhester/lintr。chimeraviz是一样的,但方法有了新的名字。

1.5.1版本的变化:

新功能

• 添加支持mm10基因组。

ChIPanalyser

3.6版本的变化:

的目的

• 数据预处理功能

• rtracklayer进口支持

chipenrich

更改版本测试盒框:

新功能

• 一个新函数,peaks2genes(),运行分析,但不包括浓缩测试。用于检查QC情节,检查peak-to-gene作业质量,容易定制的测试。

用户级的重大变化

• 现在hybridenrich()方法返回相同的格式chipenrich()和polyenrich ()

改进

• 现在小插图描述了所有可用的基因集

错误修复

• 固定multiAssign加权方法,使用正确的重量。

ChIPexoQual

版本:1.3.1文本:

版本:1.3.2文本:

ChIPpeakAnno

的变化版本3.13.19:

• 修复bug的assignChromosomeRegion百分比计算当nucleotideLevel等于事实。

的变化版本3.13.18:

• 修复bug assignChromosomeRegion重置seqlevels。

的变化版本3.13.17:

• 修复bug在annoScore通过设置忽视。punion链。

的变化版本3.13.16:

• 修复bug的assignChromosomeRegion整数溢出。

的变化版本3.13.14:

• 修复windows下的警告。

的变化版本3.13.12:

• 改变“类”功能,“是”功能。

的变化版本3.13.11:

• 修复assignChromosomeRegion的帮助文件。

的变化版本3.13.10:

• 改善binOverRegions。

的变化版本3.13.9:

• 改善addMetadata。

的变化版本3.13.8:

• 修复windows下的警告。

的变化版本3.13.6:

• 改善功能featureAlignedSignal和featureAlignedExtendSignal

3.13.5版本的变化:

• 添加estFragmentLength minFragmentSize参数

的变化版本3.13.4:

• 抑制featureAlignedExtendSignal的消息

• 修改帮助文件运行在本地测试样品。

的变化版本3.13.3:

• 修复bug binOverRegions binOverGene

的变化版本3.13.2:

• 与rownames featureAlignedSignal生成输出

的变化版本3.13.1:

• 改变从GNAI3测试价值;MIR197 GNAI3避免错误,因为更新数据库的注释。

ChIPseeker

1.15.2版本的变化:

• 臭虫固定为重叠=“所有”的考虑链信息< 2017-12-12,星期二>

1.15.1版本的变化:

• 通过选项(ChIPseeker定义下游距离。downstreamDistance = 3000) + https://support.bioconductor.org/p/103135/

chromstaR

1.5.1版本的变化:

用户级的重大变化

• 新列的maxPostInPeak包含最大后在每个峰。

• 分数在出口床上文件计算-10 * log10 (maxPostInPeak)。

• “changeFDR()”改名为“changeMaxPostCutoff ()”。

ClassifyR

变化在2.0.0版本:

• 广泛支持DataFrame和MultiAssayExperiment数据集的特征选择和分类功能。

• 大多数的处理是现在做的DataFrame方法函数,实现对多个类型的输入方法。

• 弹性净GLM分类器和多项逻辑回归分类器包装器函数。

• 绘图函数有一个新的默认样式使用白色背景和黑色轴。

• 装饰图案简化,并使用一个新的质量血细胞计数与清晰的类之间的差异来演示数据集分类及其性能评估。

clusterExperiment

版本变化1.99.4 (2018-04-19):

变化:

• 添加对hdf5文件中存储的支持分析槽通过HDF5Array包

• 删除大多数违约RSEC参数——把它们从底层函数的缺省值。

版本变化1.99.3 (2018-04-17):

变化

• 重新实现subsampleClustering()和combineMany()使用c++。

• “adjP”方法mergeClusters现在允许进一步要求基因有一个最小log-fold变化(“logFCcutoff”)。

错误

• 修复错误的setBreaks(isPositive和isNegative变量)

• 使用stringr: str_sort使字符值的地区独立

版本变化1.99.2 (2018-03-22):

错误

• 修复defaultNDims以便返回最低50和数据的最小尺寸。

• 修复RSEC所以clusterMany后仍然返回结果,如果打击错误。

版本变化1.99.0 (2018-02-15):

变化

• 主要改变类的定义:这个版本包括一个重大更新的降维和过滤是如何实现的。类已经更新扩展新的SingleCellExperiment类,它保存维数减少。此外,计算每个基因数据,通常用于过滤,存储在colData的对象,并可以很容易地访问和用于重复过滤没有重新计算。这创造了一个巨大的改变底层的函数允许降维并过滤。改变函数名称如下:-变换现在是transformData——新功能makeReducedDims和makeFilterStats将计算(因此商店)降低维数和统计数据过滤数据。——新功能filterData将过滤后的数据作为一个矩阵——新功能listBuiltInReducedDims和listBuiltInFilterStats给降维的当前可用功能列表和过滤数据,分别。——过滤和用户定义的降维可以用于任意统计数据clusterMany和相关功能,只要它们都保存在适当的位置的对象。

• 改变以下功能/参数符合SingleCellExperiment命名约定和改善集群和集群的术语之间的区别。——资本化构造器函数。现在:ClusterFunction ()和ClusterExperiment ()- - - - - -nPCADims现在更改为nReducedDimsclusterMany-related功能-nVarDims现在更改为nFilterDimsclusterMany-related功能-dimReduce论点现在更改为reduceMethod跨功能- - - - - -ndims来nDims在clusterSingle和makeDendrogram保持一致性。- - - - - -plotDimReduce来plotReducedDims——改变nClusters来nClusterings更好的显示功能的目的。nClusters现在给每个聚类簇的数量。- - - - - -addClusters来addClusterings和removeClusters来removeClusterings。新功能removeClusters实际上允许用户“删除”的集群或集群分配样本的聚类簇1价值。- - - - - -clusterInfo ()来clusteringInfo ()

• 除了这些结构性变化,下面的增强也包含在这个版本——新功能plotClusterLegend将情节集群的一个传奇。——颜色定义更改:showBigPalette被替换为showPalette现在可以显示任何颜色的调色板。调整颜色的定义seqPal2和seqPal4完全对称中心。的颜色bigPalette已经改变,减少类似的颜色,massivePalette创建通过添加所有的non-grey颜色随机颜色()这plotClusters不会失去颜色。- - - - - -getClusterManyParams:现在使用救了clusterInfo而不是更脆弱clusterLabels得到的参数。结果输出格式化的有点不同。- - - - - -ClusterExperiment:删除转换作为一个必需的参数。现在设置的默认函数(x) {x}。允许参数clusterLegend在构造函数中定义clusterLegend槽。

  • plotClustersWorkflow:参数existingColors现在需要参数忽略,所有,将类似于plotClusters- - - - - -plotDendrogram:参数nodeColors现在可用。改变默认设置默认是colorblock样本。- - - - - -plotContrastHeatmap:参数contrastColors现在可以指定颜色的对比。基因是现在下令叠化在每个对比。- - - - - -plotClusters:参数existingColors现在允许选项firstOnly- - - - - -makeDendrogram:现在允许选项“coCluster”的论点reduceMethod表明利用coClustering矩阵构建系统树图。makeDendrogram现在也有一个方法构建的系统树图——一个任意的距离函数clusterMatrix:现在返回与rownames集群矩阵对应于样品名称。- - - - - -convertClusterLegend:现在需要参数whichClusters

错误

• 自动赋值的颜色转换clusterLegend是基于massivePalette所以不会耗尽玩具例子。

• 固定小虫子plotHeatmap这样会在注释处理因素只有一个价值——将情节注释标签时NA在注释-不再调用内部函数NMF::: vplayout在这些标签,更健壮

• 固定的错误的方式plotClustersWorkflow现有的颜色处理。

• 固定所以迪斯现在通过在调用clusterSingle / clusterMany二次抽样

• 固定所以plotClusters现在不会给难以理解的错误如果有重复的颜色

• 固定plotDendrogram所以不会创建空白的阴谋。

ClusterSignificance

1.7.3版本的变化:

• 添加警告参数卡式肺囊虫肺炎。主要供内部使用。修复的警告与非默认每个perumtation df论点重复。

• 小策划改进包括为情节保证金提供修复错误。

版本是1.7.2变化:

• 在自述文件整理和修复bug。自述从README。Rmd to avoid similar problems in the future.

• 添加codecov徽章Readme

1.7.1上版本的变化:

• 作者信息和更新包的URL。

cn

3.5版本的变化:

新功能

• 添加函数orgKEGGIds2EntrezIDs获取KEGG id和Entrez IDs之间的映射

• 添加函数makeAxtTracks

• 添加函数addAncestorGO

CNVPanelizer

的变化版本1.11.0:

• 添加闪亮的GUI

彗星

1.11.5版本的变化(2018-04-11):

• 更新小插曲

版本变化1.11.4 (2018-03-28):

• 更新手册,因为改变函数的例子

• 把一些功能淘汰,因为变化的数据库(如宇宙,监管部门运用,ISCA)

• 删除R包、ggplot2 ggbio trackviewer

1.11.3版本的变化(2018-02-25):

• 因为更新的BiocStyle更新装饰图案

• 更新两个数据(chipTFtrack。rda和genesGencodetrack.rda)因为错误安排

1.11.1版本的变化(2017-07-27):

• 因为更新的BiocStyle更新装饰图案

• 添加示例数据没有上传正确的第一次

ComplexHeatmap

的变化版本1.17.1:

• 传奇():添加by_row参数控制传说的安排如果放在多个列

• 传奇():使用textGrob ()如果点符号文本

• grid.dendrogram ():修复一个错误时,系统树图是错误的行/列名称有重复的名字。

• anno_boxplot ():轴新大纲= FALSE

• oncoPrint ():行第一个命令通过突变总数,然后下令突变的数量的样品

• 正确地重新排序行

• 添加row_gap理由的热图的列表

• oncoPrint ():添加j和我作为可选参数为alter_fun

CountClust

1.6.1版本的变化:

• 发布弃用cg_topics()和FitGoMpool()函数。修改了FitGoM()函数,它使用num_trials灵活地运行多个运行参数以及返回每个模型的BIC健康。修改了compGoM()函数,这样就可以把一个主题模型对象,以及主题模型对象的列表。也弃用的基R图形Structureplot和修改了StructureGGplot()函数采取单一的标签样本。

1.5.1版本的变化:

• 释放我们已经添加了一个FitGoMpool()函数,它自动执行傻子模型与多个起点和输出一个与最优的BIC运行。此外,删除switch_axis_position()一样依赖从cowplot函数已被弃用。

CrispRVariants

的变化版本1.7.12:

• 改变CrisprSe insertion_sites美元“idx”列阅读指数与多个插入读取

的变化版本1.7.10:

• CrisprSet方法setCigarLabels现在允许重命名标签

的变化版本1.7.9:

• 按照新订单更新mergeCrisprSets计数操作

1.7.7版本的变化:

• 添加min和max指导边界框的阴谋

• 修复错误导致plotFreqHeatmap当使用“集团”,一行数矩阵

1.7.5版本的变化:

• 更新后的测试等位基因数的变化

• 添加创建。情节argument for plotFreqHeatmap with signature CrisprSet.

• 增加了一个选项“风格”plotAlignments色素只有核苷酸不匹配

• 更改为PacBio narrowAlignments雪茄格式

• 在collapsePairs Bug修复。readsToTarget之外只发生在运行。

• 添加“等位基因”访问器相关的变体标签字符串截断雪茄

• 返回unmergeable排列而不是提高一个错误

• 小代码更改,让它更容易运行标准计算管道

• 从初始化代码易读性分成单独的文件

1.7.4版本的变化:

• 添加创建。情节argument for plotFreqHeatmap with signature CrisprSet.

版本是1.7.2变化:

• 允许绘制任意子集的地区保持一致

1.7.1上版本的变化:

• 重组plotAlignments代码允许策划的子集对齐的区域。

• 小变化记录情节plotVariants背景白色不透明。

csaw

的变化版本1.13.1:

• 完全支持paramList对象删除。

• 删除支持正常化(),修改默认选择se。在normOffsert = ()。

cydar

1.3.1版本的变化:

• 错误修复interpreSpheres()时额外的情节。

• 切换到自定义的颜色计算plotCellIntensity ()。

cytofkit

1.11.3版本的变化(2018-01-19):

修改

• 选择所有按钮添加到其他情节相关的标记

• 缩放和定心选项改为下拉菜单

• 更新维护人员的邮件

• 增加透明度选项表达水平情节点所以点不掩盖彼此太多。点大小可以调整,以提高知名度

错误修复

• 固定的处理全球扩展表达式值不超出限制的颜色块闪亮的颜色

• 改进的颜色块中的离群值删除代码更健壮的各种标记表达模式

• 转移一条比较fixedNum反对事件的数量,以便它不会打破当“min”mergeMethod fixedNum设置为NULL

版本变化1.11.2 (2017-12-15):

散点图修改表达水平

• 标记选择改为selectize风格,选择“标记”和“所有标记(了)”删除。

• 添加复选框选择颜色在本地/全球规模的传说和点

• 添加复选框选择规模和中心表达式的值

• 添加actionButton选择所有标记(将更新selectize选择选择所有)

• 添加actionButton更新阴谋后改变标记的选择(否则将更新与每个标记添加/删除)

错误修复

• 改变从min-max散点图规模最小的极限——第98个百分位占罕见的极端异常值。

1.11.1版本的变化(2017-11-06):

修改

• 选择/取消选择所有复选框添加到样本选择面板为便于选择。

• 添加FlowSOM选项和选项指定k FlowSOM和Rphenograph cytofkit_GUI。

• 添加了一个弹出对话框cytofkit_GUI警告说如果超过10000细胞与DensVM或isomap正在运行

错误修复

• 切换使用的treetype nn2 bd kd,双相障碍是导致Phenograph聚类问题。

dada2

的变化版本1.7.8:

用户可见的明显变化

• nbases已经取代learnErrors nreads参数的函数。所显示的名字,这个控件的数据量机器学习使用基地的总数,而不是读计数,哪个更合适read-lengths在目标应用程序的范围。

• 默认设置为1 e-40 OMEGA_C。这意味着纠错不再进行读取,而是那些因果概率小于OMEGA_C = 1 e-40。在实践中这一个非常小的影响最终的丰度。

错误修复

• assignSpecies在大型数据集的内存使用和速度大大提高。

1.7.7版本的变化:

新功能

• 纠错现在可以修改和关闭,由OMEGA_C参数,控制阈值的读取,推断含有错误纠正(或没有)的序列推断起源。

用户可见的明显变化

• DADA2选项启用快速无缝定位检查,和极端保守的贪吃的敏感方法打开默认(无间隙的= TRUE,贪婪= TRUE)。一些加速核心去噪算法。

• plotQualityProfile现在包括阅读的累积描述长度变化。

的变化版本1.7.6:

新功能

• 贪吃的新和极端保守的形式在核心去噪算法补充道,并可以通过设置打开DADA2选项贪婪= TRUE。这提供了一些加速核心去噪算法。

1.7.5版本的变化:

新功能

• 现在的达达(…)函数接受一个“先知先觉”的列表,即序列前有证据他们可能是真实的。相匹配的输入序列的一个先验评估反对放松阈值的统计证据(OMEGA_P代替OMEGA_A),甚至能被探测到的单例。

• 达达(…)函数可以执行“pseudo-pooling”达达(…,池=“伪”)。pseudo-pooling,输入样本是独立去噪,然后一组序列,出现在至少MIN_PREVALENCE样品用作第二个和最后一轮先验样本推断。默认MIN_PREVALENCE = 2。

1.7.4版本的变化:

新功能

• 新的快速筛选最优无间隙的排列在核心去噪算法增加了,并且可以被设置DADA2选项无间隙的= TRUE。这提供了一些加速核心去噪算法。

1.7.3版本的变化:

错误修复

• 固定一个溢出漏洞序列260 nt或更长时间在上交所= 2的代码。

版本是1.7.2变化:

用户可见的明显变化

• DADA2选项启用明确的8位SSE向量化的C代码默认是打开(SSE = 2)。一些加速核心去噪算法。

1.7.1上版本的变化:

新功能

• seqComplexity计算输入序列的复杂性,不仅可以用来识别和过滤低序列。

用户可见的明显变化

• 默认minOverlap参数mergePairs 20降低到12,和校准参数中使用合并会被修改,以更强烈惩罚不匹配和差距,提高合并的性能在重复序列。

dagLogo

的变化版本1.17.2:

• formatSequence修复bug。R当seq不是性格。

的变化版本1.17.1:

• 添加.globals环境。

DaMiRseq

1.3.7版本的变化:

• DaMiRseq执行多层次分类分析。

• 堆积meta-learner可以由用户,设置新的参数的cl_type DaMiR.EnsembleLearning()函数。现在8分类器允许的任意组合。

• 如果不平衡数据集,自动应用“采样下来”的策略。

• DaMiR.FSelect()函数的新参数,称为“nPlsIter”,它允许用户有更健壮的特性集。事实上,一些特性集生成的bve_pls()功能(嵌入DaMiR.FSelect()),设置“nPlsIter”参数大于1。最后,一个十字路口在所有的特性集返回执行这些功能在所有运行不断发生。然而,默认情况下,“nPlsIter = 1”。

• DaMiR.Allplot()也接受“矩阵”对象以及NA值(不是策划)。

• DaMiR.normalization()函数估计,分散,通过参数“nFitType”;在DESeq2包,参数可以“参数”(默认),“当地”和“意思”。

• 在DaMiR.normalization()函数,基因筛选是禁用如果minCount = 0。

• 在DaMiR.EnsembleLearning()函数,实现逻辑回归的方法改变了允许多层次的比较;本机lm的功能,而“bayesglm”方法实现脱字符号“火车”的功能,正确设置,现在使用。

• 新的参数的第二。的var DaMiR.SV()函数,允许用户利益考虑二次变量(因子或数值),用户不希望纠正,在sv识别。

DAPAR

的变化版本1.11.15:

• 在包的版本1.11.13 Prostar看到变化

ddPCRclust

版本:0.99.0文本:

debrowser

1.6.6版本的变化:

• HTML头固定

• 一个更通用的文件导入工具,感官字符串列发达

decontam

的变化版本0.20.0:

新功能

• decontam R包被释放!阅读更多在我们的预印本:https://www.biorxiv.org/content/early/2017/11/17/221499

位深蓝

版本:1.4.1文本:

deepSNV

版本变化1.99.3 (2013-07-25):

更新

• 一些变化海鸥装饰图案

• 重命名参数π。基因和π。backgr makePrior ()

修正

• 固定错误bf2Vcf()当没有变异

版本变化1.99.2 (2013-07-11):

更新

• 更新的引用

• 添加详细的选项bam2R抑制输出

• 改变模式()“整数”loadAllData值()

修正

• 固定的错误当只有一个变体叫做bf2Vcf ()

版本变化1.99.1 (2013-06-25):

更新

• 使用knitr漂亮的小插曲

• 包括海鸥装饰图案

修正

• 删除固定问题bf2Vcf ()

• makePrior()添加背景在所有网站

版本变化1.99.0 (2013-04-30):

更新

• 海鸥新算法

• 通过总结包括VCF输出(deepSNV、价值=“VCF”)

反编排

版本1.8.0的变化:

用户可见的明显变化

• 保存rownames在基因注释“DGEList”和“DESeqDataSet”之间的转换

DEGreport

版本:1.15.4文本:2017-03-27曾淡水沼泽lorena.pantano@gmail.com修正:修正错误的变量内部degClean修复:删除所有与NA columsn值degClean特点:情节只有当degPatterns只有一个基因。谢谢阿米尔,贾西姆。功能:添加geom_cor ggplot2阴谋情节相关值。功能:添加eachStep选项degPattern groupDifference适用于每个时间点,不仅最大和最小值。特点:增加degCovariates dendograme反是。解决办法:错在degPattern矩阵。谢谢阿米尔,贾西姆。功能:添加选项在degPattern筛选基因。谢谢阿米尔,贾西姆。功能:返回原始和总结表degPattern特点:迁移到rmarkdown为装饰图案特点:使用degPCA修复时返回prcomp输出:输入错误在degPattern函数中,并设置为FALSE consensusCluster的使用。 Fix: degPlot to be able to work with one gene. Feature: Add the option to look for specific patterns, or genes as reference. Feature: Return scaled values if scale==TRUE in degPattern. Feature: Add values used in plots for degPattern function. Thanks to Amir Jassim. Feature: Get significants for a list of DEGSet objects binding the tables first, calculating a new FDR, and aplying the filter as last step. https://support.bioconductor.org/p/104059/#104072

版本:1.15.2文本:2017-01-08曾淡水沼泽lorena.pantano@gmail.com功能:添加列表显著的支持和恢复全表。功能:添加不同的收缩估计量的支持。解决办法:火山阴谋策划错误的轴的阴影。修复:使用正确的选项在DESeq2:向上/向下计数结果的基因。特点:允许要求向上/向下的基因。由于库马拉斯Khetani。

版本:1.15.1文本:2017-11-13曾淡水沼泽lorena.pantano@gmail.com解决办法:添加检查degPCA点功能:添加函数绘制基本表达式签名。

部

1.1.5版本的变化:

• 启用微分测试用缺失值。

• 从策划功能添加data.frame输出功能。

• 启用multi-SE策划在plot_normalization()和plot_imputation ()。

• 弃用se2msn()和msn2se()函数。使用(“MSnSet”)或(SummarizedExperiment)从MSnbase包。

• 添加了一个装饰图案在缺失值处理。

• van Tilburg添加引用:张,史密特,et al .自然协议2018。

derfinder

的变化版本1.13.8:

错误修复

• 固定一个单元测试,这是一个突发性1.13.7版本。

的变化版本1.13.1:

新功能

• 添加一个额外的例子regionMatrix()在https://support.bioconductor.org/p/103591

derfinderPlot

的变化版本1.13.5:

错误修复

• 固定一个问题plotCluster()它是如何从biovizBase加载hg19IdeogramCyto对象包中。

的变化版本1.13.4:

错误修复

• 固定电话的问题GenomicRanges:差距()影响内含子是如何策划plotRegionCoverage()当底层数据指定开始和结束的染色体(即seqinfo()指定seqlengths)。感谢埃米莉伯克https://github.com/emilyburke报告这个问题。

DESeq2

的变化版本1.20.0:

• 还说“lfcThreshold参数lfcShrink()使用类型=“正常”和类型=“apeglm”。对于后者,lfcShrink()将计算无线光通信s-values,对边界时,利物浦将“假签名或者小”,在小由lfcThreshold定义。

• 切换到快~ 10倍apeglm实现用于lfcShrink()函数。

• 开始没有复制探索性的分析设计的弃用。分析设计没有复制将被删除在2018年10月发布:DESeq2 v1.22.0,之后DESeq2会给一个错误。

• 提升“minmu”DESeq(),因为这证明了应用程序和某些zero-inflated数据用于单个细胞。

• 提升“useT”DESeq(),它将使用(n - p)的自由度t分布,如果重量提供,它将使用重量的总和是“n”。

DEsingle

的变化版本0.99.12:

• 文档的改进。

的变化版本0.99.9:

• 添加并行化。

的变化版本0.99.0:

• 包发布。

DiffBind

的变化版本2.8.0:

• * dba的特性。报告:添加精度dba的选项。报告* dba。情节*: make plots use same precision as reports when thresholding
  • dba:添加dir dba的选项

• 文档更新*装饰图案:改变默认bFullLibrarySize = TRUE DESeq2的描述分析*装饰图案:更新装饰图案不会改变dir * dba。报告:清理描述手册页* bCalled的dba。曼报告:修改示例页面清晰* dba:更新手册页不会改变dir * dba。拯救策略:dontrun dba的示例代码。年代ave writing into LIB * dba: dontrun example code for dba setting wd to LIB

• Bug修复* dba。报告:报告罗斯福代替p_value * dba。peakset:修复bug添加共识时峰值与染色体没有出现在一些peaksets * dba。数:修复bug时重定位传入山峰* dba。从dba使用过滤时报告:修复bug。分析* dba。数:修复bug时传入高峰使用的因素
  • dba。数:修复bug造成的不正确注册的一个C例程。

diffcoexp

的变化版本0.99.2:

用户可见的明显变化

• exprs示例数据。1和exprs。2are represented as matrices

错误修复

• 这个包进口而不是取决于以下包:统计,DiffCorr,心理,igraph BiocGenerics

• 消息是使用消息()来代替打印生成()函数。

• 使用()函数来测试继承对象和类之间的关系。

• 消息格式文件,以便跑龙套::新闻()解析文件。

的变化版本0.99.1:

用户可见的明显变化

• diffcoexp (), coexpr()和comparecor()接受SummarizedExperiment对象。

的变化版本0.99.0:

用户可见的明显变化

• 这个包是版本号0.99.0 Bioconductor并提交。

diffcyt

版本1.0.0文本:

diffHic

的变化版本1.11.8:

• 扩展prunePairs()承认限制,丢弃和帽参数=参数。

• 扩展getPairs()承认限制,丢弃和帽参数=参数。

• 添加限制。区域=选项connectCounts (), squareCounts ()。

• 删除不必要的正常化()出口。

• presplit_map升级。py, iter_map。py上运行Python 3和使用Bio.SeqIO.parse ()。

diffuStats

版本1.0.0的变化:

• 五扩散内核可用,它们可以计算从一个“igraph”对象。

• 扩散实现分为“diffuse_raw”确定的分数和diffuse_mc排列分析,这是由。总共七个扩散分数是通过“扩散”函数来访问。

• 绩效评估裹在“性能”功能。

• 辅助函数的帮手。R(来情节diffusion scores, to check if a kernel matrix is actually a kernel, to extract largest CC from a graph)

DMRcaller

版本:1.11.1文本:添加功能检测dmr从生物复制(β回归)添加函数来计算/情节空间相关性的甲基化水平添加函数提取GC含量(NOME-seq有用)

dmrseq

版本变化0.99.11 (2018-04-05):

• dmrseq现在支持大规模甲基化检测块。要使用该功能,指定块= TRUE和增加平滑时间参数minInSpan,bpSpan,maxGapSmooth。文档提供了更多的细节和装饰图案。

版本变化0.99.8 (2018-03-21):

• dmrseq不再需要平衡,两群比较。使用连续运行或范畴的协变量超过两组,仅仅通过一列的名称pData包含这协变量。一个连续协变量是assmued如果数据类型testCovariate槽是连续的,除了如果只有两个惟一值(然后进行两组比较)。

版本变化0.99.6 (2018-03-02):

• dmrseq现在可用在Bioconductor猛击(3.7)!

DominoEffect

的变化版本0.99.5:

新功能

• 添加代码优雅地失败如果uniprot下来

的变化版本0.99.4:

新功能

• 添加代码优雅地失败如果运用

的变化版本0.99.3:

新功能

• 添加引用的出版物

的变化版本0.99.2:

新功能

• 地址的评论Bioconductor审查

的变化版本0.99.1:

新功能

• import_vcf新功能。R和import_txdb。R来使用年代tandard Bioconductor classes

• 小其他更新

的变化版本0.99.0:

新功能

• 的第一个版本DominoEffect提交Bioconductor

剂量

3.5.2版本的变化:

• 错误的固定gseaScores < 2018-04-18,结婚> + https://github.com/GuangchuangYu/DOSE/issues/23

• mv网站https://guangchuangyu.github.io/software/DOSE

drawProteins

版本:0.99.10类别:绝不亚于文本:显示。传说作为参数允许添加的选项显示或不显示按ggplot2传奇。

版本:0.99.9类别:文本特征:新功能叫做draw_recept_dom ()。这个函数允许TOPO_DOM的绘图和TRANSMEM类型的受体。数据包括TNFR1和CD40 demonstate函数。

版本:0.99.8类别:功能文本:名为extact_transcripts的新功能。这个函数将ammend数据帧允许每个链从同一UniProt加入数分别绘制。小短文题为drawProteins_extract_transcripts书面证明。

版本:0.99.8类别:功能文本:LazyData现在假和名称空间更新按照Bioconductor审查。

版本:0.98.3类别:功能文本:名为draw_canvas的新功能。这个函数之前在draw_chains但现在已经退出允许生成帆布与链分开。确实需要相当重写,但我想它会让事情变得更有用,例如,它将使连锁领域的策划,而这有可能是非常有用的。

版本:0.98.2类别:从几何学画文本特征:重命名功能。E。g geom_chains现在geom_draw。这是因为他们没有真正的几何学和使用这个词画看起来更有帮助和更好的反射功能。

版本:0.98.2类别:发射版本0.98.1文本:

版本:0.98.2类别:蛋白质功能文本:画图表从Uniprot数据库加入数字

DropletUtils

的变化版本0.99.0:

• 新包DropletUtils,处理droplet-based单细胞RNA序列数据。

easyRNASeq

的变化版本2.15.5:

• 确保计算发生在链链提供数据时特定的方式

• easyRNASeq和所有相关的方法现在已经不复存在。

• 添加了一个BamParam strandProtocol参数值计算读取反向链

• 删除RangedData调用构造函数已经在单元测试参数

• 删除依赖RnaSeqTutorial在单元测试

• 删除了easyRNASeq装饰图案。取而代之的是一个knitr装饰图案——完成。

的变化版本2.15.4:

• 删除依赖关系RnaSeqTutorial

• 删除RangedData调用构造函数已经参数

EBImage

的变化版本4.22.0:

错误修复

• 固定在Solaris编译错误

刨边机

的变化版本3.22.0:

• read10X()的新函数读10倍基因组学文件。

• 新功能nearestTSS()来找到最近的转录起始点(TSS)基因位点。

• nearestReftoX()的新函数找到最近的元素的参考表的每个元素的向量。

• modelMatrixMeth()的新函数构造设计矩阵分析甲基化数据。

• filterByExpr()的新函数过滤低表达基因或特性。

• 新rowsum DGEList对象的方法。

• 现在nbinomUnitDeviance()方面向量。

• DGEList()将“集团”从“样本”只有在样品上有一个专栏叫组。

• decideTestsDGE()现在包括一个“标签”的属性,它允许更多信息row.names从decideTestsDGE汇总结果表()或decideTests ()。

• 设计现在默认为y美元设计所有的基因测试。

• 更直观的错误消息从glmFit()的参数没有正形。

• 更新用户指南引用陈et al(2017)甲基化工作流。

• 改变glmTreat()默认为利物浦= log2 (1.2)。

• 修复错误的实现adjustedProfileLik重量的()。

• 错误修复glmLRT()当只有一个基因,但多个对比。

• 错误修复cpmByGroup ()。

EGSEA

1.6.1版本的变化(2017-12-03):

• 补充道:异常处理代码,以避免generateReport失败当生成图表在某些情况下。

• 固定:写作CSV文件中的一个小问题。

EnrichedHeatmap

1.9.3版本的变化:

• 支持可视化类信号

• 添加离散化()将连续的离散矩阵的矩阵

• 再添加一个小插图显示的使用分类的信号

1.9.2版本的变化:

• 改善小插曲

• 直接应用于正规化矩阵enriched_scores ()

• 行系统树图是由丰富的分数如果cluster_row重新排序设置为TRUE

EnrichmentBrowser

的变化版本2.10.0:

• 将脚本添加到本月/脚本从命令行调用EnrichmentBrowser(模拟用户)

• 入库单编译:支持额外的通路数据库(通过石墨)

• 缓存下载去KEGG基因集(通过BiocFileCache)

• 默认输出目的地改为rappdirs:: user_data_dir (“EnrichmentBrowser”)

• 函数名:x的弃用。x符号- read.eset - > readSE probe.2.gene.eset - > probe2gene de.ana - > deAna compile.grn.from.kegg - > compileGRN ggea。图- > ggeaGraph - make.example。数据- > makeExampleData

ensembldb

的变化版本2.3.14:

• 新的ProteinDomainSourceFilter和ProteinDomainIdFilter。

的变化版本2.3.11:

• 解决问题# 75。

2.3.9版本的变化:

• 添加transcriptToCds和cdsToTranscript功能(问题# 73)。

的变化版本2.3.8:

• 解决问题从GTF文件创建EnsDb缺乏外显子id(问题# 72,https://support.bioconductor.org/p/105536/)。

2.3.7版本的变化:

• 切换到EnsDb.Hsapiens。v86在例子中,单元测试和小插曲。

2.3.6版本的变化:

错误修复

• 解决问题# 69没有基因组坐标映射到蛋白质如果不同的基因组坐标映射到相同的记录/蛋白质。

2.3.5版本的变化:

错误修复

• 解决问题映射基因组叫农庄的坐标。

2.3.2版本的变化:

新功能

• 功能基因组和transcript-relative之间或protein-relative坐标:proteinToTranscript, genomeToTranscript, transcriptToGenome, transcriptToProtein genomeToProtein。

2.3.1版本的变化:

新功能

• within-protein坐标映射到功能基因组坐标:proteinToGenome函数。

ensemblVEP

的变化版本1.22.0:

新功能

• 添加对运用释放92的支持

• 添加对运用释放91的支持

修改

• 没有指定默认的“主人”,违约vep默认的“ensembldb.ensembl.org”。默认之前是useastdb.ensembl.org的用户可能会发现在美国东海岸连接和传输速度更快的使用镜子,“useastdb.ensembl.org”。更新是因为镜子目前只支持并电流- 1版本,并将默认符合vep的违约。

epiNEM

版本:2017.01类别:Github公开并提交Bioconductor文本:

epivizrData

999.999版本的变化:

• 这个消息文件只是一个占位符。版本999.999是不存在的。请阅读新闻在Github: < URL: https://github.com/epiviz/epivizrData >

epivizrServer

999.999版本的变化:

• 这个消息文件只是一个占位符。版本999.999是不存在的。请阅读新闻在Github: < URL: https://github.com/epiviz/epivizrServer >

epivizrStandalone

999.999版本的变化:

• 这个消息文件只是一个占位符。版本999.999是不存在的。请阅读新闻在Github: < URL: https://github.com/epiviz/epivizrStandalone >

erccdashboard

的变化版本1.13.1:

用户可见的明显变化

• 和磨边机取代QuasiSeq微分表达式测试,由于QuasiSeq弃用

• 用户将看到大量增加速度测试

• 用户将观察结果示例数据的变化,对磨边机和QuasiSeq Quasi-Likelihood方法相似,但不完全相同,所以假定值分布不同,LODR估计已经改变了。

• 分散的情节(dispPlot)现在通过磨边机代替QuasiSeq生成,使用类似Quasi-Likelihood色散收缩的方法。

BUG修复和小改进

• 改变行为,这样dispPlot不是删除如果德测试运行,而不是增量文件名称以防止覆盖。

esATAC

版本:1.2.0类别:出版文本:

版本:1.2.0类别:魏、郑,et al。”esATAC:一个易于使用的系统的管道ATAC-seq数据分析。“生物信息学(2018文本:

版本:1.2.0类别:https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty141文本:

版本:1.2.0类别:解决一些已知的错误文本:

版本:1.2.0类别:加快图案扫描文本:

版本:2018.04.18类别:使用新的方法在基因组扫描图案,移除预设主题数据。新方法的文本:

版本:2018.04.18类别:从包“motifmatchr”,成本不到2分钟一个示例(测试样品:SRR891268;文本:

版本:2018.04.18类别:当然,取决于你的电脑性能文本:

FamAgg

1.7.4版本的变化:

• 解决trait-related问题在二项测试。

1.7.3版本的变化:

• 不以为然的概率检验,因为差距在Windows女士包的问题。

fCCAC

1.5.1版本的变化:

• 更新电子邮件联系。

小伙子

版本:0.99.6文本:小修正在装饰图案

版本:0.99.6文本:移除rm调用

版本:0.99.5文本:小校正在装饰图案

版本:0.99.5文本:版本撞bioc构建窃听

版本:0.99.4文本内容NEWS.md新闻

版本:0.99.4文本:删除了大部分data-raw文件夹,其余搬到本月/脚本

版本:0.99.4文本:删除冗余作者字段描述

版本:0.99.4文本:移除类(数据)! = " FELLA.DATA "通过使用内置的is.FELLA.DATA

版本:0.99.3文本:版本肿块(biomaRt下来吗?)

版本:0.99.2文本:固定更多的文档链接

版本:0.99.1文本:固定文档链接(希望)

在装饰图案版:0.99.1文本:更新融资

版本:0.99.1文本:特拉维斯只会测试猛击分支

版本:0.99.0文本:提交Bioconductor

fgsea

1.5.2版本的变化:

• fgsea抛出警告等级关系

• 复制基因名称fgsea抛出警告

• 前缘现在下令减少绝对的统计值

1.5.1版本的变化:

• 再现性修复

• 添加collapsePathway函数来智能地崩溃重叠的途径

• 添加label-permuting GSEA fgseaLabel函数

flowcatchR

的变化版本1.14.0:

新功能

• 绘制轨迹现在的引擎根据情节,抛弃旧rgl-based解决方案

其他的笔记

• 装饰图案:现在也基于Rmarkdown,留下老Rnw-pdf

• 缩短行更好的文档示例

• 更好的导入语句定义的行为与其他包

• 特拉维斯更新。yml当前设置

flowPloidy

的变化版本1.5.6 (2018-03-08):

用户可见的变化

• BUG修复:G2的B样本没有得到建设纳入模型,使得模型拟合失败样本与直方图偏向左边。

• DebrisModel更新文档。

内部变化

• 固定破碎的测试。

1.5.3(2018-01-17)更正版本的变化:

用户可见的变化

• 浏览器界面将不再允许用户输入任意文本选择样本的数量。只有有效值,即。,1,2,or 3, will be offered as choices. The old version would crash with a bad value for sample number.

• 改进文件导入,所以低质量的样品不能检测到的峰值,仍然可以进口。

• FlowHist添加了一个新的参数,所以用户可以设置阈值以下时,将忽略数据筛选碎片。默认是相同的,40岁,但用户非常干净的直方图,山峰远远的离开,现在可以降低这个值。

• 模型拟合现在有限的数据的范围。即空箱子在正确的结束(上)直方图拟合NLS时不会被包括。这个地址的问题,产生膨胀的RCS值。

• 线性参数的限制已经从1.9 - -2.1,1.5 - -2.5。这将提高/使模型拟合样本的线性(G2 / G1峰的比值)是在1.9 - -2.1范围。

1.5.1版本的变化(2017-12-04):

小虫压扁

• 变化使上游汽车::deltaMethod ()介绍了一个错误。这将是解决的车2.1版本7。之前版本的车让它进入凹口,打电话deltaMethod ()在一个nls对象需要的参数vcov。被显式地设置vcov,一个函数统计软件包。这是完成的flowPloidy,应该对用户是不可见的。此外,错误不存在在当前R版本,所以它不应该需要补丁flowPloidy以前的版本。

计

的变化版本2.28.2:

• 现在korg包括5245 KEGG物种。另外一个更新版本的korg现在检查从Pathview Web服务器通过加载.rda文件(inst4ead . tsv文件读取)。

空对空导弹

的变化版本0.99.0:

• 空对空导弹计划已经发布!

GDSArray

的变化版本0.99.11:

• 示例(GDSArray)补充道。

的变化版本0.99.10:

• 作为“gdsNodes”更名为“gdsNodes”方法。

的变化版本0.99.7:

• 更名为“GDSlight”“GDSFile”。

• “GDSFile添加访问器”。

• 美元的方法检查有效的gds节点。

的变化版本0.99.6:

• GDSArray种子setter和getter。

的变化版本0.99.5:

• 实现“GDSlight”类和方法。

的变化版本0.99.1:

• 添加GDSArray-methods.Rd的例子。

• BiocViews补充道。

gdsfmt

的变化版本1.16.0:

公用事业公司

• 一个新的存储名称“单身”add.gdsn ()单精度浮动数字

• 提高bit2-unpacking当有很多的效率为零

• system.gds ()如果可用输出POPCNT的国旗

• 启用“LZMA压缩模式。超”、“LZMA。ultra_max”、“LZMA_RA。超”和“LZMA_RA.ultra_max”

• 显示更多压缩信息system.gds ()

错误修复

• 避免整数溢出时使用LZMA_RA压缩率太小了(例如,< 0.01%)

的变化版本1.14.0-1.14.1:

公用事业公司

• 调整错误消息在apply.gdsn ()

• cleanup.gds ()允许一个文件名前缀“~”将自动取代主目录

GeneNetworkBuilder

的变化版本1.21.2:

• 修复缺失的问题在文档的链接。

1.21.1版本的变化:

• 修复缺失的问题在文档的链接。

《创世纪》

的变化版本2.9.3:

• 新方法assocTestSingle和assocTestAggregate重构assocTestMM和assocTestSeq / assocTestSeqWindow,分别。assocTestSeq和assocTestSeqWindow弃用。assocTestMM仍用于GenotypeData对象,但将在未来的版本中被弃用。fitNullModel fitNullMM / fitNullReg的重构和应该使用新的联想测验方法。

GeneStructureTools

版本:0.99.0类别:Pre-BioC提交文本:

版本:0.99.1类别:修复BioC提交文本:notNMD不是必需的小插曲

版本:0.99.1类别:修复BioC提交文本:小灵狗文件读取一个对象

版本:0.99.1类别:修复BioC提交文本:修复饲养组中创建打雪仗

版本:0.99.2文本:修复从文件中读()的荷兰国际集团(ing)在windows gzip文件

版本:0.99.4文本:跳外显子和内含子保留现在使用手动坐标了

版本:0.99.4文本文档更新

genomation

版本:1.11.3类别:改进和错误修正文本:固定的误差data.table()函数,它发生在GrangesList对象包含匿名窗口

版本:1.11.3类别:ScoreMatrixBin()函数的文本:

版本:1.11.2类别:改进和错误修正文本:提高c++函数Median_c NAs()来处理

版本:1.11.2类别:改进和错误修正文本:下面的c++函数返回NAs而不是0,如果向量的长度小于垃圾箱的数量:binMean (), binMedian (), binMax (), binMin (), binSum ()

版本:1.11.2类别:新功能和特性:

版本:1.11.2类别:c++函数,计算所需的价值从一个向量和处理NAs文本:Mean_c(),计算平均值,

版本:1.11.2类别:c++函数,计算所需的价值从一个向量和处理NAs文本:Max_c()——计算最大值,

版本:1.11.2类别:c++函数,计算所需的价值从一个向量和处理NAs文本:Min_c()——计算一个最小值,

版本:1.11.2类别:c++函数,计算所需的价值从一个向量和处理NAs文本:Sum_c()——计算一笔价值。

版本:1.11.1类别:改进和错误修正文本:BUG修复有关ScorematrixBin返回所有1的时候。noCovNA = T (https://github.com/BIMSBbioinfo/genomation/issues/168)

版本:1.11.1类别:改进和错误修正文本:xcoords理由heatMatrix multiHeatMatrix现在可以把特征向量。

版本:1.11.1类别:特征向量将标签的热图的轴。例子:xcoords = c (“2 kb”,“0”,“2 kb文本:

GenomicAlignments

的变化版本1.16.0:

新功能

• 从列表GAlignmentsList添加胁迫。

用户可见的明显变化

• 提高性能的[[< - GAlignmentsList对象。这是一个100 x加速或更多在大GAlignmentsList对象。

错误修复

• 消除虚假的警告summarizeOverlaps ()。

GenomicFeatures

的变化版本1.32.0:

新功能

• mapToTranscripts()的第一个参数和pmapToTranscripts()现在可以gpo对象和一个gpo对象返回。

• 添加“use.names”参数“成绩单”,“外显子”,“cd,和“促进者”TxDb对象的方法。

• makeTxDbFromUCSC()现在使用直接SQL查询(UCSC的MySQL服务器genome-mysql.soe.ucsc.edu)代替rtracklayer::可以获得的基因组浏览器()来获取数据。这避免了问题报告https://github.com/lawremi/rtracklayer/issues/5。另一个好处是,直接SQL查询速度远远超过rtracklayer::可以获得的()。

用户可见的明显变化

• 返回的农庄组织对象mapToTranscripts()或pmapToTranscripts seqlengths()需要记录长度。

• pmapToTranscripts()总是seqname记录名称,即使没有重叠。以前的“未映射”seqname在没有重叠。

错误修复

• 修复bug, coverageByTranscript (x,成绩单)”在“记录”的情况下错误包含成绩单和一个外显子,没有收到覆盖率和位于一个序列的seqlength不可用在“seqinfo (x)”或“seqinfo(成绩单)。

GenomicRanges

的变化版本1.32.0:

新功能

• 2改进GenomicRanges对象的“推动者”的方法:——“上游”和“下游”的参数可以是整数向量平行于“x”,——“use.names”现在支持的论点。这是与其他内部一致性范围转换。

用户可见的明显变化

• 现在GenomicRanges子类列表。这意味着农庄对象及其衍生品现在被认为是类似对象(尽管[[不工作,这将是实现Bioconductor 3.8)。

• 添加CompressedGRangesList GRangesList类类作为替代。长远的目标是GRangesList成为虚拟类CompressedGRangesList具体子类。现在注意,GRangesList()构造函数返回一个CompressedGRangesList实例而不是GRangesList实例。

• GenomicRangesList现在是虚拟类(像IntegerRangesList)。

• 农庄衍生品不再支持“x (i, j) < - subassignment价值”的形式。这个功能是非常有限的有用性和没有Bioconductor包使用它。

• 提高性能的最近的(),()之前,遵循()在一个农庄组织对象。

• 提高性能的报道()gpo对象。

• 提高性能的GRangesList对象()。现在还支持“ignore.strand”。见https://github.com/Bioconductor/GenomicRanges/issues/1(注意unnicely这些变化要求)。

• 提高性能和错误处理的胁迫RleList农庄。这是一个50 x加速或更多当RleList反对迫使成千上万的列表元素或更多。

错误修复

• 修复胁迫从RleList农庄当一些列表元素对象强制长度0 Xiaotong姚的原始报告(见https://support.bioconductor.org/p/105926/)。

• 修复bug在最近的()当一个unstranded范围查询的前或后超过一个“主题”的范围。

GenomicScores

更改版本1.4.0:

用户可见的变化

• 函数的分数()”已经过时,取而代之的是函数的gscores ()”。

• 论点的分数。only’ in the function ‘scores()’ has been deprecated and replaced by calling the function ‘score()’.

• “MafDb”类,现在已经被废弃的GScores类支持前“MafDb”对象。“mafByOverlaps()”和“mafById()的函数已经弃用,取而代之的是函数的gscores ()”。的数量()函数从“MafDb”API集成到GScores API。

• 基因组分数组添加元数据,可以通过函数的gscoresGroups()”,通过功能可用性非单一核苷酸地区“gscoresNonSNRs()”,并通过函数使用默认的人口“defaultPopulation ()”。

• 添加了新的AnnotationHub资源在此发布周期:phyloP60way.UCSC。mm10、LINSIGHT phastCons46wayPlacental phastcons46wayPrimates。

• 添加了一个BiocSticker https://github.com/Bioconductor/BiocStickers/tree/master/GenomicScores

• 添加引用信息后包发表在生物信息学已被接受。

genphen

变化在版本1.7 (2018-01-20):

介绍

• 偶尔添加额外的功能。

• 这个消息文件报告的变化已经包了。

变化

• 贝叶斯推理使用斯坦(rstan包)

• 两个贝叶斯推理方法来支持连续和二分表型

• 额外genotype-phenotype协会指标补充道

• 后预测检查实施

• 过程数据减少(runDiagnostics)补充道

• 教程更新

• 简单的系统偏差估计的过程实现的

• 回顾动力分析模块

要做

• 添加实际例子genphen一直使用。

• 实现模块增加数据

• 增加数据后更新待办事项

GEOquery

版本:2.47.1文本:Bug修复:*修复问题间歇性连接问题(似乎没有intermittend连接问题)

ggtree

1.11.3版本的变化:

• 更新msaplot使用DNAbin / AAbin内部也兼容treedata对象< 2017-12-14,清华>

• 清理代码< 2017-12-13,清华>

• 删除paml_rst, codeml_mlc codeml和jplace增强方法根据treeio的变化(v = 1.3.3) < 2017-12-07,清华>

的变化版本1.11.2:

• 维持树秩序(之前使用后缀次序)< 2017 - 12 - 06年结婚> + https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/157

• 删除野兽对象支持为已读。野兽输出treedata对象treeio < 2017-12-05,星期二>

• 反对子视图,annotation_image phylopic;删除theme_transparent < 2017-12-04,我的>

• geom_tiplab现在支持几何学=“形象”或几何学=“phylopic”< 2017-12-04,我的>

• 一个新图层geom_nodelab相当于geom_tiplab但适合内部节点< 2017-12-04,我的>

1.11.1版本的变化:

• 固定在geom_tiplab bug,现在抵消参数使用= TRUE对齐。< 2017-11-20,我的>

• 使mrsd treedata对象参数< 2017-11-15,结婚>

• set_hilight_legend支持参数α< 2017-11-15,结婚> + https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/149

GOfuncR

的变化版本0.99.14:

新功能

• 允许自定义注解(替代默认Bioconductor注释包)

• 允许自定义本体图(替代默认集成GO-graph)

的变化版本0.99.12:

用户级的变化

• 更新GO-graph(10 - 4月- 2018年版)

还装有

版本:1.5.1文本:

石墨

版本变化1.25.9 (2018-04-28):

• 更新所有路径数据。

版本变化1.25.7 (2018-04-18):

• cytoscapePlot返回一个句柄的输出图像。

版本变化1.25.6 (2018-04-11):

• 并行版本的加密和topologyGSA方法。

版本变化1.25.3 (2018-03-23):

• 更快地转换标识符。

版本变化1.25.2 (2018-03-23):

• 文档的整理。

• 被弃用对象biocarta humancyc kegg, nci,豹,reactome。

版本变化1.25.1 (2017-12-13):

• 出口pathwayURL函数。

GreyListChIP

1.11.1版本的变化:

• 允许“核型”被指定为一个农庄组织对象。

• 包括Anshul Kundaje便利的黑名单。

• 支持合并的灰色从多个输入文件列表。

GSVA

1.28版本的变化:

用户可见的变化

• 参数“rnaseq”、“内核”、“没有。精神”和“引导。的百分比已经不复存在。

• 创建了Bioconductor贴纸,可以在https://github.com/Bioconductor/BiocStickers/tree/master/GSVA

HDTD

版本变化1.13.3 (2018-01-10):

• 更新的自述。

• 更新后的小插曲。

版本变化1.13.2 (2017-12-10):

• 小的变化。

版本变化1.13.1 (2017-11-20):

• 引用文件更新。

• 更新文档。

• 添加RcppArmadillo来提高性能。

HIBAG

的变化版本1.16.0:

• 吉珥信息hlaLociInfo ()

• 新功能hlaGenoSubsetFlank ()和hlaLDMatrix ()

hipathia

版本变化0.99.27 (2018-04-08):

• 纠正Bionconductor风格

版本变化0.99.9 (2018-03-09):

• 适应SummarizedExperiment和MultiAssayExperiment hipathia包。

版本变化0.99.8 (2018-03-07):

• 第一个版本使用AnnotationHub加载注释文件。

版本变化0.99.7 (2018-02-14):

• 最后一个版本支持hpAnnot作为注释包

HiTC

的变化版本1.23.0:

用户可见的明显变化

• 添加use.names exportC和头选项

错误修复

• 修复bug在getExpectedCountsMean非对称数据

• 处理NA getPearson函数

• 修复bug normLGF导致不对称矩阵

hpar

1.21.1版本的变化:

• 使用html_document(而不是弃用html_document2) < 2018-01-19 >星期五

HTSFilter

版本:1.19.3类别:固定DESeqDataSet类错误当有额外的列在文本:

版本:1.19.3类别:colData对象之外的设计(多亏了斯蒂芬妮·杜兰文本:

版本:1.19.3类别:寻找错误!)文本:保持rownames和colnames过滤数据矩阵和data.frame类

理想的

更改版本1.4.0:

新功能

• 指定单去术语选择生成的热图的基因签名

• 添加支持logFC收缩,最新的DESeq2重击

错误修复

• 修正输出的装饰图案,如html_document2现在已经弃用

• 菜单的扩展形式

• 固定addMLE的行为

其他的笔记

• 进一步进展指标提供反馈在冗长的步骤

• 改进ggplotCounts更好的规模显示,使用精确的参数匹配,违约转换后的数量

InPAS

的变化版本1.11.4:

• 修复帮助文件的警告窗口

1.11.3版本的变化:

• 添加utr3.danRer10。

的变化版本1.11.2:

• 修复错误农庄组织的变化。

InTAD

的变化版本0.99.1-4:

• 包接受Bioconductor

• 调整R版本3.5

• 只是小修小补

感兴趣

更改版本1.4.0:

新功能

• 兴趣()和interest.sequential()函数现在支持“IntSpan”的方法,允许计算基因内区——跨越读取。

• psi()函数。它计算ψ值。

• annotateU12()因数支持DNAStringSet对象作为其refGenome输入。

• 改进的装饰图案文档。

用户可见的明显变化

• eBayesInterest()删除。

错误修复

• interest.sequential感兴趣()和()修正对象输出选项。

• annotateU12()修改为正常工作的新变化Biostrings包。

首次公开募股

1.7.5版本的变化:

• unix系统上添加使用聚类方法叉(由于巴勃罗Moreno)

• 固定在并行bug,以防止冲突包“雪”

1.7.4版本的变化:

• 之前parallel-functions与并行::使用正确的包

• 固定错误函数writeRScript使用“黄土”保留时间软木。

• 减少运行时R CMD检查IPO

1.7.3版本的变化:

• 添加了可运行的例子

• 减少图片的大小片段/ rsmDirectory

• 减少了运行时的单元测试

• 取代扩张。与expand.grid网格。在utils.R子集()

版本是1.7.2变化:

• 错误修复:试图阻止calcPPS误差可能引起的NAs

• 更换猫()和print()调用和消息()

1.7.1上版本的变化:

• 检查与窦峰形曲线的相关性(π-π/ 2 * 1.5),正态分布或checkBorderIntensity

• findIsotopes。首次公开募股renamed parameter checkBorderIntensity to checkPeakShape

• 性能改进calcPPS checkPeakShape = FALSE

• 计算xcmsSet-object和各自的PPS为每个DoE。(PPS估计不再是rsm)

• 另外转发nSlaves xcmsSet-function(也看到getDefaultXcmsSetStartingParams ())

的变化版本1.7.0:

• 添加支持XCMS-method retcor.loess

• 帮助文件更新

• getRGTVValues改变返回值

• 采用单元测试

• 可以设置参数scanrange XCMS-methods findPeaks但不优化

IRanges

的变化版本2.14.0:

新功能

• 添加窗口()通用的各种方法。这是一个“平行”版本的窗口()类似对象即它的mendoapply(窗口,x,开始,结束,宽度)”,但使用一个快速实现。也添加正面()和反面()方便包装windows ()。他们做“mendoapply(头,x, n)”和“mendoapply(尾巴,x, n),分别,但使用一个快速的实现。他们替代S4Vectors: phead()和S4Vectors:: ptail()现在已经弃用。

• 添加equisplit()一个向量对象分割成指定数量的分区与平等(总)宽度。这是有用的,例如,确保平衡并行加载的员工评估。

• 发起人()的参数“上游”和“下游”现在可以整数向量平行于“x”(与其他内部一致性范围转换)。

• 发起人()通用和方法得到“use.names”的论点。

• 添加“调整”、“侧面”和“限制”方法视图对象。

• 添加“as.integer”方法为Pos对象(相当于Pos ())。

用户可见的明显变化

• 范围的虚拟类是现在的共同父IRanges,农庄,GAlignments类(农庄和GAlignments GenomicRanges和GenomicAlignments包中定义,分别)。更准确地说,范围是一个虚拟类,现在作为任何类的父类表示一个向量的范围。范围可以是整数范围(即空间范围的整数)像一个IRanges对象,或基因组范围(即在基因组范围)就像在一个农庄组织对象。注意,由于范围扩展列表,所有范围衍生品被认为是类似的对象。这意味着农庄对象及其衍生品被认为是类似的对象,这是新的(尽管[[不工作,这将是实现Bioconductor 3.8)。

• 同样RangesList虚拟类是现在的共同父IRangesList GRangesList, GAlignmentsList类。

• 不支持[[IRanges对象,unlist (), as.list(),拉普兰人(),和as.integer()了。这只是暂时的情况。将这些操作介绍Bioconductor 3.8但有不同的语义。所有这些变化的总体目标是带来更多consitency IRanges和农庄对象(农庄组织对象之间还将支持[[,unlist (), as.list(),和拉普兰人()Bioconductor 3.8)。Non-exported IRanges::: unlist_as_integer()助手是一个临时替代unlist()和as.integer()用来做IRanges对象。

• 移动pos()通用BiocGenerics。

• 开关的顺序breakInChunks()的参数“chunksize”和“nchunk”符合tileGenome ()。

• 瓷砖()和slidingWindows()现在保存的名字。

• 优化[[< - CompressedList对象。非常低效。优化方法可以快100倍或更多的在一个长对象。

• 所有的S4Vectors-specific IRangesOverview材料。已经搬到新的S4VectorsOverview Rnw一幕。Rnw装饰图案位于S4Vectors包。

弃用,已经

• 反对RangesList()构造函数。应该使用IRangesList ()。

• “范围”的方法支安打,HitsList对象现在已经(在BioC弃用3.6)。

• “overlapsAny”、“subsetByOverlaps”、“报道”和“范围”方法RangedData对象现在已经(在BioC弃用3.6)。

• 宇宙()getter和setter的“宇宙”的论点以及RangesList (), IRangesList (), RleViewsList(),和RangedData()构造函数函数现在已经(在BioC弃用3.6)。

iSEE

的变化版本0.99.3:

• 定制旅游可以通过下拉菜单按钮,重新启动覆盖默认的访问

• 添加功能来提供一个自定义的标题显示在应用程序中

• 保存数据点和宽度比例放大对离散变量

的变化版本0.99.2:

• 添加功能提供额外定制旅游,直接在启动应用程序的启动。

的变化版本0.99.1:

• 增加了基于网格的视觉点downsampling更快的策划,包括控制解决方案。

• 添加按钮“明确特性”热图。

• 重组热图面板的按钮。

• 维护人员转移到费德里科•徽章

的变化版本0.99.0:

• 首次提交Bioconductor。

JASPAR2018

3.6版本的变化:

新功能

• JASPAR2018数据包

kissDE

的变化版本0.99.0:

• 预发布的包。

Logolas

1.3.1版本的变化:

• 释放

• 弃用这两个函数logomaker和nlogomaker标准和EDLogo。现在所有的标志情节可以生成——使用相同的函数logomaker ()。这个函数的类型参数可以选择标志或EDLogo。

• 将包从近60导出函数只是7导出函数。

• 输入数据的格式现在更加灵活,它允许一个向量的字符序列,随着烤瓷或脉宽调制矩阵(见小插图)。

• 改变了复杂的color_profile——一个论点为三个独立参数color_type类似于美元color_profile类型论点之前,颜色参数允许用户选择的颜色,和一个color_seed参数允许用户从队列样本不同的颜色。我们现在提供一个默认的颜色以及违约color_type在行(见小插图)。用户现在可以不担心定义color_profile,使用默认值,改变默认队列color_seed。(见小插图)。

• 增加了一个return_heights选项logomaker ()函数设置为TRUE时,返回栈的高度的信息用于标准和EDLogo(见小插图)。

• 增加了一个use_dash认为,设置为TRUE时,将自动检测如果输入是烤瓷的字符序列矩阵和执行自适应比例高(见小插图)。

• 更新了装饰图案完全与主要关注EDLogo表示,当前的使用logomaker ()功能

• 更新README——添加了引用信息和一个演示的例子。

• 更新画廊代码(https://kkdey.github.io/Logolas-pages/Gallery.html)来符合新系统的功能。

• 更新的HTML装饰图案(https://kkdey.github.io/Logolas-pages/workflow.html)来匹配与装饰图案附加的pdf版本包中。

• 自述文件更新的例子从字符串标识(组蛋白和突变签名)。

• 从以下数据本月/ extdata到数据文件夹中。

• 增加了一个演示文件夹中包含一些测试画廊的例子。

这次1.2.1版本的变化:

• 添加EDLogo情节突出浓缩和损耗

• 添加新填充和边界样式的标志

• 添加了一个狄利克雷自适应收缩(dash)自适应缩放位置权重

• 添加装饰图案的教程多面板标识情节和Logolas情节结合ggplot2图形。

• 一些输入参数弃用或传递到控制参数

• 背景矩阵或向量选择添加了比较标志图可视化之前的信念。

• PSSM标志情节功能增加了对蛋白质序列的主要主题可视化

• 功能添加到计算高度的充实和消逝的符号标志。

• 命名为调用添加基本在每个位置。

• 弃用损耗重量输入任何范围标识+们日志和probKL和wKL方法添加到组可能的标志

maftools

的变化版本1.6.00:

新功能

• clinicalEnrichment -执行突变富集分析对于一个给定的临床特征。

• signatureEnrichment——执行基于签名样本分层曝光和富集分析。

• plotEnrichmentResults——情节clinicalEnrichment和signatureEnrichment分析的结果

• lollipopPlot2——比较两个棒棒糖的情节

显著地提高用户级

• 在情节Forstplot现在包括汇总表。

• 包括在tcgaCompare capture_size论点。

• annovarToMaf可以多个annovar注释文件,并将它们转换成一个加群。

MAGeCKFlute

的变化版本0.99.19:

• Beutify数字。

• 删除一些不必要的依赖关系。

的变化版本0.99.18:

• 添加HeatmapView和BatchRemove。

• 分别改变视图分布函数显示样本。

• 改变函数ReadBeta更友好。

• 标签在SquareView十大重要基因。

• 改变一些默认的参数值是更好的。

的变化版本0.99.10:

• 改变所有情节函数名以“视图”。

• 减少出口函数

• 减少包denpendcies

• 修改所有文件

的变化版本0.99.1:

• 删除一些新的错误,错误的深入等没有GroupA基因。

• 允许用户输入自己的重要基因细胞周期正常化

• 允许用户定义标记基因的数量等级图,默认标签前十和底部10基因

• 添加注释的其他生物

的变化版本0.99.0:

• 在MAGeCKFlute FluteMLE和FluteRRA是两个主要功能包。FluteMLE运行管道从基因测试成绩统计MAGeCK大中型企业,虽然FluteRRA管道运行基于MAGeCK基本结果。

事

1.5.4版本的变化:

新功能

• 添加磁盘c风格的“结构”方便函数结构(“matter_list”包装)

1.5.3:更正版本的变化

新功能

• 添加的剩余部分总结组,包括“范围”,“分”,“马克斯”,“刺激”,“任何”和“所有”的方法

• 添加选项(matter.cast.warning = FALSE) C类型强制关闭警告

• 出口底层工具“运算符”,‘make_datamode’,‘convert_datamode’,‘widest_datamode’

• 添加组合器的通用功能和设置/获取方法的组合器“sparse_mat”

• 添加“最小值”和“max”组合器功能的sparse_mat矩阵宽容> 0

• 还说“biglm matter_df的数据帧的方法

错误修复

• 固定的错误当强迫“matter_list”“matter_vec”

1.5.2版本的变化(2017-11-12):

新功能

• 所有的“物质”现在支持子类内变质构造子集通过无论合适滴=零

• 设置“暗淡”槽通过昏暗的< -“现在开关类之间的matter_vec”和“matter_arr”

• 还说“virtual_mat类虚拟矩阵

用户可见的明显变化

• 使用“滴= NULL”从现在开始,而不是“滴= NA '做内变质构造子集矩阵问题

• 还说“matter_vt虚拟类物质可能存在磁盘和内存中的对象

• 还说“matter_tbl虚拟类数据表

错误修复

• 固定的读/写错误当在原子构造子集

1.5.1版本的变化:

新功能

• 稀疏矩阵添加“sparse_mat”类与子类(可能磁盘)的sparse_matc CSC矩阵和“sparse_matr”企业社会责任矩阵

• 还说“bsearch函数快速二进制搜索

• 添加的uuid生成函数uuid作为“生”和“字符”向量

• 添加了一个“校验和”方法做sha1和所有文件的md5校验和与“物质”对象

mCSEA

的变化版本0.99.0:

• mCSEA释放。

metagenomeFeatures

版本变化1.99.9 (2018-04-02):

• 这个版本是2.0版的效用

• MgDb-class定义是被重新定义。

• 以减少内存使用量和序列数据已经存储在SQLite文件以及分类数据。

• mgFeatures-class现在扩展了DataFrame-class而不是AnnotatedDataFrame-class这样mgFeatures可以用来构成了rowData槽在summarizedExperiment-class对象定义。

• 小插曲已经修订和新片段被添加为使用新的类定义提供例子。

• 随着新类定义注释三大16 s rRNA数据库包,席尔瓦RDP和绿色煤电。

• 绿色煤电版本13.8 - 85%相似辣子鸡数据库现在包含在包中。

metagenomeSeq

1.21版本的变化:

• 许多变化。fitFeatureModel添加更大的灵活性

MetaGxOvarian

的变化版本0.99.0:

新功能

• 这是第一次迭代MetaGxOvarian包。它本质上是一个更新版本的curatedOvarianData包5个额外的数据集

metaMS

1.15.1版本的变化:

• 版本撞内联Bioconductor数量

metaseqR

版本变化1.19.14 (2018-04-12):

新功能

• 计数的新选项。类型:当“成绩单”,DE分析是表现在转录水平。只适用于运用注释。

错误修复

• 固定时剩下的,这使得我们无法完成分析计数。类型是“外显子”。

metavizr

的变化版本1.3.20:

• 独立模式,介绍了一种与减少功能epiviz现在包括epivizr的一部分。epiviz web应用程序运行在本地使用httpuv的http服务器

• 添加和删除seqinfo(例如,染色体信息)任何epiviz会话

1.3.11版本的变化:

• 添加消息文件

• 更新文档“幻灯片”功能

1.3.10版本的变化:

• 改变默认的“幻灯片”显示所有范围

更改版本就开始:

• 还说“heatmapChart便利功能

的变化版本1.3.8:

• 固定错误“startEpiviz”无法正确发送“seqName”参数

1.3.7版本的变化:

• 固定错误“EpivizBpData”,“元数据”信息发送错误的格式

1.3.6版的变化:

• 改变槽使用列表“EpivizDeviceMgr”环境中,以避免崩溃RStudio由于经理检查对象

1.3.5版本的变化:

• 在Windows上失败优雅daemonization请求

• 不赞成“代理”的论点“startEpiviz”

1.3.4版本的变化:

• 升级到Epiviz v2 webapp

MetCirc

1.9.1版本的变化:

• 没有变化,检查如果包通过CMD构建和R CMD检查没有任何错误消息和装饰图案可以运行没有任何错误(2018-04-16 Mon)

的变化版本1.7.0:

• 在民主党实现计算参数m = 0(2017-11-14星期二)

methimpute

变化的1.1.1版:

新功能

• 装饰图案描述甲基化状态调用windows。

• 装饰图案描述甲基化状态调用separate-context模型。

• 数据导入数据。表::从文件中读的更快的性能。

methylKit

1.5.3:更正版本的变化

改进和错误修正

• 解决dbdir参数绝对路径

• 初始检查是否已经存在,如果是的输出tabix文件重命名输出文件

1.5.2版本的变化:

改进和错误修正

• 更新链接装饰图案在自述文件和演示

• 固定missspelling methylRawList对象的显示方法

• 固定getSampleID methylDiff对象的方法

• 正确的装饰图案中的一个不工作的代码片段

methyvim

1.1.0版本的变化:

• 一个更新版本的这个包Bioconductor 3.7, 2018年4月发布。

• 这个版本主要实现了微小的变化,包括使用颜色的情节产生的可视化方法。

minfi

1.25版本的变化:

• 添加初步支持DelayedArray-backed minfi对象。这允许磁盘支持minfi对象(例如,使用HDF5)。这个功能目前仅为开发人员和高级用户推荐。2021欧洲杯体育投注开户目前正在开发一个用户友好的接口。所有现有minfi功能和序列化的对象应该继续工作在1.25以前的版本一样。请报告任何问题到GitHub问题跟踪器。

• 在功能修复bug readGEORawFile()和getGenomicRatioSetFromGEO ()。这两个函数不工作(报告了一个错误)。他们现在应该工作。由于用户报告问题在GitHub的问题。

• 更新引用和引用的装饰图案。

miRNAmeConverter

版本是1.7.2变化:

新功能

• getMirnasForMirbaseVersion:检索所有成熟或前体microrna的名字从一个或几个miRBase版本(s)和物种

用户级的重大变化

• 更新后的装饰图案

弃用,已经

• o

miRsponge

版本:1.5.2类别:更新地面实况验证< 2018-04-17,外胎文本:

版本:1.5.1类别:更新netModule spongeValidate功能< 2018-04-16,我的文字:

版本:1.5.0类别:更新参考手册< 2018-04-15,太阳文本:

版本:1.3.3类别:更新netModule函数< 2018-04-12,星期四文本:

版本:1.3.2类别:更新描述< 2018-03-07,结婚文本:

版本:1.3.1类别:更新参考手册< 2018-03-03,坐文本:

类别:1.3.0版本:版本更新参考手册< 2018-02-28,结婚文本:

MLInterfaces

的变化版本1.59.2:

• 修复警告源于基础:seq_len MLInterfaces::: MLIConverter。支持向量机< 2018-04-12 >星期四

• Ammend xvalSpec手册页< 2018-04-12 >星期四

的变化版本1.59.1:

• 适应新的points3d threejs语法::scatterplot3d plspinHcube < 2018-01-20 >坐

• 删除引用rgl,不加载MacOS和threejs似乎足够了

单片眼镜

2.6.1的变化:

• knn-based密度峰值集群不是一般的数据集。回滚到之前的densityPeak聚类算法,将其设置为默认的算法。新鲁汶处理大型数据集的聚类算法(> 50 k细胞)。

• 一些bug修复importCDS exportCDS函数。

motifcounter

1.3.2版本的变化:

• 改变了联系信息

motifStack

的变化版本1.23.12:

• 沉默importMatrix扫描。

的变化版本1.23.11:

• 修复bug在importMatrix meme文件。

的变化版本1.23.10:

• 修复bug在importMatrix meme文件。

的变化版本1.23.9:

• 修复的警告窗口。

的变化版本1.23.8:

• plotMotifStackWithRadialPhylog更新文档。

的变化版本1.23.7:

• 更新装饰图案。

的变化版本1.23.6:

• 添加引用。

的变化版本1.23.5:

• 更新作者电子邮件。

的变化版本1.23.4:

• 创建全球环境保存tmp值。

的变化版本1.23.3:

• 改变colorset名字从blindnessSafe色盲

的变化版本1.23.2:

• 修复一些错误文档。

的变化版本1.23.1:

• 添加一个新的颜色为色盲安全设置。

msa

的变化版本1.12.0:

• 释放Bioconductor 3.7的一部分

的变化版本1.11.2:

• 修复ClustalW使用自定义代码替换矩阵

1.11.1版本的变化:

• 小修理ClustalW

的变化版本1.11.0:

• 新分支Bioconductor 3.7重击

MSnbase

的变化版本2.5.14:

• 解决了远程位置mzTab示例文件< 2018-04-19 >星期四

• 修复失败的质心单元测试(见问题# 338)< 2018-04-20 >星期五

的变化版本2.5.13:

• 减少单元测试时间(见# 334)< 2018-04-13 >星期五

• 在编写修复bug。exprs当只有一个特征数据是通过< 2018-04-17 >星期二

2.5.12版本的变化:

• 确保抽搐和bpi初始= TRUE计算抽搐和bpi从数据(有关问题# 332)。< 2018-04-10 >星期二

的变化版本2.5.11:

• 改善combineFeatures手册文档缺失值的影响不同类型的聚合方法< 2018-04-07 >坐

• 更新健壮的总结铁制的锅钩缺失值(见# 330)。< 2018-04-09 >星期一

2.5.10发行版本的变化:

• 新的健壮的概括方法combineFeatures由大家Goeminne Adriaan贴纸和列文克莱门特< 2018-04-03 >星期二

• 适应utils.removePeaks新IRanges实施;由于实施h .页面(见讨论的公关# 320)< 2018-03-26 >。

• 重心从原始文件信息检索(mzML / mzXML文件;。看到问题# 325 < 2018-03-27 >

• 添加参数timeDomain来combineSpectra,combineSpectraMovingWindow和estimateMzScattering允许执行m / z值的分组连续扫描基于m / z值的平方根< 2018-03-29 >。

• 保证特性CV特性变量名是独一无二的结合特性时反复(见问题# 303)< 2018-04-04 >结婚

的变化版本2.5.9:

• 新combineSpectra combineSpectraMovingWindow estimateMzScattering和estimateMzResulution功能< 2018-03-05 >。

• 新装饰图案描述概要模式数据重心< 2018-03-05 >。

的变化版本2.5.8:

• 新(MSnExp data.frame)方法< 2018-02-16 >

• 加快readMgfData函数——看到问题# 319 < 2018-03-13 >星期二

2.5.7版本的变化:

• MSmap OnDiskMSnExp对象的构造函数(见问题# 305)< 2018-01-31 >结婚

• 新filterMsLevel MSnSet方法< 2018-02-06 >星期二

2.5.6版本的变化:

• 修复处理消息时结合两个MSnSets (kamal报道。fartiyal84 https://support.bioconductor.org/p/100865/ # 105206) < 2018-01-24 >结婚

2.5.5版本的变化:

• 添加TMT11-plex < 2018-01-17 >结婚

• 添加phenoData < -方法pSet(问题# 299 < 2018-01-22 >。

• 改变readMSnSet2示例< 2018-01-23 >星期二

2.5.4版本的变化:

• 添加featureData槽色谱类并添加mz, precursorMz和productMz方法色谱(问题# 289)< 2017-12-18 >星期一。

• 添加readSRMData函数读取色谱数据从SRM (MRM)实验;问题# 286 < 2018-01-10 >结婚。

• MSnSetList类有一个新的featureData槽,可fData存储元数据individial MSnSets的列表。MSnSetList也不是有一个酸式焦磷酸钠方法。< 2018-01-10 >结婚

• combineFeatures现在有一个新的fcol参数(见问题# 195)< 2018-01-11 >星期四

2.5.3版本的变化:

• 添加filterPrecursorScanMSnExp和OnDiskMSnExp;关闭问题# 282和公关# 287 < 2017-12-16 >坐下。

• MSnSet /从SummarizedExperiment胁迫(由Arne史密特公关# 284)< 2017-12-17太阳>

• 修复倒在plot3D M / Z轴,MSmap (Sylvain Dechaumet报道,看到问题# 292)< 2017-12-19 >星期二

2.5.2版本的变化:

• 使用自动后台检测(基于文件名和文件内容),介绍了在mzR版本2.13.1(问题# 275)。

• 修复mzML文件编写单元测试与最近推出了头列“filterString”(问题# 278)。

• 减少内部的学fastquant_max为等压小速度improvents量化(见公关# 280)< 2017-11-27 >星期一。

• MIAxE MSnProcess和AnnotatedDataFrame胁迫列出方法(相关公关# 280)< 2017-12-11我>

• 添加支持减少featureData OnDiskMSnExp对象(问题# 285)< 2017-12-11 >星期一。

2.5.1版本的变化:

• 更新的依赖关系(见问题# 271)

• 取代HCD TMT10ETD名称/描述等

的变化版本2.5.0:

• 新版本3.7 Bioc(猛击)# MSnbase 2.4

msPurity

1.5.1版本的变化:

• 更新数据库创建(现在可以使用相机对象)

• “MSFileReader”弃用MSFileReader averageSpectra参数。应该使用csvFile相反,MSFileReader选项将还将工作,但警告吗

1.4.1版本的变化:

• 更新为星系光谱匹配

• 光谱匹配ra_thres_t错误修复

• sqlite数据库创建的分离。现在可以调用它自己的或与frag4feature(星系工具可以简化)

MSstats

版本:3.11.6日期:2018-04-23文本:BUG修复- SkylinetoMSstatsFormat:修复列名从天际输出的不一致

版本:3.11.5日期:2018-02-22文本:BUG修复——添加包,stringr DIAUmpiretoMSstatsFormat函数

版本:3.11.4日期:2018-02-19文本:BUG修复-添加set.seed分类的样本大小的计算

版本:3.11.3日期:2018-02-15文本:BUG修复- nonlinear_quantlim:修复BUG重采样的空白样品,默认引导增加样本- designSampleSize:修复BUG新特性——新功能:designSampleSizeClassification designSampleSizeClassificationPlots——计算训练数据的最佳大小分类问题的模拟。-新的转换器功能:DIAUmpiretoMSstatsFormat OpenMStoMSstatsFormat

版本:3.10.5日期:2018-01-10文本:BUG修复- SpectronauttoMSstatsFormat:真或假允许的值列,F.ExcludedFromQuantification。检查这个列的值。

版本:3.10.4日期:2017-12-22文本:BUG修复- MaxQtoMSstatsFormat: fewmeasurements的BUG修复

版本:3.10.2日期:2071-11-27文本:BUG修复,让QQ情节错误消息和残余情节,如果蛋白质不能被安装线性混合效应模型。- ProgenesistoMSstatsFormat:更泛化为不同的格式。

multiClust

11-14-17版本的变化:

• 包版本推到1.8.1固定包装饰图案问题加载热地图图像

MutationalPatterns

版本:3.6类别:MutationalPatterns v1.3.2(发布日期:2017-10-24文本:

版本:3.6类别:修正文本:将弃用功能从先前版本。

版本:3.6类别:修正文本:改进示例文档。

版本:3.6类别:MutationalPatterns v1.3.1(发布日期:2017-10-24文本:

版本:3.6类别:修正文本:修复运行的代码例子。

版本:3.6类别:MutationalPatterns v1.3.0(发布日期:2017-10-22文本:

版本:3.6类别:修正文本:确定突变基因的转录链,所有与多种基因突变,重叠被排除在外。当这些基因在不同的链,它确实可以不确定是否突变转录或untransribed链。然而,如果这些重叠的基因都在相同的链,可以确定转录链,但这些都是unneccesarily从分析中删除。这只虫子现在是固定的,因此现在更多的突变是包括在分析中。这个错误修复影响的结果:“mut_strand”(以前“strand_from_vcf”)和“mut_matrix_stranded”

版本:3.6类别:重命名功能文本:“strand_from_vcf”“mut_strand”

版本:3.6类别:重命名功能文本:“mutation_types”“mut_type”

版本:3.6类别:重命名功能文本:“mutation_context”“mut_context”

版本:3.6类别:新特性和参数变化文本:复制链偏差分析——“mut_strand”和“mut_matrix_stranded”现在可以在两种模式:执行“转录”(默认)或“复制”——所有下游分析可以执行两种模式的‘strand_occurrences’,‘strand_bias_test’和‘plot_strand_bias’

版本:3.6类别:新特性和参数变化文本:浓缩策划选择‘plot_96_profile’和‘plot_192_profile浓缩= F(默认),或浓缩= T

版本:3.6类别:新功能文本:“plot_contribution_heatmap”:可视化的热图突变特征的相对贡献。样本可以分层集群。

版本:3.6类别:新功能文本:“cos_sim”:计算两个向量之间的余弦相似性。

版本:3.6类别:新功能文本:“cos_sim_matrix”:计算所有成对相似性突变概要文件

版本:3.6类别:新功能文本:“cluster_signatures”:等级集群签名基于余弦相似度

版本:3.6类别:新功能文本:“plot_cosine_heatmap”:可视化成对余弦相似性的热图的变异资料样本可以分层集群。

版本:3.6类别:MutationalPatterns v1.1.3(发布日期:2017-04-20文本:

版本:3.6类别:第四Bioconductor发布准备3.5文本:

版本:3.6类别:修正文本:“建议”字段添加丢失的包。

版本:3.6类别:MutationalPatterns v1.1.3(发布日期:2017-04-20文本:

版本:3.6类别:第三Bioconductor发布准备3.5文本:

版本:3.6类别:修正文本:修复运行单元测试。

版本:3.6类别:修正文本:修复Windows的另一个构建问题。

版本:3.6类别:MutationalPatterns也(发布日期:2017-04-18文本:

版本:3.6类别:第三Bioconductor发布准备3.5文本:

版本:3.6类别:修正文本:正确读取外部数据测试。

版本:3.6类别:修正文本:修复Windows上的构建问题。

版本:3.6类别:MutationalPatterns v1.1.1(发布日期:2017-04-12文本:

版本:3.6类别:第二个版本准备Bioconductor 3.5文本:

版本:3.6类别:MutationalPatterns v1.1.0(发布日期:2017-04-06文本:

版本:3.6类别:准备Bioconductor 3.5版本文本:

版本:3.6类别:接口更改文本:“read_vcfs_as_granges”:“基因组”参数现在必须BSgenome库的名称,以防止问题seqlevels风格。现在的函数接受一个可选的“集团”参数使用染色体的一个子集。也接受了新的可选“check_alleles”参数显著加快VCF文件的阅读。

版本:3.6类别:接口更改文本:“plot_contribution”:现在这个函数接受一个可选参数指定自定义颜色调色板。

版本:3.6类别:性能更新文本:实现并行执行‘read_vcfs_as_granges’,‘mut_matrix’和‘mut_matrix_stranded’。

版本:3.6类别:修正文本:解决“mut_type_occurences”来处理缺失的类型。

版本:3.6类别:修正文本:解决“mut_matrix”和“mut_matrix_stranded”处理空农庄时发出警告。

版本:3.6类别:修正文本:解决矛盾的自述和装饰图案。

版本:3.6类别:其他更改文本:各种装饰图案更新。

版本:3.6类别:其他更改文本:添加单元测试‘read_vcfs_as_granges’,‘mut_matrix’,‘mut_matrix_stranded’。

版本:3.6类别:MutationalPatterns v1.0.0(发布日期:2016-10-19文本:

版本:3.6类别:Bioconductor 3.4版本文本:

版本:3.6类别:MutationalPatterns v0.99.6(发布日期:2016-10-14文本:

版本:3.6类别:更改文本:重命名功能:‘mut_type_occurences’‘mut_type_occurrences’,‘strand_occurences’‘strand_occurrences’。

版本:3.6类别:MutationalPatterns v0.99.5(发布日期:2016-10-06文本:

版本:3.6类别:更改文本:弃用和破产消息添加到函数v0.99.0以来已经发生了变化。

版本:3.6类别:更改文本:各种小插曲和参考手册的更新。

版本:3.6类别:MutationalPatterns v0.99.4(发布日期:2016-10-05文本:

版本:3.6类别:更改文本:内部包加载的变化。

版本:3.6类别:更改文本:文件不属于包中删除。

版本:3.6类别:MutationalPatterns v0.99.3(发布日期:2016-09-28文本:

版本:3.6类别:更改文本:重命名功能:‘get_mut_context’‘mutation_context’,‘get_type_context’‘type_context’,‘get_muts’‘mutations_from_vcf’,‘get_strand’‘strand_from_vcf’。

版本:3.6类别:更改文本:添加一个解释SomaticSignatures之间的区别和MutationalPatterns装饰图案。

版本:3.6类别:MutationalPatterns v0.99.2(发布日期:2016-09-23文本:

版本:3.6类别:更改文本:重命名功能:‘vcf_to_granges’‘read_vcfs_as_granges’,‘get_types’‘mutation_types’。

版本:3.6类别:MutationalPatterns v0.99.1(发布日期:2016-09-13文本:

版本:3.6类别:更改文本:重命名功能:“read_vcf”“vcf_to_granges”。

版本:3.6类别:更改文本:删除功能:‘bed_to_granges’,‘estimate_rank’,‘rename_chrom’。

版本:3.6类别:更改文本:参数变化:“plot_rainfall”、“vcf_to_granges”

版本:3.6类别:MutationalPatterns v0.99.0(发布日期:2016-09-12文本:

版本:3.6类别:更改文本:创建包

mzR

的变化版本2.13.8:

• 文档丢失铬理由色谱(s)

的变化版本2.13.7:

• 添加一个失踪的gcc 6.2.0头需要

的变化版本2.13.6:

• 为mzR添加简历女士项id, MSnbase和照相机(问题# 151)

• 使用xsd验证mzML导出文件

的变化版本2.13.5:

• 修复https://github.com/sneumann/xcms/issues/261

• 修复尾数法。高压泵为新的c++版本(见公关# 149)

的变化版本2.13.4:

• 修复错误(见问题# 145)

2.13.3版本的变化:

• 对Rhdf5lib链接,允许读mz5也在Windows

• 使用Rhdf5lib 1.1.4 /包括c++头文件

• 修复BiocStyle相关问题在Windows上的装饰图案

的变化版本2.13.2:

• 添加chromatogramHeader方法阅读为色谱从mzML文件头信息。

2.13.1版本的变化:

• 过滤器字符串从mzML读取文件,并将它添加到data.frame头返回的函数(见MSnbase问题# 278)。

• openMsFile自动确定后端使用基于文件扩展名和内容。

ndexr

1.1.7版的变化:

• 解决办法:错误RCX = > RCXgraph = > RCX转换

• 解决办法:NDEx服务器更新返回列在网络列表,总结和元数据;元数据也不是嵌套了

• 解决办法:测试因为失踪坠毁网络;更新使用UUID从ndextutorials公开的新版本

• 排除. .Rcheck from git; added “ndexr” to user agent header

• 解决办法:建立误差造成的现在的元数据:属性是可选的

• 更新:小修正由于ndex服务器更新。添加api ndex服务器2.2版

1.1.2版本的变化:

• 断变化的类和函数的名字!NGraph被重命名RCXgraph为了避免命名Disambiguities !弃用功能:

• rcx_toRCXgraph

• rcxgraph_fromRCX

• rcxgraph_toRCX

• rcx_fromRCXgraph因此,新的职能之一被称为:

• rcx_toRCXgraph

• rcxgraph_fromRCX

• rcxgraph_toRCX

• rcx_fromRCXgraph

NOISeq

版本变化2.22.1 (2018-02-01):

• 固定的一些bug。

OmaDB

版本:0.99.9日期:2017-10-14类别:最初版本Bioconductor文本:

omicplotR

的变化版本0.99.4:

• 装饰图案改为html而不是pdf。

• 编辑小插图。

的变化版本0.99.3:

• 错误修复。extrainformation。rmd changed to extrainformation.Rmd.

的变化版本0.99.0:

• 发布版本。

OncoSimulR

的变化版本2.10.0:

• probDetect机制发生了变化。这可能是一个重大变化。的表达式将基线。对固定initSize来说,这是一个简单的事改变cPDetect。

• 固定允许精确的基因型,包括宽容,检查数量连续的指定时间

• LOD:只使用严格的Szendro等人的意思。

• POM:在c++中计算。

• 直接使用健身景观时作为输入(没有转换为上位)和一些改进速度当使用健身景观作为输入。

版本变化2.9.10 (2018-04-19):

• 测试。Z-fixation:一些测试只有在Linux上因为rng是在c++中完成的。

版本变化2.9.9 (2018-04-10):

• probDetect机制发生了变化。这可能是一个重大变化。的表达式将基线。对固定initSize来说,这是一个简单的事改变cPDetect。

版本变化2.9.8 (2018-03-26):

• 固定允许精确的基因型,包括宽容,检查数量连续的指定时间

版本变化2.9.7 (2018-02-20):

• 固定崩溃在某些情况下运行时stringsAsFactors = FALSE作为全球选项

版本变化2.9.6 (2017-12-27):

• 更新的引用。

• 一个例子(miscell-files)使用与模块和停止。

• 原型抽样单一最大流行最后段(函数largest_last_pop,注释掉了)。

2.9.5版本的变化:

• samplePop:新选项“single-nowt”

2.9.4版本的变化(2017-11-30):

• 处理零模拟总之非常罕见。

版本变化2.9.3 (2017-11-27):

• 让叮当声快乐(不要使用flandscape DataFrame)

2.9.2版本的变化(2017-11-24):

• LOD:只使用严格的Szendro等人的意思。

• POM:在c++中计算。

2.9.1版本的变化(2017-11-10):

• 直接使用健身景观时作为输入(没有转换为上位)

ORFik

版本1.0.0的变化:

• 第一个版本ORFik——找到开放阅读框架,自动RiboSeq足迹变化,重新分配使用CageSeq转录开始网站,大量基因从科学出版物标识功能

PanVizGenerator

的变化版本1.7.0:

• 修复一个缺陷在创建图表包括无效的边缘在哪里

PathoStat

1.8.1版本的变化:

• 更新数据上传

• 修改可视化

• 添加生物标记选项卡

pathview

的变化版本1.18.2:

• 现在korg包括5245 KEGG物种。加快pathview包加载一个更新版本的korg现在检查从pathview Web服务器只有当它其实是使用和需要的。

pcaExplorer

的变化版本2.6.0:

新功能

• 自动计算规模因素所需的地方

• 当编译报告进展迹象

错误修复

• 固定后的变化threejs包

• 编辑下拉菜单删除未使用的绿色徽章

• 菜单重新开始扩大,

• theme_bw应用在需要的时候,纠正以前的行为

其他的笔记

• 引用更新信息

• 微小的区别在处理验证/需要错误

PGA

1.9.1版本的变化:

• “能得到的()”rtracklayer将产生一个错误请求错误。我们暂时禁用“PrepareAnnotationRefseq2”功能的代码检查,直到错误已经修复。请使用“PrepareAnnotationEnsembl2”准备注释文件而不是“PrepareAnnotationRefseq2”。

phantasus

的变化版本0.99.34:

• 检测条件和地理数据的复制

的变化版本0.99.28:

• 提交Enrichr工具

• 改变形状PCA阴谋

• 更好的支持OS X和Windows

的变化版本0.99.24:

• 闪亮的社交工具添加

• PCA情节:漂亮的标签,auto-redraw

• 错误修复

的变化版本0.99.23:

• 添加选项“最大意味着调查”和“最大中间调查”崩溃的工具

• 固定一个bug新兴当一个适用R-based功能崩溃后列

的变化版本0.99.22:

• 固定AdjustTool

• 删除过时的servePhantasus产生的输出

• 更新教程

的变化版本0.99.21:

• 从睡眠合并更改。js库

• 添加函数reparseCachedESs更新下载GEO-datasets,保存在缓存中

的变化版本0.99.20:

• 有点更好的代码覆盖率测试

的变化版本0.99.19:

• 安全程序phenoData解析

• 甚至sample-empty数据集应该显示元

的变化版本0.99.18:

• 新的地理系列phenoData解析策略

的变化版本0.99.17:

• 与零featureData GSE37270固定问题

的变化版本0.99.16:

• 固定的问题时不正确的绩效LimmaTool列作为参数传递

的变化版本0.99.15:

• 更新教程

的变化版本0.99.14:

• 正确的错误消息在地理数据集不存在

的变化版本0.99.13:

• 添加可能加载数据集从加载rda-files专业目录服务器

• servePhantasus现在打开浏览器与web应用程序自动启动

• 添加教程主要网站

• 更新biocViews

• 根据变化更新教程和芒

• 添加实验支持加载RNA-seq从地理数据集

的变化版本0.99.12:

• 添加可能加载GEO-dataset通过指定链接的id参数

钢琴

版本:1.20.0类别:没有一个文本:

版本:1.18.1类别:BUG修复文本:格林尼治时间解决解析文件当基因片段的名称包含空格

Pigengene

版本变化1.5.22 (2018-04-28):

错误修复

• 统计数据::心脏是用于计算。pigengene和画。心脏功能。名称空间的重要原因。

版本变化1.5.9之后(2018-03-12):

一般

• 从WGCNA软木是进口的,但不是从统计数据,因为WGCNA不正确地调用和函数。

现有功能的变化

• RsquaredCut one.step添加到参数。pigengene函数。

的变化版本1.5.6 (2018-01-19):

现有功能的变化

• get.fitted。叶函数,函数网:::as.party.C5.0使用,用于出口的早期版本的网,但不是在0.1.1版本。

1.5.2版本的变化(2017-11-10):

新功能

• 检查。nas函数现在是出口。

聚酯

现在版本:1.99.3文本:NB函数导出

版本:1.99.3文本:注意版本1.99.3在GitHub Bioconductor 1.1.0版本。

版本:1.99.2文本:bug修复片段生成(最后2基地的成绩单没有测序)

版本:1.99.1文本:

PowerExplorer

的变化版本0.99.0:

• 评审的版本。

powerTCR

版本:0.1.1类别:符合BioConductor政策文本:

版本:0.1.1类别:最初版本的文本:

pRoloc

的变化版本1.19.4:

• 修复回归bug knntl函数< 2018-04-12 >星期四

的变化版本1.19.3:

• 使用dplyr: left_join不附带dplyr为了避免碰撞Biobase:: exprs和dplyr:: exprs< 2018-04-04 >结婚。

• 错误警告安装rgl < 2018-03-27 >星期二

在version 1.19.2变化:

• QSep修复bug,使得设置非默认fcol < 2018-01-29我>

的变化版本1.19.1:

• 私人dimred修复bug并设置适当数量的colnames < 2017-11-07 >星期二

• 新nipals在降维方法plot2D(关闭问题# 103)< 2018-01-16 >星期二

的变化版本1.19.0:

• Bioconductor猛击3.7

Prostar

的变化版本1.11.13:

错误修复

• 标准化:“列求和”已被修改为log-abundances兼容机和其他治疗方法。这是可以做到的“独立地为每个条件”或“整体”。

新功能

• 描述性统计:表达数据集彩色w.r。t缺失值的性质(观点或MEC)即使价值估算

• 过滤:管理设计与超过2条件和条件含有不同数量的样本

• 过滤:UI更加用户友好的基于字符串过滤(选项2)

• 标准化:一些在UI和修改

• 归咎(蛋白质含量):区分缺失值整个条件(丢失的整个条件)和其他的(部分观测值)

• 归咎(蛋白质含量):观点,可以使用SLSA考虑experimentaldesign实验

• 归咎(蛋白质含量):罪名都是加工条件的条件

• 微分分析:所有测试可以处理数据集的条件不同数量的样本

• 差异分析:Limma考虑分级实验设计

• 分析:添加GeneID命名法。

的变化版本1.11.4:

错误修复

• 一个错误的基于字符串的过滤工具是固定的。的情况一个实体可能污染物和反向不是takien考虑。这导致情节错号码。

• 校正表的beahviour的实验设计(数据转换工具)。当用户复制粘贴几行添加不必要的行。这些行可以在上下文菜单中选择删除。

PureCN

的变化版本1.10.0:

• 新标准数据库格式

• 运行时的性能改进(跳过可能当地的最适条件,支持在runAbsoluteCN BiocParallel pre-calculation映射偏见)

• 支持复制计时成绩覆盖正常化

• 在callMutationBurden更精确置信区间

• 更精确的复制编号为高层放大

• 很低或高覆盖率的样品现在默认下降在正常创建数据库(少于25%或超过4次中值样本覆盖)

• 改善上游支持第三方工具如GATK4(实验)

• 检查错误的或最优输入和为解决这些问题提供建议

• 吉布斯采样日志肿瘤/正常的覆盖错误率

• 更好的归责映射偏见(而不是平滑在邻近变异在示例中,消除邻近snp在游泳池里的法线——只有当预计算)

• 实验支持indels

• 代码清理(切换到testthat,删除一些过时的和次要的特性)API的变化

• 重命名gc.gene。文件来间隔。文件,因为它现在提供超过GC-content和基因符号

• plotAbs id更改为id(这个功能现在只图一个纯洁/倍性解决方案)

• 改变默认的runAbsoluteCN max.logr。标准偏差为0.6 (0.75)

• 肿瘤createTargetWeights不需要保险了

• calculateGCContentByInterval preprocessIntervals改名为

• 重命名plot.gc。偏见的阴谋。偏见在correctCoverageBias现在还包括复制时机

• 添加calculateMappingBiasVcf pre-compute映射从面板的正常的VCF偏见,从而避免巨大的VCF加载和解析时间

• max.homozygous。损失现在定义的最高分数染色体丢失,不是整个基因组,以避免错误的最大似然的解决方案完全删除染色体臂

qcmetrics

的变化版本1.17.1:

• 移除过时html_document2 < 2018-01-16 >星期二

qpgraph

2.14版本的变化:

用户可见的变化

• 添加参数qpPathWeight边缘化参数()。

错误修复

• 错误修复的rUGgmm()的函数调用时用一个无向图定义的数字(整数)顶点,尊重这些顶点标记的数字排序,即,避免与命令模拟图顶点“1”、“10”,“11”,等等,取而代之的是“1”,“2”、“3”、等。

RamiGO

的变化版本1.26.0:

• 删除RCytoscape因为RCytoscape弃用代码和依赖关系。

ramwas

1.3.0版本版本的变化:

新功能

• 从并行工作改进的错误报告

• 改进的日志行为

• 添加多个输入检查管道的功能

• 改进的灵魂般的行为在微软R

• 添加床和BedGraph出口

• 添加曼哈顿情节功能

• 添加与AUC ROC曲线计算

• 片段大小估计函数进行公开

• 使公众PCA绘图功能

• 添加rwDataClass方便数据访问。

• 添加getLocations getMWASgetData,功能

• 改善QQ-plot函数(参数)

• 加快pvalue2qvalue函数排序向量

• 添加多线程在ramwas0createArtificialData ()

• 改善testPhenotype()有一致的输入变量(列)

• BAM扫描(ramwas1scanBams)重新扫描比rbam BAMs更新文件

错误修复

• 使用importMethodsFrom (filematrix as.matrix)名称空间

rCGH

1.9.1版本的变化:

微小的变化

• 装饰图案设计为了满足“Bioconductor乳胶风格2.0”的指导方针。

RcisTarget

的变化版本0.99.7:

• 排名主要更新:需要格式化您所需要的数据库。他们现在从.feather加载文件(因此,他们转置:图案被存储为行,和基因/地区列,只允许加载特定基因/地区)

的变化版本0.99.6:

• 主要更新:需要格式化您所需要注释数据库。更容易构造子集。

的变化版本0.99.1:

• 主要更新:新类的排名(rankingRcisTarget)

0.7版本的变化:

• 排名数据库转换成一个S4类。

0.6版本的变化:

• 添加函数addLogo ()

• AUC现在作为一个类返回

RCy3

版本:2.0类别:为开发者文本:重组函数在文件对应于老2021欧洲杯体育投注开户年痴呆API,例如,集合,CytoscapeSystem,布局,网络,等等。规范化所有使用roxygen2流线型的老年痴呆和命令接口API文档(见上图),极大地推动了新功能的实现匹配老年痴呆或命令API添加恢复所有单实例简单功能的方法,用简单的默认值建立方便的函数替换基于类的签名验证网络和视图suid getNetworkName getNetworkSuid getNetworkViewSuid

版本:2.0类别:弃用文字:过时的函数名

版本:2.0类别:已经文本:CytoscapeConnection和CytoscapeWindow类、函数和参数

ReactomePA

的变化版本1.23.2:

• 重新实现viewPathway < 2018-03-15,清华>

• mv网站https://guangchuangyu.github.io/software/ReactomePA

的变化版本1.23.1:

• 进口enrichplot

重新计票

的变化版本1.5.11:

错误修复

• 改变一些例子dontrun和改进的代码清理后测试。这将减少文件的大小在tmp虽然他们似乎并不太大。

更改版本1.5.9之后:

用户可见的明显变化

• 功能add_metadata()和add_predictions()现在返回示例元数据或丢失参数预测当“交易所”。

1.5.6版本的变化:

新功能

• 添加了add_metadata()函数可以用来添加策划重新计票交易所对象的元数据。目前,add_metadata()只支持recount_brain_v1数据可以在http://lieberinstitute.github。io / recount-brain Razmara进一步描述等,在预科,2018。

1.5.5版本的变化:

错误修复

• 修复文档链接geo_characteristics()影响Windows建立机器。

1.5.4版本的变化:

错误修复

• download_study修复单元测试(),添加另一个测试版本,并修复R CMD检查的注意。

1.5.3:更正版本的变化

新功能

• download_study()现在可以下载记录计数(rse_tx.RData)文件。傅中描述的成绩单评估等,2018。

用户可见的明显变化

• download_study()现在有一个版本参数(默认为2)。该参数控制哪个版本的文件下载基于改变外显子是如何定义的。版本1减少外显子在版本2不相交的外显子,进一步详细地描述的文档选项卡网站https://jhubiostatistics.shinyapps.io/recount/。

• recount_url和示例rse_gene_SRP009615已经更新到版本2的变化相匹配。

收回

版本是1.7.2变化(2018-04-25):

新功能

• 新快注释建筑系统也不断的版本。可能打破旧的注释商店。建议重建。

• 更支持基因组

错误修复

• 固定一个错误导致配置文件使用的面具时出血范围从BAM文件。

红色的

的变化版本1.28.0:

• 定期维护,稳定版本。

rGREAT

1.11.1版本的变化:

• 保存地区gzip文件然后提交好了

• 不会改变的内容输入区域

rgsepd

的变化版本1.11.2:

错误修复

• 更新依赖引发事故。调查。Biomart似乎不再支持“hsapiens_gene_ensembl”(有时/错误)间歇性错误固定在后面Biomart版。

• R 3.5.0支持GOCatEngine.R要求调整

rhdf5

的变化版本2.24.0:

新功能

• 删除绑定HDF5库——rhdf5现在取决于Rhdf5lib。这个更新的版本HDF5 1.8.19。

• 函数H5Ldelete()和h5delete()添加到提供机制,把物品从HDF文件。

• 添加参数本机许多功能,它允许数据被视为行而不是列为主,改善与其他编程语言的可移植性。

• 添加H5Sunlimited()函数允许创建可扩展的数据集——由于布拉德·弗里德曼

错误修复

• 数据集可以使用子集(和一系列的值例如[1:5]。

• 写一个包含因素和设置DataFrameAsCompound data.frame = FALSE现在工作。

• 许多功能,将打开文件句柄后退出已经固定在错误的条件下。

• 性能改进的h5read ()。

Rhtslib

的变化版本1.12.0:

用户可见的明显变化

• HTSlib C库从1.1版本更新到1.7版。

RiboProfiling

版本是1.7.2变化:

• Biocstyle纠正错误在作者的故事

RnBeads

的变化版本1.11.9:

• 修正和改进在性别预测,GEO进口,微分可变性、安装等

的变化版本1.11.8:

• 修复bioconductor警告(结合等)

• 从微分甲基化docoupled缺失值归责

的变化版本1.11.7:

• 增强的跨平台的组合方法

• 改进的安装例程

• 增强的情节在探索性分析模块

• 更好的洛拉注释

• 改进的性能缺失值的归责

• 文档更新

• 几个小的修正

的变化版本1.11.6:

• 改善结合RnBSet不同数据类型的对象的方法

• 解释样本均值的甲基化水平和其他统计数据

• 改进的情节在探索性分析模块

• 改善缺失值归责

• 几个小的修正

1.11.5版本的变化:

• 修正(加载、归责)

的变化版本1.11.4:

• 介绍RnBeadsDJ, shiny-based界面运行RnBeads分析和模块(运行rnb.run.dj ())

• 添加实现免疫细胞块算法的评估内容

• 默认的归一化法改为“wm.dasen”

• 背景正常化现在默认禁用。

• 选择向后兼容

• 修正(LOLA依赖性,1示例微分可变性,QC可视化、…)

的变化版本1.11.2:

• 在Windows上固定一个错误关于失败trackhub出口

咆哮

1.15.2版本的变化:

• 更新了装饰图案gtf文件与一个新的url

• 点击- > overlapsRanges范围()()

的方式

2.7.2版本的变化:

• 还没有什么

2.7.1版的变化:

• 修复失败的单元测试的一部分< 2017-11-27我>

的变化版本2.7.0:

• Bioconductor猛击3.7

战

版本变化1.35.2 (2017-11-12):

• phyloseq从依赖进口

• 装饰图案的格式更新

• 明确进口的所有功能

Rsamtools

1.31版本的变化:

错误修复

• (v.1.31.3)连环相撞()例子需要min_base_quality = 10。见https://support.bioconductor.org/p/105515/ # 105553

RSeqAn

的变化版本0.99.0:

• 第一个版本,只有包含头文件。

rSFFreader

版本:0.99.0类别:西雅图时间文本:

版本:0.99.0类别:马克将联系你偏远的后续文本:

版本:0.99.0类别:女士:如果版本设置为0.5,包还发布分支,或呆在重击文本:

版本:0.99.0类别:如果它去释放,我明白了,它还在建设中,但功能文本:

Rsubread

版本:1.30.0类别:新功能文本:

版本:1.30.0类别:o featureCounts新参数()来提供更多控制的大小重叠阅读和功能——“nonOverlap”和“nonOverlapFeature文本:

版本:1.30.0类别:o featureCounts新参数()指定路径的文件包含每个读计数结果保存——“reportReadsPath文本:

版本:1.30.0类别:o新参数一致()和subjunc()允许读取映射输出的顺序在FASTQ文件——“keepReadOrder文本:

版本:1.30.0类别:o减少运行时间在对齐()和输出文件的BAM subjunc()通过与多线程文本保存数据到磁盘:

版本:1.30.0类别:(如o注释文件。GTF, SAF或VCF注释)featureCounts(),使(),subjunc()和exactSNP()可以提供作为gzip文件文本:

版本:1.30.0类别:阿蒂尔达(“~”)是允许包含在文件名称提供给函数。文本:

版本:1.30.0类别:o提高运行时间的featureCounts BAM文件的处理所产生的其他调整器和皮卡德工具文本:

研制

更改版本测试盒框:

• 改进研制工作流。

RTNduals

更改版本1.4.0:

• 改进的工作流集成与导数包(研制/ RTNsurvival)。

rWikiPathways

版本1.0.0的变化:

新功能

• 添加函数导数listPathways和getPathwaysByXref允许指定简单的回归WPIDs列表,url或名字。

• 从getColoredPathway添加支持PNG

• 所有剩余的web服务API方法添加功能

• 添加了一个下载功能在各种格式存档路径集

• 增加了概述和BridgeDbR小品文

重大的改变

• 更新所有功能使用REST调用而不是卷发

• 简化功能开发通过抽象为专用wikipathwaysGET功能

• 对所有新功能添加测试

• 添加枚举参数在许多地方更好的输入验证

错误修复

• 第一次正式发布。没有错误…!

S4Vectors

的变化版本0.18.0:

新功能

• 包被一个新的装饰图案:S4VectorsOverview。Rnw The material in this new vignette comes from the IRangesOverview.Rnw vignette located in the IRanges package. All the S4Vectors-specific material was moved from the IRangesOverview.Rnw vignette to the new S4VectorsOverview.Rnw vignette.

• 所有向量衍生品现在支持x (i, j)的默认。这允许用户方便地通过元数据子集列“j”。注意,GenomicRanges对象多年来一直支持这个功能现在所有向量衍生品支持它。2021欧洲杯体育投注开户与真正的二维语义向量衍生品的开发人员(例如SummarizedExperiment)需要覆盖。

• 现在排名()杆”的衍生品在向量。

• 添加concatenateObjects () LLint通用和方法,向量,向量,点击率和Rle对象。这是一个低级通用旨在促进实现矢量对象的c ()。矢量对象的“concatenateObjects”方法连接的对象连接所有的平行的槽。方法的行为像一个自同态的第一个参数“x”。注意,这个方法将开箱即用的工作和做正确的事情在大多数矢量子类只要parallelSlotNames()报告的名字平行槽在子类的对象(向量子类可能要求一个“parallelSlotNames”方法发生)。对于向量的子类concatenateObjects()不开箱即用的工作或不做正确的事,这是强烈建议覆盖矢量对象的方法而不是试图覆盖(新)矢量对象的“c”方法与专门的方法。专业“concatenateObjects”方法通常会委托给下面的方法通过使用callNextMethod ()。参见“concatenateObjects”支安打,Rle方法对象的一些例子。没有矢量子类应该需要覆盖矢量对象的“c”的方法。

• 主要的[[< -重构对象列表。现在是基于一个新的“setListElement”方法依赖的对象列表(< -替换,添加c (),(删除,这是3操作setListElement()可以执行(取决于它叫)。结果[[< -现在现成作品列表的导数(< -c (),(工作。

用户可见的明显变化

• endoapply()和mendoapply()现在正则函数而不是通用函数。

• 几次要改进默认“showAsCell”方法如何处理类似和非列表对象。

• 与toListOfIntegerVectors取代strsplitAsListOfIntegerVectors () ()。(前仍然可用,但是不赞成赞成后者。)toListOfIntegerVectors的输入()现在可以生向量列表(除了是一个特征向量),在这种情况下它是当作如果是“酸式焦磷酸钠(x, rawToChar)”。

• 几个优化“(<——“DataFrame对象的方法(见提交e63f4cfd637e3471e4b04015c2938348df17e14a)。

弃用,已经

• phead()和ptail()是不赞成赞成IRanges::头()和IRanges:尾巴()。

• strsplitAsListOfIntegerVectors()是不赞成赞成toListOfIntegerVectors ()。

错误修复

• mcols () setter不再试图下调DataFrame扩展DataFrame提供正确的值(例如DelayedDataFrame)。

• “DataFrame(我(x)),(我(x),“DataFrame”)“现在滴我之前()包装存储返回的对象的“x”。这个包装是丑陋的,不需要,打破S4对象。

• 解决一些长期存在的缺陷在DataFrame subassignment:——“(< - Bug”方法DataFrame对象第一变量替换为一个矩形对象(如x1< - DataFrame (aa =我(矩阵(1:6,ncol = 2))))与“nrows”返回DataFrame槽设置不正确。——几个bug DataFrame对象的“replaceROWS”方法在使用时“rbind模式”即当马克斯(i) nrow (x)。

• 在“cbind”方法修复bug DataFrame那里附加X的列名在某些情况下(见https://github.com/Bioconductor/S4Vectors/issues/8)。

• 解决订单()SortedByQueryHits对象(见https://github.com/Bioconductor/S4Vectors/issues/6)。

• 修复bug在内部new_Hits()构造函数不返回一个对象类的指定通过“类”在某些情况下。

• “拉普兰人”现在SimpleList对象调用match.fun(有趣)内部找到功能应用。

sampleClassifier

版本:22.11.2017文本:

嘘

的变化版本1.7.18:

• 重构calculateQCMetrics()忽视潜在的非线性,最高等级基因的表达,将自动生成联盟集,允许一个紧凑的格式的输出。

• 重构策划嵌套函数允许访问所有字段在colData构成了rowData(),()或通过提供一个特征向量。

• 重构plotTSNE (), plotPCA()等调度计算功能(例如,runTSNE (), runPCA()),与参数检查。

• 重构plotColData()和plotRowData()使用相同的参数类型为其他功能而不是aes =输入。

• 删除了所有绘图函数,不操作SingleCellExperiment对象。

• 弃用read10xResults (), downsampleCounts()的方法从DropletUtils包。

• 弃用scater_gui()的方法从iSEE包。

• 弃用normalizeExprs(),这个函数非常少的意义。

• 添加plotHeatmap()函数,方便绘图的热图。

• 添加librarySizeFactors()函数,计算规模因素从图书馆的大小。

• 添加by_exprs_values =参数很多绘图功能,区分表达式值的直接策划从他们在美学中使用。

• 重命名参数在plotHighestExprs (), plotExprsVsTxLength (), plotExprsFreqVsMean()更清晰。

• 添加centreSizeFactors()函数进行集中规模因素定心。

• 添加size_factor_grouping normalizeSCE =参数(),calcAverage()和calculateCPM ()。

• 添加subset_row calculateCPM =参数()。

• 巩固size_factors =参数为calcAverage use_size_factors = (), calculateCPM ()。

• 修改normalizeSCE(),以便centre_size_factors = FALSE不使用集中规模因素在正常化。

scDD

1.3.4版本的变化(2018-03-26):

• 测试的不同比例的0现在使用瓦尔德测试假定值而不是似然比。这将给非常类似的结果,但瓦尔德测试稍微保守。

v1.3.3变化(2018-03-23):

• 添加了一个选项跳过的分类步骤如果intereseted意义不同。这将加速计算。

• 测试零一步和KS测试并行加速计算。

scmeth

的变化版本0.99.38:

包裹的特性

• scmeth包分析甲基化数据,生成一个全面质量控制报告

• 大多数函数bsseq对象作为输入

scPipe

的变化版本1.0.9:

• 修复bug可能不重合的外显子映射读取

• 支持从gencode人造石铺地面文件或refseq

的变化版本1.0.8:

• 更新基因id注释代码

版本变化1.0.6 (2017-12-18):

• 现在的id转换也可以通过使用bioconductor注释完成包,当biomart无法连接。

的变化版本1.0.5 (2017-12-14):

• 固定bug苗条的报告和trimbarcode错误消息

• 修复不完整错误消息

• 文档更新,新功能和错误修正

1.0.4版本的变化(2017-12-04):

• 在detect_outlier,当一些细胞提供更多信息错误消息或质量控制指标为零值。

1.0.3版本的变化(2017-12-03):

• 修复一个缺陷在validObject。基因id和生物体的默认值设置为NA

更改版本1.0.2 (2017-12-01):

• 修复错误的unittest

版本1.0.1的变化(2017-11-28):

• 错误修复:固定处理colData通过QC_metrics (https://github.com/LuyiTian/scPipe/issues/34)

食物

的变化版本1.7.28:

• 修改decomposeVar()返回统计(但不是假定值)spike-ins当get.spikes = NA。添加块=参数均值/方差计算在每个级别的阻碍因素,其次是报告的加权平均(使用费舍尔的假定值的方法)。元数据的自动记录全球统计输出用于combineVar ()。输出转向DataFrame对象与其他功能的一致性。

• 固定testVar()报告假定值1时观察和零方差为零。

• denoisePCA允许传递的参数irlba()()来帮助收敛。报道低秩近似为所有基因,无论他们使用的圣言。弃用设计=参数的人工干扰的外部校正。支持使用向量或DataFrame技术=而不是一个函数。

• buildSNNGraph允许传递的参数prcomp_irlba()()来帮助收敛。允许传递的参数get.knn(),切换回kd tree默认的算法。

• 添加了buildKNNGraph()函数来构建一个简单的k-nearest-neighbours图。

• 固定的一些bug mnnCorrect(),代码迁移到c++和并行功能。添加方差变化调整,计算生物学的角度子空间。

• 修改规范参数趋势trendVar()更大的灵活性。从ns()转向robustSmoothSpline()来避免错误与卸载predict.ns ()。添加块=参数均值/方差计算在每个级别的一个阻碍因素。

• 添加选项来避免正常化SingleCellExperiment improvedCV2方法()。从ns()转向smooth.spline()或robustSmoothSpline(),以避免错误。

• 动物园函数换成runmed()计算值趋势DM ()。

• 添加块=参数correlatePairs()计算相关性在每个级别的一个阻碍因素。不赞成使用残差为单向布局设计= = FALSE。保存输入的顺序配对gene1 / gene2输出中的基因配对! =零。

• 添加块=参数overlapExprs()计算重叠在每个级别的一个阻碍因素。不赞成使用残差为单向布局设计= = FALSE。切换到自动排名基于区分能力的基因群。添加等级。类型= =和方向参数控制基因的排名。

• 修改combineVar(),以便它是意识到全球数据记录在decomposeVar ()。缺乏全球统计输入DataFrames现在会导致错误。添加选项方法=用剩余d.f史都华牌的方法。三z得分。添加加权=参数允许关闭平等权重批表示。

• 修改的行为在computeSumFactors min.mean =()当集群! =零。丰富过滤现在每个集群内执行,对集群,而不是全球。

• 在findMarkers转向成对t(),而不是全球线性模型拟合。添加块within-block t =理由,结果结合各地块通过她的方法。加入利物浦=参数对log-fold变化阈值测试。添加日志。p =参数返回对数转换假定值/罗斯福。了经验贝叶斯收缩以及min.mean =参数。

• 添加了makeTechTrend()函数生成一个均值-方差的趋势下泊松噪声的技术。

• 方便添加multiBlockVar()函数拟合的多个均值-方差每级趋势阻碍因素。

• 添加了clusterModularity()函数来评估基于聚类后的cluster-wise模块化。

• 添加了parallelPCA()函数执行并行分析选择电脑的数量。

• 修改convertT()返回原始数量和规模因素CellDataSet输出。

• 弃用exploreData (), selectorPlot支持iSEE的()()。

SDAMS

版本:0.99.7类别:包提交文本:匈牙利瑞士比分

SeqArray

的变化版本1.20.0:

公用事业公司

• seqDigest (f,“注释/过滤器”)适用于一个因素变量

• 提高计算的效率seqMerge ()为了避免基因型填充2比特基因型数组再压缩的字节

• 显著提高seqBlockApply ()(其速度接近seqApply ())

• 减少开销seqSetFilter (variant.sel =…)

新功能

• seqGDS2VCF ()输出一个bgzip vcf tabix索引文件

• 两个选项“超”和“UltraMax”seqStorageOption ()

• “@chrom_rle_val”和“@chrom_rle_len”被添加到GDS染色体索引文件更快

• 新功能seqBCF2GDS ()(需要软件bcftools)

• 新功能seqSetFilterPos ()

• 新变量" $ dosage_alt "seqGetData ()和seqApply ()

• 进口没有GT的VCF文件seqVCF2GDS ()

的变化版本1.18.1-1.18.2:

错误修复

• 解决一个问题:seqSetFilterChrom ()基因组范围上游和下游延伸1 bp

• 使用.onLoad ()而不是.onAttach ()修复https://support.bioconductor.org/p/104405/ # 104443

seqCAT

的变化版本1.2.0:

特性

• 添加功能分析VCF文件包含未经变体

• 添加清单重叠功能变体之间的配置文件

• 线粒体变异现在可以选择跳过阅读时SNV概要文件中read_variants函数

• 添加list_variants清单指定的基因型变异函数在每个SNV概要文件提供

• 添加plot_variant_list函数绘制每个变异的基因型电网输出的list_variants函数

修复

• 修复一个多试样VCF概要创建问题(仅python)

• 阅读zero-variant档案现在正确地返回一个农庄对象dummy-variant概要文件包含示例的名字

• 启用plot_impacts函数正确分析multi-impact SNVs

• 解决阅读SNV概要文件包含单引号的字符串

SeqVarTools

的变化版本1.17.8:

• 添加方法alleleCount返回的等位基因数。

的变化版本1.17.7:

• Bug修复在SeqVarData alleleFrequency方法频率计算做了两次,因为第一计算没有返回。

的变化版本1.17.6:

• 添加选项返回交替等位基因剂量使用矩阵包在一个稀疏矩阵。

• 提高阅读的速度使用seqBlockApply剂量。

的变化版本1.17.2:

• 改变实现迭代器类的识别指标的选择变异在variantList插槽对象创建和存储。现在所有的迭代器类扩展新的类SeqVarIterator。

sevenC

的变化版本0.99.0:

• 新包“sevenC”预测染色质循环从ChIP-seq数据交互和dna序列图案。

ShortRead

1.37版本的变化:

错误修复

• (诉1.37.2)FastqQuality()包括最后打印ASCII字符的~”

• (诉1.37.3)countLines()返回数值,以允许文件超过2 ^还有线

签名者

1.5.2版本的变化:

• 支持生成DNAStringSet矩阵

1.5.1版本的变化:

• 修复农庄组织列表的使用

• 解决冲突的NMF:种子,通过添加VariantAnnotation NMF之前决定

SIMLR

1.5.1版本的变化(2018-03-09):

• 添加CIMLR实现。

SingleCellExperiment

更改版本1.1.4:

• 添加了clearSpikes()函数来删除所有信息激增。

• 添加了clearSizeFactors()函数来删除所有大小因素的信息。

• 添加了sizeFactorNames()函数查询可用(命名)大小因素集。

• isSpike()与一组未知激增type =将不再抛出错误,并将悄悄地返回NULL。

• isSpike < - =零废弃赞成clearSpikes型()删除现有信息激增。所有激增集作业期间必须显式命名。

• 添加LinearEmbeddingMatrix类来存储与载荷的降维。

singleCellTK

的变化版本0.99.3:

• 坚持使用驼峰式大小写在包中

的变化版本0.6.3:

• 额外的帮助文档的链接

• 在上传页面示例矩阵。

的变化版本0.4.7:

• 能够下载/ reupload注释数据帧和注释转换为因素/数字

的变化版本0.4.5:

• 文档更新修复NOTES和通过BiocCheck

singscore

的变化版本0.99.9:

• 从generateNull删除内部关键字

的变化版本0.99.8:

• vectorize getPvals

• 使toy_epxr_se

的变化版本0.99.5:

• 代表表达SummarizedExperiement数据集的数据

• 函数输入检查

• R代码重组

的变化版本0.99.3:

• 改改参数名称双向knownDirection,默认是真实的

的变化版本0.99.2:

• 双向标记添加到simpleScore()函数优化generateNull()函数改改GSEABase从依赖进口

SNPRelate

的变化版本1.14.0:

• 默认的压缩是“LZMA_RA”snpgdsBED2GDS (),snpgdsVCF2GDS ()和snpgdsVCF2GDS_R ()的注释

• 支持英特尔与SSE2 / AVX2 c++编译器

• 在计算允许中断请求

• 新方法的选择snpgdsPairScore ():GVH。专业,GVH。小,GVH.major。only, GVH.minor.only

• 力使用整数的snp。位置”snpgdsCreateGeno ()

• grm合并的单元测试snpgdsMergeGRM ()

• 这个函数snpgdsSNPListStrand ()是合并snpgdsSNPListIntersect (),从包中删除

• 更新snpgdsSNPListIntersect ()和snpgdsCombineGeno ()(正常工作)

• 南取代负的输出snpgdsIBDKING ()

1.12.2版本的变化:

• 有一个新选项的方法=“提花”snpgdsPairIBD ()

• snpgdsGRM ()GDS GRM矩阵输出文件吗

• 一个新的函数snpgdsMergeGRM ()合并多个grm

1.12.1版本的变化:

• 解决一个问题的C代码的长度或类似的应用于空对象

SparseSignatures

版本1.0.0的变化:

• 2018年5月发布Bioconductor包。

specL

版本变化1.13.02 (2017-11-20):

• 消除c++ -11和Rcpp链接。通过单元测试。

• 使用lower_bound_函数导出了< URL: https://cran.r-project.org/package=protViz >

飞溅

1.3.5版本的变化(2017-04-25):

• 移动拟声唱法进口并添加拟声唱法的版本

• 删除引用SCESets挥之不去

• 添加选项使用正态分布库大小的长条木板模拟

• 允许指定的长条木板辍学参数实验,批处理,组织或细胞

• 添加SparseDC模拟

• 重命名参数元数据槽的模拟参数的一致性

• 改善和colourise Params打印输出

• 提高测试覆盖率

• 其他各种小更新和bug修复

海绵

1.0.3版本的变化:

• 小bug修复破碎的单元测试通过改变1.0.2中

更改版本1.0.2中:

• 大内存定期减免构建。因此,默认情况下不再使用。大内存对象仍然可以手动创建将用于海绵

版本1.0.1的变化:

• 释放Bioconductor 3.6

• bigmemory的修复bug造成的新版本

SummarizedExperiment

的变化版本1.10.0:

新功能

• 为SummarizedExperiment对象添加“子集”的方法。参见https://github.com/Bioconductor/SummarizedExperiment/pull/6

• rowRanges()现在是支持不是RangedSummarizedExperiment SummarizedExperiment对象,并返回NULL。还做“rowRanges (x) < -空”RangedSummarizedExperiment对象现在支持并降解SummarizedExperiment实例。

• 添加“后端”参数为SummarizedExperiment对象“意识到”的方法。

用户可见的明显变化

• saveHDF5SummarizedExperiment()和loadHDF5SummarizedExperiment()现在HDF5Array包中。

• 取代旧“updateObject”方法SummarizedExperiment对象与一个新的。新的方法调用updateObject()对象的化验。这将更新SummarizedExperiment对象(及其衍生物如BSseq对象),“旧”DelayedArray对象化验。旧的方法已经存在自BioC 3.2(2.5年前发布)和用于更新对象做出改变之前BioC 3.1和3.2 BioC之间发生的内部。所有这些“老”对象应该被更新到现在我们不需要这个了。

错误修复

• 修改“(<——“SummarizedExperiment离开方法的元数据(x)完好无损,而不是试图把它与元数据(值)。这种变化的x (i, j) < - x (i, j) '像一个空操作(如预期)而不是复制元数据(x)。

• SummarizedExperiment()构造函数不尝试降级构成了rowData和/或提供colData DataFrame了如果他们来自DataFrame。

SWATH2stats

1.9.3版本的变化:

错误修复

• 在手动删除aLFQ直接联系

1.9.2版本的变化:

新功能

• 添加选项check_tranisitions convert_aLFQ函数

• 用文件名替换align_orig_filename列

1.9.1版本的变化:

新功能

• SWATH2stats BioC 3.7开发版本

1.8.1版本的变化:

新功能

• SWATH2stats BioC 3.6版本

synapter

2.3.1版本的变化:

• 部分恢复95年f4094因为MSnbase:::跑龙套。applyColumnwiseByGroup消失了。

• 使用html_document而不是html_document2的小插曲[2018-01-17]。# Synapter 2.1

TargetSearch

的变化版本1.36.0:

新功能

• 新的数据集对象TSExample。这个数据集包含数据,用于存储在包TargetSearchData。

• 新的底层函数搜索峰值(FindAllPeaks)。这允许高级用户完善peak-searches。

• 新函数绘制的山峰在样本(plotPeakRI)。用于注释和fine-tunning峰值搜索参数的质量检查。

用户可见的明显变化

• 当操纵tsLib对象添加额外的检查。额外需要注意如果改变量化/选择/顶级质量发生了变化。

• 示例id(名称)必须是唯一的。这些老TargetSearch工作区装船时可能产生的错误。

错误修复

• tsLib:确保每个插槽对象包含一个库ID。

• 在R CMD检查修复警告。

• 重构C代码寻找峰值。可以返回所有的山峰,而不是只有最丰富。最终用户没有明显变化。

• 重构C代码NetCDF操纵和峰发现减少代码重复。没有最终用户的可见变化。

• 一般R代码houskeeping:混合制表符和空格,制表,添加Rbuildignore。

TCGAbiolinks

的变化版本2.7.13:

• 添加新功能:PanCancerAtlas_subtypes

• DNA甲基化探测信息更新功能

• 开始更新装饰图案

• 被添加到GDCprepare FPPE信息

• 小问题修复

TEQC

版本:IRanges版本4.0.1类别:固定问题> = 2.13.28报道。目标文本:

版本:4.0.0文本:包现在是基于“农庄”的对象,而不是弃用“RangedData”对象

版本:4.0.0文本:装饰图案现在使用knitr创建

TFBSTools

3.5版本的变化:

新功能

• 添加函数解析MEME输出。

• 添加searchSeq的并行计算。

3.4版本的变化:

错误修复

• 在PFMSimilarity修复一个缺陷。

• 修复一个错误为主题matrx当有多个类。

新功能

• readJASPARMatrix函数添加JASPAR格式文件。

3.3版本的变化:

错误修复

• 适应runMEME使用meme 4.10。x版本。

• 修复run_MEME科学记数法

• MEME wrappe更好的错误处理

tofsims

版本:099.1类别:用户可见的明显变化:变化函数在整个包从call-by-ref behvaiour顺道访问值。调整相应的例子和装饰图案。

版本:099.1类别:内部文本:现在取决于ProtGenerics,它使用“mz”

版本:099.1类别:内部文本:交换各种打印消息()与()

版本:099.1类别:修正文本:

ToPASeq

的变化版本1.13.2:

• 包维护者变化:新维护者路德维希Geistlinger

topdownr

1.1.7版的变化:

• 添加mz, FragmentViews-method[2018-02-01]。

• 删除内部fragmentMass和fragmentNames函数[2018-02-22]。

• 解析“spectrumId”专栏的mzML头找到扫描数量(而不是“acquisitionNum”)因为ProteomDiscover生成标准“spectrumId”proteowizard无法翻译成一个有效的“acquisitionNum”。有关详细信息,请参阅# 73 [2018-02-22]。

• 重新计算TotIonCurrent的主循环.readMzMl[2018-02-22]。

• 添加FragmentCoverage和BondCoverage列bestConditions, NCBSet-method[2018-02-23]。

• 使用正确保留时间测试产出和mzML ScanHeadsman . txt文件之间的匹配;关闭# 74;[2018-02-23]。

1.1.6版本的变化:

• 旋转碎片标签(垂直方向)情节[2018-01-17]。

• 代替签名的updateMedianInjectionTime, TopDownSet-method来updateMedianInjectionTime, AbstractTopDownSet-method;关闭# 69;参见# 71 [2018-01-27]。

• 修复.matchFragments为长度(fmass) = = 0[2018-01-27]。

• 只是情节片段出现在电流TopDownSet看到# 70 [2018-01-27]。

• 添加结合,FragmentViews FragmentViews-method[2018-01-27]。

• 允许结合TopDownSet对象与不同的片段类型;关闭# 71 [2018-01-27]。

• 添加all.equal为AbstractTopDownSet对象[2018-01-27]。

• 允许用户决定如何处理多余的片段匹配。当前默认是redundantFragmentMatch = "删除"和redundantIonMatch = "删除"。这将减少碎片的数量匹配。选择“亲密”对于旧的行为。参见# 72 [2018-01-29]。

• TopDownSet对象存储匹配宽容和策略(redundantIonMatch,redundantFragmentMatch)。AbstractTopDownSet和NCBSet失去了宽容槽。保存对象需要重新创建[2018-01-30]。

• bestConditions, NCBSet-method返回一个5-column矩阵。科勒姆:指数,FragmentsAddedToCombination、BondsAddedToCombination FragmentsInCondition, BondsInCondition;看到# 52 [2018-01-30]。

1.1.5版本的变化:

• 保持完整的文件名(之前basename使用)AbstractTopDownSet对象[2017-12-28]。

• 添加情节,TopDownSet-method[2017-12-29]。

• bestConditions, NCBSet-method获得一个新论点最大化允许或债券的碎片数量覆盖优化(默认值:“碎片”);看到# 52 [2018-01-15]。

更改版本1.1.4:

• 添加缺失的出口结合和文档[2017-12-28]。

• 重新保存tds示例数据集,以反映变化colData介绍了版本1.1.2 [2017-12-28]。

更改版本1.1.3:

• 添加conditionNames, AbstractTopDownSet-method访问rownames (colData (tds))[2017-12-23]。

• 添加updateConditionNames, AbstractTopDownSet-method(关闭# 60)[2017-12-23]。

• 转updateMedianInjectionTime, TopDownSet-method成updateMedianInjectionTime, AbstractTopDownSet-method一起工作TopDownSet和NCBSet对象[2017-12-27]。

• 添加结合,AbstractTopDownSet-method结合多个TopDownSet/NCBSet对象(关闭# 69)[2017-12-28]。

1.1.2版本的变化:

• 添加.rbind把扫描和方法信息与不同数量的科勒姆(可能发生当CID / HCD UVPD扫描被独立和不同的软件版本)[2017-12-22]。

• 不要取代NA与零值colData[2017-12-22]。

• 转换开关字符列扫描和方法的信息逻辑[2017-12-22]。

• 修复.camelCase为了避免“抽搐”“抽搐”和“UseCalibratedUVPDTimeMs2”“UseCalibratedUVPDTimeMs2”转换(现在:“抽搐”和“UseCalibratedUVPDTimeMs2”) [2017-12-22]。

变化的1.1.1版:

• 尊重分配强度条件bestConditions, NCBSet-method和fragmentationMap(关闭# 62)[2017-12-02]。

• 修复的解释随机森林柱形图表分析装饰图案[2017-12-02]。

• 创建所有分裂方法.readScanHeadsTable为了避免错误如果任何缺失(修复# 68)[2017-12-20]。

• 永远不会删除激活列colData(即使不是如果readTopDownFiles (…,dropNonInformativeColumns=TRUE))[2017-12-20]。

• 允许UVPDfragmentationMap, NCBSet-method[2017-12-20]。

• 添加新方法:updateMedianInjectionTime, TopDownSet-method(关闭# 66)[2017-12-20]。

1.1.0版本的变化:

• 新版本3.7 Bioc(猛击)# topdownr 1.0

trackViewer

的变化版本1.15.13:

• 添加功能。gr plotGInteractions参数。

的变化版本1.15.12:

• plotGInteractions添加新的功能。

的变化版本1.15.11:

• 更新标题

的变化版本1.15.10:

• 改变“类”功能,“是”功能。

的变化版本1.15.9:

• 添加lollipopData tracks-class。

的变化版本1.15.8:

• 情节棒棒糖情节与跟踪。

的变化版本1.15.7:

• 添加新的参数重新调节lolliplot。

的变化版本1.15.6:

• geneTrack添加新的功能。

的变化版本1.15.5:

• 修复警告在windows文档。

的变化版本1.15.4:

• 修复警告在windows文档。

的变化版本1.15.3:

• 修复在plotOneIdeo ylabs的位置。

1.15.2版本的变化:

• 修复bug addGuideLine和viewTracks情节跟踪时断裂。

1.15.1版本的变化:

• 在dandelion.plot修复bug

• 使用Roxygen2生成帮助文档

• 添加新功能:getLocation viewGene

transcriptogramer

的变化版本1.1.18:

• 的情节differentiallyExpressed()方法显示检测到的群集的数量,是由ggplot2包。

的变化版本1.1.17:

• 改进的文档。

1.1.7版的变化:

• 增加了一个新的参数differentiallyExpressed()方法,支持limma-trend RNA-Seq方法。

1.1.6版本的变化:

• GPL570数据集更新。

更改版本1.1.3:

• 四个物种的数据集是改进得到更好的聚类。

treeio

更改版本就开始:

• 出口国。Rmd vignette <2017-12-13, Wed>

的变化版本1.3.8:

• mv treeio。Rmd vignette to Importer.Rmd and update the contents <2017-12-13, Wed>

• 写。野兽treedata对象< 2017-12-12,星期二>

• 添加“连接”参数groupOTU < 2017-12-12,星期二> + https://groups.google.com/forum/ !味精/ bioc-ggtree Q4LnwoTf1DM / yEe95OFfCwAJ

1.3.7版本的变化:

• 出口groupClade。phylo方法< 2017-12-11,我的>

1.3.6版的变化:

• 界定groupOTU和groupClade通用使用S3 < 2017-12-11,我的>

1.3.5版本的变化:

• 父母、祖先,孩子,孩子,rootnode和兄弟姐妹一般的方法phylo < 2017-12-11,我的>

• 更新面具和merge_tree函数根据treedata对象< 2017-12-11,我的>

1.3.4版本的变化:

• 支持tbl_tree对象中定义tidytree < 2017-12-08,星期五>

v1.3.3变化:

• 阅读。codeml输出treedata,删除codeml类和清理代码< 2017-12-07,清华>

1.3.2版本的变化:

• 阅读。codeml_mlc输出treedata对象和删除codeml_mlc类< 2017-12-06,结婚>

• 阅读。paml_rst输出treedata和删除paml_rst类< 2017-12-06,结婚>

• read.phylip。树和read.phylip.seq

• 阅读。phylip输出treedata对象和类定义phylip移除

• 阅读。hyphy输出treedata对象;hyphy类定义了

• 删除r8类,阅读。r8现在输出multiPhylo对象

• jplace类继承treedata < 2017-12-05,星期二>

• 使用treedata对象存储野兽和mrbayes树

• 出口read.mrbayes

1.3.1版本的变化:

• 兼容解析野兽的输出只包含HPD范围< 2017-11-01,结婚> + https://groups.google.com/forum/?utm_medium=email&utm_source=footer !味精/ bioc-ggtree RF2Ly52U_gc / jEP97nNPAwAJ

tRNAscanImport

版本变化0.99.21 (2018-03-17):

变化

• 初始版本

TVTB

1.5.4版本的变化(2017-09-24):

错误修复

• 最小值(范围(农庄)似乎并没有工作了,取而代之的是更多的显式表达式。

• 注释掉了一些单元测试,直到构造子集FilterRules的行和列又抛出一个错误。

tximport

版本1.8.0的变化:

• 添加支持StringTie输出。

TxRegInfra

版本:0.99.10类别:新功能文本:

Uniquorn

版本变化1.99.3 (2018-01-03):

Bioconductor合规

• 次要的修改符合Bioconductor规定

版本变化1.99.2 (2018-20-02):

添加RNA-seq和panel-seq能力

• 一些更小的修正

版本变化1.99.1 (2018-12-02):

添加RNA-seq和panel-seq能力

• 一些小错误修正

版本变化1.99.0 (2018-15-01):

添加RNA-seq和panel-seq能力

• 修改了包装与大规模RNA-seq和小规模panel-seq数据

• 请注意,这可能打破自定义库。的问题请与作者联系

variancePartition

的变化版本1.9.9:

• 解决问题方案时自动装载开始时R

的变化版本1.9.8:

• 解决问题,如果信息data.frame包含列名“基因”,fitExtractVarPartModel()将不会运行

的变化版本1.9.6:

• 修复与eval tximport问题= FALSE

1.9.2版本的变化:

• 修复小插图

1.9.1版本的变化:

• 固定格式的装饰图案

• 添加描述canCorPairs()函数

VariantFiltering

1.16版本的变化:

用户可见的变化

• 特定的过滤功能已被弃用的更一般的过滤机制。

• Shiny-app已经重写。

xcms

3.1.3版本的变化:

错误修复

• 修复错误的检查多个光谱findChromPeaks括号,OnDiskMSnExp MSWParam。由于@RonanDaly(公关# 276)。

• 更新页面链接到正确的metlin diffreport结果(问题# 204)。

3.1.2版本的变化:

新功能

• 添加filterFeatureDefinitions函数。

错误修复

• 解决# 273:更好的错误消息,以防没有一个功能可以由groupChromPeaks定义的。

3.1.1版本的变化:

新功能

• 阅读使用xcmsSet原始文件或xcmsRaw使用现在从mzR自动文件类型检测功能。

• c函数连接XCMSnExp对象。

• groupname XCMSnExp对象的方法(问题# 250)。

错误修复

• 解决# 237:findPeaks。垃圾没有扔一个错误如果应用于多光谱文件女士。

• 解决# 249:分位数在adjustRtime PeakGroups没有na。rm = TRUE。

• 解决# 259

xps

版本xps-1.37.2

• 配置。在file - unix line endings

版本xps-1.37.1

• 更新安装和自述文件

3.3版本的变化:

zinbwave

1.1.6版本的变化(2018-04-17):

• zinbwave现在使用计数默认情况下分析。

• 用户现在可以指定使用哪个试验适合zinb模型。

1.1.5版本的变化(2018-02-15):

• 计算权重计算zinbwave保存试验。

• 修改小插图包括微分表达式的例子。

• 改进的文档zinbwave。

新闻来自新的和现有的数据实验包

ASICSdata

版本:0.99.2类别:固定几个拼写错误文本:

更新版本:0.99.1类别:R版本从3.4到3.5的依赖文本:

版本:0.99.0类别:首先提交版本Bioconductor文本:

chipenrich.data

更改版本测试盒框:

• 轨迹更新定义基于TxDb 3.4.0和OrgDb 3.5.0包

• 消除基因表达和EHMN基因集。

dsQTL

2.17版本的变化:

用户可见的变化

• ch2locs(可收回通过dsQTL:: getSNPlocs)已经改变了在1850位置rs号码已经与hg19地址;dsQTL地区作为都是chr2 hg18…SNP地址。以前发现rs数据用在芝加哥分布从http://eqtl.uchicago.edu/dsQTL_data/GENOTYPES/映射通过SNPlocs…20111119,但现在他们直接来自芝加哥的文本文件。

flowPloidyData

1.5.3(2018-01-19)更正版本的变化:

用户可见的变化

• 添加了两个额外的FCS文件:fpVac,这证明是有用的控制;和fpBad,这是一个非常低的质量文件在单元测试中使用。

HDCytoData

版本1.0.0文本:

mCSEAdata

的变化版本0.99.0:

• mCSEAdata释放。

MetaGxBreast

的变化版本0.99.0:

新功能

• 这是第一次迭代MetaGxBreast包。包包含39乳腺癌分野

MetaGxOvarian

的变化版本0.99.0:

新功能

• 这是第一次迭代MetaGxOvarian包。它本质上是一个更新版本的curatedOvarianData包5个额外的数据集

MetaGxPancreas

的变化版本0.99.0:

新功能

• 这是第一次迭代MetaGxPancreas包。

microRNAome

1.1.2版本的变化:

• 修复单元测试错误。

mtbls2

1.9.1版本的变化:

• 添加装饰图案根据xcms3新界面,凹凸最低xcms 3.0.0版本

pRolocdata

的变化版本1.17.4:

• 错误在tlopt colnames固定f1000工作流< 2018-04-10 >星期二

的变化版本1.17.3:

• 添加蛋白质组biocView < 2018-04-05 >星期四

的变化版本1.17.2:

• 添加的数据——et al . 2016 < 2018-03-17 >坐

• 添加数据从赫斯特et al . 2018 < 2018-03-18太阳>

• 添加数据从Itzhal et al . 2017 < 2018-03-20 >星期二

的变化版本1.17.1:

• 如何添加数据更新自述与信息< 2018-03-08 >星期四

PtH2O2lipids

2016-04-21版本的变化:

• 初始释放Bioconductor

RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp

的变化版本0.99.7:

• 主题排名现在调换(主题行,基因在列),和更新主题收集9。

• Motif-TF注释数据库需要格式化您所需要的更容易选择直接/推断的注释。

RforProteomics

的变化版本1.17.1:

• 修复/更新小插曲< 2018-01-12 >星期五

• 添加提到DEP包< 2018-01-13 >坐

的变化版本1.17.0:

• 新Bioc猛击版本

的变化版本1.16.0:

• 新Bioc发布版本

TargetSearchData

的变化版本1.17.2:

用户可见的明显变化

• 数据集TargetSearchData它用来包含TargetSearch对象已经从包中TargetSearchData打包TargetSearch。注意,数据集名称被重命名TSExample。使用数据(TSExample)加载它TargetSearch。

tissueTreg

的变化版本0.99.3:

• 改变单元测试

的变化版本0.99.2:

• 改变手册页的例子

的变化版本0.99.1:

• 变化符合Bioconductor包引导线

的变化版本0.99.0:

• 第一个版本

topdownrdata

变化的1.1.1版:

• 添加为CA UVPD数据。

1.1.0版本的变化:

• 新版本3.7 Bioc(猛击)# topdownrdata 1.0

弃用和已经包

九个软件包被从这个版本(BioC 3.6中被弃用后):BioMedR, ddgraph, EWCE, HCsnip, stepwiseCM, domainsignatures, iontree, oneChannelGUI RCytoscape。一个软件包被撤Bioconductor用户请求(mvGST)没有以前的弃用。

十个软件包(ontoCat连接工具,GMRP, mbt, OperaMate, DASC, htSeqTools, PAnnBuilder, phenoDist, BrowserVizDemo)弃用在此版本中,将在BioC 3.8删除。

一个注释数据包(IlluminaHumanMethylation450k.db)从这个版本删除。

三个实验数据包(RnaSeqTutorial、cheung2010 MEALData)中弃用这个版本,在Bioc 3.8将被删除。