TissueEnrich

DOI:10.18129 / B9.bioc.TissueEnrich

组织基因富集分析

Bioconductor版本:版本(3.17)

TissueEnrich包是用来计算组织基因的浓缩在一组输入基因。例如,用户可以输入从RNA-Seq数据最高度表达基因,或基因co-expression模块,以确定哪些组织基因丰富的数据集。组织处理RNA-Seq数据定义的基因从人类蛋白质图谱(HPA) (Uhlen et al . 2015), GTEx (Ardlie et al . 2015年),和鼠标编码(沈et al . 2012年)使用的算法HPA (Uhlen et al . 2015年)。超几何测试被用于确定输入之间的组织基因丰富的基因。随着组织基因浓缩,TissueEnrich包也可以用来定义组织基因表达数据集提供的用户,然后可以用来计算组织基因充实。

作者:阿施施Jain (aut (cre) Geetu Tuteja (aut)

维修工:阿施施Jain < Jain iastate.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“TissueEnrich”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“TissueEnrich”)

HTML	R脚本	TissueEnrich
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneExpression,GeneSetEnrichment,测序,软件
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R(> = 3.5),捍卫者(> = 1.1.0)ggplot2 (> = 2.2.1),SummarizedExperiment(> = 1.6.5),GSEABase(> = 1.38.2)
进口	dplyr (> = 0.7.3) tidyr(> = 0.8.0),统计数据
链接
建议	knitr、rmarkdown testthat
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	TissueEnrich_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	TissueEnrich_1.20.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	TissueEnrich_1.20.0.tgz
macOS二进制(arm64)	TissueEnrich_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TissueEnrich
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TissueEnrich
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/TissueEnrich/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/TissueEnrich/
包下载报告	下载数据