scPipe

DOI:10.18129 / B9.bioc.scPipe

管道为单细胞multi-omic数据预处理

Bioconductor版本:版本(3.17)

预处理管道单细胞RNA-seq / ATAC-seq数据从fastq文件并生成一个特征数矩阵与质量控制相关的信息。它可以处理fastq由CEL-seq生成的数据,MARS-seq Drop-seq、铬10 x和SMART-seq协议。

作者:Luyi田(aut) Shian Su (aut (cre) Shalin奈克(施),沙尼编写(aut),奥利弗Voogd (aut),菲尔·杨(aut),马修·里奇(施)

维护人员:Shian <苏苏。年代在wehi.edu.au >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“scPipe”)

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HTML	R脚本	scPipe:一个灵活的数据预处理管道3 '末端scRNA-seq数据
HTML	R脚本	scPipe:一个灵活的数据预处理为单细胞的数据管道
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细节

biocViews	DataImport,GeneExpression,GenomeAnnotation,ImmunoOncology,预处理,质量控制,RNASeq,SequenceMatching,测序,SingleCell,软件,可视化
版本	2.0.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(5.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 4.2.0),SingleCellExperiment
进口	AnnotationDbi,蛇怪,BiocGenerics,biomaRt,Biostrings、数据。表、dplyrDropletUtilsflexmix,GenomicRanges,GenomicAlignments,ggplot2 GGally胶(1.3.0 > =版本),grDevices,图形,散列,IRangesmagrittr、质量矩阵(> = 1.5.0),mclust,方法,MultiAssayExperiment,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db、purrr Rcpp(> = 0.11.3),重塑,网状,Rhtslibrlang robustbase,Rsamtools,Rsubread,rtracklayer,SummarizedExperiment,S4Vectors,统计尺度stringr,宠物猫,tidyr,工具,跑龙套
链接	Rcpp,Rhtslib(> = 1.13.1),zlibbioc,testthat
建议	BiocStyle,DT,GenomicFeatures、网格、igraph kableExtra、knitr locStra,阴谋,rmarkdown, RColorBrewer, readr, reshape2, RANN,闪亮的,嘘(> = 1.11.0)、testthat xml2 umap
SystemRequirements	GNU c++ 11日
增强了
URL	https://github.com/LuyiTian/scPipe
BugReports	https://github.com/LuyiTian/scPipe
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	scPipe_2.0.0.tar.gz
Windows二进制	scPipe_2.0.0.zip
macOS二进制(x86_64)	scPipe_2.0.0.tgz
macOS二进制(arm64)	scPipe_2.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scPipe
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scPipe
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/scPipe/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/scPipe/
包下载报告	下载数据