BiFET

DOI:10.18129 / B9.bioc.BiFET

偏离的足迹浓缩试验

Bioconductor版本:版本(3.17)

BiFET标识TFs的足迹在目标区域与背景区域中被纠正偏差产生的失衡后读计数和GC内容目标和背景之间的地区。对于一个给定的TF k, BiFET测试零假设目标区域具有相同的概率有脚印的TF k为背景区域而纠正读计数和GC含量偏差。为此,我们使用的数量目标地区的足迹TF k, t_k作为测试数据和计算假定值的概率观察t_k或多个目标地区的足迹在零假设下。

作者:Ahrim梦想(aut (cre),总的马尔克斯(aut),内森软件(aut),迈克尔·Stitzel (aut) Duygu Ucar (aut)

维护人员:Ahrim只要< Ahrim。你在jax.org上>

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“BiFET”)

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文档

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HTML	R脚本	使用BiFET指南
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细节

biocViews	ATACSeq,DNaseSeq,表观遗传学,GeneRegulation,遗传学,ImmunoOncology,RIPSeq,软件,转录
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	poibin统计数据,GenomicRanges
链接
建议	rmarkdown、testthat knitr
SystemRequirements
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URL
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	BiFET_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	BiFET_1.20.0.zip
macOS二进制(x86_64)	BiFET_1.20.0.tgz
macOS二进制(arm64)	BiFET_1.19.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BiFET
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BiFET
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/BiFET/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/BiFET/
包下载报告	下载数据