Bioconductor版本:版本(3.17)
这个包可以帮助用户使用TF元数据从不同的来源。TFs的重要目录和分类变得可用。与主题相关的工具扫描也提供。
作者:文森特•凯里(aut (cre)什维塔Gopaulakrishnan (aut)
维修工:文森特·凯里< stvjc channing.harvard.edu >
从内部引用(R,回车引用(“TFutils”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“TFutils”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“TFutils”)
HTML | R脚本 | 一个注意fimo16 |
HTML | R脚本 | TFutils——代表TFBS和TF目标集 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 软件,转录组 |
版本 | 1.20.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.7 (r - 3.5)(5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (> = 4.1.0) |
进口 | 方法、dplyr magrittr miniUI,闪亮的,Rsamtools,GSEABaserjson,BiocFileCache,DT, httr readxl,AnnotationDbi,org.Hs.eg.db,跑龙套 |
链接 | |
建议 | knitr,数据。表、testthatAnnotationFilter,Biobase,GenomicFeatures,GenomicRanges,Gviz,IRanges,S4Vectors,EnsDb.Hsapiens.v75,BiocParallel,BiocStyle,GO.db,GenomicFiles,GenomeInfoDb,SummarizedExperimentUpSetR ggplot2, png,gwascat,MotifDb,motifStack、RColorBrewer rmarkdown |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。
源包 | TFutils_1.20.0.tar.gz |
Windows二进制 | TFutils_1.20.0.zip(64位) |
macOS二进制(x86_64) | TFutils_1.20.0.tgz |
macOS二进制(arm64) | TFutils_1.20.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TFutils |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TFutils |
Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/TFutils/ |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/TFutils/ |
包下载报告 | 下载数据 |
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