biotmle

DOI:10.18129 / B9.bioc.biotmle

生物标记发现的有调节统计的目标学习

Bioconductor版本:发行版(3.16)

基于微阵列和下一代测序数据的差异表达生物标志物发现工具，利用平均治疗效果的有效半参数估计进行变量重要性分析。潜在生物标记物的(边际)平均治疗效果的估计和推断是通过基于目标最小损失的估计来计算的，在所有生物标记物上构建联合稳定的推断，使用的是估计的有效影响函数。该程序适用于使用集成机器学习来估计有害函数。

作者:尼玛·赫贾兹[aut, cre, cph]，艾伦·哈伯德[aut, ths]， Mark van der Laan [aut, ths]，蔡伟新[ctb]，菲利普·布瓦洛[ctb]

维护者:Nima Hejazi

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“biotmle”)

超文本标记语言	R脚本	从暴露变量中识别生物标记物
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，ImmunoOncology，微阵列，RNASeq，回归，测序，软件
版本	1.22.0
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(5.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.0)
进口	统计数据、方法dplyr，宠物猫，ggplot2，ggsci，过热，为了，drtmle(> = 1.0.4),S4Vectors，BiocGenerics，BiocParallel，SummarizedExperiment，limma
链接
建议	testthat，knitr，rmarkdown，BiocStyle，手臂，地球，管理员，SuperLearner，矩阵，DBI，biotmleData(> = 1.1.1)
SystemRequirements
增强了
URL	https://code.nimahejazi.org/biotmle
BugReports	https://github.com/nhejazi/biotmle/issues
全靠我
进口我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	biotmle_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	biotmle_1.22.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	biotmle_1.22.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	biotmle_1.22.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/biotmle
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/biotmle
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/biotmle/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/biotmle/
软件包下载报告	下载数据