RNAdecay

DOI:10.18129 / B9.bioc.RNAdecay

最大似然衰变RNA降解数据的建模

Bioconductor版本:版本(3.17)

RNA的RNA降解是通过测量监控抑制RNA合成后丰富。这个包有功能和示例脚本,以促进(1)数据归一化,(2)数据建模使用常数衰减率或时间衰变率模型,(3)治疗或基因型效应的评估,和(4)绘制的数据和模型。数据规范化:函数和脚本使容易最初的正常化(T0) RNA丰富,以及人工通货膨胀的方法正确读取每百万(RPM)丰度在全球评估的总RNA池的大小减少。然后建模:规范化数据建模使用最大似然参数。进行治疗或基因型比较(4),建模步骤模型所有可能的治疗效果在每个基因重复建模与模型参数(即约束。A和B,治疗的衰变率建模与他们平等,后来又允许他们单独改变)。模式选择:AICc值为每个模型,计算和模型选择AICc最低的。选择模型的建模结果然后编译成一个单独的数据帧。图形绘制:函数轻松地提供可视化衰变数据模型,或半衰期分布使用ggplot2包功能。

作者:里德·索伦森(aut (cre)卡特里娜约翰逊(aut),弗雷德里克·阿德勒(aut)、莱斯利Sieburth (aut)

维护人员:里德索伦森< reedssorenson gmail.com >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“RNAdecay”)

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文档

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HTML	R脚本	RNAdecay
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,GeneRegulation,ImmunoOncology,归一化,RNASeq,回归,软件,TimeCourse,转录,转录组,WorkflowStep
版本	1.19.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.5)
进口	统计,grDevices、网格ggplot2 gplots,跑龙套,三甲,nloptr,鳞片
链接
建议	平行、knitr reshape2 rmarkdown
SystemRequirements
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	RNAdecay_1.19.0.tar.gz
Windows二进制	RNAdecay_1.19.0.zip
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)	RNAdecay_1.19.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RNAdecay
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RNAdecay
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/RNAdecay/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/RNAdecay/
包下载报告	下载数据