EGSEA

DOI:10.18129 / B9.bioc.EGSEA

合奏的基因集富集分析

Bioconductor版本:版本(3.17)

这个包实现了合奏的基因集富集分析(EGSEA)基因的方法设置测试。

作者:母亲Alhamdoosh Luyi田,Milica Ng和马修·里奇

维护人员:妈Alhamdoosh < m。在gmail.com hamdoosh >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“EGSEA”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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PDF	R脚本	EGSEA装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类,DifferentialExpression,去,GeneExpression,GeneSetEnrichment,GeneSignaling,GeneTarget,遗传学,GraphAndNetwork,ImmunoOncology,KEGG,代谢组学,微阵列,MultipleComparison,网络,NetworkEnrichment,OneChannel,通路,蛋白质组学,RNASeq,测序,软件,SystemsBiology,TwoChannel
版本	1.28.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(7年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.5),Biobase,计(> = 2.14.4),AnnotationDbi,topGO(> = 2.16.0),pathview(> = 1.4.2)
进口	PADOG(> = 1.6.0),GSVA(> = 1.12.0),globaltest(> = 5.18.0),limma(> = 3.20.9),刨边机(> = 3.6.8)HTMLUtils (> = 0.1.5) hwriter (> = 1.2.2) gplots (> = 2.14.2) ggplot2 (> = 1.0.0),安全(> = 3.4.0)stringi(> = 0.5.0),平行,统计,metap, grDevices,图形,跑龙套,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,org.Rn.eg.db、RColorBrewer、方法EGSEAdata(> = 1.3.1)、htmlwidgets情节,DT
链接
建议	BiocStyle、knitr testthat
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	EGSEA123
进口我
建议我	EGSEAdata,tidybulk
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	EGSEA_1.28.0.tar.gz
Windows二进制	EGSEA_1.28.0.zip
macOS二进制(x86_64)	EGSEA_1.28.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/EGSEA
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ EGSEA
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/EGSEA/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/EGSEA/
包下载报告	下载数据