DEsingle

DOI:10.18129 / B9.bioc.DEsingle

DEsingle检测单细胞RNA-seq数据三种类型的微分表达式

Bioconductor版本:版本(3.17)

DEsingle是微分表达式(DE)的R包分析单细胞RNA-seq (scRNA-seq)数据。它定义和检测3两组之间的差异表达基因类型的单个细胞,对于不同的表达状态(DEs),微分表达丰度(DEa),和一般的微分表达式(度)。DEsingle雇佣Zero-Inflated负二项模型来估计实际的比例和辍学0和定义和检测DE基因的3种类型。结果表明,DEsingle优于现有方法scRNA-seq DE分析,和可以显示不同类型的基因在不同的生物功能丰富。

作者:逸苗族< miaoz13 tsinghua.org.cn >

维护人员:逸苗族< miaoz13 tsinghua.org.cn >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“DEsingle”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“DEsingle”)

HTML	R脚本	DEsingle
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,ImmunoOncology,预处理,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录组
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.4.0)
进口	数据矩阵(1.2 > = -14),质量(> = 7.3 -45),VGAM (> = 1.0 2), bbmle (> = 1.0.18) gamlss (4.4 > = 0), maxLik (> = 1.3 4), pscl (> = 1.4.9),BiocParallel(> = 1.12.0)
链接
建议	knitr rmarkdown,SingleCellExperiment
SystemRequirements
增强了
URL	https://miaozhun.github.io/DEsingle/
取决于我
进口我	IRISFGM
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	DEsingle_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	DEsingle_1.20.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	DEsingle_1.20.0.tgz
macOS二进制(arm64)	DEsingle_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DEsingle
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DEsingle
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/DEsingle/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DEsingle/
包下载报告	下载数据