马提尼

DOI:10.18129 / B9.bioc.martini

GWAS融合网络

Bioconductor版本:版本(3.17)

马提尼处理固有的低功率GWAS研究利用先验知识表示成一个网络。snp是网络的顶点,边代表生物它们之间的关系(基因组邻接,属于同一基因的物理相互作用蛋白质产品)。网络扫描使用烤饼,看起来snp最大限度地与表型相关的组织,形成一个子网。

作者:赫克托耳Climente-Gonzalez (aut (cre),Chloe-Agathe Azencott (aut)

维修工:赫克托耳Climente-Gonzalez <赫克托耳。在riken.jp climente >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“马提尼”)

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文档

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browseVignettes(“马提尼”)

HTML	R脚本	运行烤饼
HTML	R脚本	模拟SConES-based表型
PDF		参考手册

细节

biocViews	FeatureExtraction,GeneticVariability,遗传学,GenomeWideAssociation,GraphAndNetwork,网络,单核苷酸多态性,软件
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0)
进口	igraph(> = 1.0.1)矩阵,memoise(> = 2.0.0)、方法(> = 3.3.2),Rcpp (> = 0.12.8),snpStats(> = 1.20.0)统计,跑龙套
链接	Rcpp RcppEigen (> = 0.3.3.5.0)
建议	biomaRt(> = 2.34.1)circlize (> = 0.4.11),STRINGdb(> = 2.2.0)httr (> = 1.2.1),IRanges(> = 2.8.2),S4Vectors(> = 0.12.2)knitr、testthat readr rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/hclimente/martini
BugReports	https://github.com/hclimente/martini/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	martini_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	martini_1.20.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	martini_1.20.0.tgz
macOS二进制(arm64)	martini_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/martini
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/马提尼
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/martini/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/martini/
包下载报告	下载数据