2017年10月31日,

Bioconductors:

我们很高兴宣布Bioconductor 3.6,包含1473个软件包,326包、实验数据和911注释包。

有100个新的软件包,许多更新和改进现有的包;与R 3.4.2 Bioconductor 3.6兼容,支持在Linux上,32位和64位Windows, Mac OS x这个版本将包括一个Bioconductor更新Amazon Machine Image和码头工人的容器。

访问//www.andersvercelli.com对细节和下载。

内容

• 开始使用Bioconductor 3.6
• 新的软件包
• 新闻从新的和现有的包
• 弃用和已经包

开始使用Bioconductor 3.6

更新或安装Bioconductor 3.6:

1. 安装R > = 3.4.2。Bioconductor 3.6设计明确了这个版本的R。

2. 按照说明在//www.andersvercelli.com/install/。

新的软件包

有100个新的Bioconductor软件包在此版本中。

• amplicanamplican执行对齐扩增子的读取,实现收集数据规范化,计算多个统计(如降息、转移)和呈现在形式的汇总报告。由实验数据和统计数据可以分解,条形码,用户定义的组织、指导和扩增子允许快速识别潜在的问题。

• 曾帮工这个包是用于复杂的病人集群通过集成multi-omic数据关联网络融合。

• anota2seqanota2seq提供分析转化效率和微分表达式分析polysome-profiling ribosome-profiling研究(两个或两个以上的样本类)量化RNA序列或dna阵列。Polysome-profiling和ribosome-profiling通常生成两个RNA数据源的数据;翻译mRNA和总mRNA。分析的微分表达式是用来估计变化在每一个RNA源(即翻译信使RNA或总mRNA)。转化效率的分析旨在确定翻译效率的变化导致改变蛋白质含量总mRNA水平的独立(即独立的翻译mRNA水平变化的总mRNA)或缓冲机制调节转化效率,所以蛋白质含量保持不变,尽管波动总mRNA水平(即总mRNA的变化独立于翻译mRNA水平)。anota2seq应用局部方差分析和随机方差模型来完成这些任务。

• apeglmapeglm提供了贝叶斯估计收缩效应大小不同的全球语言监测机构模型,使用后对个人的近似系数。

• AUCellAUCell允许识别细胞活跃基因集(如签名,基因模块…)在单细胞RNA-seq数据。AUCell使用“曲线下的面积(AUC)计算的一个重要子集是否输入基因集富集在每个细胞的基因表达。AUC分数的分布在所有细胞允许探索的相对表达签名。自评分方法是排行第三,AUCell是基因表达的独立单位和规范化过程。此外,由于细胞单独评估,它可以很容易地应用到更大的数据集,构造子集矩阵的表达式。

• 基础知识单细胞信使rna序列可以揭示小说在基因表达水平细胞间异质性表面上均匀的细胞群。然而,这些实验是倾向于高水平的噪音技术,创造新的挑战识别基因显示真正的异构下表达的细胞内研究。基础知识(单细胞测序数据的贝叶斯分析)是一个集成的贝叶斯层次模型进行统计分析单细胞RNA序列数据集在指导实验的背景下(感兴趣的组织细胞在哪里已知的先验,如实验条件或细胞类型)。基本执行内置数据正常化(全球扩展)和技术噪声量化(基于激增的基因)。基础知识提供了一个直观的检测标准对高(或低)变量基因在单个的细胞群体。此外,基本可以比较两个或两个以上的使用者之间的基因表达模式组的细胞。与传统的微分表达式工具,基本的量化表达的变化超出比较手段,也允许细胞间异质性的变化的研究。后者通过生物over-dispersion量化参数测量残余over-dispersion正常化后(对泊松采样)和技术噪声去除。

• beachmat提供了一个一致的c++类接口对于各种常用的矩阵类型,包括稀疏和HDF5-backed矩阵。

• BiocSklearn这个包提供了接口选择sklearn元素,展示了容错使用python模块需要广泛的迭代。

• bnbc规范化的工具(几个)高c的数据复制。

• cbaf这个包包含函数,使分析和比较各种基因容易组从不同的肿瘤/癌症子组。到目前为止,它是与RNA-seq兼容,microRNA-seq,微阵列和甲基化数据集存储在cbioportal.org。

• CEMiToolCEMiTool包结合coexpression基因的发现和分析模块以全自动的方式,同时提供一个用户友好的html报告与高质量的图形。我们的工具评估如果模块包含基因比例过高通过特定途径或改变了在一个特定的样本组。此外,CEMiTool能够整合与interactome转录组数据信息,识别潜在的中心在每个网络。

• ChIPanalyser基于统计热力学框架,ChIPanalyser试图产生ChIP-seq像概要文件。模型依赖于四个考虑:TF结合位点可以使用位置权重矩阵,得分在转录因子结合DNA可访问性起着作用,绑定配置文件依赖转录因子与DNA的数量最后结合能(另一种描述PWM的)或绑定特异性应该调制(因此引入绑定特异性调制器)。ChIPanalyser的最终结果是生产资料模拟真实ChIP-seq概要文件和提供这些预测的精度测量配置文件后相比,真正的ChIP-seq数据。最终目标是生产ChIP-seq资料预测ChIP-seq像配置文件来规避产生昂贵的ChIP-seq实验的需要。

• chromswitchChromswitch实现了一个灵活的方法来检测样品之间的染色质状态开关在两个生物条件在一个特定基因组区域感兴趣的山峰或染色质状态从ChIP-seq数据调用。

• chromVAR决定染色质的变化可访问性跨组注释或峰值。设计主要是为单细胞或稀疏染色质易访问性数据,如从scATAC-seq或稀疏散装ATAC DNAse-seq实验。

• ClusterJudgeClusterJudge实现功能,例子和其他软件发布为一个算法通过长臂猿,FD和罗斯FP。这篇文章叫做“判断质量的基因聚类方法使用基因注释”,它出现在基因组研究,12卷,pp1574 - 1581 (2002)。看到包吗?ClusterJudge概述。

• coexnet从地理数据集(提取基因表达矩阵。玻璃纸文件)作为AffyBatch对象。此外,可以使用两种不同的方法使正常化过程(vsn和rma)。总结(从multi-probe传递给一个基因)使用两个不同的标准(最大值和平均值的样本数据)表达和基因差异表达的过程analisys使用两种方法(sam和acde)。co-expression建设的网络可以使用两种不同的方法来预防,皮尔森相关系数(PCC)或互信息(MI)和使用图论的方法选择一个阈值。

• consensusOV这个包实现四个主要亚型分类器为高档浆液性卵巢癌(硫化汞)所描述的Helland et al。(PLoS One, 2011), Bentink et al。(PLoS One, 2012), Verhaak et al。(中国投资,2013),和Konecny et al。(中华肿瘤杂志,2014)。此外,包分类器实现了一个共识,巩固和提高在该亚型分类器的鲁棒性,从而提供可靠的硫化汞卵巢肿瘤患者分层明确定义的子类型。

• cytolib这个包提供了核心数据结构和API代表封闭的血细胞计数数据并与之交互。

• DASC包是用来确定批次在高维数据集。

• DelayedMatrixStats端口使用DelayedMatrix matrixStats的API的对象从“DelayedArray”包。高性能的功能操作DelayedMatrix对象的行和列,例如坳/ rowMedians(),坳/ rowRanks(),和坳/ rowSds ()。每个数据类型和函数优化等部分的计算内存使用和处理时间最小化。

• 部这个包提供了一个集成分析工作流健壮且可再生的质谱蛋白质差异表达蛋白质组学数据分析或微分浓缩。它需要表格输入(例如txt文件)所生成的原始质谱数据的定量分析软件,如MaxQuant或IsobarQuant。功能是提供数据准备、过滤、方差归一化和归责缺失值,以及统计测试的不同纯度/表达蛋白质。它还包括工作流工具检查中间步骤,如标准化和归责缺失值。最后,还提供了可视化工具探索结果,包括热图,火山的情节和barplot表示。科学家在R与经验有限,包还包含需要完整的包装器函数分析工作流和生成报告。更容易使用交互式的应用提供的包。

• diffuStats品牌传播的方法是一种广泛使用的程序计算生物学给上下文使用网络数据分子实体。节点标签,从基因表达可以推出,全基因组关联研究,蛋白质域或代谢组学分析,在网络传播到他们的邻居,有效地平滑的分数通过之前带注释的小说知识和优先考虑的候选人。R包diffuStats包含一组扩散内核和评分方法,促进了他们的计算和基准。

• DMCHMMDMCHMM是小说剖析工具识别不同甲基化CpG网站使用隐马尔科夫模型在酸性亚硫酸盐测序数据。

• DoschedaDoscheda侧重于定量chemoproteomics用于确定蛋白相互作用的小分子从整个细胞或组织溶解产物使用质谱数据。包提供了一个闪亮的应用程序运行的管道,几可视图和一个可下载的实验报告。

• EpiDISHEpiDISH R是一个包来推断先验已知的细胞亚型的比例存在于样本代表这样的细胞类型的混合物。推理所得通过3方法之一(健壮的部分Correlations-RPC Cibersort (CBS),约束投影(CP)),由用户。

• epivizrChart这个包提供了一个API使用epiviz基因组数据的交互式可视化的web组件。对象/ BioConductor可以用于生成交互式R减价R /笔记本文件或可以可视化工作室的默认浏览器。

• esATAC这个包提供了一个框架,完成预设的量化和分析管道ATAC-seq读取。它涵盖了一个完整的工作流从原始序列读取,在建立校准和质量控制报告,感兴趣的基因组区域的量化。包是由数据流图,用户还可以建立自己的管道容易和灵活。

• GA4GHshinyGA4GHshiny包提供了一种简便的方法与数据服务器进行交互基于基因组学和全球联盟健康(GA4GH)基因组学API通过一个闪亮的应用程序。它还集成了信标网络。

• GENIE3这个包实现了GENIE3算法从表达数据推断基因调控网络。

• HiCcompareHiCcompare为关节提供功能正常化和差分检测在多个高c数据集。HiCcompare的形式作用于高c数据处理chromosome-specific染色质交互矩阵。它接受三列的制表符分隔的文本文件存储染色质交互矩阵稀疏矩阵的格式可从几个来源。HiCcompare旨在给用户的能力来执行比较分析的三维结构基因组的细胞在不同的生理状态。HiCcompare不同于其他包,试图比较,它适用于处理高c数据数据在染色质交互矩阵代替预处理的测序数据格式。此外,HiCcompare提供了一种非参数方法联合规范化和删除两个高c数据集之间的偏差比较分析的目的。HiCcompare还提供了一个简单而强大的排列方法检测高c数据集之间的差异。

• InterMineR数据库基于InterMine平台如FlyMine modMine (modENCODE) RatMine, YeastMine, HumanMine和TargetMine集成数据库的基因,表达和蛋白质为各种生物数据。集成数据可以运行复杂的数据挖掘查询跨域的生物知识。这个R包提供了与这些数据库通过web服务接口。它使大多数的通信数据帧对象在R和表对象数据库,而隐藏的细节通过XML或JSON数据交换。

• IntramiRExploreRIntra-miR-ExploreR、一个综合microRNA的目标预测生物信息学工具,识别目标结合给定microRNA的表达和生物物理交互(miR)。92年使用的工具,我们已经确定了目标基因内大鹏在d .腹,使用可用的微阵列表达数据,从数组Affymetrix 1和Affymetrix2微阵列平台,提供一个全球视角果蝇的基因内米尔目标。预测目标是根据生物功能分组使用大卫基因本体工具和排名是基于生物相关的评分系统,让用户确定功能相关的目标对于一个给定的米尔。

• IrisSpatialFeaturesIrisSpatialFeatures读取的输出PerkinElmer通知软件和计算各种空间数据。除了简单的计数,它可以推导出平均每个程控和互动总结最近的邻居每个celltype概要文件。这些统计数据导出图片,整体利益和地区所定义的用户定义的面具。

• IsoformSwitchAnalyzeRIsoformSwitchAnalyzeR enabels识别和分析同种型开关与预测功能的后果(如收益/损失的蛋白质域等)从量化Kallisto,鲑鱼,袖扣/ Cuffdiff RSEM等等。

• iterClust一个迭代执行聚类分析的框架。

• ivygapSE定义一个SummarizedExperiment和探索性应用Ivy-GAP胶质母细胞瘤的形象,表达和临床数据。

• JASPAR20182018年JASPAR数据包。搜索这个数据库,请使用包TFBSTools (> = 1.15.6)。

• M3C基因组数据分析的中心任务分层药类发现它是通过集群。然而,一个无法解决的问题与当前聚类算法是他们不测试零假设和推导p值。为了解决这个问题,我们开发了一个新的假说测试框架使用共识集群称为蒙特卡罗共识集群(M3C)。M3C使用多核使蒙特卡罗模拟生成一个分布稳定的得分为每个集群使用null数据集具有相同基因基因相关性结构真正的一个。这些发行版是用来获得p值和贝塔分布拟合数据成本估计p值超越极限的模拟。M3C提高准确性,允许拒绝零假设,消除系统性偏差,并使用p值类数决定。我们相信M3C处理当前自动化类发现工具的主要缺陷。

• MetaCyto这个包提供了预处理功能,自动控制和血细胞计数数据的荟萃分析。它还提供了功能,促进血细胞计数ImmPort数据库的数据的集合。

• methimpute这个包实现函数调用甲基化和unmethylated区域和人口样本估计的差异。

• methInheritSim模拟multigeneration甲基化情况和控制实验与继承关系数据集使用一个真正的控制。

• methyvim这个包提供了基于变量重要性的差异甲基化分析设施措施(VIMs),一类统计目标参数出现在因果推论。非参数估计和推理过程提供,依靠整体机器学习灵活评估功能协变量之间的关系和利益的结果。这些工具可应用于微分甲基化水平的CpG网站,多重假设检验后凭有效推理。

• mfaMFA模型基因分岔分析器使用贝叶斯层次混合的因素。

• 微生物组公用事业进行微生物分析。

• 米拉米拉措施的程度“浸”围绕监管网站感兴趣的甲基化水平,如转录因子结合位点,为该类型的实例网站整个基因组,然后可以用来推断监管活动。

• miRBaseConverter全面的工具转换和检索microrna的名称、加入、序列、版本、历史和家庭信息在不同miRBase版本。它可以处理大量的microrna在短时间内没有其他视情况而定。

• miRminemiRmine数据库是一个集不同公开的表达谱miRNA-seq数据集,Panwar et al (2017) miRmine:人类microrna的表达的一个数据库,准备用这个作为RangedSummarizedExperiment数据包。

• miRsponge这个包提供了一些函数来研究microrna的海绵(也称为龙头或microrna的诱饵),包括流行的方法识别microrna的海绵交互,和综合的方法来集成microrna的海绵交互从不同的方法,以及功能验证microrna的海绵交互,并推断microrna的海绵模块,进行浓缩分析模块,对模块进行生存分析。

• motifmatchr快速找到主题匹配对许多主题和许多序列。包装从情绪主题调用c++代码库,由帕斯塔法里教,珍妮Korhonen,和佩特里Martinmaki。

• mpra数据管理工具,在大规模并行计算预处理和微分分析化验报告(MPRA)。

• MSstatsQCMSstatsQC R包提供纵向系统监视工具适用性蛋白质组学实验。

• multiMiR小分子核糖核酸/目标从外部资源的集合,包括验证microRNA-target数据库(miRecords, miRTarBase和TarBase),预测microRNA-target数据库(DIANA-microT、ElMMo缩影,米兰达,miRDB PicTar,皮塔饼和TargetScan)和microRNA-disease /药物数据库(miR2Disease, Pharmaco-miR诗句和PhenomiR)。

• ndexr这个包提供了一个接口NDEx服务器,如公共服务器http://ndexbio.org/。它可以通过API检索和保存网络。网络是提供作为RCX对象和igraph表示。

• omicRexposomeomicRexposome目前常用曝光和使数据之间的关联评价,利用MultiDataSet协调数据管理、rexposome exposome数据定义和limma协会测试。也执行数据集成混合exposome和使用多co-inherent使数据分析(omicade4)和multi-canonical相关分析(PMA)。

• 奥纳西斯包,允许文本本体术语的注释(主要来自鄂博本体)和语义相似性度量的计算基于本体的结构不同注释样本。

• oncomix这个包可以帮助识别mrna在子集的肿瘤相对于正常组织。理想输入将成对tumor-normal数据来自同一组织许多患者(> 15双)。这种无监督的方法依赖于观察,致癌基因是典型的在人群中只有一个子集的肿瘤,并可能有助于确定致癌基因完全基于候选人mRNA表达差异以前未知的亚型。

• oneSENSE一个图形用户界面,方便了降维方法基于t-distributed随机邻居嵌入(t-SNE)算法,分类分析大规模血细胞计数数据。某种意义上,测量参数分为预定义类别,和细胞投射到每个类别的空间组成的一个维度。每个维度信息,可以通过使用注释heatplots对齐的平行轴,同时允许可视化两个陆续在一个二维图。细胞产生的情节alllows入住率直接评估类别之间的关系。

• ontoProc支持不同的收获生物本体,使特定的使用ontologyIndex包在凹口。我们提供关于细胞,快照关键本体术语的细胞系,化合物,解剖学,帮助公司分析实验,特别是细胞x复合屏幕。另一个目的是加强发展引人注目的新兴本体用例更丰富的接口。

• openPrimeR设计的实现方法,评估和比较多元PCR引物组。引物设计等解决一组覆盖问题,覆盖模板序列的数量最大化最小的一组引物。只保证生成高质量的引物,引物满足限制他们的选择物理化学性质。一个闪亮的应用提供一个用户界面的功能包提供的“openPrimeRui”包。

• openPrimeRui闪亮的应用程序提供的方法设计、评估和比较底漆集多重聚合酶链反应。引物设计等解决一组覆盖问题,覆盖模板序列的数量最大化最小的一组引物。只保证生成高质量的引物,引物满足限制他们的选择物理化学性质。

• OPWeight这个包执行weighted-pvalue基于多重假设检验,并提供相应的信息,如排名概率,体重,显著的测试等。进行这个测试过程,测试方法应用之间的概率关系测试等级和相应的测试效果。

• panelcn.mopsCNV检测目标门店面板数据的工具。cn的延伸。拖把包。

• PathwaySplice通路分析可变剪接的偏见而不占不同数量的外显子与基因有关,因为更多的外显子基因更有可能包括在重要的可变剪接基因列表中。PathwaySplice R包:(1)执行路径分析,明确调整每个基因外显子的数量与(2)可视化选择性偏差由于不同数量的每个基因外显子(3)正式使用逻辑回归测试存在偏差(4)支持基因集基于基因本体术语,以及更广泛的基因集定义(例如MSigDB)或用户定义的基因集(5)标识的重要基因驱动路径意义(6)组织重大途径浓缩地图,在通路与大量的重叠基因组合在一起在一个网络图

• pcxn发现相关通路/基因组一个通路/设置或发现多个通路/基因集之间的相关关系。画一个热图或者创建一个网络查询和提取每个通路/基因集的成员中找到可用的集合(MSigDB H标志,MSigDB C2规范途径,MSigDB C5 BP和Pathprint)。

• phenopathPhenoPath推断基因轨迹(拟时间)的异构遗传和环境背景和测试之间的相互作用。

• 后代这个包提供了一个函数来推断途径活性从使用后代基因表达。它包含线性模型我们推断在出版“Perturbation-response基因揭示信号的足印在癌症基因表达”。

• 道具这个包计算概率路径分数使用基因表达数据。基因表达值是聚合为pathway-based分数使用贝叶斯网络表征生物通路。

• Rbowtie2这个包提供了一个R包装流行的bowtie2测序读准仪和AdapterRemoval,快速的一个方便工具适配器修剪、识别、和阅读合并。

• restfulSE这个包提供了函数和类与远程数据存储接口通过SummarizedExperiment-like对象进行操作。

• rexposome包,允许探索exposome和执行协会分析暴露和健康结果之间的关系。

• rhdf5client从内部提供的功能从服务器读取数据h5serv R。

• Rhdf5lib提供了C和c++ hdf5库。

• RProtoBufLib这个包提供了协议的标题和静态库缓冲区2.6.0其他R包编译和链接。

• RTNsurvivalRTNsurvival是集成的工具生成的调节子研制与生存包信息。对于一个给定的调节子,2-tailed GSEA方法计算微分浓缩得分(dES)为每个单独的样本,然后所有样本的dES分布用于评估群体的生存数据。有两个主要的生存分析工作流:Cox比例风险模型方法用于调节子作为生存时间的预测,和kaplan meier的分层分析评估基于调节子群活动。所有的情节都可以调整到用户的规范。

• runibic这个包实现了UbiBic算法在r . biclustering基因表达数据的分析算法是Zhenjia王等人2016年提出的。目前被认为是最有前途的biclustering方法识别有意义的结构复杂、噪声数据。

• 旅游房车罕见的变异共享(旅游房车)实现的测试协会和罕见的基因变异的基因型和二分表型之间的联系,例如一种疾病状态,在家庭样本。测试是基于概率的罕见变异分享亲戚的零假设下缺乏联系和罕见变异和表型之间的联系,运用单变量或多变量在一个地区(例如基于基因的测试)。

• Scale4CScale4C R / Bioconductor包4 c-seq数据的尺度空间变换和可视化。尺度空间的转换是一种多尺度可视化技术将二维信号(例如4 c-seq读取基因选择的间隔)成一个多边形密度在尺度空间(2 d基因组位置x比例因子)通过应用不同的平滑内核(高斯,随着σ)。这种转变使得探测的数据的分析和比较与其他样品的结构。

• scfind最近一个非常大量的单细胞RNA-seq (scRNA-seq)生成数据集和公开发布。收集有用的信息必须有组织的方式支持查询相关人员。scfind从scRNA-seq构建索引数据集以一个合适的和紧凑的方式组织信息,数据集可以非常有效地寻找细胞或细胞类型的基因表达的一个给定的列表。

• scmap单细胞RNA-seq (scRNA-seq)被广泛用于研究复杂的复合组织自技术允许研究人员定义使用无监督聚类转录组的细胞类型。然而,由于不同的实验方法和计算分析,通常是具有挑战性的直接比较确定的细胞在两个不同的实验。scmap方法将细胞从scRNA-seq实验确定的细胞类型在不同的实验。

• SCnorm这个包实现SCnorm——方法规范化单细胞RNA-seq数据。

• scoreInvHapscoreInvHap可以得到样品的反转状态已知的反演。scoreInvHap使用SNP数据作为输入,需要以下信息反演:基因型频率在不同的单体型,R2地区SNPs和反转状态和杂合子基因型之间的参考。包包括两个众所周知的数据反演(8 p23和17 q21.31)和两个额外的地区。

• scPipe处理单细胞RNA-seq fastq基因计数数据矩阵。它可以处理由CEL-seq生成的数据、MARS-seq Drop-seq SMART-seq。

• seqCATseqCAT包使用变体调用数据(VCF文件)的形式从高通量测序技术进行身份验证和验证源代码,功能和特点的生物样品中使用科学的努力。

• seqcombo为可视化提供了有用的函数序列重组和病毒重组事件。

• SeqSQCSeqSQC旨在识别有问题的样品在门店数据,包括与性别不匹配,样品污染,神秘的联系,人口离群值。

• SingleCellExperiment定义了一个从单细胞实验S4类来存储数据。这包括专门的方法来存储和检索信息激增,降维的坐标和尺寸因素对于每个单元格,还是和往常一样基因和库的元数据。

• 激流回旋障碍滑雪是一个可伸缩的建模框架为单细胞RNA-seq数据使用基因组注释解剖单细胞转录组异质性,从而允许识别生物驱动细胞间的变异性和模型的混杂因素。

• 海绵这个包提供了一些方法有效检测竞争力内生RNA两个基因之间的相互作用。这种相互作用是由一个或多个microrna基因和microrna的表达数据,需要大量的样本作为输入。

• 经验丰富的人经验丰富的人包允许自动化级间高通量基因表达数据的分析。该方法目前发表在http://biorxiv.org/content/early/2017/02/16/109082作为预印本

• tenXplore执行本体论探索scRNA-seq 130万小鼠神经元从10 x基因组学。

• TFARM它搜索相关协会的转录因子,转录因子的目标,在特定基因组区域。它还允许评估的重要性指数分布转录因子和转录因子的组合关联规则。

• TFHAZ它发现trascription因子(TF)高积累的DNA区域,即。,regions along the genome where there is a high presence of different transcription factors. Starting from a dataset containing the genomic positions of TF binding regions, for each base of the selected chromosome the accumulation of TFs is computed. Three different types of accumulation (TF, region and base accumulation) are available, together with the possibility of considering, in the single base accumulation computing, the TFs present not only in that single base, but also in its neighborhood, within a window of a given width. Then, high accumulation DNA zones are defined as regions of the genome formed by contiguous bases with accumulation equal or higher than a given threshold. In addition, some functions are provided in order to analyze, visualize and compare results obtained with different input parameters.

• TMixClust实现时间序列基因表达数据的聚类方法基于mixed-effects模型和高斯变量和非参数三次样条函数估计。该方法可以强劲占高水平的噪音在典型的基因表达时间序列数据集。

• 三硝基甲苯R接口TnT javascript库(https://github.com/ tntvis)提供互动和灵活的可视化track-based基因组数据。

• topdownrtopdownr包允许自动和片段的系统性调查条件。它创造了热Orbitrap融合lumo方法文件测试数以百计的分散条件。此外它提供函数来分析女士和过程生成的数据和确定最佳条件总体最大化片段覆盖。

• transcriptogramer基于transcriptograms转录分析R包,一个项目表达式值的方法来分析转录组一组有序蛋白质,安排这样的概率基因产物参与相同的代谢途径指数随距离的增加而减小两个蛋白质之间的排序。Transcriptograms,因此,全基因组基因表达谱,为细胞代谢提供一个全局视图,而表明基因集的表达改变。

• trena转录调控网络的方法重建,尤其是在物种的全基因组TF结合位点信息是可用的。

• 火神火神(虚拟ChIP-Seq分析通过网络)是一个包,质问基因调控网络来推断辅因子显著富集微分绑定签名来自ChIP-Seq数据。为了这样做,我们的包结合了策略不同BioConductor包:DESeq对于数据规范化,ChIPpeakAnno和DiffBind ChIP-Seq基因组注释和定义的山峰,csaw定义最优峰值宽度和毒蛇申请监管网络微分绑定签名。

• zFPKM执行zFPKM变换RNA-seq FPKM数据。该算法是基于出版的哈特et al ., 2013 (Pubmed ID 24215113)。参考建议使用zFPKM > 3选择表达基因。打开/关闭染色体编码数据进行验证。适用于基因水平数据使用FPKM或TPM。没有出现数据校准的记录水平。

• zinbwave实现了一个通用和灵活zero-inflated负二项模型,可以用来提供一个单细胞RNA-seq数据的低维表示。模型的零通胀(辍学),占over-dispersion,数据的统计性质。模型还占库大小和选择批处理效果的差异和/或其他协变量,避免pre-normalize数据的必要性。

新闻从新的和现有的包

ABAEnrichment

版本1.8.0的变化:

新功能

• 两个新的统计测试是可用的(除了超几何和Wilcoxon rank-sum测试):1)二项测试基因与两项相关联(如氨基酸的变化在两个物种的数量从一个共同祖先);2)2 x2列联表检验基因与四项时(例如,数量的非同义或同义变异物种内固定或变量之间。)

• 新的“沉默”选项压制所有输出到屏幕上,除了警告和错误消息

用户级的变化

• 默认的“基因”输入现在dataframe gene-identifiers列1和相关的基因变量,如分数或其他列数(老vector-input仍然工作超几何和Wilcxon rank-sum测试)

• 排序aba_enrich(…)([1])输出也structure-ID(排序后年龄类别和弗兰克-威廉姆斯)

• 类基因get_annotated_genes的输出(mixedsort)

• 重命名aba_enrich()列“times_FWER_under_0.05”“n_significant”

改进

• 性能改进aba_enrich和get_annotated_genes

• 修改生成的临时文件和mclapply允许并行处理

ABSSeq

版本:2017-07-18日期:2017-07-18类别:更新!适应aFold模型对于复杂的设计与线性模型(R函数:ABSSeqlm文本:

版本:2017-06-02日期:2017-06-02文本:1)更新!引入新方法为qtotal正常化(R函数:qtotalNormalized) 2)现在aFold温和派褶皱变化总体分散和gene-specific色散

版本:2017-02-14日期:2017-02-14类别:更新!添加新方法:aFold叫德通过叠化文本:

版本:2016-02-29日期:2016-02-29类别:更新!使凝结成对比较的“配对”参数在“ABSDataSet”对象的文本:

版本:2015-08-24日期:2015-08-24类别:这是第二个版本ABSSeq文本:1)用NB分布欧洲工商管理学院的GP模型之间的数量差异条件2)引入一个有效的异常检测方法:主持疯狂3)引入惩罚分散估计4)提供适度的log2叠化表达水平和gene-specific色散

affycoretools

版本:1.50.0类别:用户可见的重大变化:

版本:1.50.0类别:转换runRomer outputRomer S4,重构过程中文字:

版本:1.50.0类别:他们现在接受一个ExpressionSet MArrayLM对象(文本:

版本:1.50.0类别:Affymetrix微阵列分析),DGEList和DGEGLM对象(文本:

版本:1.50.0类别:RNA-Seq分析使用磨边机)或一个EList MArrayLM对象(文本:

版本:1.50.0类别:安捷伦一种颜色微阵列分析或limma-voom RNA-Seq文本:

版本:1.50.0类别:分析文本:

版本:1.50.0类别:affycoretools v1.43.1文本:

版本:1.50.0类别:更改文本:

版本:1.50.0类别:添加新功能自动注释ExpressionSets文本:

版本:1.50.0类别:使用ChipDb文本(例如,hugene10sttranscriptcluster.db)包:

版本:1.50.0类别:pdInfo(例如,pd.hugene.1.0.v1)包,或用户提供的文本:

版本:1.50.0类别:data.frames。文本:

ALDEx2

1.9.2版本的变化:

新特性(JRW GBG

• 添加auto-choose低方差高能力相对丰度特征为基础

• 添加新类和泛型定义的特征作为基础

• getDenom函数可以被导出

• 更新文档上面

• 版本撞

1.8.1版本的变化:

新特性(TPQ

• rennovated aldex函数

• 新的测试=迭代使用的t检验结果作为分母项输入第二个

• 大的改进功能文档

• rennovated aldex。tt函数

• “进度条”在蒙特卡罗实例跟踪进展

• aldex。tt函数更快(10000 ~ 300%功能)

• 现在使用Wilcox签署等级测试时的配对。测试= TRUE”

• aldex补充道。clr方法签名“矩阵”

amplican

版本1.0.0的变化:

新功能

• ampliCan第一个版本

Anaquin

2.0版本的变化:

• 介绍了重大变化R的函数

• 准备即将到来的亮片生殖系和癌症突变

• 准备即将到来的宏基因组亮片亮片

AneuFinder

版本:1.5.1类别:重要的用户级更改文本:

版本:1.5.1类别:BUG修复文本:可以使用BSgenomeNCBI现在为GC校正(仅对BSgenome加州大学之前)。

版本:1.5.1类别:BUG修复文本:错误修复bam2GRanges (…, pairedEndReads = TRUE)如果两个阵营并不在同一个染色体。

AnnotationFilter

1.1.2版本的变化:

新功能

• supportFilters返回data.frame过滤器类名和字段。

AnnotationHub

的变化版本2.10.0:

新功能

• AnnotationHub现在将离线工作利用参数“localHub”;还将使用这个选项会自动检测到如果没有互联网连接。

• 添加新的GDSResource类

• 添加文档创建一个AnnotationHub包

修改

• 修改标签向量时传递给显示改善的速度显示查询

• 从AnnotationHubData readMetadataFromCsv移动。

• 删除listResources和loadResource AnnotationHub;没有实现,只有在ExperimentHub有效

错误修复

• 暴露快照小于或等于发布日期

• 力重建索引的索引文件corrput或过时了

AnnotationHubData

版本1.8.0的变化:

新功能

• 而不是使用dropbox或ftp Bioconductor核心提供了资源,临时访问Annotation-Contributor用户S3是利用。

修改

• 修改readMetadataFromCsv;使RDataPath强制性条目如果location_prefix Bioconductor S3 bucket RDataPath必须开始包的名称

错误修复

• 添加垃圾收集修复twobit内存分配错误

• 修复文件不删除特殊字符的文件名

• 从DBI进口dbGetQuery

• 在单元测试中删除硬编码biocVersion

anota2seq

的变化版本0.99.2:

• 重命名坚持Bioconductor命名风格类、函数和数据对象

• 正确的错误anota2seq_data的手册页

• 修改默认值(无零强制参数默认值)

• 修复一个缺陷参数文件名的情节功能

的变化版本0.99.1:

• latex2函数猛击BiocStyle现在已经弃用的版本的包。取代它的乳胶()

• 删除本月/ doc和构建/文件夹

• 更新手册页

• 改变默认值的assayNum anota2seqDataSetFromSE 1

• anota2seq显示方法的格式(和次要的文本编辑的描述对象)

• 固定在anota2seqSelSigGenes sortBy参数有关的问题

• 小文本编辑信息给用户

• 固定的错误关于anota2seqPlotFC阈值线

• 固定错误在anota2seqSelSigGenes useRVM = FALSE,只有一个基因被选中

的变化版本0.99.0:

• 第一次提交的版本

apeglm

版本1.0.0的变化:

• 在Bioconductor apeglm释放!方法可以从内部访问DESeq2通过调用“lfcShrink”=“apeglm”型。

arrayQualityMetrics

的变化版本3.33.2:

用户可见的变化

• 删除依赖SVGAnnotation BioCextra资源库中被撤销。目前SVG情节现在没有互动。

ASpli

的变化版本1.3.12:

特性

• 现在前面事件命名为“是”名称的定义是“为了清晰。

• 增强小插曲。

错误修复

• 添加详细和filterWithContrasted DUreport方法的参数。

1.3.11版本的变化:

特性

• 改变一些“ES *”的分配事件”的事件。

• 添加详细DUreportBinSplice方法的选择

• junctionDUReport方法改为junctionDUReport与其他方法名称是一致的。

错误修复

• 许多修正vignette和手册页。

• ZNF410_E013.gr。pdf文件《天方夜谭》中/图片改为ZNF410_E013_gr。pdf乳胶代码中的正确使用。

1.3.10版本的变化:

文档

• 装饰图案被更新,以反映变化对象、方法和功能。次要的修改仍然是必需的。

错误修复

• PlotGenomicRegions现在可以正确地利用unmerged bams情节。

更改版本就开始:

错误修复

• plotBins函数现在显示正确x-tick标签。

的变化版本1.3.8:

特性

• PlotGenomicRegions不需要一个ASpliCounts对象

错误修复

• 用一个样本AsDiscover DUreport可以处理条件。结果应该与照顾,但ASpli不休息。

1.3.7版本的变化:

特性

• 添加功能来过滤元素ASpliCounts对象计数和读过密度。

1.3.6版的变化:

特性

• geneMode偏移估计的默认模式。

这次1.2.1版本的变化:

错误修复

• AsDiscover()不再包含一些红外光谱和红外光谱的混合行数据irPIR表中*垃圾箱。

• DUReport()计算正确连接结率分享他们在结结束。计数表。

• DUReport()不再失败在没有连接,分享他们的开始或结束。

• reacCounts参数()需要一个明确的目标,而不是将它从全球环境(可能不存在的名称)。

吸引

版本:1.29.1日期:2017-05-31类别:修复缺陷在使用微阵列数据和活性基因集文本:

AUCell

的变化版本0.99.6:

• 界面变化符合Bioconductor要求。(函数名和参数,使用“GeneSet”GSEABase…)

基础知识

改变版本1.1.0 (2017-08-16):

• 微小的变化需要通过BiocCheck(使用formatR和BiocChecks)

版本变化1.0.13 (2017-08-15):

• 次要的修改文档

• 微小的变化,装饰图案

版本变化1.0.12 (2017-08-14):

• “SummarizedExperiment”类“SingleCellExperiment”所取代

• 更新后的装饰图案

版本变化1.0.11 (2017-08-06):

• BASiCS_VarianceDecomp:小虫子固定(未使用的数据对象)

• colnames固定在特异性槽ChainSC ChainRNA

• Rcpp: checkUserInterrupt()激活的c++代码中断

• “grDevices”添加为依赖

• “WithSpikes”论点从“BASiCS_LoadChain”功能

版本变化1.0.10 (2017-08-06):

• BASiCS_TestDE:输出消息的变化

• 基因的名字添加到情节BASiCS_Chain对象的方法

版本变化1.0.9 (2017-08-04):

• newBASiCS_Data:检查确保SpikeInfo data.frame补充道

• BASiCS_TestDE:默认值为EpsilonM & EpsilonD已经改变了

• 装饰图案+例子相应更新

版本变化1.0.8 (2017-08-03):

• “数据”参数从参数在:“HiddenHeaderDetectHVG_LVG”+“HiddenVarDecomp”+“BASiCS_DetectHVG”+“BASiCS_DetectLVG”+“BASiCS_VarThresholdSearchHVG”+“BASiCS_VarThresholdSearchLVG”

• “对象”arg更名为“链”“BASiCS_DetectHVG”+“BASiCS_DetectLVG”+“BASiCS_VarThresholdSearchHVG”+“BASiCS_VarThresholdSearchLVG”

• 例子BASiCS_MCMC更新使用内置的链

• 删除“smoothPlot”使用阴谋“BASiCS_Summary”类(避免问题日志)

• 火山地块中添加BASiCS_TestDE函数

• 解决问题与对数尺度“smoothScatter”

• 固定在BASiCS_TestDE小bug

• EviThreshold的参数被“ProbThreshold”取代“BASiCS_HVG”+“BASiCS_LVG”

• 装饰图案相应更新

版本变化1.0.7 (2017-08-03):

• 多个BASiCS_TestDE变化:*医生*添加链中添加的例子表查看提取运行示例结果微分色散排除微分意味着基因* EFDR / EFNR控制图添加*马情节补充道

• 主要进入单个文件隐藏功能

• “图形”+“KernSmooth”添加为依赖使用“smoothScatter”

• 平滑的参数改为“SmoothPlot”情节函数/方法

• 添加引用:基本功能(如箱线图、var、acf等)

• devtools:检查()好- 1警告:BiocStyle装饰图案

版本变化1.0.6 (2017-08-02):

• “matrixStats”中添加“进口”描述(使用“colMedians”函数)

• 微小的变化function-by-function(修订文档+小bug) * BASiCS_TestDE:改善抵消情节

• 重大变化function-by-function * BASiCS_TestDE: Ref /测试符号改为编组输出表+名字改变了(意思是/ Disp) +偏移纠正对象作为输出+分离输出表的意思是/ Disp +概率阈值后搬到隐藏的功能(避免重复代码)

的变化版本1.0.5 (2017-08-01):

• 重大变化function-by-function * BASiCS_TestDE:绘图功能抵消补充道

• ACF情节添加到BASiCS_Chain情节

1.0.4版本的变化(2017-08-01):

• 微小的变化function-by-function(修订文档+小bug)举债经营* BASiCS_VarThresholdSearchHVG / LVG: EFDR举债经营标准更新BASiCS_DetectHVG / LVG * BASiCS_TestDE:添加示例

• 重大变化function-by-function * BASiCS_D_TestDE:不再使用消息补充道

• 例子BASiCS_MCMC相应更新

• 装饰图案相应更新

• 更新描述文件(作者和描述)

• 欢迎信息更新(新wiki链接)

1.0.3版本的变化(2017-08-01):

• 微小的变化function-by-function(修订文档+小bug)举债经营* BASiCS_DetectHVG / LVG:添加垂直/水平行EFDR / EFND情节,子任务转移到隐藏的功能(避免重复代码)

• 重大变化function-by-function * BASiCS_DetectLVG:证据threhold只定义为EFDR举债经营* BASiCS_DetectHVG / LVG:确定违约概率阈值= 0.5 < 0.5最佳时

• 例子BASiCS_MCMC相应更新

• 装饰图案相应更新

更改版本1.0.2 (2017-08-01):

• 微小的改动function-by-function(修订文档+小bug) * BASiCS_MCMC:“MCMC_Output”取代了“链”的例子

• 重大变化function-by-function * BASiCS_MCMC:链存储单个.Rds文件,与BASiCS_Chain格式(而不是单独的. txt文件)* BASiCS_LoadChain:相应更新* BASiCS_DetectHVG: EFDR threhold定义的证据

• 装饰图案相应更新

版本1.0.1的变化(2017-07-31):

• 微小的改动function-by-function(修订文档+小bug) * newBASiCS_Data:添加参考GB纸+默认面值医生+ Nils * BASiCS_Filter作者:添加参考GB纸+默认面值doc * makeExampleBASiCS_Data:添加参考GB纸+默认面值医生+ Nils * BASiCS_MCMC作者:添加参考GB纸+ Nils作者+修复打印系统。时间+更新示例

• 函数由函数* makeExampleBASiCS_Data:重大变化Case1参数所取代例子(装饰图案+单元测试相应更新)* BASiCS_MCMC:默认值为PriorDelta设置为对数正态分布的* HiddenBASiCS_MCMC_Start:新的起始值δ(如主要回购)

更改版本1.0.0 (2017-07-29):

• 最初的大合并@nilseling变化(在准备Bioconductor提交)

• 供参考,这是一个总结的变化实现@nilseling: *建立个人为每个R函数R(但所有隐藏的功能是在一个文件中)* BASiCS_Data类被SummarizedExperiment类(Bioconductor) *电子邮件更新“cvallejos@@turing.ac联系。英国‘* BASiCS_Data和BASiCS_D_Data对象删除方法(这些类不再存在)*调整newBASiCS_Data函数来创建一个SummarizedExperiment对象*’猫的电话所取代”消息的电话*清理BASiCS_D_TestDE功能(删除未使用args) *清理BASiCS_DetectHVG_LVG功能(使用SummarizedExperiment类)*清理BASiCS_MCMC功能(使用SummarizedExperiment类)*清理BASiCS_Sim功能(使用SummarizedExperiment类;额外的arg muSpikes) *清理BASiCS_DetectHVG_LVG功能(使用SummarizedExperiment类)*清理BASiCS_VarianceDecomp功能(使用SummarizedExperiment类)*清理BASiCS_VarThresholdSearchHVG功能(使用SummarizedExperiment类)*清理BASiCS_DenoisedCounts功能(使用SummarizedExperiment类)*清理BASiCS_DenoisedRates功能(使用SummarizedExperiment类)*清理HiddenBASiCS_MCMC_Start功能(使用SummarizedExperiment类)*清理makeExampleBASiCS_Data功能(使用SummarizedExperiment类)*移除方法相关BASiCS_D_MCMC类(不再使用)*名称空间+ Rd文件相应更新*描述文件相应更新*装饰图案文件相应更新

版本变化0.99.14 (2017-10-19):

• 添加检查以确保输入SingleCellExperiment对象的所有信息

版本变化0.99.13 (2017-10-17):

• @neling +电子邮件添加到描述作者的贡献

版本变化0.99.12 (2017-10-17):

• 与通过@neling变动更新的新闻

• 在课堂上小错误修复有效性从@neling提交

• 的变化BASiCS_Chain和BASiCS_Summary包含一个类列表槽,所有参数存储。这允许更大的灵活性将不断发展的基础,但并不影响用户界面。

• BASiCS_DenoisedCounts,BASiCS_DenoisedRates,BASiCS_DetectHVG,BASiCS_DetectLVG,BASiCS_MCMC,BASiCS_TestDE,HiddenVarDecomp,newBASiCS_Chain函数和方法相应地更新

• ChainSC和ChainRNA例对象相应更新

• 单元测试相应更新

• Wiki页面相应更新

• updateObject泛型方法进口BiocGenerics

• 新搬到AllGenerics.R泛型方法定义

• 改变当前packageVersion类定义存储

• BASiCS_LoadChain函数处理旧类定义和更新. txt存储。

• 短的欢迎信息。

• 健康检查在BASiCS_TestDE移动到单独的文件中。

• 更新代码缩进BASiCS_TestDE

• 警告BASiCS_DetectHVG和BASiCS_DetectLVG当用户提供了后验概率阈值作为输入

• 未使用的论点从HiddenEFDR和HiddenEFNR功能

• 微小的变化通过R CMD检查

• 图书馆通过R CMD BiocCheck检查

• 整理名称空间

• 整理新闻

• Devel_class合并到主分支

版本变化0.99.10 (2017-10-17):

• 更新README BioC安装说明和@nturaga承认

版本变化0.99.9 (2017-10-16):

• 更新URL和BugReports描述

版本变化0.99.8 (2017-10-10):

• 撞击引发新的Bioconductor构建版本

的变化版本0.99.7:

• 本月文件夹已被删除

• 删除…参数在段- - - - - -情节方法BASiCS_Summary

版本变化0.99.5 (2017-09-26):

• 改变默认的PriorDelta价值BASiCS_MCMC

• 单元测试修改相应的

版本变化0.99.4 (2017-09-25):

• 格式BASiCS_MCMC

• 小虫固定在BASiCS_DetectLVG情节

• 添加示例BASiCS_DenoisedCounts+BASiCS_DenoisedRates

• 删除例子论点makeExampleBASiCS_D_Data

• 格式在装饰图案

• R CMD检查通过

• R CMD BiocCheck传递

版本变化0.99.3 (2017-09-21):

• 额外的单元测试(参数估计对于一个给定的种子)

• 格式+矢量化HiddenThresholdSearchTestDE函数

• HiddenProbDE删除不再需要

• 额外的单元测试为微分测试补充道

• 格式BASiCS_TestDE函数

• 格式HiddenBASiCS_MCMC_Start函数

• 格式HiddenChecksBASiCS函数

• 格式BASiCS_D_TestDE

• 所有S4格式的方法

• 2 ^加入俱乐部BASiCS_TestDETableDisp

• 格式的数据文件

• 类的定义格式

• 格式+向量化BASiCS_Filter

• 格式BASiCS_LoadChain

• 删除第二个例子makeExampleBASiCS_Data(不再需要由于DataSC DataRNA)

• 格式makeExampleBASiCS_Data

• 格式BASiCS_Sim

• 格式+ matrixStats使用BASiCS_VarianceDecomp

• 举债经营单元测试HVG / LVG检测补充道

• 小虫在BASiCS_TestDE解决相关(colMeans2使用)

• 格式+ matrixStats使用HiddenVarDecomp

• 消息取而代之的是猫在Methods.R

• 删除不管隐藏功能

• 格式HiddenHeaderDetectHVG_LVG

• 格式HiddenPlot1DetectHVG_LVG+HiddenPlot2DetectHVG_LVG

• 格式+ matrixStats使用BASiCS_DetectHVG+BASiCS_DetectLVG

• 格式BASiCS_VarThresholdSearchHVG

• 格式HiddenThresholdSearchDetectHVG_LVG

• 计算BASiCS_DenoisedRates搬到c++来增加速度

• 格式BASiCS_DenoisedCounts

• 编辑在HiddenBASiCS_MCMCcpp和相关的c++函数*尺寸为μ存储到q0只*创建通用的存储值*长队*删除不再需要的功能的设计和调试

• 编辑在HiddenBASiCS_MCMCcpp和相关的c++函数*优化MH更新

• 编辑在HiddenBASiCS_MCMCcpp和相关的c++函数*批& no-batch版本合并在一个函数*避免双重transponse链式存储

的变化版本0.99.2:

• 搬到“newBASiCS_Data”:格式+检查HiddenChecksBASiCS_Data函数

• HiddenChecksBASiCS_Data:使用colMeans2 rowMeans2

• 在欢迎消息格式

• “newBASiCS_Chain”:格式

版本变化0.99.0 (2017-08-28):

• 微小的变化完成Bioconductor提交清单

• 版本re-numbered根据Bioconductor指南

版本变化0.7.30 (2017-07-26):

• 错误固定在“基础知识:::HiddenBASiCS_MCMC_Start”功能(感谢@bdulken指出这个问题)

版本变化0.7.29 (2017-07-24):

• “基础知识:::HiddenBASiCS_MCMC_Start”功能修改有关的定义起始值μ(为了避免添加+ 1的时候没有必要)

• “基础知识:::HiddenBASiCS_MCMC_Start”修改为有更好的开始值δ(这是基于情商2从Vallejos等,2016)

版本变化0.7.28 (2017-07-21):

• 固定的依赖的数据。表“防止错误”BASiCS_LoadChain”功能(由于Yongchao Ge指出这个问题)。这种变化影响描述文件以及“BASiCS_LoadChain”功能。

版本变化0.7.27 (2017-05-09):

• 臭虫固定在“BASiCS_Filter”函数停止代码崩溃当有基因在所有细胞计数为零。

版本变化0.7.26 (2017-02-09):

• 更新的BASiCS_Filter函数包括“BatchInfo”参数(暗示这多亏他在茹科夫)

• 装饰图案文件相应更新。

• 更新“newBASiCS_Data”功能,防止相关问题时未使用的水平“BatchInfo”参数设置为“因素”(感谢凯文Rue-Albrecht指出这个问题)

版本变化0.7.25 (2017-01-11):

• 固定在装饰图案文件错误(感谢他在茹科夫指出这点,)

版本变化0.7.24 (2016-11-23):

• 值变化意味着在计算可辨认性限制没有上涨的情况下

版本变化0.7.23 (2016-11-21):

• 清楚的可识别性约束选项没有上涨的情况

版本变化0.7.22 (2016-11-16):

• 固定的错误“ConstrainType”= 5(仅影响没有飙升情况)

版本变化0.7.21 (2016-11-15):

• ConstrainType = 4、5添加(排除基因捕获不到“ConstrainLimit”100%的细胞)

版本变化0.7.20 (2016-11-14):

• “newBASiCS_Data”功能修改,允许没有上涨的情况

版本变化0.7.19 (2016-11-14):

• RefGene信息存储为. txt文件

版本变化0.7.18 (2016-11-08):

• “BASiCS_LoadChain”功能添加到简化的预先计算的载荷链

• 进口testthat库添加到名称空间文件

• 小的变化BASiCS_D类允许抵消

版本变化0.7.17 (2016-11-07):

• 误差固定在RefGenes的定义

版本变化0.7.16 (2016-11-07):

• ConstrainType = 3(随机ref)重新将再也没有如此

版本变化0.7.15 (2016-11-07):

• ConstrainType = 1(未装饰的)重新规定了对于没有增长情况(仅演示目的)

• RefGene从基于“增大化现实”技术报告

• 添加控制台RefGene选择的报告

版本变化0.7.14 (2016-11-03):

• 调试信息从“muUpdateNoSpikes”功能。

版本变化0.7.13 (2016-11-02):

• 错误的参数“HiddenBASiCS_MCMCcppNoSpikes”功能已经固定(“限制”而不是“ConstrainType”)

• 有效性检查”(y(我)> 1 e - 3)的移动稍后在“deltaUpdateNoSpikes”,以避免破坏代码时没必要!

版本变化0.7.12 (2016-11-01):

• 改变defaul价值“PriorDelta”(v 0.7.9)已经恢复了再现性问题。信息添加到函数的开始,以便用户了解的变化。

• PriorDelta = 'γ'现在允许没有上涨的情况

版本变化0.7.11 (2016-10-31):

• 注释添加到澄清没有峰值在“BASiCS_MCMC”功能。

版本变化0.7.10 (2016-10-31):

• 小的变化“BASiCS_MCMC”更有意义的变量名

• 小的变化“BASiCS_MCMC”再也没有警告的情况下功能

版本变化0.7.9 (2016-10-31):

• c++代码清理有关参数更新(峰值)

• 更新邮件描述文件,欢迎消息

• “BASiCS_MCMC”修改,以便PriorDelta“对数正态分布”是默认值

版本变化0.7.8 (2016-08-15):

• ConstrainType = 4(没有峰值情况只有实现)

版本变化0.7.7 (2016-08-12):

• ConstrainType = 3(没有峰值情况只有实现)

版本变化0.7.6 (2016-08-11):

• 作为v 0.7.5但额外参数约束限制(仅没有峰值情况)

版本变化0.7.5 (2016-08-10):

• 只修改约束到包含“表达”基因(没有峰值情况)

版本变化0.7.4 (2016-08-09):

• 只修改约束到包含“表达”基因(没有峰值情况)

版本变化0.7.3 (2016-08-08):

• 引用将基因最接近平均水平(仅没有峰值情况)

9.7.2变化(2016-08-05):

• v 0.7.2一样但是更有效率

版本的变化是0.7.1 (2016-08-05):

• 随机顺序更新参考μ(仅没有峰值情况)

版本变化0.7.0 (2016-08-02):

• 连续获得更新的μ(仅没有峰值情况)

版本变化0.6.9 (2016-08-01):

• Dirichlet-based提议μ的密度(仅没有峰值情况)

版本变化0.6.8 (2016-07-28):

• 连续获得更新的μ(仅没有峰值情况)

版本变化0.6.7 (2016-07-28):

• 小的变化“BASiCS_D_Data”对象的有效性检查

更改版本0.6.6 (2016-07-27):

• 第一个工作版本没有上涨的情况下(限制μ)

的变化版本0.6.5:

• 修改的可识别性约束没有上涨的情况。

版本变化0.6.4 (2016-06-01):

• 安全检查添加到“phiUpdateNoSpikes”

版本变化0.6.3 (2016-05-31):

• 康的小更新消息。

版本变化0.6.2 (2016-05-31):

• 模板“phiUpdateNoSpikes”已被添加。

• 小变化的phiUpdate HiddenBASiCS_MCMCcpp的所有功能(避免重写phi0)

• 更快的适应“HiddenBASiCS_MCMCcppBatch”“HiddenBASiCS_MCMCcppNoSpikes”的步骤

• “HiddenBASiCS_MCMCcppNoSpikes”完成测试阶段(没有准备好用户)

版本变化0.6.1 (2016-05-25):

• 论证“WithSpikes”添加到“makeExampleBASiCS_Data”,生成一个例子数据没有峰值

• 修改“BASiCS_Data”类的有效性检查,允许没有峰值情况(SpikeInput = 1)

• “展示”“BASiCS_Data”类改性处理方法没有上涨的情况

• 检查“BASiCS_Data”对象修改要求:峰值或批次

• “BASiCS_MCMC”修改没有峰值情况(if / else语句,没有功能)

• “HiddenBASiCS_MCMC_Start”修改没有上涨的情况

• 函数的HiddenBASiCS_MCMCcppNoSpikes补充道。更新“φ”是悬而未决。

• 小插曲文件没有峰值情况补充道

版本变化0.5.11 (2016-05-24):

• “importMethodsFrom(残渣,computeSumFactors)”添加到名称空间

版本变化0.5.10 (2016-05-20):

• 更新错误“HiddenBASiCS_MCMC_Start”功能(感谢乔安娜Dreux注意到这个问题)

版本变化0.5.9 (2016-05-19):

• 依赖“残渣”补充道

• “HiddenBASiCS_MCMC_Start”修改为使用“残渣”估计作为起始值。这允许更快的收敛。

• 更新的自述。md的文件来构建和安装期间访问装饰图案

版本变化0.5.8 (2016-05-18):

• c++函数分析后,小编辑改善内存使用。这些不影响用户界面

• 小变化“makeExampleBASiCS_Data”作用,以避免“注意”的信息

版本变化0.5.7 (2016-04-27):

• 欢迎信息添加

改变0.5.6版(2016-04-19):

• 固定的消息BASiCS_D_Test函数。这并不影响功能。只在控制台打印的消息。

版本变化0.5.5 (2016-04-18):

• 小修理当检查的有效性BASiCS_D_Data对象。感谢尼尔斯·咨询。

• 固定的问题文档文件。

版本变化0.5.4 (2016-04-15):

• 文档文件只是小修小补

• 论点GenesSelect添加功能BASiCS_D_TestDE允许用户自定义列表的基因被包括在细胞类型之间的比较。

版本变化0.5.3 (2016-03-09):

• 槽BatchInfoTest和BatchInfoRef添加到BASiCS_D_Data类。

• newBASiCS_D_Data功能修改合并BatchInfoTest和BatchInfoRef槽。

• CombineBASiCS_Data功能修改合并BatchInfoTest和BatchInfoRef槽。

• 显示方法BASiCS_D_Data类修改合并BatchInfoTest和BatchInfoRef槽。

• GeneNames论点失踪makeExampleBASiCS_D_Data已被添加。

• 槽thetaTest和thetaRef的BASiCS_D_Chain修改对象接受矩阵(必要允许多个批次)。

的变化版本0.5.2 (2016-03-07):

• 在功能上BASiCS_D_TestDE。概率阈值设置为0.90 EFDR失败时校准(模拟零)

• 固定在描述文件版本号。

版本变化0.5.1 (2016-03-07):

• 在功能上BASiCS_D_TestDE。概率阈值设置为0.95 EFDR失败时校准(模拟零)

版本变化0.5.0 (2016-03-03):

• 扩展包描述包括预先确定的数量的细胞之间的比较

• BASiCS_DV_Data,BASiCS_DV_Chain和BASiCS_DV_Summary类所取代BASiCS_D_Data,BASiCS_D_Chain和BASiCS_D_Summary类,分别。

• 槽添加到“抵消”BASiCS_D_Chain和BASiCS_D_Summary类。

• 槽probHPD添加到BASiCS_D_Summary类。

• 创建CombineBASiCS_Data结合两个独立的函数BASiCS_Data成一个对象BASiCS_D_Data对象。

• 抵消值添加到输入的显示方法BASiCS_D_Chain和BASiCS_D_Summary类。

• 创建CombineBASiCS_Chain结合两个独立的函数BASiCS_Chain成一个对象BASiCS_D_Chain对象。

• GeneNames槽中添加BASiCS_Data类

版本变化0.4.1 (2016-02-05):

• 固定的错误在装饰图案(使用newBASiCS_Data功能)。同样的错误已经固定在文档类BASiCS_Data。

• 可选参数添加到“开始”BASiCS_MCMC函数允许运行链与各种用户定义的起点。一般来说,我们不建议使用这个论点作为默认选项已经调到促进融合。

• 更新的文档“BASiCS_DetectHVG”和“BASiCS_VarianceDecomp”功能(删除“GeneNames”参数)

• 更新文档“BASiCS_DV_TestDE”功能。

• 失踪@description部分添加到几个.Rd文件。

更改版本0.4.0 (2015-12-21):

• 初步函数微分表达式分析(均值和over-dispersion)补充道。

版本变化0.3.5 (2015-11-27):

• 可选参数PriorDelta添加到BASiCS_MCMC函数,允许可选的使用γ或对数正态分布先知先觉的三角洲。

• 在BASiCS_MCMC函数,默认值的变化s2.mu到0.5。允许更好的收缩情况下基因在所有细胞计数为零。

• 在BASiCS_Data类。数矩阵,一个基因在所有细胞现在允许计数为零。然而,在这种情况下返回的一个警告。只有使用这样的矩阵微分表达式运行时的结果。

版本变化0.3.4 (2015-11-11):

• 修复的“newBASiCS_Data”函数的示例代码。感谢西蒙·安德鲁斯指出这个问题。

版本变化0.3.3 (2015-11-05):

• 相同的方法,但是改进的c++代码的性能

版本变化0.3.2 (2015-10-23):

• 小的输出变化BASiCS_MCMC函数(colnames元素的相关参数\θ)美元

• 添加额外的可选参数ls.phi0来BASiCS_MCMC函数。这是有帮助的情况下,默认值导致缓慢的混合链相关正常化常数\ phi_j的美元。

版本变化0.3.1 (2015-09-17):

• 新槽GeneNames BASiCS_Data类

• 构造函数的变化newBASiCS_Data允许容易的建设BASiCS_Data对象

• 微小的变化,一些函数的输出使用新的GeneNames槽”BASiCS_Data”类

版本变化0.3.0 (2015-07-31):

• 新槽BacthInfo BASiCS_Data类

• Batch-speficic技术变化参数是允许的

• BASiCS_VarianceDecomp的修改以适应批会员(包括图形输出)

版本变化0.2.1 (2015-07-23):

• 论证“GeneNames”已添加到函数BASiCS_VarianceDecomp,‘BASiCS_DetectHVG’,‘BASiCS_DetectLVG’,这样用户可以指定基因标签或名称将用于这些函数的输出。

版本变化0.2.0 (2015-06-24):

• 新的参数化mRNA内容大小因素\ phi_j美元改善混合密度的算法(使用自适应狄利克雷建议)

• 更新后的装饰图案

版本变化0.1.6 (2015-06-01):

• 更换parameter-specific displayChainBASiCS displayChain的功能通过一个通用的方法

• 更换parameter-specific displaySummaryBASiCS displaySummary的功能通过一个通用的方法

• 在“BASiCS_DetectHVG”和“BASiCS_DetectLVG”:约束添加到概率> = 0.5需要检测HVG举债经营和LVG

版本变化0.1.5 (2015-05-27):

• 小错误“BASiCS_VarThresholdSearchHVG”和“BASiCS_VarThresholdSearchLVG”一直是固定的。

版本变化0.1.4 (2015-05-21):

• “BASiCS_Denoise”功能添加。它产生一个表的正常化和去噪表达数量(在去除技术变化)的影响。

版本变化0.1.3 (2015-05-18):

• “plotBASiCSDispVsExp”:“日志=“xy”论点补充道

• “BASiCS_Data”:内部检查添加(预滤器样品和记录)

• “BASiCS_MCMC”c++代码:Rcpp: checkUserInterrupt()添加快速获得用户所请求中断的取样器

• S4方法‘阴谋’‘BASiCS_Chain签名:论证“列”取代了“基因”和“细胞”

• 更换“plotBASiCSNormPhi”和“plotBASiCSNormS”S4方法“情节”(“BASiCS_Summary”签名)

• S4方法‘阴谋’‘BASiCS_Summary签名:不包括土地所有模型参数

• S4方法‘阴谋’‘BASiCS_Summary签名:不包括gene-specific和特异性模型参数的散点图(取代“plotBASiCSExpVsDisp”)

• “BASiCS_VarianceDecomp”已经取得了对用户可见(前“HiddenVarDecomp”函数)和输出现在允许基因注释。

• “BASiCS_Filter”功能添加。

• 装饰图案已经更新根据上面的变化。说明安装被添加。

• “BASiCS_Filter”功能添加。

• 依赖R(> = 3.1.0)已被添加。

版本变化0.1.2 (2015-04-23):

• “BASiCS_Sim”:改变“(φ)= = n”“all.equal((φ),n) '

版本变化0.1.1 (2015-04-21):

• 改进的文档

变化在版本0.1 (2015-04-20):

• 最初的发布

beachmat

版本1.0.0的变化:

• 新包beachmat,它提供了一个c++ API来处理各种R矩阵类型。

BgeeDB

2.3.2版本的变化:

• 的兼容性与新Bgee TopAnat包的一部分发布14 (www.bgee.org/bgee14/)。

• 更好的管理与本体结构的潜在问题

2.3.1版本的变化:

• 兼容的新Bgee释放14 (www.bgee.org/bgee14/)只处理过的数据下载部分。

• TopAnat部分仍然暂时使用来自Bgee 13.2版本数据,直到webservice已经准备好了。

• 复古的13.2版本兼容Bgee (www.bgee.org/bgee13/)

Biobase

2.37版本的变化:

错误修复

• “美元”完成在RStudio分野和ExpressionSet作品。

bioCancer

版本:1.6.00类别:蜕变:bioCancer辐射。数据扩展文本:

版本:1.6.00类别:包的大小减少一半14 - > 7 mb文本:

版本:1.5.12类别:改善Reactome_ui功能文本:

版本:1.5.11类别:添加按钮切换到ui_circomics文本:

版本:1.5.11类别:改善circomics功能文本:

版本:1.5.09类别:删除文件和数字文本的评论:

版本:1.5.09类别:清理ui_radiant /分打点,/定量/ bioCancer文本:

版本:1.5.08类别:switchButton文本:

版本:1.5.07类别:data.row.names (row.names, rowsi)文本:

版本:1.5.07类别:一些row.names复制:11、12、13、14 - > row.names不习惯文字:

版本:1.5.06类别:dplyr:: mutate_each()是弃用文本:

版本:1.5.06类别:dp:: summarise_each()是弃用文本:

版本:1.5.06类别:取代BiocStyle prettydoc文本:

版本:1.5.05类别:警告在合法产业(有趣):参数不是一个功能文本:

版本:1.5.05类别:警告身体(有趣):参数不是一个功能文本:

版本:1.5.04类别:修复设置情节大小的文本:

版本:1.5.03类别:改变圆形的颜色响了在标准文本布局图:

版本:1.5.02类别:更新相关方法的文本:

版本:1.5.01类别:取代.libPath path.package()的(“bioCancer”)的门户。R文件文本:

BiocCheck

1.14版本的变化:

新功能

• 注意当bioc-devel维护者订阅邮件列表不能检查(检查需要邮件列表管理密码)。

错误修复

• 使用shell引用允许空间包路径

BiocFileCache

1.1版本的变化:

新功能

• (诉1.1.7)bfcmeta()和朋友允许任意元数据记录和查询bfcmeta数据的能力。

用户可见的变化

• (如果httr诉1.1.16):头失败不要httr:得到,只是没有报告

• (诉1.1.7)bfcquery改为grep(),()语法而不是SQL '像'。

• (诉1.1.7)bfcquery()支持指定的字段=。

• (诉1.1.5)queryCount bfccount重命名

• (诉1.1.2)添加用户指定扩展文件缓存

• (诉1.1.2)使用dbExecute / dbSendStatement查询而不是粘贴

• 文件缓存保留basename和原始文件的延伸

BiocInstaller

的变化版本1.28.0:

新功能

• biocLite()支持完整的url,例如,存档Bioconductor包。

• 微软支持MRAN (R)档案。

BiocParallel

1.12版本的变化:

错误修复

• (诉1.11.1)变更注册后端初始化首先调用,而不是负担。

• (v 1.11.8)确保注册表前initiailized(公共)使用。问题# 65

新功能

• (诉1.11.2)bpiterate计数器()获得进展。

• (诉1.11.5)ipclock()等:进程间锁和计数器

BiocStyle

的变化版本2.6.0:

用户可见的明显变化

• 重命名“latex2”、“pdf_document2”和“html_document2”“乳胶”,分别“pdf_document”和“html_document”

• “pdf_document”从“重命名参数使用。unsrturl”到“use_unsrturl rmarkdown命名方案的一致性

• 分割图/表标题”。“而不是”。“为了减少的可能性达到小数点后的数字,等等。

BUG修复和改进PDF风格

• 让knitr选项的无花果。pos的功能“pdf_document”

• 提高TOC条目(https://github.com/Bioconductor/BiocStyle/issues/35)章的格式

• 调整宽度non-floating数据根据“fig.wide”/“无花果。小的设置(Aaron Lun)报道

• Robustify \ texttt,例如通过使引号的替换和修复控制空间

• 更新乳胶代码高亮显示宏pandoc输出(由文斯凯里报道)

• 沉默的警告在乳胶()的排放源文件丢失了一个最后的终点

• 修复破碎的代码knitr钩调整页面宽度

• 包括包版本字段R减价文档,即使他们是失踪的一个抽象(https://github.com/Bioconductor/BiocStyle/issues/29)

• 正确的方式封闭non-floating人物乳胶adjustwidth的环境(https://github.com/Bioconductor/BiocStyle/issues/28)

BUG修复和改进HTML风格

• 正确的显示上标文本

• 允许修改表布局“knitr:: kable”(https://github.com/Bioconductor/BiocStyle/issues/30)

• 正确的嵌套列表填充和压痕的文档日期和多行标题

• 修复一个缺陷在函数匹配的作者从属关系(https://support.bioconductor.org/p/98155/)

• 适当的水平对齐ggplotly图形(https://support.bioconductor.org/p/97609/)

• 解决兼容运行时:闪亮的文档选项

biomaRt

的变化版本2.34.0:

新功能

• 添加了listEnsemblArchives()函数。这返回一个表可用的运用档案,和几个替换存档= TRUE参数功能,不再工作。

错误修复

• 的运用BioMart服务器并不总是回复如果有超过500过滤器值提交查询。如果查询超过这是检测biomaRt现在将提交批量查询和concatonate完成后的结果。

微小的变化

• 您现在可以向主机提供“http://”开始时,或者拖着‘/’(通常从浏览器复制/粘贴)和useMarts()将应付。

BiRewire

3.9.1版本的变化:

• 使用图Minorbug固定(为了不保存。edgelist和无限循环矩阵只有一个条目)

bnbc

0.99版本的变化:

• Bioconductor最初版本。

分歧点

类别:1.3.0版本:版本改进的速度函数的文本:

类别:1.3.0版本:版本功能组合和重命名的文本:

类别:1.3.0版本:版本更新模型单一gbm文本:

1.3.0版本:版本类别:Bug修复文本:

版本:1.3.1类别:凹凸文字版:

BrowserViz

的变化版本1.9.8:

错误修复

• 重大(3 x)加速。5000个节点,6000 -边缘图像传输从R Cytoscape大约20秒。

bsseq

1.13版本的变化:

• 1.13.6:修复性能回归BSmooth ()。感谢山安德鲁斯报告(< URL: https://github.com/kasperdanielhansen/bsseq/pull/57 >)。

• 1.13.5:修复相结合的主要缺陷()和combineList ()。这个错误导致坏BSseq对象不正确的甲基化估计由于不正确的“M”,“浸”,“系数”和“se。系数的化验。为了安全起见,BSseq创建的对象与版本1.13.0 1.13.4应该重新使用新版本。更具体地说,任何BSseq对象创建组合()或combineList()应该会重现。同时,BSseq创建的对象使用read.bismark()或read.bsmooth()与多个‘文件’应该会重现。由于亚历杭德罗雷耶斯(@areyesq89)报告(< URL: https://github.com/kasperdanielhansen/bsseq/pull/54 >)。

• 1.13.4:修复性能回归getMeth()和getCoverage()在“地区”提供。由于亚历杭德罗雷耶斯(@areyesq89)报告(< URL: https://support.bioconductor.org/p/97611/ >)。

• 小插曲限制型心肌病。

篮球选手

的变化版本1.18.1:

• getCTSS()现在可以从大型BAM数据加载文件。在此之前更新,有“负长度向量”错误过滤低质量读取与多个数据集的几千万序列。

相机

的变化版本1.33.3:

错误修复

• 正确解决getPeaklist不拉rownames, Jan Stanstrup关闭# 22,谢谢

的变化版本1.33.2:

错误修复

• 修复getPeaklist,更新getReducedPeaklist(),感谢克里斯蒂安·彼得斯

的变化版本1.33.1:

新功能

• 允许matchedfilter替代intval中getPeaklist (j . Stanstrup)

• 通过从Groupcorr intval中calcCaS (j . Stanstrup)

• 每pspec getReducedPeaklist返回一个强度(k . Peters)

癌症

版本:3.1文本:

版本:3.2文本:维度水平将情节。1 - dialogMetOption():添加“圆环”参数使getMetDataMultipleGene之间的区别()和getListMetData () 2 - getGeneList():添加rm (“GeneListMSigDB””, envir = " myGlobalEnv”)

红衣主教

1.9.2版本的变化(2017-10-25):

错误修复

• 纠正作者姓名在所有文档

的变化版本1.9.1 (2017-10-23):

错误修复

• 固定错误包依赖“物质”数据集大小的影响,可以处理“batchProcess”

• 修复本中大小为单位= ppm的两倍宽,他们应该在“readImzML”和“reduceDimension”

categoryCompare

版本:1.21.4文本:

cbaf

更改版本1.0.0 (2017-09-10):

新功能

• 新的availableData()作用扫描所有的癌症研究RNA-seq, microRNA-seq,微阵列(mRNA),微阵列(microrna)和甲基化数据。

• 新obtainOneStudy()函数来获取和存储支持数据至少一组基因跨多个癌症研究的子组。在addion,它可以检查是否所有的基因都包含在不同的癌症研究的子组,如果没有,寻找替代基因的名字。

• 新obtainMultipleStudies()函数来获取和存储支持数据至少一组基因跨多个癌症研究。它可以检查是否所有的基因都包含在每个癌症研究,如果没有,它查找替代基因的名字。

• 新automatedStatistics()函数来计算获得的数据的统计obtainOneStudy()或obtainMultipleStudies()函数。根据用户的偏好,这些统计数据可以包括频率百分比,频率比,样本均值和中值大于特定值。此外,它可以寻找基因组成最高的值在每个癌症和列表顶部5基因频率的百分比,平均值和中位数。

• 新heatmapOutput()函数来准备的热图频率百分比,平均值和中位数automatedStatistics提供的数据()函数。热图为每个基因组存储在单独的文件夹中。

• 新xlsxOutput出口()函数的输出automatedStatistics()和基因的验证结果obtainOneStudy之一()或obtainMultipleStudies()函数作为一个excel文件。对于每一个基因群,excel文件将生成并存储在相同的文件夹的热图。

• 新cleanDatabase()函数删除cbaf包目录中创建的数据库。这可以帮助用户从cbioportal.org获取最新数据。

• 新processOneStudy()函数结合obtainOneStudy (), automatedStatistics (), heatmapOutput()和xlsxOutput易用性()函数。

• 新processMultipleStudies()函数结合obtainMultipleStudies (), automatedStatistics (), heatmapOutput()和xlsxOutput易用性()函数。

冠军

的变化版本2.8.8:

• “力”参数添加champ.load(),可用于“minfi”加载方法,如果您的数据来自不同的数组,将允许minfi read.meth力参数。exp功能提取commmon探针和继续分析。

的变化版本2.8.7:

• 使champ.import modifed csv文件()更健壮。

的变化版本2.8.5:

• 现在champ.DMP()作用于数值变量

• champ.DMP()做pairewise对比每两个明确的表型。

• goseq被gometh所取代。

• DMP.GUI修改()。

• 圣言会情节添加传奇。

• “minfi”加载方法固定。

• 装饰图案的冠军和github演示页面更新。

• 增加了一些数据GSE40279装饰图案。

的变化版本2.8.3:

• 更新后的打鼾声。R文件,这意味着加载消息将是不同的。

• 在champ.load固定一个警告。Rd文件。

• 固定错误champ.filter(),如果filerDetP是假的,更新pd faile因为缺乏RemainSample变量的一部分。

的变化版本2.8.2:

• 史诗注释B4版本更新。B4版本从illumina公司网站上下载。

• 添加一个新参数“方法”champ.load()函数,它允许用户选择他们想要哪个方法用于读取数据。冠军或Minfi。

• champ.filter()现在已经被完全记录,用户可以在任何他们想要的数据集上做任何过滤。只是champ.filter()主要是采取champ.import()的结果作为输入,并生成β值过滤未来分析。

• 提供全新champ.import()函数读取IDAT文件R,这是类似于minfi的read.meth.exp()函数。

• champ.runCombat()中增加了更多的严格检查,现在champ.runCombat()检查是否你的变量和批次互相冲突。

• 删除一些无用的代码在champ.DMR(),使它更快。

更改版本2.8.1发布:

• 增加归咎于选择champ.load ()。

• 添加ProbeCutoff和SampleCutoff参数champ.load ()。

• github上添加演示:在回应我们的审稿人的问题,让用户有更好的理解在我们的包,我们加工冠军完全在一些数据集和保存所有消息显示在处理。我们上传这些信息github。

ChemmineR

的变化版本2.30.0:

新功能

• 块可以使用OpenBabel库生成(需要ChemmineOB包和OpenBabel)

• 函数直接从PubChem查询数据。

chipenrich

version 2.2.0变化:

新功能

• polyenrich现在支持加权峰值信号值

• 混合测试,hybridenrich()是用于那些测试,确定chipenrich之间()和polyenrich()使用。

• 一个函数加入两个不同的结果文件,hybrid.join(),它会给一组调整的假定值和FDR-adjusted使用两个假定值。

• 一种新的近似方法使用分数测试是用于快速结果chipenrich polyenrich。只推荐显著富集的结果,而不是减少的结果。~快30倍。

改进

• 几个小插图的更新

ChIPpeakAnno

的变化版本3.11.8:

• 使featureAlignedExtendSignal接受GAlignments对象列表

的变化版本3.11.6:

• 修复bug Codoc从文档对象不匹配“peakPermTest”

的变化版本3.11.4:

• 修复bug当annoMcols数值。

3.11.3版本的变化:

• 更新函数featureAlignedSignal

3.11.2版本的变化:

• 添加新函数binOverGene、binOverRegions plotBinOverRegions。

3.11.1版本的变化:

• 使faq可行

• 修复bug在annoPeaks球出界线范围的警告

ChIPQC

的变化版本1.13.2:

• 固定的错误当指定共识peakset农庄

ChIPseeker

的变化版本1.13.1:

• 固定的命名问题intronList < 2017-07-06,清华> + https://github.com/GuangchuangYu/ChIPseeker/issues/57 issuecomment - 313342399

chromstaR

1.3.1版本的变化:

新功能

• 新的参数stepsize允许滑动箱。这提高了本地化的山峰。

用户级的重大变化

• 新的默认值Chromstar (…, stepsize = 1/2 * binsize)。

ClassifyR

的变化版本1.12.0:

• 改变,使情节兼容ggplot 2.2和更高版本。

• calcPerformance可以计算一些基于数据集的分类任务的性能指标超过两类。

• Sample-wise指标,如sample-specific错误率和sample-specific精度计算calcPerformance和添加到ClassifyResult对象,而不是通过samplesMetricMap和最终用户无法访问。

切肉刀

1.15.1版本的变化(2017-06-08):

• 不考虑最后一个胺基酸裂解位点。cleavageSites(“消”,自定义=“K”)结果整型()而不是3现在。由于之一Apurva对冲基金ahegde@tgen.org报告这个问题。

• 删除多余的“missedCleavages”的论点cleavageSites。

clustComp

1.5.2版本的变化:

• 一个新特性添加到flatVShier ();如果扩大版的系统树图绘制,颜色栏右边显示基因是如何分布在平坦的集群。

• “bar1新参数。坳”和“bar2。坳”flatVShier()允许调整的酒吧当扩展系统树图绘制。

• 论证“权重”flatVSflat()取代了“flat1”和“flat2”类比与flatVShier ()。

• 新参数“贪婪”flatVSflat()允许在flatVShier显示超星系团之间的一对一的映射()后发现bi-graph最好的布局。

• 新观点的贪婪。颜色的允许设置超星系团之间的映射的可视化,在flatVShier ()。

• 超星系团的可视化SCmapping()包括新的标签尺寸。

• 内部drawTreeGraph()函数包括新参数的平面。obj”、“bar1。坳”和“bar2。坳的颜色显示第二个酒吧和控制颜色。

clusterExperiment

版本变化1.3.7 (2017-10-24):

变化

• 添加函数tableClusters对嵌合集群的名字。

• 添加subsampleClustering largeDataset选项

• 允许mergeInfo被称为中plotDendrogram使用合并信息存储在策划。

错误

• 固定的错误在getFeatures .makeMergeDendrogram

1.3.6版的变化(2017-10-18):

变化

• 主要变化的定义类:添加槽ClusterExperiment对象,这样的对象保持的信息合并,并添加相应的辅助函数(参见文档)。这意味着之前的版本了ClusterExperiment对象将不再是有效的对象!老了,从以前的版本必须手动保存对象适应这些插槽(零或NA适当的值)。

• 添加函数plotClustersWorkflow,请参阅文档

• 添加函数plotDimReduce策划low-dim pca与点标记的集群。

• 添加函数plotContrastHeatmap绘制getBestFeatures的重要基因的结果

• getBestFeatures:现在可以运行在结果mergeClusters无需再次打电话makeDendrogram合并后的集群。

• 改变参数plotClusters和plotBarplot从集群来对象

• makeDendrogram:现在是默认dimReduce = "疯狂"为了避免意外调用它dimReduce = "没有"(以前的违约),它可以杀死R交互式会话。

• 更改plotHeatmap:违约plotHeatmap来clusterSamplesData = " dendrogramValue "。——改变的处理clusterSamplesData论点plotHeatmap如果参数=dendrogramValue或primaryCluster并给出了坏的结果/错误,会给警告并适当地改变参数。——添加参数plotHeatmap允许更多的用户控制使得当有基因空白行分组。

• mergeClusters现在的颜色一致mergeClusters和combineMany在内部。

• mergeClusters现在抑制警告由非空,除非百分比的估计showWarnings = TRUE。

• plotDendrogram:有新的论点clusterLabelAngle允许用户更改clusterLabel印在上面的角度(当阴谋的类型是“colorblock”)——的观点labelType已经改变了plotType

错误

• 参数传递给mergeClusters,通过ClusterExperiment版本…命令将现在先走mergeClusters矩阵形式,然后到策划,在文档(绘图参数被忽略在clusterExperiment版本的函数)。

1.3.4版本的变化(2017-09-28):

变化

• 添加参数clusterLabels来plotClusters允许用户设置clusterLabels不改变对象。

• 添加数据对象RSEC的运行。改变了lazyLoad来假因为装载这个对象创建错误安装。

• 装饰图案更完全覆盖RSEC更新。

• 改变默认的clusterFunction参数RSEC“hierarchical01”而不是所有01方法(以前的违约)。这减少了负载的简单的调用。

• 更新的有效性检查以减少内存负载和下降validObject调用。

• 添加函数getClusterManyParams来解析从clusterMany clusterLabels的参数值

• 删除旧的依赖图(从以前的装饰图案,不再需要)

错误

• 固定误差构造子集clusterExperiment对象的系统树图连接(之前没有重置dendro_outbranch NA)

v1.3.3变化(2017-09-07):

变化

• 错误修复clusterContrasts -失踪match.arg选择outputType论点

1.3.2版本的变化(2017-07-05):

变化

• 默认为top.can在seqCluster改变top.can = 5。

• makeDendrogram现在有默认参数ignoreUnassignedVar = TRUE像在RSEC

• 添加ClusterFunction类和更新所有的功能在这工作。所有建立在集群功能现在鉴于ClusterFunction对象,所以建在集群功能现在可以工作subsampleClustering或mainClustering。这也将方便用户定义自己的ClusterFunction对象和使用功能等clusterSingle。这是一个重大的改变一些底层的函数是如何工作的,但不应该影响等常用功能clusterMany和RSEC。一些更引人注目的变化参数为程序员:-clusterD和clusterDArgs已经更改为mainClustering和mainClusterArgs。这种变化是使这些观点更清楚他们的角色在集群工作流(因为clusterD鱼类集群不同但集群x或D许多版本了。)- - - - - -seqCluster和clusterSingle不再把论点clusterFunction。clusterFunction必须通过mainClusterArgs和subsampleArgs传递给mainClustering或subsamplingCluster,分别。现在只有上层函数clusterMany需要clusterFunction直接作为参数。- - - - - -mainClustering(以前clusterD),subsampleClustering不再需要k也不α作为一个直接的论点。这些争论,像所有参数直接使用的集群功能,现在需要被传递到集群功能通过一个列表clusterArgs。——可用的内置集群包提供的例程列表现在可以通过访问listBuiltInFunctions ()。功能用于向用户现在可以使用这些函数通过ClusterFunction对象,用户可以访问的功能getBuiltInFunction。(见? listBuiltInFunctions)

• hiearchical01现在集群有一个不同的默认,即适用as.dist输入迪斯为了得到一个经销对象,而不是dist (1-diss)这是以前默认由于历史原因。这是由参数控制whichHierDist,可以设置为通过以前的版本whichHierDist = "距离"到clusterArgs论点在subsampleArgs或mainClusterArgs,根据hierarchical01正在被使用。

• 谱聚类是目前(“谱”)通过specc的函数kernlab。

• clusterSingle现在只返回的不同矩阵coClustering槽,如果子样品= TRUE在调用。此外,取代现有的结果不同coClustering槽值,用户必须通过设置请求它replaceCoClustering = TRUE在调用clusterSingle。

• 删除默认值的参数比例在combineMany。之前的违约比例= 1但没有匹配最常见的用例和意外像RSEC由上层调用函数。

• 如果clusterFunction参数是不给subsampleArgs由用户显式地,clusterFunction的mainClusterArgs是合适的,它将用于subsampleClustering;如果clusterFunction在mainClusterArgs是不合适(如。subsampleClustering需要一个类型K因为顺序= TRUE),那么默认的subsampleClustering将“帕姆”。这改变了之前的行为subsampleClustering在默认的pam在所有情况下,没有明确的用户。这种变化应该不影响RSEC:自clusterFunction为mainClustering条件是一个“01”在RSEC和类型subsampleClustering必须是类型“K”当顺序= TRUE,它将恢复到默认值“帕姆”像以前一样。

错误

• 所以,如果固定错误clusterSingle被称为现有clusterExperiment对象会覆盖现有的信息clusterExperiment对象。

• 固定RSEC现在重新运行在现有clusterExperiment对象,它将从矩阵形式获取默认值(之前违约是底层的函数,它并不总是相同的,比如。combineProportion默认以前1)

• 固定clusterMany现在它显式地设置dimReduce = "没有"在调用clusterSingle。之前,可能会被调用的所有dimReduce默认值(即所有人!)

• 如果whichClusters固定所以给了错误plotBarplot不匹配任何东西。

1.3.1版本的变化(2017-06-14):

变化

• 改变plotHeatmap处理visualizeData论点,所以不需要有相同数量的原始基因,只有相同数量的样本。

• 如果颜色向量中给出clusterLegend没有名字,plotHeatmap会给他们的名字匹配变量,以便他们将使用吗aheatmap(之前把所有颜色白色因为没有匹配的名称)。

• 系统树图的绘制是如何巨大变化plotDendrogram和mergeClusters。这包括能看到之前和之后沿着边mergeClusters结果聚类,以及一个新的槽添加到clusterExperiment类(dendro_outbranch)。几个参数的名称mergeClusters和plotDendrogram改变清晰:-叶子现在是leafType在plotDendrogram。- - - - - -plotType现在是plotInfo在mergeClusters- - - - - -doPlot现在是情节在mergeClusters- - - - - -leafType现在是一个选择吗mergeClusters。——现在,当plotInfo(以前plotType)被设置为没有一个,情节还在,只是没有合并的信息添加到情节。不绘制系统树图,集情节= FALSE。——选项labelType在这两种plotDendrogram或mergeClusters控制是否名称(的名字)或矩形的颜色块对应于集群(colorblock)提出建议的系统树图标签集群/样品。

• 添加dendroClusterIndex这行为类似于primaryClusterIndex

• 增加能力dendro为特点的选择whichClusters论点

• 添加转换< -能够手动分配槽的转换

• 桅杆进入“显示”pacakge所以不需要3.4 R运行方案。

• 变化的计算使用PCA降维圣言会从RSpectra包来提高速度

错误

• 固定的错误在RSECcombineProportion参数被忽略(设置为1)

• 固定的错误的定义变换这扩展了现有通用而不是掩盖它。

1.3.0版本版本的变化(2017-05-24):

变化

• plotHeatmap接受data.frame或ExpressionSet对象的数据参数(调用data.matrix或exprs对象和发送矩阵形式)

• 添加plotBarplot绘制一个barplot 1 2集群以及集群或比较测试。

• 添加whichClusters参数clusterMatrix只返回集群对应于特定的集群。主要与使用相关参数工作流使用的其他命令(否则可以索引完成矩阵手动…)

错误修复

• plotHeatmap现在经过clusterLegend输入和删除sampleData水平不存在;这是导致不正确的着色时clusterLegend有更多(或更少)的水平比指定的颜色吗sampleData(例如,如果sampleData是一个更大的数据集的子集的原始颜色。)注意:这个现在不在clusterLegend策划所有值的影响如果不代表数据,从而改变以前的行为plotHeatmap传奇。

• 固定的错误的方式plotHeatmap检查数据的用户提供的系统树图匹配维度(矩阵形式)。

• 固定convertClusterLegend所以,当输出是matrixNames或matrixColors,由此产生的矩阵colnames等于集群标签,clusterMatrix。

• 内部函数.convertToNum现在保存的名字输入向量。

• 固定的错误与合并绘制集群;以前如果plotType =“所有”,可能没有被正确地绘制正确的系统树图的内部节点。

ClusterJudge

0.99版本的变化:

用户可见的变化

• 添加一个介绍性的装饰图案

clusterProfiler

3.5.6版本的变化:

• 固定的R检查< 2017-09-28,清华>

3.5.5的变化版本:

• ko2name < 2017-08-14,我的>

• bioc git过渡< 2017-07-18,星期二>

3.5.4版本的变化:

• 改变keytype参数在enrichGO keytype一致< 2017-06-28,结婚> + https://github.com/GuangchuangYu/clusterProfiler/issues/91 issuecomment - 311657933

• bug修正的简化compareCluster结果< 2017-06-19,星期一> + https://github.com/GuangchuangYu/clusterProfiler/issues/67 issuecomment - 307815402

3.5.3版本的变化:

• 固定https://github.com/GuangchuangYu/clusterProfiler/issues/88 < 2017-05-24,结婚>

• 通过接受背景基因列表宇宙参数enrichDAVID< 2017-05-16,星期二> + https://github.com/GuangchuangYu/clusterProfiler/issues/87

3.5.2版本的变化:

• 支持keyType enrichMKEGG < 2017-05-10,结婚>

• 臭虫固定维持输入列表的顺序绘制compareCluster结果< 2017-05-02,星期二> + https://support.bioconductor.org/p/95400/ 95426

3.5.1版本的变化:

• 错误的固定转换使用KEGG KEGG路径ID名称。db < 2017-04-28,星期五> + https://github.com/GuangchuangYu/clusterProfiler/issues/85

ClusterSignificance

1.5.3:更正版本的变化

• 固定错误卡式肺囊虫肺炎2 d投影图,颜色不匹配分类图。

1.5.2版本的变化:

• 固定的错误在装饰图案。

cn

3.5版本的变化:

新功能

• 添加函数orgKEGGIds2EntrezIDs获取KEGG id和Entrez IDs之间的映射

• 添加函数makeAxtTracks

• 添加函数addAncestorGO

3.4版本的变化:

新功能

• 更新CNE类来存储管道运行的所有信息。

• 添加read.rmMask。农庄阅读RepeatMasker .out文件。

• 添加阅读。rmskFasta to read soft repeat masked fasta file.

• 添加的分布阴谋axt对齐匹配。

• 添加CNE长度的分布。

• 添加syntenicDotplot axt对齐和GRangePairs。

• 当readAxt readBed, seqinfo保存时可用。

• 新的fixCoordinates函数使得Axt的坐标对齐总是相对于积极的链。

• 添加平行subAxt Axt对齐。

• 添加基因分布CNE的情节。

• 将功能添加到铺床和研究有重大影响的文件。

错误修复

• 而不是一个错误,则返回一个空GRangePairs当没有研究确定。

3.3版本的变化:

错误修复

• 修复一个缺陷引起的“格式”咩咩的一步。

新功能

• 添加成对全基因组对齐管道

• 添加一个新类“GRangePairs”

• 现在类是基于“Axt GRangePairs”类。

• readAncora阅读又CNE文件格式。

coexnet

版本:0.1.0类别:新功能文本:18/04/17 - >改变中共函数。23/06/17 - >发布Biocondonductor-devel 12/10/17 - > geneSymbol误差测试固定。

指南针

1.15.1版本的变化:

• 出口SimpleCOMPASS接口使用数矩阵

• 以前的版本,添加与SimpleCOMPASS translate_marker_names API的使用

ComplexHeatmap

1.15.1版本的变化:

• 随机的颜色是由新生成的rand_color ()函数在circlize包中。

• 添加density_param在densityHeatmap ()函数

• 注释与重复的名字没有传奇

• 重新实现grid.xaxis ()绘制轴标签旋转了90度

• 网格离散传奇排列行如果ncol > 1

• 光栅图像在生成一个独立的会话

• 在注释或空字符串的热图映射到NA

• 注释和热图传说可以合并成一个列。

• 改变的默认值row_names_max_width和column_names_max_height

• 默认的传奇风格连续值改为“连续”

• 添加grid.dendrogram2 ()吸引着叶子不平衡位置的系统树图吗

• 移动dendextend显示字段,因为这取决于/进口rlang间接拥有print.frame ()功能和它会影响打印框架返回的对象frameGrob ()。

• decorate_ * ()函数返回窗口被称为。

• 固定一个错误注释名字是吸引所有行片。

• Windows下构建一个有效的路径

cosmiq

1.11.3版本的变化(2017-06-19):

• 添加小插曲/海报。代谢组学协会的限制型心肌病13年会上< URL: metabolomics2017.org >(肖像)。

CountClust

1.5.1版本的变化:

• 释放我们已经添加了一个FitGoMpool()函数,它自动执行傻子模型与多个起点和输出一个与最优的BIC运行。此外,删除switch_axis_position()一样依赖从cowplot函数已被弃用。r

CrispRVariants

更改版本1.5.9之后:

• 更全面的输入检查readsToTarget,删除冗余检查CrisprSet初始值设定项。

• 修复bug,序列错误地称为不变体如果目标是负链但正链参考。

• 改变默认SNV打电话来6基地下游代替5 PAM

• 添加测试和目标不匹配的参考

的变化版本1.5.8:

• 增加了一个选项来筛选变量的名字当计数或策划

1.5.7版本的变化:

• 修复主要缺陷预防plotFreqHeatmap过滤

• 修复bug在mergeChimeras如果没有嵌合体可以合并

1.5.6版本的变化:

• Autogenerate bam指数readsToTarget选项嵌合体=“忽略”

1.5.3:更正版本的变化

• 参数作为variantCounts plotAlignments现在接受相同的过滤

1.5.1版本的变化:

• 新的论点等位基因在plotAlignments和plotFreqHeatmap选择要显示的等位基因或特定的绘图命令

• 删除不必要的字段从CrisprRun类

• 新访问器函数alns CrisprSet比对

• 改进plotAlignments避免不必要的符号在传奇

• 解决头plotFreqHeatmap当使用类型=“比例”和提供样品订单

• consensusSeqs现在返回默认雪茄作为元数据

• 开始缩进四个空格

csaw

的变化版本1.11.4:

• 支持paramList对象删除。

• 添加选择normOffsets()返回SummarizedExperiment对象包含标准化数据。

• 弃用规范化(),以避免S4方法冲突。

• 移动缩放控制过滤到一个新的函数之前,scaleControlFilter(),更大的模块化。

• 更新的用户指南。

cydar

更改版本1.1.4:

• 添加labelSpheres()函数将未经超球面。

• 出口multiIntHist()策划多个强度直方图。

• 轻微的修复spatialFDR(),现在计算正确的n阶近邻。

cytofkit

版本变化1.9.5 (2017-10-23):

修改

• 标准化图尺度在闪亮的样本应用程序

错误修复

• 固定的问题Phenograph失败如果放回抽样。现在cytofkit测试如果任何FCS文件有不如fixedNum参数中指定事件。

版本变化1.9.4 (2017-09-27):

修改

• 添加功能,cytof_clustermtrx(),以获取标记细胞在一个给定的表达式值集群。

• 主要包括cytof_clustermtrx () cytofkit函数。

• 集群ID的整数保存到fcs文件作为额外的通道。

错误修复

• 快速修复在FCS储蓄。

1.9.3版本的变化(2017-09-27):

修改

• 添加参数cytofkit()和cytof_cluster()允许用户设置一个种子,可重复的结果。

错误修复

• 用户现在可以保存.fcs重命名后,从闪亮的输出样本。

1.9.2版本的变化(2017-09-11):

修改

• 添加保存数据选项的应用。现在你可以选择.fcs的任意组合,. csv, .rdata输出。

• 从cytofkit_shinyAPP cytofkitShinyAPP()使用代码。R为可视化在本地机器上,而ui。R和服务器。R可以分别用于主机应用程序服务器上。

错误修复

• 固定一些问题查看和下载的标志的热图闪亮的应用

• 固定一个矛盾,表达数据用于集群没有选择性标记用于降维

版本变化1.8.3 (2017-09-06):

错误修复

• cytofkitShinyAPP文件大小限制设置为100 mb

版本变化1.8.2 (2017-07-24):

新功能

• cytofkitShinyAPP函数现在RData作为参数跳过reuploading RData

• 在选择选择标记对于减少维度和集群,闪亮的所有标记得以成像应用

• 添加了一个“重置”按钮ShinyApp清除会话和重新开始

• 添加服务器文件选择按钮,允许浏览服务器文件

修改

• 结合两个cytofkitShinyAPP功能为一体

• ShinyApp使用actionButton代替downloadHandler下载

• ShinyApp显示.RData是加载到其活性数据

• ShinyApp标记列表按字母顺序排列的

• 标记选择做降维阶段而不是原始数据转换,允许所有表达数据在后期视觉效果

• 更新的例子和小品文占更新完成

• 更新维护人员的电子邮件地址

的变化版本1.8.1 (2017-04-26):

新功能

• 固定文档cytofkitShinyAPP2警告功能

• 更新了我的维护者的电子邮件地址

DAPAR

的变化版本1.9.15:

错误修复

• 当聚合步骤已经完成,界面切换到第一个选项卡“描述性统计”以视图的信息来向新数据集(蛋白质)。

• 一个新的包(readxl)是用于读取xls或xlxs文件。在某些情况下,openxlsx previsous包的功能不能正确解码Excel文件。

• 当转换一个新的文件(文本或Excel) Prostar:缺失的值没有注册。特别是,他们并没有出现在上面的表格中蓝色volcanoplot。错误修复

新功能

• 实现并行版本的函数保存(新)聚合步骤后蛋白质数据集。

• 增强的基于字符串过滤UI

• 的自动生成分析报告已经集成在数据集管理器(菜单“出口”)。它允许用户下载情节和参数用于Prostar永久数据集。

• 实现并行版本的函数保存(新)聚合步骤后蛋白质数据集。

• 添加一个基因本体论(去)在数据处理分析模块。这个模块允许执行去分组和浓缩

• 几个情节现在基于包装器的包highcharter highcharts图形库。它提供了与用户交互。

DASC

的变化版本0.1.0:

• 要求:请安装NMF、cvxclustr Biobase R包之前DASC的安装包。

• 工作流程:convexBatch()函数执行所有步骤detction批次的数据集。

DChIPRep

版本是1.7.2变化:

• 增加betaPrior = TRUE nbinomWaldTest为了保持log2褶皱的收缩变化。(收缩现在禁用默认DESeq2)

• 3.4改变依赖,R

• 添加WholeGenome Bioc视图

1.7.1上版本的变化:

• 扩大进口部分的装饰图案

• 固定的意思是函数,因此现在策划还没有复制

• 新功能robust_mean用于绘图

• 在导入矩阵,现在检查他们的列名称对应于给定的样本id

debrowser

1.5.4版本的变化:

• 热图redblue修复

1.5.3:更正版本的变化

• 图标题修复

• 菜单修复

1.5.2版本的变化:

• img路径构建修复

deepSNV

版本变化1.99.3 (2013-07-25):

更新

• 一些变化海鸥装饰图案

• 重命名参数π。基因和π。backgr makePrior ()

修正

• 固定错误bf2Vcf()当没有变异

版本变化1.99.2 (2013-07-11):

更新

• 更新的引用

• 添加详细的选项bam2R抑制输出

• 改变模式()“整数”loadAllData值()

修正

• 固定的错误当只有一个变体叫做bf2Vcf ()

版本变化1.99.1 (2013-06-25):

更新

• 使用knitr漂亮的小插曲

• 包括海鸥装饰图案

修正

• 删除固定问题bf2Vcf ()

• makePrior()添加背景在所有网站

版本变化1.99.0 (2013-04-30):

更新

• 海鸥新算法

• 通过总结包括VCF输出(deepSNV、价值=“VCF”)

DEGreport

版本:1.13.12文本:2017-10-11曾淡水沼泽lorena.pantano@gmail.com功能:返回degCovariates pc和元数据之间的散点图。特点:用degPatterns ConsensusClusterPlus集群基因。

版本:1.13.11文本:2017-09-22曾淡水沼泽lorena.pantano@gmail.com特点:显著DESeqResults类工作。解决办法:在degPlot log2并不活跃。特点:允许degCheckFactor一起阴谋样品或不是。功能:装饰图案迁移到新的BiocStyle。解决办法:自动质量控制报告。减少最终报告最重要的数据。

版本:1.13.10文本:2017-09-07曾淡水沼泽lorena.pantano@gmail.com解决办法:与新功能完整的装饰图案。功能:添加DEGSet构造接受其他来源。特点:适应degQC接受DEGSet对象。特点:允许多个组degMB和degVB。功能:添加可选log2基因绘图。特点:情节相关的萎缩和unshruken log2fc。特点:允许原始马阴谋情节。特点:适应的总结DESeq2Results data.frame和兼容减价输出,和多个α值。解决办法:在手册页的链接。特点:通过选择在degCorCov热图.@vbarrera。 Feature: Add parameter to select top rows from DEGset. Fix: Change method names to short words. Feature: degVolcano accepts DESeq2Results class. Fix: degPCA print the correct PC number on x/ylabels. Fix: Move NEWS to parent folder. Feature: Add method to get significant genes from DEGSet class. Feature: Add plotMA method to show shrunken effect. @vbarrera Fix: Move to testthat for examples. Feature: Adding main class and methods to handle DEG output. Fix: axis in degPCA now show the values. Feature: Handle multiple contrasts/coefficient for DESeq2 results.

版本:1.13.7文本:2017-08-08曾淡水沼泽lorena.pantano@gmail.com特点:新功能分析相关性在metatdata covaritaes弃用:所有功能相关foldchange准确率都删除。使用lfcShrink好多了风格:添加更多的单元测试功能:接受SE对象degPlot和使用更好的基因名称构成了rowData它特点:如果使用plot_grid degPattern并保存情节特点:使用文本或在degPCA功能:解决标签degPlot特点:接受矩阵degPlot疗法:构成了rowData degPlot修复在SE对象:正确处理情节只是个传说如果组> 1特点:多输出degPattern风格:改变小写degCovariates内部函数

版本:1.13.6文本:2017-05-30曾淡水沼泽lorena.pantano@gmail.com特点:从基什内尔罗里添加degPCA情节

版本:1.13.5文本:2017-05-30曾淡水沼泽lorena.pantano@gmail.com特点:接受degWidePlot矩阵

版本:1.13.4文本:2017-05-22曾淡水沼泽lorena.pantano@gmail.com功能:添加degCovariates计算电脑从协变量统计数据和元数据之间的相关性

版本:1.13.3文本:2017-05-19曾淡水沼泽lorena.pantano@gmail.com功能:添加degMDS等PCA集群数据特点:degPlot添加标签参数

版本:1.13.2文本:2017-05-05曾淡水沼泽lorena.pantano@gmail.com功能:添加degFilter筛选基因的组

版本:1.13.1文本:2017-04-27曾淡水沼泽lorena.pantano@gmail.com特点:改变安排plotQC情节cowplot特点:使用theme_minimal degResults内部功能:改变标题degResults部分

部

版本1.0.0的变化:

• 第一个版本管理包的微分浓缩蛋白质组学数据的分析。

derfinder

的变化版本1.11.8:

错误修复

• 改进的文档关于一个错误当coverageInfo位置为空运行时美元analyzeChr()和间接运行preprocessCoverage ())。有关详细信息,请参阅https://support.bioconductor.org/p/99400/。

的变化版本1.11.7:

用户可见的明显变化

• 装饰图案现在使用新的BiocStyle:: html_document最近被释放。

的变化版本1.11.4:

错误修复

• regionMatrix()现在将通过隐藏参数“物种”和“currentStyle”getRegionCoverage(),所以他们可以使用extendedMapSeqlevels ()。与https://support.bioconductor.org/p/95721/。

的变化版本1.11.2:

错误修复

• 改进的文档extendedMapSeqlevels ()。与https://support.bioconductor.org/p/95521/。

• 根据https://github.com/lcolladotor/derfinder/issues/38改善filterData ()

derfinderHelper

的变化版本1.11.2:

用户可见的明显变化

• 装饰图案现在使用新的BiocStyle:: html_document最近被释放。

derfinderPlot

的变化版本1.11.2:

用户可见的明显变化

• 装饰图案现在使用新的BiocStyle:: html_document最近被释放。

DESeq2

的变化版本1.18.0:

• lfcShrink()提供了替代估计类型=“apeglm”和类型=“ashr”,利用收缩估计的“apeglm”和“ashr”包,分别。看到了什么? lfcShrink更多细节和适当的引用。这些替代的集成收缩估计仍在发展中。此外,DESeqResults对象收益priorInfo (res)、传递以及在利物浦之前安装的细节。

• 以外的因素水平使用字符字母、数字、“_”和“。将打印一条消息(不是一个警告或者错误),建议限制这些“安全角色”。此前Bioconductor支持网站的建议,以避免用户错误。

DEsubs

版本:1.3.4文本:包和着陆页的输出。

版本:1.3.3文本:将外部图块内进口。

版本:1.3.2文本:

版本:1.3.1文本:

DiffBind

的变化版本2.6.0:

• 功能的变化

  • 在dba sortFun参数变化。plotHeatmap来default sd, with FALSE as option for no sorting

  • 在dba sortFun参数变化。plotHeatmap来default sd, with FALSE as option for no sorting

  • 通过dba.peakset排序山峰直接添加

  • 不要添加_如果没有initString dba.report

  • 内部功能:替代峰值计数:pv.resetCounts

• 错误修复

  • dba修复bug。plotHeatmap是all values in a row are zero

  • 作者在装饰图案改为符合新标准

  • 解决单峰值边界条件

  • 配置fragmentSize美元当掩蔽子集

  • 更新示例峰值匹配数据对象

  • dba修复bug。plotHeatmapif all values in a row are zero

  • 错误修复时返回报告农庄组织只有一个站点

  • 错误修复当策划peaksets维恩的共识

  • 在MacOS解决缓冲区溢出导致段错误

diffHic

的变化版本1.9.9:

• 添加extractPatch()函数来计算本对指定区域的互动空间。

• 修改connectCounts()来消除警告在滞留条目,未知的染色体。现在所有条目的输入区域保留,虽然不一定在输入订单。也换了NA当第二原始元数据。区域是一个整数。

• 修改preparePairs()更慷慨的在考虑读如果他们内部互相重叠的过去。

• 固定错误savePairs()涉及未能执行索引排序时交换其他信息。

• 添加mergeCMs()函数从ContactMatrix对象允许进入管道。

• 预处理的脚本包转移到存储库的用户指南。

• presplit_map更新。py使用新的samtools API进行排序。

• 更新的用户指南。

diffuStats

版本1.0.0的变化:

• 五扩散内核可用,它们可以计算从一个“igraph”对象。

• 扩散实现分为“diffuse_raw”确定的分数和diffuse_mc排列分析,这是由。总共七个扩散分数是通过“扩散”函数来访问。

• 绩效评估裹在“性能”功能。

• 辅助函数的帮手。R(情节扩散分数,检查如果内核矩阵是一个内核,从图像中提取最大CC)

导演

1.3.1版本的变化:

• 改善通知书发现反馈循环。

• 添加示例输入与反馈回路手册。

DMCHMM

的变化版本0.99.10:

自去年时间变化

• 几个问题是固定的。

• 一些修改expedise过程完成。

• 而不是平行的包,BioParallel包使用。

的变化版本0.99.9:

自去年时间变化

• 改变一些参数的示例的运行时间更快。

• cBSData-method BSData-method改变。

• cBSDMCs-method BSDMCs-method改变。错误修复

• 没有报道。

的变化版本0.99.0:

改进自上次

• 我们改进的一些代码加快运行方案。

未来的发展

• 一些函数将rewitten C。

错误修复

• 到目前为止没有报道。

剂量

3.3.2版本的变化:

• 新项目网站使用blogdown < 2017-09-28,清华>

• 为gseaResult ridgeplot < 2017-08-17,清华>

3.3.1版本的变化:

• 把失败时警告,而不是错误setReadable。< 2017-06-28,结婚> + https://github.com/GuangchuangYu/clusterProfiler/issues/91

• 更好的味精当使用错误ID类型GSEA < 2017-06-01,清华> + https://support.bioconductor.org/p/96512/ 96516

EBImage

的变化版本4.20.0:

新功能

• ' abind()的方法,结合图像数组

• floodFill()的矢量化对其参数“pt”和“上校”允许指定多个开始点和不同的填充颜色

用户可见的明显变化

• 显示()“浏览器”模式已经更新使用htmlwidgets基础设施

• ' filter2()”不需要滤波器尺寸时奇数滤波器尺寸等于图像大小

错误修复

• 固定问题的规范化()(https://github.com/aoles/EBImage/issues/25)

• 各种改进clahe()的函数

刨边机

的变化版本3.20.0:

• DGEList()设置同一row.names基因和计数。

• 保留row.names topTags ()。

• estimateDisp()使用“y美元设计”如果它存在。

• estimateDisp()不使用平均log-CPM之前。df计算如果的趋势。方法”是“没有”。

• estimateDisp()不会返回趋势。色散如果的趋势。方法”是“没有”。

• 设计矩阵默认为“y美元设计”在“y”样本组美元之前所有的基因集测试功能。

• 新参数“集团”mglmOneWay ()。导致轻微的速度改进glmFit ()。

• “设计”arg predFC()现在是强制性的。

• 切换的系数。开始“mglmOneGroup回到一个向量()。

• 新功能cpmByGroup()和rpkmByGroup ()。

• 重命名参数“x”“y”在cpm()和rpkm ()。

• 恢复零色散检查glmFit ()。

• 从glmQLFit()删除“抵消”参数是符合glmFit ()。

• 出口CompressedMatrix符子集。

• 重构c++代码与更大的c++ 11支持使用Rcpp。

• 流线型的c++代码输入尺寸检查。

• 支持zero-row addPriorCounts输入()c++代码。

• 添加cbind和rbind S3 DGEList对象的方法。

• 添加“dim”作为compressedMatrix类的一部分。

• 添加compressedMatrix类常用的方法。

• 注册为compressedMatrix S3方法。

• 添加了一个案例研究的差异甲基化分析用户的指南。

EGSEA

的变化版本1.5.6 (2017-09-11):

• 修改:GSVA invokation由于GSVA开发者改变返回值和参数2021欧洲杯体育投注开户

1.5.5版本的变化(2017-08-24):

• 修复:在egsea bug。或a where interpret files not generated correctly.

• 固定:总结基于排名当使用egsea.ora情节

• 重命名:entrezIDs egsea。奥拉到geneIDs

• 修复:在egsea bug。或a when ‘title’ includes white spaces or special characters

• 固定:几个小错误

1.5.4版本的变化(2017-08-10):

• 改变:entrezIDs buildCustomIdx和buildGMTIdx geneIDs。

1.5.3(2017-07-20)更正版本的变化:

• 替换:下划线字符点和破折号在装饰图案,gsaplots。R和htmlUtils.R

1.5.2版本的变化(2017-07-18):

• 改变:方法名getlogFCFromLMFit runStandardLimmaDEA

• 修正:一个小bugin buildKEGGIdx

• 补充道:votep结合假定值

• 改变:egsea。dir成report.dir

• 替换:打印语句和消息,警告,停止在适当的地方。

• 补充道:交互式数据表和总结情节。

• 补充:参数“互动”egsea主要功能,generateReport plotSummary

• 修改:装饰图案,所以图片不是生成一条警告消息所取代

1.5.1版本的变化(2017-04-11):

• 合并:relevenat函数的文档到一个帮助页面

• 补充道:一个函数buildGMTIdx构建基因集合索引从格林尼治时间文件

• 补充:一个名为egsea的新功能。马与微阵列数据集

• 修改:egsea函数来生成所有成对的比较(对比)的对比参数是NULL。这主要是基于设计的主要因素矩阵被定义为“集团”参数或列voom.results目标群美元。

ENmix

的变化版本1.13.9:

• getBeta:错误修复处理大型数据集

的变化版本1.13.7:

• 更新用户指南

的变化版本1.13.6:

• 修正用户指南

的变化版本1.13.4:

• 错误修复

的变化版本1.13.3:

• 添加管道函数mpreprocess

• 错误修复

1.12.1版本的变化:

• 错误修复

• 错误修复

EnrichedHeatmap

1.7.1上版本的变化:

• show_row_names放在函数参数列表

• 我们不使用位置为0(+ 1或者1)

• 添加dist_by_closeness ()

• 添加extract_anno_enriched ()

• 轴上添加蜱虫

• 添加一个新的装饰图案(比较行排序方法)

EnrichmentBrowser

的变化版本2.8.0:

• SummarizedExperiment主要从ExpressionSet迁移

ensembldb

的变化版本2.1.12:

错误修复

• 使用新的IRanges包的默认参数maxgap = 1 l, minoverlap = 0 l transcriptsByOverlaps和exonsByOverlaps方法。

• 删除RSQLite警告(问题# 54)。

2.1.11版本的变化:

错误修复

• ensDbFromGtf未能解析头GTF文件超过一个空格。

2.1.10版本的变化:

用户可见的变化

• supportedFilters返回一个数据帧过滤类名和对应的字段(列)名称。

2.1.9版本的变化:

新功能

• 支持全球EnsDb对象的过滤器。

• 添加过滤函数。

的变化版本2.1.8:

新功能

• 新的注释中可用EnsDb对象:gene.description tx.tx_support_level。

• 新的TxSupportLevelFilter对象。

EpiDISH

的变化版本0.99.0:

• 初始提交Bioconductor。

• 添加新闻文件。

• 添加约束模式参数CP模式。

epiNEM

版本:2017.01类别:Github公开并提交Bioconductor文本:

epivizrChart

的变化版本0.99.0:

• Bioc猛击释放

epivizrData

999.999版本的变化:

• 这个消息文件只是一个占位符。版本999.999是不存在的。请阅读新闻在Github: < URL: https://github.com/epiviz/epivizrData >

epivizrServer

999.999版本的变化:

• 这个消息文件只是一个占位符。版本999.999是不存在的。请阅读新闻在Github: < URL: https://github.com/epiviz/epivizrServer >

epivizrStandalone

999.999版本的变化:

• 这个消息文件只是一个占位符。版本999.999是不存在的。请阅读新闻在Github: < URL: https://github.com/epiviz/epivizrStandalone >

esATAC

版本:1.0.0类别:最初版本的文本:

版本:1.0.0类别:预设管道可用于案例研究和病例对照研究的文本:

版本1.0.0类别:所有基本元素在预设管道可用于构建定制的管道。文本:

ExperimentHub

更改版本1.4.0:

新功能

• ExperimentHub现在将离线工作利用参数“localHub”;还将使用这个选项会自动检测到如果没有互联网连接。

• 添加新创建ExperimentHub包的装饰图案

修改

• 更新AnnotationHub依赖性;新资源类RDSResource

• 移动listResources loadResources从AnnotationHub到这里

错误修复

• 修复错误在createHubAccessors硬编码的值

ExperimentHubData

更改版本1.4.0:

修改

• 装饰图案转移到ExperimentHub更实用;创造了新的装饰图案

• 允许在本月/ extdata规范的元数据文件被使用

错误修复

• 更新addresource

FamAgg

1.5.3:更正版本的变化

用户可见的明显变化

• plotPed haplopaint策划支持设备=写道,“txt data.frame haplopaint并返回文件名,但是不叫haplopaint。

1.5.2版本的变化:

新功能

• 新的二项测试(binomialTest和FABinTestResults对象)来实现。

GA4GHclient

1.2版本的变化:

错误修复

• 修复bug由于dplyr包的变化

计

的变化版本2.27.3:

• 固定在kegg bug。gsets功能,导致错误当物种=“ko”(KEGG Orthology)。

的变化版本2.27.1:

• 主要在korg的扩张,现在包括KEGG和NCBI分类ID, ID类型两个基因,即NCBI蛋白质和uniprot ID。此外,Entrez或NCBI基因IDs停止对大多数原核生物。

• korg现在包括4800 KEGG物种,与此同时,一个更新版本的korg现在检查Web服务器从Pathview KEGG时每个R会话。第一次gsets函数被调用。版本2.20.1

• 更新RNA-seq工作流装饰图案,特别是第一步summarizeOverlaps,和正确的大礼帽的web链接。2.19.1版本

• 更新计主要装饰图案和装饰图案RNA-seq工作流。物种和基因上添加提醒ID数据一致性检查前,和正确的袖扣输出格式和网络链接。版本2.17.2

• 更新khier包括新添加的参考途径。kegg。现在gsets可以处理397通路。版本2.15.5

• 更新korg包含超过80个新添加的物种,如羊、苹果、橘子等Pathview现在可以处理3050个物种。版本2.14.3

• 修改后的gs的内部函数。热图作为基因设置允许保证金大小ajustment直接或通过sigGeneSet热图。版本2.14.1

• 修订“RNA-Seq数据通路和基因片段的分析工作流”,以反映summarizeOverlaps()迁移到2.14 Bioc GenomicAlignments包。版本2.13.5

• 添加功能。gsets,最新的在Bioconductor 19常见物种的基因集注释和其他更多的用户。版本2.13.3 (2.12.3)

• 更新korg包含超过600个新添加的物种。kegg。gsets现在可以处理2970个物种。

• 固定错误与袖扣共同工作流(13页):范围(exp.fc)范围2.12.2 (cuff.fc)版本

• 固定错误与DESeq2共同工作流(11页):cnts.kegg。p应该fc.kegg.p

gdsfmt

的变化版本1.14.0:

• 调整错误消息

GeneNetworkBuilder

的变化版本1.19.1:

• 解决这个问题当STRINGdb不工作。

《创世纪》

第2.7.4版本的变化:

• 在fitNullMM二项式和泊松GLM家庭固定效应的方差不会乘以色散参数RSS。

2.7.3版本的变化:

• 在assocTestSeq *改变默认值:戴维斯纸牌游戏方法假定值,平坦的权重。

geneXtendeR

1.3.5版本的变化:

• 移除过时的自述。

1.3.4版本的变化:

• 更新引用。

v1.3.3变化:

• 新peaksMerge()函数。

1.3.2版本的变化:

• 新allPeakLengths()函数。

1.3.1版本的变化:

• 新累积行情节(cumlinePlot())功能。

• 输出不同的()函数更具有视觉吸引力现在(没有更多的标签分隔符的迹象),耶!

• 新的微分基因本体论(diffGO())功能。

• 新的gene-GO网络(makeNetwork())功能。

• 新单词云(makeWordCloud())功能。

• 新的barplot函数绘制单词频率发现在条款(plotWordFreq ())。

• 新的重大/总峰值(hotspotPlot())功能。

• 添加新的meanPeakLength (), meanPeakLengthPlot(),和peakLengthBoxplot()函数。

GENIE3

版本:0.99.4文本:删除参数“种子”,改用set.seed小improvemtents

版本:0.99.2类别:接口更改文本:函数和参数重新命名包含点(如get.link CamelCase而不是。列表到getLinkList)

版本:0.99.2类别:新功能文本:GENIE3现在接受ExpressionSet, SummarizedExperiment和SCESet作为输入

genomation

版本:1.9.7类别:改进和错误修正文本:BUG修复相关的计算最后一本scoreMatrixBin函数为本。op =“max”(https://github.com/BIMSBbioinfo/genomation/issues/166)

版本:1.9.7类别:实现Bozena Mika-Gospodorz文本:

版本:1.9.6类别:改进和错误修正文本:BUG修复相关的计算最后一本scoreMatrixBin函数(https://github.com/BIMSBbioinfo/genomation/issues/166)

版本:1.9.6类别:实现Bozena Mika-Gospodorz文本:

版本:1.9.5类别:新功能和特性的文本:enrichmentMatrix()函数计算的浓缩IP样本DNA免疫球蛋白或输入控制样本(问题:https://github.com/BIMSBbioinfo/genomation/issues/138)

版本:1.9.5类别:改进和错误修正文本:删除的要求在染色体对应的字符串名称checkBedValidity()函数(问题:https://github.com/BIMSBbioinfo/genomation/issues/160)

版本:1.9.5类别:实现Bozena Mika-Gospodorz文本:

版本:1.9.4类别:新功能和特性的文本:创建一个c++函数矩阵存储数据与理想的每个窗口的箱子数量:- listSliceMean()调用binMean()函数,——listSliceMedian()调用binMedian ()——listSliceMax()调用binMax ()——listSliceMin()调用binMin ()——listSliceSum()调用binSum ()。

版本:1.9.4类别:新功能和特性的文本:c++函数计算每一本的价值:——binMean(),计算平均值,——binMedian()——计算值,中值- binMax()——计算最大值,——binMin()——计算一个最小值,——binSum()——计算一笔价值。

版本:1.9.4类别:新功能和特性的文本:c++函数Median_c()——从一个向量计算中间值。

版本:1.9.4类别:实现Bozena Mika-Gospodorz文本:

1.9.3版本:类别:改进和错误修正文本:ScoreMatrixBin测试不同的参数组合

版本:1.9.2类别:新功能和特性的文本:c()函数来添加一个ScoreMatrix以及ScoreMatrixList现有ScoreMatrixList(问题:https://github.com/BIMSBbioinfo/genomation/issues/151)。实现Bozena Mika-Gospodorz。

版本:1.9.2类别:改进和错误修正文本:“名字”ScoreMatrixList类添加了一个槽

版本:1.9.1类别:改进和错误修正文本:knitrBootstrap dependecy删除和下面的问题是固定的——https://github.com/BIMSBbioinfo/genomation/issues/135——https://github.com/BIMSBbioinfo/genomation/issues/146——https://github.com/BIMSBbioinfo/genomation/issues/147

GenomeInfoDb

版本:1.14.0类别:新功能文本:

版本:1.14.0类别:用户可见的重大变化:

版本:1.14.0类别:弃用和已经文本:删除“力”seqinfo论证()和seqlevels () setter (BioC 3.5支持的论点有弃用新的和更灵活的修剪。模式的参数)。

版本:1.14.0类别:BUG修复文本:添加缺失的Y / chrY进入seqlevel风格db黑腹果蝇和鼠形。

GenomicAlignments

的变化版本1.14.0:

用户级的重大变化

• makeGAlignmentPairs()不再与不整合seqnames双下降。

• 改变“maxgap”和“minoverlap”参数默认值的方法findOverlaps()所以他们坚持新的参数默认值中定义的通用IRanges 2.12.0。看到IRanges新闻文件包的更多信息关于这个变化。

弃用,已经

• 删除“力”seqinfo论证()和seqlevels () setter (BioC 3.5支持的论点有弃用新的和更灵活的修剪。模式的参数)。

错误修复

• 修复错误的配对代码readGAlignmentPairs()当一个伴侣在一对丢失,因为用户提供过滤(如mapqFilter = 10)。

GenomicFeatures

1.30版本的变化:

新功能

• 添加makeTxDbFromEnsembl()创建一个TxDb对象直接通过查询一个运用MySQL服务器。这似乎是更快和更可靠的比makeTxDbFromBiomart ()。

• 改善makeTxDbFromBiomart()支持EnsemblGenomes集市fungal_mart metazoa_mart, plants_mart, protist_mart。

• makeTxDbFromGFF()和makeTxDbFromGRanges()现在导入cd阶段。这需要改变潜在的TxDb SQLite数据库对象的模式。这仍然是一个半成品,如cdsBy (txdb =“tx”)仍然需要修改返回的相位信息。

用户可见的明显变化

• * ByOverlaps()函数现在使用相同的“maxgap”和“minoverlap”违约subsetByOverlaps ()。

弃用,已经

• 删除“力”seqinfo论证()和seqlevels () setter (BioC 3.5支持的论点有弃用新的和更灵活的修剪。模式的参数)。

错误修复

• exonicParts()和intronicParts()现在记录。

• 解决几个问题指出由马特·钱伯斯在内部助手get_organism_from_Ensembl_Mart_dataset()和.extractEnsemblReleaseFromDbVersion makeTxDbFromBiomart所使用的()()。

• 解决内部效用.Ensembl_getMySQLCoreDir ()。69年失败的一些数据集从运用集市,导致makeTxDbFromBiomart()失败loopking生物科学名称和染色体的长度。感谢马特·钱伯斯报告。

• 一些调整和修复需要支持RSQLite 2.0。

GenomicRanges

的变化版本1.30.0:

新功能

• 支持GPos-based GRangesList对象。

• 添加“na。rm’ argument to binnedAverage().

用户级的重大变化

• 改变“maxgap”和“minoverlap”违约findOverlaps()和家庭(即countOverlaps (), overlapsAny(),和subsetByOverlaps ())。此更改地址2长期存在的问题:(1)默认情况下任意范围并不排除在外了,和(2)控制零宽度范围和邻近范围终于解耦(只有部分)。新的默认为“minoverlap”是0,而不是1。新的默认为“maxgap”是1而不是0。看到了什么? findOverlaps更多信息“maxgap”和1的意义。例如,如果“类型”是“任何”,您需要设置“maxgap”0如果你想邻范围被认为是重叠的。

• 现在gpo农庄但范围扩展槽,必须一个ipo对象。更新“旧”gpo对象updateObject ()。

• 移动pos()通用IRanges包。

• 移动rglist()通用IRanges包。

• 重命名GenomicRangesORmissing GenomicRangesORGRangesList类- > GenomicRanges_OR_missing GenomicRanges_OR_GRangesList,分别。

• 删除“seqinfo RangesList对象的方法。

• 为GenomicRangesList对象删除“堆栈”的方法。

弃用,已经

• 删除“力”seqinfo论证()和seqlevels () setter (BioC 3.5支持的论点有弃用新的和更灵活的修剪。模式的参数)。

错误修复

• 最近的()和distanceToNearest()现在调用findOverlaps()内部maxgap = 0和minoverlap = 0。这种修正不正确的结果在某些情况下,例如在情况报告:https://support.bioconductor.org/p/99369/(零宽度范围),而且在这种情况下:最近的(农庄(“chr1 IRanges(10)),农庄(“chr1 IRanges(4:5)),选择=“所有”)2主题的范围这两个最近5 - 10的范围内。

• “美元”完成GenomicRanges在RStudio工作。

• 轻微的调整从角色转换到农庄和反向转换。

GenomicScores

的变化版本1.2.0:

用户可见的变化

• 添加方法的名字()”和“类型”()GScores对象。

• 使多个分数值的检索每个基因组的位置(例如,CADD或M-CAP分数)。

• 添加方法的引用()获取基因组分数的引用信息。

• 添加“makeGScoresPackage()函数”来创建一个注释包从一个AnnotationHub基因资源。

• 添加“qfun()”和“dqfun()的方法来获取量化和dequantization从用于存储和检索功能基因组的分数。

• 添加“量子化”论点的分数()方法来获取量化值,如果用户希望dequantize他或她自己的值。

• 回退到当地AnnotationHub当没有互联网连接获取基因组分数通过AnnotationHub资源。

• 添加“MafDb”类,来源于“GScores”来存储和访问小等位基因频率值。这最初是“VariantFiltering”中定义的包。

• 装饰图案已经更新说明使用前面介绍过的一些变化。

GEOquery

版本:2.45.2文本:改进:* GPL解析4-5x更快* GSM解析快3倍* GSEMatrix解析很聪明对样本特征。简而言之,gse,样品实际使用特点,pData应该不错,整洁的列标题phenodata键和值的列,包括正确处理缺失值,等等。

版本:2.45.1文本:Bug修复* getDirectoryListing固定处理更改NCBI服务器清单格式

版本:2.45文本:改进:* GDS解析好几次快* GSEMatrix解析好几次快

ggcyto

版本:1.5.5类别:添加数据替换功能通过% + %操作符文本:

ggtree

的变化版本1.9.4:

• geom_hilight_encircle和geom_cladelabel2 < 2017-09-12,星期二> + https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/pull/152

• set_hilight_legend < 2017-08-30,结婚>

• geom_motif对齐主题< 2017-08-22,星期二> + https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/148

• 固定R CMD构建错误:无法统计“ggtree / site_src /主题”:没有这样的文件或目录< 2017-08-22,星期二>

1.9.3版本的变化:

• 更新使用! !在tidyr::收集兼容tidyr 0.7.0 < 2017-08-03,清华>

• 现在geom_text2 geom_label2 geom_point2和geom_segment2处理ggplot2 < 2017-08-01,星期二>

• 更新fortify.jplace支持数量的位置(nplace) < 2017-07-27,清华>

1.9.2版本的变化:

• 添加bg_line和高度参数msaplot < 2017-07-26,结婚> +使用可以设置bg_line = FALSE和高度= 1情节更美丽的对齐

• 扩展参数geom_cladebar < 2017-07-26,结婚> + https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/142 issuecomment - 317817995

• scaleClade作品后调用viewClade < 2017-07-20,清华> + https://groups.google.com/forum/?utm_medium=email&utm_source=footer # ! / bioc-ggtree / QVSryszPaFY话题

• gheatmap支持处理倒塌的树< 2017-06-29,清华> + https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/137

1.9.1版本的变化:

• 现在映射参数将传递给段层geom_tiplab(对齐= T) < 2017-06-19,我的>

• geom_cladelabel支持角=“自动”对圆形布局树< 2017-05-05,星期五>

Glimma

的变化版本1.6.0:

• 添加表MDS阴谋。

• 改变编码的javascript数据更紧凑

• 固定的处理和基因。选择参数glMDSPlot

GoogleGenomics

变化在2.0.0版本:

gRPC支持和更多的身份验证选项

• 可以使用gRPC访问整个方法设置在v1 API。

• 支持应用程序默认凭证。

• 支持全球教育运动服务帐户凭据。

GOSemSim

2.3.1版本的变化:

• 新项目网站使用blogdown < 2017-09-28,清华>

• 加快由pre-calculating去相似性< 2017-05-22,星期一> +由Lluis里维拉桑丘+ https://github.com/GuangchuangYu/GOSemSim/pull/13

石墨

版本变化1.23.7 (2017-10-19):

• 提供每个通路在其原始数据库的URL。

• 新的小插图描述通路分析的代谢活动。

版本变化1.23.6 (2017-10-18):

• 删除DEGraph支持。

版本变化1.23.5 (2017-10-13):

• runClipper收获一个选项来设置随机数生成的种子。

版本变化1.23.3 (2017-10-12):

• 代谢物途径。

• 每个通路的多个视图:蛋白质,代谢产物或两者。

• 新的数据库:SMPDB和网页。

• 删除支持RCytoscape(默认情况下,使用RCy3)。

• 转换的代谢物标识符。

• 更快地转换idenfiers在多核系统上。

GraphPAC

的变化版本1.19.1:

• Url修正为新pdb.org网站文件结构。

GRmetrics

v1.3.3变化:

• 重命名列“GR”“GRvalue GR值表来匹配其他代码。

• 固定在分裂率GR值计算错误的错误消息

1.3.2版本的变化:

• 重命名一些曲线参数相对细胞计数曲线

• “集成电路”改为“rel_cell”。

• 改变GRdrawDRC剂量反应曲线的函数参数选择基于相对细胞计数从'度量=“IC”到“公制=“rel_cell””。

• 改变GRinf (Einf)值的最小平均GR值(相对细胞计数)的两个最高浓度测试的水平线适合(GRmax一样)。

• 改变GRmax (Emax)在平均在多个条件的情况下,采取的最小值的均值GR值(相对细胞计数)两个浓度最高,而不是在这些浓度绝对最小GR值。

• “持续时间”列中输入改为“treatment_duration”匹配其他代码的命名法。

• 添加计算GR值分裂率情况下“C”

1.3.1版本的变化:

• 添加计算GR值分裂率情况下“A”

• 现在接受列“持续时间”和“division_time”而不是“cell_count__time0”

• 添加了一些参数来计算

• “control_cell_doublings”是细胞倍增发生在控制人口数量分析,计算从最初的和最后的细胞计数或分裂率和时间的测定。

• “concentration_points”是一个实验中使用的许多不同的浓度

GSEABase

1.39版本的变化:

错误修复

• goSlim()没有正确计算重复的标识符。(https://support.bioconductor.org/p/100403/)

GSVA

1.26版本的变化:

用户可见的变化

• 更新实现选项的abs。ranking=TRUE’ to use the original Kuiper statistic.

• 参数“rnaseq”和“内核”已经过时,取而代之的是一个新的论点“kcdf”。

• “不争论。精神”和“引导。的百分比已弃用。

• 返回值与默认参数”=“gsva”方法进行了简化,它不是一个列表对象了。现在“gsva()函数返回总是一个矩阵或一个“ExpressionSet”对象,当输入表达式数据也是一个“ExpressionSet”对象。

• “gsva()的函数可以通过使用一个闪亮的应用程序功能的igsva ()”。

gtrellis

1.9.1版本的变化:

• 函数GenomicRanges都是进口的

GWASTools

的变化版本1.23.2:

• 添加一个函数来强迫GenotypeData对象为使用VariantAnnotation VCF对象。

的变化版本1.23.1:

• 把ncdf4从进口来显示。用户希望使用NetCDF文件而不是GDS必须单独安装ncdf4包。这种变化就要求在Linux机器上安装NetCDF库仅供用户计划使用GDS。

Heatplus

的变化版本2.23.1:

• 解决问题不一致的绘制在同一设备

hiAnnotator

1.11.1版本的变化:

• GenomicRanges包更新调整和改进测试

HIBAG

的变化版本1.14.0:

• 修改内核支持GPU扩展

• 添加匹配的比例衡量SNP的相似性之间的单体型训练和测试数据集

• 新功能hlaReportPlot ()

• “氯”的论证predict.hlaAttrBagClass (),hlaPredict ()和hlaParallelAttrBagging ()允许一个数值为核心的数量

HiTC

的变化版本1.21.0:

错误修复

• 修复bug在getExpectedCountsMean非对称数据

• 处理NA getPearson函数

• 修复bug normLGF导致不对称矩阵

hpar

的变化版本1.19.1:

• 从脚本/ getHpaData重新生成数据集。R,差异与hpa网站下载表格的数据记录由马丁·布什< 2017-07-19 >结婚

的变化版本1.19.0:

• 新Bioconductor重击

iCOBRA

1.5.5版本的变化:

• 的默认选择的措施使用ROC和FP曲线改变提高一致性。现在的优先顺序是pval padj,得分。以前版本的行为可以通过设置在calculate_performance prefer_pval = FALSE ()。注意的措施的类型是用来计算一个特定的性能值可以从各自的插槽COBRAPerformance和COBRAPlot检索对象。

• 改进的健壮性的选择测量用于罗斯福/ TPR和罗斯福/ NBR曲线,特别是对于方法假定值和分数是可用的。

• 额外的有效性检查pval和padj插槽

1.5.1版本的变化:

• 添加支持误符号率的计算

immunoClust

版本:1.9.2文本:*可选标签参数变化meta-clustering继续meta-clustering初始集群meta-cluster任务

版本:1.9.1文本:改变*小的改进和附加选项在情节和splom方法*介绍ALPHA选项正常化环节

intansv

的变化版本1.17.1:

笔记

• 修复一个小虫子methodsMerge函数。

的变化版本1.17.0:

笔记

• 更新到最新版本的不同的工具。

InteractionSet

1.5.7版本的变化:

• 删除InteractionSet c()方法,GInteractions rbind方法。

• 广义ContactMatrix允许任何类型的矩阵像对象。

• 支持GInteractions不指定填充膨胀()。改变默认填充InteractionSet失踪。

• 分离构造子集,结合文档到两个不同的页面。

• 添加方便包装的大小(),狭窄的()和()转变GenomicRanges槽的所有对象。

• 修改锚()返回一个列表,而不是GRangesList。

• 修改为GInteractions宽度()返回一个列表()而不是DataFrame ()。也改变了列表元素的名称。

• 添加了anchorIds()函数,用于快速提取锚id。

• 删除了要求相同的地区pcompare()和()相匹配。

感兴趣

的变化版本1.2.0:

新功能

• DEXSeqIntEREst()运行DEXSeq微分外显子的使用或基因内区保留测试SummarizedExperiment对象(导致利息()或interest.sequential()分析)。

• unionRefTr()执行联盟在引用数据帧重叠基因内含子/外显子。导致数据帧特征从每个重复外显子和内含子只有一个副本。

• deseqInterest()运行微分基因内区保留测试改编自DESeq2包。

• interestResultIntEx()构建一个SummarizedExperiment对象从一个基因内区保留和exon-exon结对象(因利益(),interest.sequential()和/或InterestResult()函数)。结的平均水平的侧翼外显子与内含子保留值添加到SummerizedExperiment。

用户可见的明显变化

• u12Index()支持intronExon参数提供了可能性提取的行代表U12-type内含子和外显子的侧翼U12-type内含子从SummerizedExperiment对象。

错误修复

• 纠正interestAnalyse。R和interestAnalyse.sequential。感兴趣的R()和interest.sequential()支持bam单(未配对)读取的文件。

• 正确的bpparam设置兴趣()。

iPAC

的变化版本1.20.1:

• Url修正为新pdb.org网站文件结构。

首次公开募股

1.7.5版本的变化:

• unix系统上添加使用聚类方法叉(由于巴勃罗Moreno)

• 固定在并行bug,以防止冲突包“雪”

1.7.4版本的变化:

• 之前parallel-functions与并行::使用正确的包

• 固定错误函数writeRScript使用“黄土”保留时间软木。

• 减少运行时R CMD检查IPO

1.7.3版本的变化:

• 添加了可运行的例子

• 减少图片的大小片段/ rsmDirectory

• 减少了运行时的单元测试

• 取代扩张。与expand.grid网格。在utils.R子集()

版本是1.7.2变化:

• 错误修复:试图阻止calcPPS误差可能引起的NAs

• 更换猫()和print()调用和消息()

1.7.1上版本的变化:

• 检查与窦峰形曲线的相关性(π-π/ 2 * 1.5),正态分布或checkBorderIntensity

• findIsotopes。首次公开募股renamed parameter checkBorderIntensity to checkPeakShape

• 性能改进calcPPS checkPeakShape = FALSE

• 计算xcmsSet-object和各自的PPS为每个DoE。(PPS估计不再是rsm)

• 另外转发nSlaves xcmsSet-function(也看到getDefaultXcmsSetStartingParams ())

的变化版本1.7.0:

• 添加支持XCMS-method retcor.loess

• 帮助文件更新

• getRGTVValues改变返回值

• 采用单元测试

• 可以设置参数scanrange XCMS-methods findPeaks但不优化

1.6.2版本的变化:

• 更新了getNormalizedResponse()函数来防止NAs

1.6.1版本的变化:

• 添加安装脚本和安装在装饰图案描述

1.6版本的变化:

• 添加支持相机同位素识别(findIsotopes.CAMERA)

• findIsotopes的选择性。首次公开募股may be increased if checkBorderIntensity is set to TRUE: ‘maxo’ of each peak of an isotopologue must be three times higher than the intensities at ‘rtmin’ and ‘rtmax’

• 简化的返回值calcPPS()向量和有意义的名称

• 改变getDefaultXcmsSetStartingParams () min_peakdwidth = c对ppm(28)和c(17日32)

的变化版本1.5.7.1:

• 使用预测()来确定最佳水平和扩大。网格生成testdata模型

1.5.7版本的变化:

• 支持单一参数优化。只有基本版本冗余水平连续

• 删除integer-rounding最大集中所有findPeaks参数除了预滤器(I)和步骤

• 更新文档与代码

• 删除使用getwd()防止绝对子目录路径

1.5.6版本的变化:

• 更新后的装饰图案

• 通常使用中心合成设计而不是Box-Behnken设计

• 固定的错误在定义子目录功能optimizeXcmsSet和optimizeRetGroup =零

• 修改处理版本> 1.5.6单元测试

• 添加函数writeRScript名称空间的出口

• 男人optimizeXcmsSet和optimizeRetGroup更新

1.5.5版本的变化:

• 增加可靠的山峰在calcPPS的回忆。改变了PPS计算指数从1.5到2

的变化版本1.5.4.8:

• 删除文件查找optimizeXcmsSet,离开那个xcmsSet ()

的变化版本1.5.4.7:

• 影响使用串行评估如果nSlaves = 1,帮助调试

的变化版本1.5.4.6:

• 删除依赖Rmpi

的变化版本1.5.4.5:

• 添加来自msdata例子

• 解决取决于进口和图书馆()和要求()调用

的变化版本1.5.4.4:

用户可见的变化

• 打包脚本

• 改变了方法名attachparams attachList

• 改变了方法名calculateRGTV getRGTVValues

• 改变了方法名getDefaultStartingXcmsParams getDefaultXcmsSetStartingParams

• 改变了方法名typeCastFactor typeCastParams

• 改变了方法名writeRSkript writeRScript

• 改变了参数名n_slaves nSlaves

• resultIncreased:如果最后优化分数是0,没有发现因此同位素数据集不是optimizable IPO。

• 添加attachList人文件、calcPPS combineParams, createModel,解码,decodeAll,编码,getBbdParameter, getCcdParameter, getDefaultRetCorCenterSample, getDefaultRetGroupStartingParams, getDefaultXcmsSetStartingParams, getNormalizedResponse, getRGTVValues, IPO-package, optimizeRetGroup, optimizeXcmsSet, startSlaves, toMatrix typeCastParams

• 删除xcmsSetsettingsAsString.R

• getResponses:现在能够处理NULL值为片参数

• calcPPS:山峰同位素标识之前删除了NA值

• 如果子目录为空,没有rsm保存

• optimizeXcmsSet: lowere最小值min_peakwith从5到3 # IPO_V1.5.4.3: *唇计算calcPPS固定# IPO_V1.5.4.2: *添加初始参数检查# *重命名所有factor-variables params optimizeXcmsSet # *: -也寻找mzML-files #检查如果发现文件# * bug matchedFilter固定的优化;σ和mzdiff #研究后(combineFactors())当σ和步骤以及步骤已知# IPO_V1.5.4.1: calcPPS变化:# rt_window < - rt * 0.005 # rt_lower < - part_peaks (,“rt) - rt_window # rt_upper <——part_peaks [“rt”) + rt_window # IPO_V1.5.4:如果bad_group = = 0;bad_group = 1 & & good_group + = 1 # IPO_V1.5.3:没有同位素检测的参数。# c13_peak (,“mz”)必须在(mzmin + isotope_mass)和(mzmax + isotope_mass) # c13_peak (,“rt”)必须在(rtmin + isotope_mass)和(rtmax + isotope_mass) # IPO_V1.5。:在RCSandGSIncreased:还用good_groups ^ 2 # IPO_V1.4。:矢量化同位素标识;#没有窗口,强度最大的碳强度和1 # IPO_V1.3之间。:good_groups ^ 2增加召回

v1.3.3变化:

用户可见

• 新情节参数为optimizeXcmsSet和optimizeRetGroup控制策划(# 51)

1.3.2版本的变化:

• 错误修复# 50:正确的peaks-matrix,处理xcms bug (sneumann / xcms # 220)老xcms-versions

• 测试的参数优化

1.3.1版本的变化:

• 错误修正关于BPPARAM冲突和nSlaves参数(thx @lauzikaite)

IRanges

的变化版本2.12.0:

新功能

• 添加ipo对象用于存储一组整数位置的位置通常(但不一定)相邻。

• 添加一个特征向量的强迫或因素代表范围(例如“22 - 155”)IRanges对象,以及”。“和”字。因素”范围对象的方法。

• 介绍overlapsRanges()代替“范围”的方法支安打,HitsList对象,和反对后者。

• 添加”。未分类的范围对象的”方法。

• 添加范围对象的“范围”的方法(评级对象IRanges实例和放弃元数据列)。

• 添加“use.names”和“使用。mcols()通用的参数范围。

用户可见的明显变化

• 改变“maxgap”和“minoverlap”违约findOverlaps()和家庭(即countOverlaps (), overlapsAny(),和subsetByOverlaps ())。此更改地址2长期存在的问题:(1)默认情况下任意范围并不排除在外了,和(2)控制零宽度范围和邻近范围终于解耦(只有部分)。新的默认为“minoverlap”是0,而不是1。新的默认为“maxgap”是1而不是0。看到了什么? findOverlaps更多信息“maxgap”和1的意义。例如,如果“类型”是“任何”,您需要设置“maxgap”0如果你想邻范围被认为是重叠的。注意,poverlaps()仍然使用旧的‘maxgap’和‘minoverlap违约。

• subsetByOverlaps()前两参数现在命名为“x”和“范围”(而不是“查询”和“主题”)的一致性transcriptsByOverlaps (), exonsByOverlaps(),和cdsByOverlaps()函数从GenomicFeatures包和snpsByOverlaps BSgenome包()函数。

• 取代ifelse()通用的,方法与ifelse2()(急切的语义)。

• 强迫从范围到IRanges现在传播元数据列。

• 移动rglist()一般从GenomicRanges IRanges包。

• “联盟”、“相交”和“setdiff”方法的范围对象不再像自同态:现在他们总是返回一个IRanges实例无论范围衍生品被传递给他们(例如NCList或NormalIRanges)。

弃用,已经

• 反对“范围”的方法支安打和HitsList对象(取代overlapsRanges ())。

• 反对“overlapsAny”、“subsetByOverlaps”、“覆盖范围”和“范围”RangedData对象的方法。

• 反对宇宙()getter和setter的“宇宙”的论点以及RangesList (), IRangesList (), RleViewsList(),和RangedData()构造函数。

• 默认“togroup”方法现在已经(在BioC弃用3.3)。

• 删除grouplength()(在BioC 3.3,取而代之的是grouplengths弃用,然后已经在BioC 3.4)。

错误修复

• 最近的()和distanceToNearest()现在调用findOverlaps()内部maxgap = 0和minoverlap = 0。这种修正不正确的结果在某些情况下,例如在情况报告:https://support.bioconductor.org/p/99369/(零宽度范围),而且在这种情况下:最近的(IRanges (5、10), IRanges(1, 4:5),选择=“所有”)2主题的范围这两个最近5 - 10的范围内。

• 修复限制()和反向()IRanges对象元数据列。

• 修改表()对象范围。

• 其他只是小修小补。

IrisSpatialFeatures

版本变化0.99.3 (2017-08-10):

• 第一个版本

IsoformSwitchAnalyzeR

版本:2017-10-25文本:固定的文档的一个小错误导致构建警告

版本:2017-10-22文本:isoformSwitchTestDRIMSeq()更新默认使用dmFilter ()

版本:2017-10-22文本:小更新文档更好的解释功能udate 0.99.12

版本:2017-10-19文本:版本撞Bioconductor跟上

版本:2017-10-12文本:importIsoformExpression()已经完全重新设计,利用tximport方案以及实现的选项实现正常化(TxPM)丰度值。

版本:2017-10-12文本:有一个彻底的修井小插曲——巨大的shoutout玛丽亚Dalby的帮助!

版本:2017-10-12文本:isoformSwitchTestDRIMSeq()也被扩展到包括dmFilter作为工作流的一部分()功能。

版本:2017-10-12文本:内部过程从同种型表达式计算基因表达是扮演自己的功能:isoformToGeneExp ()。

版本:2017-10-12文本:固定一个错误可能导致问题当从GTF文件导入信用违约掉期

版本:2017-10-12文本:更新描述和其他一些小的风格问题。

版本:2017-06-01文本:修复一些问题在Bioconductor审查坚持Bioconductor约定子集()方法被删除,取而代之的是subsetSwitchAnalyzeRlist()函数。

版本:2017-06-01文本:importIsoformExpression()函数被更新以支持进口记录每百万(TxPM)的相对丰度测量(而不是TPM和RPKM / FPKM停止)从Kallisto在导入数据,鲑鱼和RSEM。

版本:2017-06-01文本:isoformSwitchTestDRIMSeq()函数是更新一个线性模型(一个dmFit)而不是一个模型/成对比较。

版本:2017-06-01文本:小更新switchPlot()函数,让它强劲的NA注释不必要的数据。

版本:2017-06-01文本:添加引用信息描述R包的文章出版后:Vitting-Seerup et al .同种型开关的景观在人类癌症。摩尔。癌症研究》(2017)。

版本:2017-05-24文本:修复一些问题在Bioconductor审查

版本:2017-05-24文本:修复但主流在最近更新的结果包含了如何集成。

版本:2017-05-24文本:装饰图案的更新提高可读性。

版本:2017-05-19文本:主要更新:1)介绍了iso_ref和gene_ref处理所有条目switchAnalyzeRlist允许跨不同enteries轻松集成的数据。2)与DRIMSeq现在提供完整的集成工具utilizises先进线性模型来识别重大变化在同种型使用同种型水平使强大的分析更复杂的设计包括批处理效果。通过isoformSwitchTestDRIMSeq integraiton是十分感激()函数。3)更新IsoformSwitchAnalyzeR处理EBI的新服务器包含了运行。4)使集成DRIMSeq switchAnalyzeRlist对象已经扩展:a)同种型replciate数矩阵。b)设计矩阵。5)前置滤波器函数已经更新新的功能和默认更适合使用DRIMSeq达标。有关详细信息,请参阅函数文档。6)实现从Bioconductor评论家建议更新此更新太大向后的兼容性是不幸的不是feasiblie所以所有现有switchAnalyzeRlists必须重塑。switchAnalyzeRlist的延伸也做了一些如何nessesary导入数据的变化。具体:importRdata()函数现在复制数矩阵的主要输入和复制FPKM矩阵是可选的。 - The importBallgownData() function and it’s accompanying “exampleRdata.RData” have been decapitated since it does not contain count information. - The importIsoformExpression() function have been introduced to help with importing data from Kallisto, Salmon and RSEM. This function generates a isoform count matrix from the parent directory of the Kallisto/Salmon/RSEM analysis - which can easily be used with the importRdata() function to generate a switchAnalyzeRlist. Lastly the vignette have naturally been updated and improved accordingly.

版本:2017 - 04文本:小增量更新,以确保IsoformSwitchAnalyzeR辜负所有Bioconductor标准大多保存名称空间是如何有组织的和进口的。

版本:2017-04-18文本:增加了以下功能:为重要的开关启用过滤预滤器()函数。——extractGenomeWideAnalysis()函数与“annotationToAnalyze”参数启用扩展规范注释类型来分析。——analyzeSwitchConsequences()函数的扩展,使分析截短蛋白(通过提供“domain_length”“consequencesToAnalyze”论点)。——analyzeSwitchConsequences()函数是扩展“ntCutoff”也适用于TSS和TTS分析。以下错误被纠正:——一个bug importCufflinksCummeRbund()进口所有亚型的基因特性,包括cd等,导致重复区域基因内区保留分析造成问题。这只是一个问题的袖扣/ Cuffdiff分析具有一定的转录组contaied non-exon注释类型中定义的(如列(列3))的gtf文件。——一个bug analyzePFAM()函数,它有时阻止IsoformSwitchAnalyzeR正确格式的文件,函数不能运行的结果。——多线程选项被删除,因为它是由windows电脑不支持的。我们计划把它背在后面的更新。——手动的选择提供的启动和停止密码子序列annotateORF()函数应该在成绩单扫描。 Furthermorethe vignette was extended for enhanced usability.

isomiRs

1.5.5版本的变化:

修复

• 装饰图案迁移到新的BiocStyle

• 删除未使用的函数join_all

• 使用参数不是整数

• 使用testthat进行单元测试

1.5.4版本的变化:

特性

• 更好的文档isoCorrection函数。添加适当的作者和引文。

1.5.3:更正版本的变化

特性

• 更好的颜色isomiRs极坐标图

修复

• 修复期间指出R检查dplyr / ggplot函数内部变量

• 使用roxygen2名称空间

1.5.2版本的变化:

修复

• 删除三甲的依赖

1.5.1版本的变化:

特性

• 添加新极图绘制所有isomiRs在同一时间

• 添加NLQO分布正确表达知道测序偏见(Argyropoulos等,2017)

• 提高数据文档

IWTomics

版本:1.1.1文本:

版本:1.1.2文本:

版本1.1.3文本:

JASPAR2018

3.6版本的变化:

新功能

• JASPAR2018数据包

JunctionSeq

1.7.5版本的变化:

结构性改革

• 改变DESeq2复制很有必要从DESeq2 c++代码。结果:JunctionSeq再次需要编译。

• 轻微的修正。

• 增加了更多的有用的错误信息,当遇到不兼容的人造石铺地面/统计文件。

KEGGprofile

的变化版本1.19.3:

• 修复bug在download_KEGGfile函数,它是由KEGG网站的更新。

的变化版本1.19.1:

• 修复一个缺陷在download_KEGGfile函数,它是由KEGG网站的更新。

limma

的变化版本3.34.0:

• read.idat()现在可以处理在SNP idat文件格式。

• 新参数的排序。通过对topSplice ()。

• diffSplice()现在对待任何NA geneid作为一个单独的基因外显子。以前所有NA geneids被视为相同的基因。

• plotSplice Bug修复(),在某些情况下,没有突出重要的外显子。

• 默认值为“风格”volcanoplot()改为“假定值”,而不是“p”。这并不改变函数的行为。

• volcanoplot()没有处理MArrayLM对象由治疗()。现在修好了。

• alias2SymbolUsingNCBI gene.info.file参数()现在将有选择地接受data.frame代替文件名。

• 现在总是产生data.frame alias2SymbolUsingNCBI ()。以前的单列data.frame是作为一个向量返回。

• Bug修复相机()和cameraPR()当“指数”包含字符行名称。

• 新参数的限制。宇宙’ for the default kegga() method. The default is now not to the restrict the universe to genes with KEGG annotation.

• goana.default()代码重写kegga.default更紧密地匹配。轻微的速度提高。现在先验概率计算使用受限制的宇宙和注释,而不是整个宇宙。

• 错误修正为kegga = TRUE()当趋势或之前。概率或指定协变量。以前下的假定值大幅太小,假定值太大。

• plotWithHighlights()检查是否“状态”是一个因素,转换角色。

• beadCountWeights Bug修复()。现在默认为“设计”,并设置正确的函数现在正常工作当‘y’是一个EList对象包含珠标准错误但不是标准差。

LymphoSeq

1.4.1版本的变化:

• 固定错误topSeqPlot

maftools

的变化版本1.4.00:

新功能

• plotApobecDiff——情节差异APOBEC丰富和非APOBEC浓缩样品

• gisticOncoplot, gisticBubblePlot gisticChromPlot GISTIC可视化结果

• somaticInteractions -识别互斥/共现基因集

• genotypeMatrix——函数来创建基因型矩阵

• mutCountMatrix——生成数矩阵

显著地提高用户级

• 现在改变加器对象:包括临床数据槽PhenoData expressionset相似的对象。

• 改变加器对象:沉默的变体,我们将分开存放对象和不会混合non-syn变体。

• 改变加器对象:Oncomatrix是建立在动态时,它不再存储在加器对象。

• 您可以指定一个手动的变体的分类列表被认为是通过论点在read.maf vc_nonSyn非同义

• mutExclusive函数——使用somaticInteractions而不是下降。

• 许多oncplots排序选项和策划改进。

• 一个可以包括从mutsig q值(或任何类似的程序)在oncoplot barplot一面

• rainfallPlot可以检测超突变基因片段通过ChangePoint检测方法

• plotSignatures包括余弦相似度得分和病原学检测签名

• readGistic论点cnLevel选择深或浅CN变体

• inferHeterogeneity包括数学分数的阴谋

• Tumor_Sample_Barcodes仍然是;”——“早些时候被转换为”。的样品名称

无显著变化

• mafCompare输出包括假定值调整

• trinucleotideMatrix输出包括APOBEC浓缩的假定值调整

• 添加图参数控制在lollipopPlot标题大小和点大小

错误修复

• 特征分析的主要错误修复

• 在oncostrip小bug修复

事

版本变化1.3.8 (2017-10-26):

新功能

• 还说“matter_fc类磁盘上的因素

用户可见的明显变化

• 添加了字符编码matter_str磁盘上的字符串

错误修复

• 固定的错误列在“matter_df”当构造子集

• 固定的错误当强迫data.frame的“matter_df”

版本变化1.3.7 (2017-10-25):

错误修复

• 固定的臭虫默认matter_df chunksize很小

• 改变“datamode”“matter_df”从“列表”到“虚拟”

1.3.6版的变化(2017-10-20):

用户可见的明显变化

• 列表(粗糙的数组)现在可能异构(仍然必须向量元素)

• 更节约内存初始化磁盘上的数据长度(数据)是1

• 文件现在创建的默认构造函数,如果他们已经不存在

• 当强迫”。事’, names and/or dimnames are now retained

1.3.5版本的变化(2017-10-18):

用户可见的明显变化

• 改进的长度/暗违约当数据构造函数

错误修复

• 现在想写一个只读数据集不优雅

• 固定的整数溢出时通过subsetMatterMatrix构造子集

1.3.4版本的变化:

错误修复

• 修复NAs中没有传播正确的整数

• 现在一个错误当的事()不能推断出的数据结构

v1.3.3变化:

用户可见的明显变化

• 增加了新的片段与基准在真实的数据和例子

错误修复

• 固定的错误与向量延迟算术运算

1.3.2版本的变化:

新功能

• 添加类的matter_list同质列表(粗糙的数组)

• 添加类的matter_str磁盘上的字符串

• 添加类的matter_df磁盘上的数据帧

• 添加”。事’ for function coercing to matter objects

1.3.1版本的变化:

新功能

• 更新的基本物质类(matter_vec、matter_mat matter_arr)支持“算术”和“比较”组泛型

餐

版本:1.8.0类别:重大变化的文本:

版本:1.8.0类别:o替代AnalysisResults和AnalysisRegionResults ResultSet文本:

版本:1.8.0类别:o替代MethylationSet GenomicRatioSet文本:

版本:1.8.0类别:用户可见的改变文本:

版本:1.8.0类别:o重命名分析功能的文本:

版本:1.8.0类别:o为每个DMR methd文本创建包装器:

版本:1.8.0类别:新功能文本:

版本:1.8.0类别:o添加差异的方差分析文本:

版本:1.8.0类别:添加新的阿图同时显示所有结果同一地区的文本:

网格

1.3.1版本的变化:

• 新项目网站< 2017-09-30,星期五>

metabomxtr

1.11.1版本的变化:

• *纠正错误发生在混合模型包括最多1预测

MetaboSignal

的变化版本1.7.12:

• MetaboSignal集成KEGG代谢和信号网络监管在OmniPath交互报告和TRRUST。

• 新功能:“MS2_ppiNetwork()”和“MS2_mergeNetworks ()”。

的变化版本1.7.8:

• MetaboSignal包括一个新功能:“MS_getPathIds()允许检索标识符(id) KEGG代谢和信号通路的一个给定的有机体。

• “MS_keggNetwork()”现在可以变换KEGG id为Entrez基因id(使用expand_genes = TRUE, convert_entrez = TRUE)。

• “MS_filterNetwork()”更名为“MS_topologyFilter”。

版本是1.7.2变化:

• 主要的变化函数名:

• “MetaboSignal_matrix()”更名为“MS_keggNetwork”

• “MetaboSignal_distances()”更名为“MS_distances”

• “MetaboSignal_NetworkCytoscape()”更名为“MS_shortestPathsNetwork”

• “MS_ToCytoscape()”更名为“MS_exportCytoscape”

• “MS_ChangeNames()”更名为“MS_ChangeNames”

• “MS_FilterNetwork()”更名为“MS_FilterNetwork”

• “MS_FindKEGG()”更名为“MS_keggFinder”

• 更名为“MS_GetKEGG_GeneID MS_convertGene”

• “MS_NodeBW()”更名为“MS_NodeBW”

• “MS_ReplaceNode()”更名为“MS_ReplaceNode”

• “MS_RemoveNode()”更名为“MS_RemoveNode”

• “MS_FindMappedNodes()”更名为“MS_FindMappedNodes”

• 新功能:

• “MS_tissueFilter()”:允许过滤网络基于组织表达数据。

• 功能:删除

• “MS_interactionType()”:交互可以现在直接从MS_keggNetwork检索。

• 功能变化:

• “MS_keggNetwork()”:输出矩阵网络现在格式化为三栏,第三列显示交互类型。不同,MetaboSignal_matrix MS_keggNetwork()不执行网络过滤通过组织表达数据。现在组织过滤是完成“MS_tissueFilter ()”。此外,复合节点的网络不仅代谢物,而且药物和聚糖。

• “MS_distances ()”、“MS_shortestPathNetworks():使用网络节点(例如KEGG IDs)作为源节点,不是entrez id或基因符号。然而,“MS_convertGene()函数”允许轻松地entrez id或基因符号转换成KEGG id。

1.7.1上版本的变化:

• 显著改善tissue-filtering选项从“MetaboSignal_matrix ()”。

• 现在出口头Cytoscape . txt文件。

metaseqR

版本变化1.17.4 (2017-10-06):

新功能

• 新选项:utr。侧面计数读入3 ' UTR侧面区域在分析Quant-Seq数据。

• 新基因筛选:x基因样本小于y计数被排除在统计测试。x确定可用的样本的一小部分。

错误修复

• 固定错误问题strandedness向后兼容的目标文件导致strandedness被忽略(谢谢马丁Reczko, BSRC亚历山大·弗莱明)。

metavizr

的变化版本1.3.20:

• 独立模式,介绍了一种与减少功能epiviz现在包括epivizr的一部分。epiviz web应用程序运行在本地使用httpuv的http服务器

• 添加和删除seqinfo(例如,染色体信息)任何epiviz会话

1.3.11版本的变化:

• 添加消息文件

• 更新文档“幻灯片”功能

1.3.10版本的变化:

• 改变默认的“幻灯片”显示所有范围

更改版本就开始:

• 还说“heatmapChart便利功能

的变化版本1.3.8:

• 固定错误“startEpiviz”无法正确发送“seqName”参数

1.3.7版本的变化:

• 固定错误“EpivizBpData”,“元数据”信息发送错误的格式

1.3.6版的变化:

• 改变槽使用列表“EpivizDeviceMgr”环境中,以避免崩溃RStudio由于经理检查对象

1.3.5版本的变化:

• 在Windows上失败优雅daemonization请求

• 不赞成“代理”的论点“startEpiviz”

1.3.4版本的变化:

• 升级到Epiviz v2 webapp

MetCirc

版本1.5.0的变化:

• 没有变化,检查如果包通过CMD构建和R CMD检查没有任何错误消息和装饰图案可以运行没有任何错误(2017-10-20星期五)

methimpute

版本:1.0.0类别:最初版本的文本:

methylInheritance

变化的1.1.1版:

用户可见的明显变化

• 函数runObservation()和runPermutation()不再返回结果。结果保存在RDS文件。结果可以通过加载loadAllRDSResults()函数。

• 新plotConvergence收敛()函数实现可视化

• 新的“saveInfoByGeneration”参数,生成RDS文件包含的信息为每个排列每一代

BUG修复和改进

• 并行处理的主要变化限制内存消耗

methylKit

的变化版本1.3.8:

改进和错误修正

• 改变methCall():更详细的输出,减少-Wunsigned警告,检查染色体分散订单,写额外的文件转换数据

• 添加测试来检查染色体疾病

1.3.7版本的变化:

改进和错误修正

• 如果methylDiff对象包含NA qvalue /冰毒。diff列getMethylDiff函数返回一个错误。这是固定的:https://github.com/al2na/methylKit/issues/83

• 改变了的methylBase版本regionCounts处理缺失值。之前,一个缺失值使整个地区/瓦失踪。现在,一个缺失值作为一个网站为零覆盖。由卡尔诺:https://github.com/al2na/methylKit/pull/77

1.3.6版的变化:

• 改变methSeg()函数:更新函数描述得到更明确的排序,排序(x, ignore.strand = TRUE)现在被称为一次如果需要,更新测试

1.3.5版本的变化:

改进和错误修正

• 修复问题methSeg()农庄组织不是按位置排序时发生错误

1.3.4版本的变化:

改进和错误修正

• 解决问题assocComp methylBaseDB ()

v1.3.3变化:

改进和错误修正

• 改变calculateDiffMeth()函数:添加一个消息解释计算方法基于两个或两个以上的治疗组,修复bug,禁止使用其他治疗组0/1在两组的情况下,允许两组多,更新测试

• methSeg变化()函数:更新函数文档通知提供农庄组织分类,添加检查是否排序并包含至少一个农庄meta.col

1.3.2版本的变化:

改进和错误修正

• 快速修复长文件名的问题:在统一()和calculateMethylDiff()而不是连接sample_ids,文件名会“methylBase”提供的连接与13-char随机字符串或后缀

• 更新的小插图:添加了两个短的faq

1.3.1版本的变化:

改进和错误修正

• 修复转化率methCall误差()

微生物组

版本变化0.99.8 (2017-08-21):

• 添加示例名称在输出发散

• coreset选项添加到散度

• plot_taxa_prevalence论证“检测”补充道

• 除去plot_composition简单变换论证

• 数据/ DynamicsIBD数据集和相关文档删除收缩包装

• 本月/ extdata qiita数据集和相关文档删除收缩包装

• 巴克斯特数据删除来节省空间

• 实用程序不属于包搬到维护分支

版本变化0.99.6 (2017-07-21):

• 固定错误转换选项“clr”

• “lineplot”选项在plot_composition补充道

版本变化0.99.5 (2017-07-07):

• 固定的小插图标题

• 热功能现在还为订单标签作为输入。行和order.cols

• 添加age_group和bmi_group,方便地访问这些变量的标准分组

• 包主页主机位置改为大师:文档/

版本变化0.99.3 (2017-06-05):

• 依赖关系的数量减少

• 删除边际功能

版本变化0.99.1 (2017-05-15):

• 重大修改的方案

• 转而支持phyloseq类

• HTML片段中添加

• 一个单独的网络教程补充道

• 删除不重要的功能和依赖关系

版本变化0.99.0 (2014-09-14):

• 初稿的BioC发布版本

版本变化0.12.14 (2012-05-10):

• 添加pitchipdb profiling.R PITChip阵列名单

版本变化0.12.12 (2012-05-02):

• 添加MITChip 0级

• 添加get.phylogeny分开。MITChip函数包括MITChip 0级

版本变化0.12.10 (2012-04-17):

• 在run.profiling.script自动化水平和方法的输出

• 现在也提供non-logarithmized run.profiling数据矩阵。脚本的输出

• 在run.profiling补充道。脚本保存。图像(粘贴(params wdir美元,“/ tmp。RData”, 9 = " ")),使数据从当前工作空间的使用在一个会话

• multcomp取而代之的是平行的依赖性

• 删除“使用现有的数据从工作空间”(useDB)选项。当从一个函数中调用的问题。run.profiling时更加清晰和模块化。脚本用于预处理,并执行任何新的情节作为单独步骤的基础上,分析输出文件。

• run.profiling移动。脚本策划自己的功能和用法示例添加装饰图案。

版本变化0.12.08 (2012-04-05):

• 详细的协议增加了装饰图案

• 层次聚类分析方法从完全搬到病房中的脚本的一些以前的版本

• “0级”中添加MITChip剖析

• 从输出文件删除featureprofile节省磁盘空间,一般不需要

• remove.nonspecific补充道。寡核苷酸run.profiling选项。脚本和FetchHITChipAtlas功能(通过get.phylogeny)

• 总结。probesets修改包括水平的形式”的水平。1”和“一级”

版本变化0.12.06 (2012-04-04):

• 固定PITChip-specific问题

• 删除从依赖项允许兼容R-2.12.2平行

版本变化0.12.05 (2012-03-29):

• 删除背景校正分析脚本(run.profiling.script)

• 保持标准的标准化:没有,极大极小,分位数——别人删除

• 现在使用16 s发展史分析脚本。其他选项删除

• 抛光的函数

• 合并函数从phyloarray包

• 极大极小,quantnorm从剖析。R的函数

版本变化0.12.04 (2012-03-28):

• 删除额外的背景校正步骤导致相当大的基于外部验证信息丢失

版本变化0.12.01 (2012-03-23):

• PlotMatrix更新

版本变化0.3.63 (2012-12-24):

• MySQL /分离预处理功能集中到一个不同的包,HITChipDB

版本变化0.3.43 (2012-09-28):

• 添加相对。丰富的功能

• 的估计。多样化的功能

• 添加功能:丰富、均匀度、多样性

版本变化0.3.15 (2012-08-31):

• FetchHITChipAtlas run.profiling。脚本相互验证

• 违约归责从run.profiling.script删除;这对规范化数据有相当大的影响

版本变化0.3.13 (2012-08-30):

• 标准化的管道;输出验证之前的阿特拉斯的版本

版本变化0.3.05 (2012-08-22):

• MDS补充道。类ical and MDS.isometric to project.data

版本变化0.3.02 (2012-06-20):

• 计算。稳定的功能添加

• 添加L2 - >物种选择levelmap函数

• 估计。多样性的功能更新。检测阈值应用丰富性和均匀度

• estimate.min。阈值检测模式改进

• 十字架。关联函数添加

版本变化0.3.01 (2012-06-19):

• 草案在GitHub

版本变化0.2.04 (2012-06-15):

• RMySQL从显式的依赖关系

版本变化0.2.03 (2012-06-06):

• hitchip。phylodistance补充道

• cross-hyb控制功能添加

版本变化0.2.02 (2012-06-03):

• 注释功能添加

版本变化0.2.01 (2012-05-31):

• 删除从run.profiling绝对标度矩阵。脚本的输出。我们的想法是,只有一个log10为每个系统发育水平输出文件,然后用户可以使用其他阅读/分析程序读取数据,转换为原始域如果必要,值得等。这是提供一个独特的输出格式,以避免错误。

• 保存。数据和树。显示从run.profiling删除。脚本参数

• 结合。发展史和get.phylogeny.MITChip

• 从run.profiling绘图功能。脚本到一个单独的函数profiling.hclust;

• 删除的选项从ReadParameters函数R文件读取配置参数

• phylogenyinfo输出文件的名字。标签变成phylogenyinfo-nspecies.tab

• run.profiling。脚本模块化对预处理、绘图、数据存储和日志记录

• 添加指令在装饰图案阅读最后的数据

版本变化0.0.12 (2012-03-15):

• 多核从依赖关系

• 装饰图案更新

• R-2.12.1所需

版本变化0.0.10 (2012-03-06):

• 包括标准配置脚本

• 添加选中。样品在fetch.sample.info

版本变化0.0.08 (2012-02-25):

• 阿特拉斯预处理完成。用法示例,请参阅装饰图案。

版本变化0.0.05 (2012-02-22):

• 阿特拉斯函数添加和抛光

版本变化0.0.02 (2012-02-06):

• profiling_010。rscript functions and dependencies added

版本变化0.0.01 (2012-01-12):

• 第一个版本的基础上分析脚本版本010

minfi

1.23版本的变化:

• 固定在()(胁迫)RGChannelSetExtended RGChannelSet,支持论点扩展在read.matharray = TRUE ()。核心问题是新的(“RChannelSetExtended”)是一个无效的对象,因为它没有正确的元素测定槽。而不是解决这个问题,我使用一个检查ncol = 0, nrow = 0的强制函数asssumes正确命名化验的存在。原始问题报告,莫里斯·斯图尔特swmorris@exseed.ed.ac.uk。

• 改进的(漂亮)的印刷信息read.metharray()和朋友。

• 改变seqlevels(…,迫使= TRUE) seqlevel(…,修剪。模式= "粗")。

miRmine

版本:0.99.8文本:

版本:0.99.1文本:

版本:0.99.0文本:

miRsponge

版本:1.1.1类别:更新miRsponge。R < 2017-10-01,太阳文本:

版本1.1.0类别:更新netModule函数< 2017-09-07,星期四文本:

版本:0.99.17类别:更新描述< 2017-08-23,结婚文本:

版本:0.99.16类别:更新moduleSurvival函数< 2017-08-08,外胎文本:

版本:0.99.15类别:更新test_miRsponge。R < 2017-07-22,坐文本:

版本:0.99.14类别:更新test_miRsponge。R < 2017-07-22,坐文本:

版本:0.99.13类别:提高miRsponge的代码。R < 2017-07-22,坐文本:

版本:0.99.12类别:更新相关引用人文件夹< 2017-07-20,星期四文本:

版本:0.99.11类别:提高miRsponge的代码。R < 2017-07-20,星期四文本:

版本:0.99.10类别:更新README。md和miRsponge。限制型心肌病< 2017-07-18,外胎文本:

版本:0.99.9类别:更新moduleSurvival函数< 2017-07-14,星期五文本:

版本:0.99.8类别:更新cernia。Rd和爱马仕。Rd < 2017-07-13,星期四文本:

版本:0.99.7类别:更新dtHybrid函数< 2017-07-13,星期四文本:

版本:0.99.6类别:凹凸版要求< 2017-07-13,星期四文本:

版本:0.99.5类别:更新描述文件< 2017-07-13,星期四文本:

版本:0.99.4类别:重命名函数R文件夹< 2017-07-13,星期四文本:

版本:0.99.3类别:更新许可证文件< 2017-07-13,我的文字:

版本:0.99.2类别:改善miRsponge的代码格式。R < 2017-07-13,星期一>。文本:

版本:0.99.1类别:改善miRsponge的代码格式。R < 2017-07-13,星期一>。文本:

版本:0.99.0类别:这是第一个版本的miRsponge包。如果有任何错误,请让我知道。联系电子邮件:zhangjunpeng_411@yahoo.com文本:

单片眼镜

的变化版本2.5.0:

• 各种阴谋工具可视化复杂的发展轨迹(plot_complex_cell_trajectory),多路动力学曲线和多路的热图(plot_multiple_branches_pseudotime plot_multiple_branches_heatmap)。

• ClusterCells现在原则上支持集群为100 k +细胞取决于过程的峰值密度聚类算法为基础的资讯。densityClust包0.3版本需要用户使用此功能。

• 新功能支持导入走开或修cd到单片眼镜,反之亦然(importCDS exportCDS)。

motifcounter

1.1.9版本的变化:

• 删除编译器警告

• 装饰图案的变化

的变化版本1.1.8:

• 内部重构

• 改变了引文信息

MotifDb

1.20版本的变化:

新功能

• 现在13来源,52生物和8369个图案

• 新能源:HOCOMOCOv10,荷马,jaspar2016 SwissRegulon

• 新方法:motifToGene geneToMotif associateTranscriptionFactors

用户可见的明显变化

• 上述新方法提供严格的和宽容的映射图案同源转录因子,从而支持可再生的监管网络建设。

motifStack

的变化版本1.21.7:

• 添加换行符结束时RUNX1.pfm

的变化版本1.21.6:

• 更新文件

的变化版本1.21.5:

• 添加类psam

• 添加函数plotAffinityLogo

的变化版本1.21.4:

• 添加函数importMatrix

的变化版本1.21.3:

• 添加一个选项motifPiles和motifCircos

的变化版本1.21.2:

• 修复一个缺陷plotMotifLogo pcm

1.21.1版本的变化:

• 更新小插曲。

mpra

0.99版本的变化:

• Bioconductor最初版本。

MSnbase

的变化版本2.3.14:

• 使用normalizePath力绝对文件路径readMSData。

2.3.13版本的变化:

• 添加写支持MSnExp和OnDiskMSnExp对象允许保存数据女士mzML或mzXML文件。< 2017-09-15 >星期五

2.3.12版本的变化:

• 保持protocolData在等压量化;修复# 265

的变化版本2.3.11:

• 修改addIdentificationData当sourceInfo报告多个文件,当分数失踪的识别结果(关闭# 261)。

• 不要覆盖processingData槽,当创建一个MSnSet对象(关闭# 264)。

的变化版本2.3.10:

• 新isCentroidedFromFile函数< 2017-08-11 >星期五

• 添加msLevel槽色谱< 2017-08-16 >结婚对象

• 添加msLevel参数色谱,MSnExp方法< 2017-08-16 >结婚

• calculateFragments现在计算片段n - 1 l债券(之前错误的添加了一个额外的债券;修复# 248)< 2017-08-20太阳>

• 添加isEmpty的方法色谱图和色谱图对象< 2017-09-05 >星期二

• 情节,色谱[s]创建一个空的阴谋,并返回一个警告如果色谱[s]对象为空(问题# 249)< 2017-09-05 >星期二

2.3.9版本的变化:

• 使用新的mzR: openIdfile后台添加identifcation数据原始和定量数据(见问题# 232)< 2017-07-28 >星期五

• 新的效用函数:factorsAsStrings makeCamelCase和减少,data.frame < 2017-07-29 >坐

• 强迫mzRident data.frames < 2017-07-29 >坐

• 添加phenoData槽色谱类< 2017-08-02 >结婚

• 新的readMzIdData函数来读取mzId文件data.frames(使用新的强迫、mzRident data.frame方法)< 2017-08-03 >星期四

• 新的filterIdentificationDataFrame函数过滤PSM data.frames readMzIdData产生的。也用于addIdentificationData方法。< 2017-08-03 >星期四

• readMSData有了一个新的模式参数设置onDisk或inMemory(默认)模式< 2017-08-10 >星期四

的变化版本2.3.8:

• 新的基础设施对色谱数据< 2017-06-24 >坐

• 变化对光谱命名方案:FFILEID。SSPECTRUMID,例如F01.S0001。之前一直XSPECTRUMID.FILEID。新命名方案的光谱变化。看到# 255(和公关# 256)详情< 2017-06-25太阳>。

2.3.7版本的变化:

• 出口filterEmptySpectra

2.3.6版本的变化:

• 残忍地去除xic和色谱函数/方法,取而代之的是色谱[s]基础设施< 2017-06-15 >星期四

2.3.5版本的变化:

• 修正演示装饰图案的上标语法< 2017-06-14 >结婚

版本2.3.4的变化:

• 使用注射时间从mzR(参见公关# 109),现在在几秒钟内(以毫秒为单位)< 2017-06-13 >星期二

2.3.3版本的变化:

• 重写getColsFromPattern和getRowsFromPattern并添加单元测试< 2017-05-11 >星期四。

• 添加.filterNA和重写filterNA为矩阵和MSnSet< 2017-05-11 >星期四。

• 转换主要MSnbase-demo插曲限制型心肌病/ html < 2017-05-27 >坐

• naplot获得reorderRows和reorderColumns参数< 2017-06-05 >星期一。

2.3.2版本的变化:

• 重写utils.clean。现在仅仅保持0直接邻居(见# 210)< 2017-05-04 >星期四。

2.3.1版本的变化:

• 介绍的“正常”关系的方法combineFeatures< 2017-04-26 >结婚。

• 重写nQuants和featureCV为了避免返回为空的行因素;有关详细信息,请参阅公关# 208 < 2017-04-28 >星期五。

• 添加美元,pSet方法方便地访问phenoData中的列(见# 203)

tripwire版本的变化:

• 凹凸版新Bioc重击。

MSnID

1.11.1版本的变化:

• 从mclapply optimizaition parLapply在过滤器。修复一个缺陷”断言失败kmp_runtime.cpp (6480): __kmp_thread_pool = = __null。“还允许平行窗口操作系统

msPurity

更改版本就开始:

• 添加了非常基本的西姆斯针兼容性

• pcalc可以处理NAs

• 更新处理obiwarp purityX RT校正(需要记录RT原始早先一步)

• 错误修复当图书馆光谱比目标光谱(感谢马丁)

1.3.1版本的变化:

• 质/女士添加光谱匹配功能

MSstats

版本:3.9.7文本:新特性——集群(默认= 1)不再是可供groupComparison函数,由于内存问题。

版本:3.8.6文本:新功能-可以为dataProcess集群(默认= 1)和groupComparison功能(谢谢约翰! !)

版本:3.8.5文本:BUG修复- PDtoMSstatsFormat:三个选项被添加为PD的输出从不同的版本。(由于菲利普!)——这。量化的。proteinid——which.sequence

版本:3.8.4日期:2017-08-28文本:BUG修复- SkylinetoMSstatsFormat:谈判情况失去StandardType列求和后的峰值。固定的。(谢谢你,尼克)

版本:3.8.3日期:2017-07-13文本:新特性- SpectronauttoMSstatsFormat:如果PG.Qvalue可用,过滤掉的数据大于0.01。——groupComparisonPlots dataProcessPlots modelBasedPlots:地址= FALSE选项,一次一个情节可以在面板和不会保存为pdf。BUG修复- designSampleSize:修正的计算方差(谢谢,Tsung-Heng)——SkylinetoMSstatsFormat:当条件和NA BioReplicate列,有问题与注释合并。- SkylinetoMSstatsFormat:修复缺陷识别的蛋白质只与一个肽选择:“removeProtein_with1Peptide = TRUE”——dataProcess:当截止。较低的是负的,maxQuantileforCensored选项+ censoredInt = ' 0 ', 0 log2内生强度应该审查。- ProgenesistoMSstatsFormat:处理与一些有限的输入列。如没有谱。计算列。

版本:3.8.2日期:2017-04-21文本:新功能,需要在注释“分数”信息预处理- dataProcess函数更新合并分数BUG修复——警告消息在dataProcessPlots概要图就不会再出现了。

multiClust

6-19-16版本的变化:

• 包推向1.0.3版本更新包的标题和摘要,以反映发表在癌症信息学DOI: 10.4137 / CIN.S38000。

3-2-16版本的变化:

• 包版本推到0.99.6员工Biobase, GEOquery, preprocessCore包在包小插图显示轻微修订

2-13-16版本的变化:

• 包版本改为0.99.5员工选项来指定罗斯福截止在使用自适应GMM方法number_probes函数。更新文档的装饰图案

2-11-16版本的变化:

• 包装改为0.99.4版本修订装饰图案中的代码使用RNA-seq数据的员工解释与包在装饰图案修改代码文档probe_ranking函数

MWASTools

变化的1.1.1版:

• MWASTools包括新功能:“MWAS_heatmap ()”,“MWAS_KEGG_pathways ()”,“MWAS_KEGG_network()”,和“MWAS_KEGG_shortestpaths ()”。

mzR

的变化版本2.11.11:

• writeMSData修复问题:确保前兆数据保存即使前体扫描不可用(见MSnbase问题# 245)。

的变化版本2.11.10:

• 解决问题,会导致段错误writeMSData / copyWriteMSData当数据和光谱女士链接到失踪的前体扫描保存(问题# 129)。

的变化版本2.11.9:

• 更新的山峰与spectrumId细节手册页,acquisitionNum seqNum

的变化版本2.11.8:

• 添加贡献包指导与行为准则。

• 更新为Mac安装说明。

• 报告中的频谱ID头data.frame(列spectrumId)。

• 修复copyWriteMSData和writeMSData确保MSn数据是正确的

• 进口pwiz r11174修复mzML没有< componentList >(见# 113)。

的变化版本2.11.7:

• 还没有。

• 导入修复由布莱恩·普拉特(pwiz r11174) mzML没有< componentList >的另一种方法解决# 113

• 删除mz5手册页的支持,目前不支持的。

的变化版本2.11.6:

• runInfo返回运行开始时间戳文件提供这些信息(mzML文件)。

的变化版本2.11.5:

• writeMSData和copyWriteMSData功能使出口数据mzML女士或mzXML文件。

的变化版本2.11.4:

• 使用完整的TMT文件模式选择单个文件

的变化版本14:

• 读取离子注入时间从mzML文件并将其添加到data.frame头返回的函数。

2.11.2版本的变化:

• 新getScanHeaderInfo getAllScanHeaderInfo pwiz后端实现。修复问题# 106和# 216在MSnbase问题。

2.11.1版本的变化:

• 改变默认的I / O后端pwiz坡道。

的变化版本2.11.0:

• Bioc猛击3.6

NanoStringQCPro

的变化版本1.9.1 (2017-10-11):

• 固定装饰图案构建问题后最近的改革BiocStyle(参看https://github.com/Bioconductor/BiocStyle/blob/master/announcement.md(91年8月9日e6565))。

ndexr

的变化版本0.99.10:

• 断变化的函数名!

• 改变了命名的功能:点替换为下划线,所以功能可能不是与S3混淆的方法。命名约定本身不会改变!如函数的新名字“ndex.network.update.aspect”现在“ndex_network_update_aspect”

• 移动包httr jsonlite, plyr tidyr从“依赖”字段“进口”(导入命名空间不是必要的,因为外部包函数名总是明确地限定)

• ngraph_fromRCX固定一个bug,阻止结果ngraph对象节点属性设置正确。这也导致以下警告:“警告vattrs[[名字]](指数)< -价值:条目的数量来取代不是更换长度的倍数”

• 改变函数通过一个引用的字符串(例如主机=“ndexConf连接主机美元”)作为默认参数使用实际的对象(如主机= ndexConf连接主机)美元

• 做了一些微小的变化,NDExConnection对象;删除一个不受欢迎的警告。

• 实现打印方法的类“NDExConnection”和“RCX”为用户提供一个有用的总结这个复杂的对象

• 改为使用消息()而不是猫()详细输出,它不是已经完成

• 指定一个“维护者”代表的主要接触这个包相关的维护问题。

• .gitignore文件从这个目录删除

• 安装说明在装饰图案改为Bioconductor

的变化版本0.99.0:

• 将版本号根据Bioconductor 0.99.0清单

• 初始提交Bioconductor

normr

版本:1.3.1类别:功能文本:总结()输出更简洁

版本:1.3.1类别:功能文本:getEnrichment ()需要F用于指定所需的前台组件标准化的浓缩

版本:1.3.1类别:功能文本:迭代参数允许运行多个符合不同的起始值

版本:1.3.1类别:功能文本:T过滤阈值现在可以指定minP理由不严格的过滤

版本:1.3.1类别:功能文本:normR概述计划添加到装饰图案

版本:1.3.1类别:功能文本:Qvalue计算改进通过指定范围道具。的H_0

版本:1.3.1类别:修正文本:固定提供GR对象的错误的瓷砖在char, char,农庄

版本:1.3.1类别:修正文本:diffR ()也更健壮的通过标签交换合适吗

文本1.3.0版本:版本:

版本:3.6文本:

版本:3.5文本:

版本:3.4文本:

奥纳西斯

的变化版本0.99.8:

• SRAdbHandler

• GEOHandler

• EntityFinder-methods

• 相似方法

• AllGenerics

• AllClasses

• AllFunctions

• CMdict-methods

• Init_methods

• onLoad

• SupportingFunctions

• CMoptions-methods

oncomix

的变化版本0.99.0:

• 第一个版本(0.99.0)oncomix可用。

• 论文遵循很快!

OncoSimulR

2.7.2版本的变化(2017-09-27):

• genot_to_adj_mat c++。

• fast_peaks (backmutation病例)。

• 更好的解释和测试的高峰和低谷。

• 澄清simOGraph传递减少。

• 更好的处理情况下ti角落。

• 麦哲伦适应阅读功能的输出更新(2017 - 07)版本的麦哲伦。

• 排序在allGenotypes_to_matrix基因名称。

• sampledGenotypes:基因型名称排序基因名称。

oneSENSE

版本变化0.99.1 (2017-07-04):

修改

• 格式变化

• 添加装饰图案

• 删除任务全局变量

的变化版本0.99.0:

修改

• 重命名包名onesense onesense

ontoProc

版本1.0.1文本:

oposSOM

版本:1.15.1文本:

OPWeight

版本1.0.0的变化:

• 第一次与Bioconductor稳定版本(2017 - 06)

pathview

的变化版本1.17.7:

• combineKEGGnodes更新。R,即改变了停止错误警告消息当一组节点包括不同的节点类型,即基因和化合物。这个问题KEGG节点定义存在在其他途径04136自噬,当调用和KEGG pathview并造成错误。本机= F。

• 固定的错误在1.15.1 mol.sum介绍,即索引(eff.idx)的使用。这个问题只影响直接调用mol.sum总和。方法除了“总和”和“意思”。

的变化版本1.17.1:

• 主要在korg的扩张,现在包括KEGG和NCBI分类ID, ID类型两个基因,即NCBI蛋白质和uniprot ID。此外,Entrez或NCBI基因IDs停止对大多数原核生物。

• korg现在包括4800 KEGG物种,与此同时,一个更新版本的korg现在检查从Pathview Web服务器每次Pathview包加载。

PathwaySplice

的变化版本0.99.0:

• 初始版本(2016-12-09)

philr

1.3.1版本的变化:

用户可见的变化

• 压扁虫philr和philrInv处理的输入向量

钢琴

的变化版本1.18.0:

文档

• 在使用roxygen r-files转向适应文档

错误修复

• 修复打印addInfo GSC bug

的变化版本1.16.4:

错误修复

• 修复R CMD检查注意呼吁要求(下雪)

的变化版本1.16.3:

错误修复

• 修复BiocGenerics:: sd和统计数据::sd装船时碰撞

1.16.2版本的变化:

错误修复

• 修复错误:“错误如果(maxP > -minP){:缺失值TRUE / FALSE需要“偶尔出现在runGSA gsea方法。这发生在运行总和只有积极或消极,导致的if语句打破由于缺失值。

的变化版本1.16.1:

错误修复

• 修复biomaRt Rchunk装饰图案以避免构建错误

Pigengene

版本变化1.3.8 (2017-09-13):

现有功能的变化

• pheatmap的秩序的条件。类型可以由用户决定。

1.3.6版的变化(2017-08-20):

现有功能的变化

• 一个缺陷基因。映射()函数固定更好的地图调查id。

1.3.4版本的变化(2017-07-31):

现有功能的变化

• doTranspose参数添加到heatmap.type()函数。

聚酯

现在版本:1.99.3文本:NB函数导出

版本:1.99.3文本:注意版本1.99.3在GitHub Bioconductor 1.1.0版本。

版本:1.99.2文本:bug修复片段生成(最后2基地的成绩单没有测序)

版本:1.99.1文本:

pRoloc

的变化版本1.17.5:

• 独特的特性的过滤运行时plot2D t-SNE方法< 2017-10-15太阳>

的变化版本1.17.4:

• 添加新(私人)dimred函数计算降维< 2017-06-05我>

• F1000research工作流添加到引用< 2017-06-22 >星期四

• 分类函数现在返回所有类的分类评分矩阵作为fData单个列,而每一个类作为其自己的fData列。< 2017-09-01 >星期五

的变化版本1.17.3:

• 把小插曲与html输出限制型心肌病< 2017-05-25 >星期四

• 进口,而不是建议Rtsne < 2017-05-25 >星期四

的变化版本1.17.2:

• phenoDisco速度的改进和添加支持t-SNE < 2017-05-19 >星期五

的变化版本1.17.1:

• 支持Rtsne新pca_center和pca_scale参数< 2017-05-02 >星期二

的变化版本1.17.0:

• 3.6版本撞Bioc重击

pRolocGUI

的变化版本1.11.2:

• 修复链接在装饰图案以指向新的html pRoloc小插曲< 2017-05-30 >星期二

1.11.1版本的变化:

• 避免计算降维在每一个活性呈现,保证其他较慢的方法,特别是t-SNE,可以使用< 2017-05-20 >坐

的变化版本1.11.0:

• 3.6新版本Bioc重击

Prostar

的变化版本1.9.15:

错误修复

• 当聚合步骤已经完成,界面切换到第一个选项卡“描述性统计”以视图的信息来向新数据集(蛋白质)。

• 实现并行版本的函数保存(新)聚合步骤后蛋白质数据集。

• 禁用的额外元数据表中的行出现当convertinga MSnSet文件文本文件。

• 禁用的额外元数据表中的行出现当convertinga MSnSet文件文本文件。

• 一个新的包(readxl)是用于读取xls或xlxs文件。在某些情况下,openxlsx previsous包的功能不能正确解码Excel文件。

• 当转换一个新的文件(文本或Excel) Prostar:缺失的值没有注册。特别是,他们并没有出现在上面的表格中蓝色volcanoplot。错误修复

• 一个错误发生时用户负载在Prostar先后几个数据集。之前的请注意正确地抹去,这导致副作用。这只虫子现在是固定的

新功能

• 增强的基于字符串过滤UI

• 的自动生成分析报告已经集成在数据集管理器(菜单“出口”)。它允许用户下载情节和参数用于Prostar永久数据集。

• 添加一个基因本体论(去)在数据处理分析模块。这个模块允许执行去分组和浓缩。

• 几个情节现在基于包装器的包highcharter highcharts图形库。它提供了与用户交互。

ProtGenerics

1.9.1版本的变化:

• 添加writeMSData < 2017-09-20 >结婚

PSEA

1.11.1版本的变化(2017-06-09):

• 一个新的小插图显示了我们如何应用PSEA deconvolute表达式从RNA混合物(最初在《自然方法纸)。

PureCN

版本1.8.0的变化:

新功能

• 支持非标靶读入拷贝数归一化和分割

• 增加突变的计算负担

• 更健壮的映射偏差估计

• 添加支持CNVkit覆盖率文件(* .cnn, * .cnr)

• IntervalFile。R可以用基因符号和注释的目标自动转换染色体命名样式

• 更好的工件使用normalDB更有效地过滤

• 支持mappability分数

• 覆盖率计算现在可以包含重复

• calculateBamCoverageByInterval现在提供片段数和重复率

• findBestNormal池片段数为基础,而不是覆盖

• 实验支持GATK4

• predictSomatic现在报道的后验概率小段复制数字,标志部分如果复制数据是不可靠的

• 目标可以与多个基因注释符号(逗号分隔)

• 代码清理(切换到农庄在可能的情况下,切换到optparse命令行工具)

API的变化

• 由于小说提供了诱饵间隔优化,我们强烈建议重新生成区间文件和正常的数据库和重新计算所有保险BAM文件

• 新功能:annotateTargets callMutationBurden

• 已经功能:createSNPBlacklist、getDiploid autoCurateResults readCoverageGatk

• min.normals违约在setMappingBiasVcf 2(4)改变

• normalDB.min。覆盖默认为0.25在filterTargets(从0.2)

• log.ratio。校准runAbsoluteCN默认为0.1 (0.25);现在相对纯洁,不是log-ratio噪音

• gc。数据从filterTargets gc_bias现在添加到肿瘤的报道

• purecn下降。输出从correctCoverageBias (no two-pass anymore)

• 报道。R参数-gatkcoverage更名为覆盖

• 现在在NormalDB GC-normalization功能下降,因为这是方便在Coverage.R完成

• 重命名PureCN。R -outdir参数来治疗。现在可以指定一个文件前缀GATK。文件名因此不再被迫样本id。如果治疗是一个目录,它将像前,将使用/ sampleid_suffix作为文件名。

qcmetrics

1.15.2版本的变化:

• 由美国在线合并公关重用BiocStyle(有关详细信息,请参阅381年提交d01d1c4dcced040f77a447962cd7865cb7417) < 2017-10-27 >星期五

1.15.1版本的变化:

• 不允许用户BiocStyle一幕针织文件从装饰图案中。这是在构建时需要修复的错误。< 2017-10-25 >结婚

的变化版本1.15.0:

• Bioconductor重击

qpgraph

2.12版本的变化:

用户可见的变化

• 更新引用数据包括工作发表在Castelo和Roverato路径权重(2017)。

qsea

1.3.2版本的变化:

新功能

• 选择积极BSgenome面具模式密度估计

错误修复

• 适应GenomicRanges改变行为

1.3.1版本的变化:

• 过渡到Github

QuartPAC

1.8.1版本的变化:

• 错误修复来支持新的pdb文件位置。

Rbowtie2

版本1.0.0的变化:

最初版本

• 2.3.2 bowtie2版本

• 2.2.1a AdapterRemoval版本

RCyjs

的变化版本1.9.8:

错误修复

• 重大(3 x)加速。5000个节点,6000 -边缘图像传输从R Cytoscape大约20秒。

ReactomePA

的变化版本1.21.3:

• 新项目网站使用blogdown < 2017-09-30,星期五>

的变化版本1.21.2:

• 纠正错误在装饰图案> < 2017-05-18,清华

1.21.1版本的变化:

• 根据reactome的变化更新装饰图案。db(通路ID被改变)< 2017-04-28,星期五>

重新计票

1.3.13版本的变化:

错误修复

• 改变reproduce_ranges()因为不相交的外显子比降低了下游分析外显子更有用。

的变化版本1.3.12:

新功能

• 添加函数read_counts ()。

更改版本就开始:

用户可见的明显变化

• 添加引用https://www.biorxiv.org/content/early/2017/06/03/145656和https://f1000research.com/articles/6-1558/v1以及提到的装饰图案。

1.3.7版本的变化:

用户可见的明显变化

• 0.0.05 add_predictions()被撞版本

1.3.5版本的变化:

用户可见的明显变化

• 装饰图案现在使用新的BiocStyle:: html_document最近被释放。

1.3.2版本的变化:

新功能

• coverage_matrix()现在有两个新参数:规模和圆的。使用规模= FALSE来获取原始报道数量,然后你可以规模与scale_counts ()。规模是默认设置为TRUE,所以数量扩展到图书馆4000万年读的大小。默认设置为FALSE,但可以设置为TRUE如果你想得到整数计算,就像在默认的scale_counts ()。

1.3.1版本的变化:

用户可见的明显变化

• 改变缺省版本参数add_predictions()来“最新”。在内部,还是0.0.03。

红色的

的变化版本1.26.0:

• 定期维护,稳定版本。

地区

1.9.2版本的变化:

新功能

• 简化的接口toGRanges以简化时使用手动创建农庄。现在toGRanges (“chr1”、10、20)是有效的。

错误修复

• 多个小bug修复

regionReport

的变化版本1.11.6:

用户可见的明显变化

• 改变默认风格BiocStyle: html_document BiocStyle反映最近的变化。

的变化版本1.11.4:

用户可见的明显变化

• 装饰图案现在使用新的BiocStyle:: html_document最近被释放。

的变化版本1.11.2:

错误修复

• 固定的引用。

• 为limma-results固定DESeq2Report(),这样它将正确地引用limma。

1.11.1版本的变化:

用户可见的明显变化

• DESeq2Report()现在可以使用其他软件如果他们的结果是由看起来像DESeq2结果。例如,使用limma-voom结果。

错误修复

• 使DESeq2Report()更健壮,以防rlog最初()失败。

rGREAT

1.9.1版本的变化:

• 改变url根据变化对伟大的网站

Rhdf5lib

1.0版本的变化:

新功能

• 内部版本的HDF5 1.8.19更新

错误修复

• 切换窗口编译脚本使用CMake而不是配置。这似乎已经解决了的问题打开多个文件使用不同的访问模式。

0.99版本的变化:

• 方案提交

RnaSeqSampleSize

的变化版本1.9.1 (2017-08-03):

错误修复

• 修复一个缺陷对估计基因通路权力est_power_distribution函数,这是由于KEGG网站的更新。

RnBeads

的变化版本1.9.4:

• 您现在可以从RnBeads检索自定义区域集资源使用rnb.load.annotation.from.db函数

• 改善从GEO进口

• bigff磁盘转储现在是默认选项来处理基于磁盘的大矩阵

• 几个Greedycut修正和性能改善,标准化,亚硫酸氢数据加载和其他人

• 添加微分可变性分析除了微分甲基化

1.9.3版本的变化:

• 它支持不同的甲基化区域

• 各种洛拉utitility功能

• 曾经“微分。浓缩”选项现在称为“differential.enrichment。走”,以反映之间的区别和洛拉富集分析

• 丢失的甲基化数据可以估算(使用的意思是,随机或加权归责)

• 性别预测现在支持测序和史诗数据

• 添加两个基于数组的数据集相结合的一个函数(潜在的)不同的平台。

• 一些修正和性能改进

的方式

2.5.6版本的变化:

• 凹凸版

2.5.5版本的变化:

• 修复失败的测试做不同的顺序< 2017-10-23我>

2.5.4版本的变化:

• 修复bug在页大小限制报告孩子,祖先,…(见问题# 25)< 2017-10-17 >星期二

• 新学期data.frame强势形式方法(s) < 2017-10-14 >坐

2.5.3版本的变化:

• 添加导入本体在名称空间中

2.5.2版本的变化:

• 更新最新BiocStyle < 2017-09-01 >星期五

• 快速修复问题# 24 (upsteams报道)< 2017-09-02 >坐

• 使用本体一般从BiocGenerics太阳< 2017-09-03 >

2.5.1版本的变化:

• 修复单元测试< 2017-06-20 >星期二

的变化版本2.5.0:

• Bioconductor猛击3.6

腐烂

的变化版本1.6.0:

• 增加了对测试多个组的支持

• 错误修复

rpx

的变化版本1.13.4:

• 恢复参考单元测试

的变化版本1.13.3:

• 没有提交

的变化版本1.13.2:

• 修复错误由于变化对PX的一面。PXD000001引用的能力还有待观察,有关详细信息,请参阅https://twitter.com/lgatt0/status/885091284142239744。< 2017-07-12 >结婚

的变化版本1.13.1:

• 使用xml2 < 2017-06-13 >星期二

• 使用函数而不是方法< 2017-06-13 >星期二

的变化版本1.13.0:

• Bioc猛击3.6

1.12.1版本的变化:

• 从猛击使用xml2(补丁)< 2017-06-13 >星期二

• 使用函数的方法(从猛击补丁)< 2017-06-13 >星期二

Rqc

1.12版本的变化:

错误修复

• 修复bug在生成报告时在Windows系统

• 使用默认的报告生成图形设备

rSFFreader

版本:0.99.0类别:西雅图时间文本:

版本:0.99.0类别:马克将联系你偏远的后续文本:

版本:0.99.0类别:女士:如果版本设置为0.5,包还发布分支,或呆在重击文本:

版本:0.99.0类别:如果它去释放,我明白了,它还在建设中,但功能文本:

Rsubread

版本:1.28.0类别:新功能文本:

版本:1.28.0类别:o新功能:promoterRegions()和txUnique文本:

版本:1.28.0类别:o featureCounts新参数()计算长时间阅读——“isLongRead文本:

版本:1.28.0类别:o featureCounts新参数()计算读取读团体——“byReadGroup文本:

版本:1.28.0类别:o featureCounts新参数()要求最低分数在每个特性重叠基地——“fracOverlapFeature文本:

版本:1.28.0类别:o赋值结果为每个读可以添加到提供的SAM / BAM文件featureCounts (“reportReads”选项文本:

版本:1.28.0类别:o对齐()和subjunc()产生一个映射总结包括独特的映射读取百分比,multi-mapping读和未映射读取文本:

RTCA

2009-07-13版本的变化:

• combineRTCA(列表):附加列重命名成板。列表项的评估vlues名字。名单上没有名字时,使用一个整数索引从1开始。特别关注部分与名单中指出文档。

• parseRTCA(文件,12月= "。”,phenoData skipWell…):示例添加文档中如何导入预配置的phenoData。细节部分重写文档来描述这个过程的解析。

• RTCA-class: ID添加到RTCA类实验

• Makefile:添加Makefile来简化常见任务检查和安装

• plotGridEffect:以“列”而不是“上校”为模式参数,和呈现方式的标题传奇。文档更新。

• plotRTCA:从包中移除和替换的情节功能。

研制

的变化版本1.16.0:

• 提高TNA /交通噪音指数类的注释插槽。

RTNduals

的变化版本1.2.0:

• 改进的工作流集成与导数包(研制/ RTNsurvival)。

RTNsurvival

版本1.0.0的变化:

• 1日Bioconductor释放RTNsurvival [2017-03-01]。

runibic

版本:0.99.14类别:更新教程中,添加引用文本:

版本:0.99.13类别:包更新文档。文本:

版本:0.99.9类别:包括biocViews所需。重构R代码文本:

版本:0.99.8类别:代码优化文本:

版本:0.99.6类别:并行版本使用OpenMP文本:

版本:0.99.5类别:解决离散化()函数错误文本:

版本:0.99.2类别:提高性能的功能包文本:

版本:0.99.2类别:消除一些错误和警告文本:

版本:0.99.1类别:兼容SummarizedExperiment文本:

版本:0.99.1类别:提供文档和示例文本:

版本:0.99.0类别:发展runibic包原型完成文本:

版本:0.99.0类别:首先上传Bioconductor文本:

版本:0.90.1类别:工作版本UniBic算法的文本:

S4Vectors

的变化版本0.16.0:

新功能

• 介绍FilterResults FilterMatrix作为通用的家长。

• 优化构造子集Rle对象的一个整数向量。加快大约是3 x或多个大型对象对BioC 3.5。

用户可见的明显变化

• 强迫、列表DataFrame生成“有效的”当名单上没有名字。这最终引入DataFrame之间的不一致性和data.frame但是这可以说是一个很好的人。我们不应该依赖DataFrame()从头开始生成变量名。

错误修复

• 对data-frame-like修复showAsCell()和数组类对象用一个列,和SplitDataFrameList对象。

• 调用DataFrame()与外显row.names =零'应该阻止rownames推理。

• 确保每一个论点都是DataFrame cbind.DataFrame(),而不仅仅是第一个。

• rbind_mcols()现在是健壮的失踪的“x”。

• 修复extractROWS()数组下标RangeNSBS时。

• 临时解决方法,使“联盟”方法为打击对象工作甚至在另一个“联盟”一般的存在缓存中(例如,如果用户加载lubridate包)。

• (长期)调整和修复“unlist”方法列表对象,表现为CompressedList对象始终与“unlist”方法。

• 迷你基数C代码修改为容纳一个错误在苹果LLVM 6.1.0优化版本。(提交241150 d2b043e8fcf6721005422891baff018586)

• 解决匹配,对,对()[提交a08c12bf4c31b7304d25122c411d882ec52b360c]

• 其他只是小修小补。

SC3

1.5.5版本的变化(2017-10-19):

• 嘘现在的基础上SingleCellExperiment类

• sc3槽已经搬到元数据槽的SingleCellExperiment类

• 嘘类是完全弃用SC3

• 所有嘘功能可以工作SingleCellExperiment类

• 集群逻辑没有变

Scale4C

版本:1.0.0类别:Scale4C文本的第一个版本:

嘘

的变化版本1.5.11:

• 完整的包使用SingleCellExperiment类的重构

scfind

的变化版本0.99.0:

• 第一个版本提交scmap Bioconductor。

scmap

版本变化0.99.2 (2017-07-05):

• 固定的问题在Bioconductor第一轮评审。

版本变化0.99.0 (2017-06-28):

• 第一个版本提交scmap Bioconductor。

司康饼

的变化版本1.1.3 (2018-10-19):

• 修改和分数反映R ^ 2对紫外线/ WV / QC回归而不是最大相关性。

• 闪亮的报告Bug修复。

• 更新后的装饰图案。

1.1.2版本的变化:

• 感动很多进口:包建议:减少加载烤饼的影响

变化的1.1.1版:

• 添加快速ziber归责方法

scPipe

版本变化0.99.20 (2017-09-22):

• scPipe现在支持SingleCellExperiment类并使用它作为基类

• 添加两个函数plot_demultiplex和plot_UMI_dup

• scPipe支持官方bam标记细胞条形码和UMI

版本变化0.99.0 (2017-07-28):

• 包准备Bioconductor提交。

食物

的变化版本1.5.13:

• 支持并行buildSNNGraph (), overlapExprs()与BPPARAM选项。

• 迫使zero-derived残差correlatePairs的恒定值(),overlapExprs ()。

• 允许findMarkers()返回IUT假定值,确定独特的表达基因在每个集群。添加选项来指定log-fold的方向变化,关注调节基因在每个集群。

• 当每固定错误correlatePairs ()。基因= TRUE,没有spike-ins是可用的。添加块。尺寸参数来控制缓存。

• 所有的c++代码转向使用beachmat API。修改几个函数接受任何矩阵像对象,而不是只基础矩阵对象。

• quickCluster()与方法= " igraph "现在将合并基于模块化满足min.size需求。马克斯。大小选项限制输出簇的大小。

• 更新了trendVar()接口参数,方法参数。弃用趋势=“semiloess”选项的参数= = TRUE和方法“黄土”。修改了NLS方程保证非负系数的参数趋势。稍微修改了NLS开始估计参数。第二测向器安装f分布目前报道的df2输出。

• 修改decomposeVar()测试时自动使用第二种测向=“f”。

• 添加选项denoisePCA()返回组件或低秩近似的数量。方差解释的比例也在所有返回值存储为一个属性。

• 固定各种虫子mnnCorrect ()。

SeqArray

的变化版本1.18.0:

新功能

• 完成进度信息:显示整体运行时间

• 新变量名”$ ref”和“alt”美元可用于seqGetData ()和seqBlockApply ()

• 新观点”。进步的seqDigest ()

• 新观点的裁判。等位基因的seqAlleleCount ()

• 新变量的名字可以用在“chrom_pos_allele美元”seqGetData ()和seqBlockApply ()

公用事业公司

• VariantAnnotation移动到显示字段从导入字段

• 删除未使用的论点”。list_dup”seqBlockApply ()

• 稍微提高计算效率seqAlleleFreq ()和seqAlleleCount ()当“ref.allele = 0”

• seqGetData (f,“chrom_pos美元”)输出字符格式的染色体:地位”而不是“chromosome_position”

错误修复

• 解决意想不到的行为seqSetFilter (action =“推”)和seqSetFilter (action =“推+相交”)

• 修复一个缺陷在seqGetData (f,“剂量”美元)当独特的等位基因在一个网站的数量大于3 (https://github.com/zhengxwen/SeqArray/issues/21)

• 修复一个缺陷在seqSNP2GDS ()反向基因型在导入数据从SNP GDS文件(https://github.com/zhengxwen/SeqArray/issues/22)

• 解决的问题没有数据阶段seqExport ()

seqCAT

版本1.0.0的变化:

特性

• 创建单核苷酸变异(SNV)概要文件从RNA / DNA-seq样本

• 描述样本的生物等效性和区别

• 评估假定的SNVs不同样本之间的影响

• 调查和验证已知的变异和特定基因组区域

• 验证细胞系用已知SNV概要或宇宙数据库

seqcombo

的变化版本0.99.11:

• geom_genotype < 2017-08-29,星期二>

的变化版本0.99.10:

• geom_hybrid < 2017-08-17,清华>

的变化版本0.99.9:

• hybrid_plot < 2017-06-30,星期五>

的变化版本0.0.3:

• 为情节,更多的参数,xlab、颜色、填充等。

更改版本发布:

• 添加装饰图案

版本0.0.1的变化:

• 初始版本与情节twwo对齐序列核苷酸差异方法< 2016-11-16,结婚>

SeqSQC

版本:0.99.10文本:更新的男人sampleQC和LoadVfile。

版本:0.99.9文本:更新了输出参数的函数sampleQC和LoadVfile,通过使用的默认值sampleqc在工作目录中。在装饰图案和这两个函数的示例代码,临时目录用于目录保存检验结果。

版本:0.99.8文本:装饰图案,使用tempdir装饰图案输出()。

版本:0.99.8文本:装饰图案:额外解释说选择做一个包装器全包质量控制或具体的质量控制措施。

版本:0.99.8文本文档的论点“输出”“LoadVfile”和“sampleQC”,表明目录名(输出)将用作目录保存其他质检结果. txt和情节. pdf。默认值是作为补充道file.path (tempdir (),“sampleqc”)。

版本:0.99.8文本:sampleQC。接待员:参数的策划= TRUE,结果= TRUE添加和记录,让用户选择是否输出质量控制结果和阴谋。问题列表总是最简单的示例的输出质量控制结果和总结。

版本:0.99.8文本:包文档更新,通过添加一个@seealso链接SeqSQC的主要功能。

版本:在subsetGDS 0.99.7文本:添加检查输入。

版本:subsetGDS 0.99.7文本:删除注释代码。

版本:0.99.7文本:SeqSQCclass SeqSQC重命名。

版本:0.99.7文本:mergeGDS.R。使用拉普兰人等一些重复的功能“read.gdsn (index.gdsn ())”。近亲繁殖,SexCheck IBDCheck PCACheck。

版本:0.99.7文本:sampleQC: 1。检查类的vfile SeqSQC文件或vcf /叮铃声文件,而不是使用vfile / sfile。

版本:0.99.7文本:绘图函数分别写(不是出口),包装与plotQC ()。

版本:0.99.7文本:IBDRemoveAll.R删除。将检查所有样本对炎症性肠病(包括基准样本)通过添加参数“所有”“IBDRemove.R”。

版本:0.99.7文本:调试警告消息来自“LoadVfile”和使用“rbokeh”。

版本:0.99.6文本:修改SeqSQCclass SeqSQC . .)(不是一幕。

版本:0.99.5文本:BiocGenerics本地安装。

版本:0.99.4类别:从ExperimentHub文本基准数据加载:

版本:0.99.4类别:o R脚本,只下载一次的第一次运行LoadVfile()或sampleQC文本:

版本:0.99.4类别:Bioconductor提交检查:文本:

版本:0.99.4类别:o添加单元测试文本:

版本:0.99.4类别:o添加新闻文件跟踪更改文本:

版本:0.99.4类别:添加打鼾声。R修复为全局函数或变量没有可见的绑定。文本:

版本:0.99.4类别:o“example_sub补充道。vcf”1000行变种运行包装饰图案的文本为例:

版本:0.99.4类别:o添加访问器方法SeqSQCclass数据结构的槽“gdsfile”和“QCresult文本:

版本:0.99.4类别:小插曲:文本:

版本:0.99.4类别:添加bioconductor安装和阿库加载部分的装饰图案。文本:

版本:0.99.4类别:o添加runnable vcf例子文件中添加“本月/ extdata / example_sub。vcf”, 1000行变异。文本:

版本:0.99.4类别:男:文本:

版本:0.99.4类别:o添加包文档数据集,类,方法和构造函数的文本:

SeqVarTools

的变化版本1.15.3:

• alleleFrequency方法占性当计算频率为X和Y染色体。

1.15.2版本的变化:

• 添加迭代器类:SeqVarBlockIterator、SeqVarRangeIterator SeqVarWindowIterator SeqVarListIterator。

• 创建一个SeqVarData对象与缺失的样本或变量注释将存储0-column sampleData或variantData数据帧,而不是复制样品。id和variant.id。

• 添加方法返回变体数据扩展形式,与每一行替代等位基因。

1.15.1版本的变化:

• VariantAnnotation SeqArray后,删除依赖关系

• 添加通用isSNV(取代以前的从VariantAnnotation进口这个泛型)

ShortRead

1.35版本的变化:

用户可见的明显变化

• 读取2 m基地可以解析

SIMLR

1.3.1版本的变化(2017-09-15):

• 实现的集群数据的估计

的变化版本1.2.1 (2017-05-29):

• 修复Windows内存使用

SingleCellExperiment

的变化版本0.99.4:

• 新包SingleCellExperiment单细胞基因组数据的表示。

激流回旋

的变化版本0.99.0:

• R / C + +包实现提交Bioconductor f-scLVM模型

SNPRelate

的变化版本1.12.0:

• “with.sample新参数。id”和“with.snp。id”snpgdsSNPRateFreq ()

的变化版本1.10.2:

• 完成进度信息:显示整体运行时间

• 意外的异常可能导致死锁的线程:当前实现显示错误信息并退出R会话

飞溅

版本变化1.1.8 (2017-10-13):

• 现在发表在《基因组生物学!

• 转换为SingleCellExperiment对象

• 添加新的模拟:基础知识、mfa PhenoPath ZINB-WaVE

• 批处理效果添加到网格模拟。这需要改变SplatParams对象。

• 改善scDD估计

• 添加和改进的比较函数

• 提高违约长条木板参数和评估

• 改善Lun2Params对象

• 添加addGeneLength函数

• 更新模拟引用

• 其他各种小更新和bug修复

海绵

的变化版本0.99.1:

• 支持ExpressionSet

• 广泛的单元测试

• 简化的依赖关系

• 代码的改进

• 方法返回默认数据帧

• 现在默认日志级别的错误

SummarizedExperiment

版本:1.8.0类别:新功能文本:添加“chunk_dim”和“水平”参数saveHDF5SummarizedExperiment ()。

版本:1.8.0类别:新功能文本:添加强制ExpressionSet SummarizedExperiment。

版本:1.8.0类别:用户可见的重大变化:

版本:1.8.0类别:弃用和已经文本:删除“力”seqinfo论证()和seqlevels () setter (BioC 3.5支持的论点有弃用新的和更灵活的修剪。模式的参数)。

版本:1.8.0类别:BUG修复文本:强迫从SummarizedExperiment RangedSummarizedExperiment失去元数据列。固定了。

版本:1.8.0类别:BUG修复文本:修复cbind()和rbind SummarizedExperiment对象()当一些化验DataFrame或data.frame对象。

版本:1.8.0类别:BUG修复文本:“美元”完成SummarizedExperiment RStudio和RangedSummarizedExperiment工作。

SWATH2stats

1.7.7版本的变化:

错误修复

• 更新装饰图案以避免误解什么数据加载

的变化版本1.7.6:

错误修复

• 手动convert4PECA

1.7.5版本的变化:

错误修复

• 图书馆不是公认的小插图

1.7.4版本的变化:

新功能

• 添加函数convert4PECA

1.7.3版本的变化:

新功能

• 添加选项保持所有列分解函数

版本是1.7.2变化:

新功能

• 添加选择不删除诱饵filter_proteotypic_peptides (), filter_on_max_peptides(),和filter_on_min_peptides ()

1.7.1上版本的变化:

新功能

• SWATH2stats BioC 3.6开发版本

1.6.1版本的变化:

新功能

• SWATH2stats BioC 3.5版本

TarSeqQC

1.7.1上版本的变化:

• 引用文件添加到包括新的出版物描述TarSeqQC应用在真实的数据集

TFARM

的变化版本0.99.8:

主要修正

• 两个数据集重新命名(从我TF_Imp和p p_TFs)

• 有些循环矢量化的小插曲

TFBSTools

3.5版本的变化:

新功能

• 添加函数解析MEME输出。

• 添加searchSeq的并行计算。

3.4版本的变化:

错误修复

• 在PFMSimilarity修复一个缺陷。

• 修复一个错误为主题matrx当有多个类。

新功能

• readJASPARMatrix函数添加JASPAR格式文件。

3.3版本的变化:

错误修复

• 适应runMEME使用meme 4.10。x版本。

• 修复run_MEME科学记数法

• MEME wrappe更好的错误处理

tofsims

版本:099.1类别:用户可见的明显变化:变化函数在整个包从call-by-ref behvaiour顺道访问值。调整相应的例子和装饰图案。

版本:099.1类别:内部文本:现在取决于ProtGenerics,它使用“mz”

版本:099.1类别:内部文本:交换各种打印消息()与()

版本:099.1类别:修正文本:

topdownr

版本变化0.99.0 (2017-10-05):

• 第一次公开发布。

泛太平洋伙伴关系

的变化版本3.5.0:

• 新Bioconductor候选版本!程在版本3.5。xx(2017年5月- xx):

• 导入整个tidyverse ggplot2,而是单独dplyr等等

• tidyverse和Biobase转向“依赖”,这样他们会自动为下游分析十分感激。

trackViewer

的变化版本1.13.11:

• 修复bug maxgap findOverlaps不能小于0

的变化版本1.13.10:

• 修复bug ideogramPlot不同于规范的文档。

的变化版本1.13.9:

• 修复bug使用findOverlaps时,“任何”“类型”时,至少有一个“maxgap”和“minoverlap”必须被设置为默认值

的变化版本1.13.8:

• 在ideogramPlot自动设置字体大小

的变化版本1.13.7:

• 修复bug在ideogramPlot热图布局数据范围是相同的。

的变化版本1.13.6:

• 添加可拖动的痕迹browseTracks函数

的变化版本1.13.5:

• 添加箭头工具browseTracks函数

的变化版本1.13.4:

• 添加标签工具browseTracks函数

的变化版本1.13.3:

• 修复bug在browseTracks函数

的变化版本1.13.2:

• 添加更多的列GRoperator函数

• 添加browseTracks函数

transcriptogramer

版本1.0.0的变化:

• 释放的transcriptogramer包Bioconductor [YYYY-MM-DD]。

treeio

1.1.2版本的变化:

• 新项目网站使用blogdown < 2017-09-28,清华>

变化的1.1.1版:

• 解析多层陶瓷文件没有dnd https://groups.google.com/forum/?utm_medium=email&utm_source=footer < 2017-08-31,清华> + # ! / bioc-ggtree / hTRj-uldgAg话题

• 更好的实现merge_tree < 2017-08-31,清华>

TRONCO

更改版本2.8.1发布:

• 小修理文档上

TVTB

1.3.2版本的变化(2017-09-02):

错误修复

• 更新装饰图案的输出格式兼容BiocStyle (> = 2.5.19);一个装饰图案转向PDF尊重包大小限制在新的上下文。

1.3.1版本的变化(2017-05-30):

错误修复

• 固定的VCF导入多个文件的闪亮的应用程序。

VariantFiltering

1.14版本的变化:

用户可见的变化

• MafDb的类和方法已经被移动到“GenomicScores”包。

• 现在VariantFilteringResults的对象也存储“GenomeDescription”对象,可以使用的方法获取的referenceGenome ()”。

• 内部存储的变化“VariantFilteringResults”允许一个序列化的对象,这种对象的saveRDS ()”。

wiggleplotr

1.1.2版本的变化:

• 新makeManhattanPlot()函数更容易想象协会假定值一起读报道和记录结构情节。

xcms

的变化版本2.99.10:

错误修复

• 解决# 230:在Windows上失败的小插曲。

的变化版本2.99.9:

用户可见的变化

• 色谱峰检测使用调整保留时间在一个对齐XCMSnExp对象(问题# 213,# 208)。

• 新参数msLevel processHistory XCMSnExp。

• 新的参数keepAdjustedRtime filterMsLevel, XCMSnExp、dropChromPeaks XCMSnExp dropFeatureDefinitions, XCMSnExp。

• 添加参数msLevel色谱,XCMSnExp方法(问题# 205)。

• Obiwarp对齐现在是一个女士级别上执行和调整是应用于所有女士水平(问题# 214)。

• 添加函数plotMsData情节强度对保留时间和m / z女士片在一个样品的保留时间。

• 添加参数msLevel = 1 l extractMsData方法(问题# 223)。

• 新的applyAdjustedRtime函数巩固对齐的结果,即替换原始的保留时间在XCMSnExp调整保留时间。

• [,XCMSnExp方法所得参数keepAdjustedRtime允许保持调整保留时间的子集。

• 实现spectrapply, XCMSnExp确保返回的结果使用调整保留时间(如果存在)。

• [[,XCMSnExp光谱方法返回一个对象,调整保留时间,如果XCMSnExp包含调整保留时间。

• 论证“sampleGroups”是强制性的“PeakDensityParam”(问题# 228)。

错误修复

• 解决# 191:fillPeaks过度的内存使用。

• 解决# 220:山峰矩阵缺失列“sample”如果没有山峰是第一个样本中发现的。

• 解决# 222:findChromPeaks不返回一个XCMSnExp对象过滤到一个女士水平尽管峰值检测执行在一个水平。

• 解决问题plotMsData导致错误的颜色标签的数据点。

的变化版本2.99.8:

错误修复

• 与限制型心肌病取代xcmsMSn Rnw装饰图案修复Windows构建错误。

的变化版本2.99.7:

错误修复

• 解决# 201:警告:“readMSData2”是弃用。多亏了l .与。

• 合并后BioC git过渡

的变化版本2.99.6:

新功能

• 校准,XCMSnExp方法,允许校准色谱峰。

用户可见的变化

• 出口phenoDataFromPaths函数(发行195美元)。

• 添加参数mz和rt featureDefinitions方法允许提取特性在指定的范围内。

• 增加密度函数调用n组density-based对应的2。

• 取代xcmsDirect。使用新的用户界面与rmarkdown-based Rnw装饰图案。

错误修复

• 问题# 196:删除了不必要的维度不同概要文件要求在adjustRtime矩阵,XCMSnExp ObiwarpParam。

• 问题# 194:retcor修复。如果scanrange obiwarp: 1)原始数据子集! =零。2)如果mz系列的两个文件排列不同,扩大正确。根据profStep和mz值/矩阵没有正确地扩大范围。

• plotChromPeakDensity函数中潜在的问题。

的变化版本2.99.5:

用户可见的变化

• 重新启用findPeaks睡眠参数。centWave findPeaks.matchedFilter。

的变化版本2.99.4:

新功能

• plotChromPeaks函数添加到情节的定义(rt和mz系列)检测色谱峰的一个文件到mz-rt平面。

• plotChromPeakImage函数添加到情节的发现山峰沿着保留时间轴/文件作为一个图像。

用户可见的变化

• 移动色谱类和功能MSnbase包

• 添加参数msLevel findChromPeaks方法允许(色谱)峰值检测水平女士> 1。

错误修复

• 极性信息不是从mzXML读取文件(问题# 192)。

的变化版本2.99.3:

错误修复

• 问题# 188:确定文件类型的文件内容如果文件结束不清楚。

的变化版本2.99.2:

错误修复

• 问题# 181:当isCentroided问题,频谱方法返回NA因为太少的谱峰。固定在这种情况下通过检查所有文件中的光谱。

• 问题# 184:添加参数睡眠do_groupChromPeaks_density函数保持向后兼容旧group.density代码。

的变化版本2.99.1:

新功能

• extractMsData提取原始数据作为data.frame女士(问题# 120)。

错误修复

• 问题# 175:现在抛出一个错误如果没有峰集团被确认为峰保留时间校正。

• 问题# 178:scanrange倒塌时的调整范围是(Jan Stanstrup拉请求)。

• 问题# 180:错误当retcor提供的参数方法和平滑方法。

的变化版本2.99.0:

新功能

• plotChromatogram和highlightChromPeaks功能。

• plotChromPeakDensity函数。

• 清洁方法色谱类。

用户可见的变化

• 改变默认的ppm chromPeaks方法中参数为0。

• extractChromatograms支持提取多个rt和mz范围。

• 新的参数失踪extractChromatograms允许指定的强度值用于rts没有信号在mz范围内可用。

• extractChromatograms返回色谱图的长度等于扫描在rt指定范围内的数量,即使没有信号测量(NA)强度值。

的变化版本1.53.1:

错误修复

• 增加密度参数n调用密度峰值对应的方法。这使得相邻峰分离使用小型n(问题# 161)。由于1月Stanstrup。

xps

3.4版本的变化:

版本xps-1.37.2

• 配置。在file - unix line endings

版本xps-1.37.1

• 更新安装和自述文件

山药

1.3版本的变化:

• 更新引用信息。

• 更改相关Bioconductor从SVN GIT。

zFPKM

的变化版本0.99.18:

• 最初版本

• 方法主要改编自手稿

zinbwave

版本变化0.99.10 (2017-10-23):

• 添加AIC和BIC决定的因素

• 添加函数来计算观测DE权重

版本变化0.99.7 (2017-07-17):

• zinbwave ()现在返回一个SingleCellExperiment对象。

版本变化0.99.6 (2017-07-05):

• 固定在zinb.loglik bug。矩阵来avoid Inf values

版本变化0.99.5 (2017-07-03):

• 添加computeDevianceResiduals()函数来计算残差

• 添加imputeZeros()函数使用模型来转嫁技术0

• 添加zinbwave()函数进行降维

• 改变小插图说明新的功能

版本变化0.99.4 (2017-06-08):

• 从平行于BiocParallel开关

• 代码效率的改进,例如,避免复制ZinbModel对象

版本变化0.99.3 (2017-05-31):

• 更多的信息描述:字段

• 改进的文档

• 添加getAlpha、getBeta getGamma访问器功能

• 改进的显示()方法

• 向量化代码zinbSim ()

• 固定的错误,引入了一个错误当初始化一个对象空X或V

• 添加测试数值计算的正确性

版本变化0.99.2 (2017-05-12):

• 新配方SummarizedExperiment接口

• 添加t-SNE例子来装饰图案

版本变化0.99.0 (2017-05-09):

• 撞Bioconductor版本提交

• 微小的变化,编译装饰图案

• 需要R版本3.4

版本变化0.1.4 (2017-04-10):

• 改进的文档

• zinbSim现在产生矩阵J x n维度

• 删除不必要的依赖clusterExperiment

• 额外的测试

• 更好的默认ε

版本变化0.1.2 (2017-03-29):

• 新装饰图案

• 改变名字zinbwave

版本变化0.1.0 (2016-09-23):

• 引入S4类zinbModel

• 重大重组的初始化和优化(见小插图)

• 方法zinbFit适合一个模型

• 许多其他方法,包括zinbInitialize、zinbOptimize zinbSim

弃用和已经包

九个软件包被从这个版本(BioC 3.5中被弃用后):pdmclass coRNAi、基因。E, mmnet AtlasRDF CopyNumber450k,削弱了,MeSHSim GEOsearch。

九个软件包(BioMedR ddgraph、EWCE HCsnip, stepwiseCM, domainsignatures, iontree, oneChannelGUI, RCytoscape)中弃用这个版本,BioC 3.7将被删除。

一个实验数据包(CopyNumber450kData)从这个版本BioC弃用后(3.5)。

在这个版本没有实验数据包弃用。