motifmatchr

DOI:10.18129 / B9.bioc.motifmatchr

快在R主题匹配

Bioconductor版本:版本(3.17)

快速找到主题匹配对许多主题和许多序列。包装从情绪主题调用c++代码库,由帕斯塔法里教,珍妮Korhonen,和佩特里Martinmaki。

作者:艾丽西娅Schep (aut (cre),斯坦福大学(cph)

维护人员:艾丽西娅Schep < aschep gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“motifmatchr”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“motifmatchr”)

HTML	R脚本	motifmatchr
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	MotifAnnotation,软件
版本	1.22.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(5.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (> = 3.3)
进口	矩阵,Rcpp、方法TFBSTools,Biostrings,BSgenome,S4Vectors,SummarizedExperiment,GenomicRanges,IRanges,Rsamtools,GenomeInfoDb
链接	Rcpp, RcppArmadillo
建议	testthat、knitr rmarkdown,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL
取决于我
进口我	ATACCoGAPS,ATACseqTFEA,enhancerHomologSearch,enrichTF,esATAC,网页排名,spatzie
建议我	CAGEWorkflow,chromVAR,GRaNIE,MethReg
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	motifmatchr_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	motifmatchr_1.22.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	motifmatchr_1.22.0.tgz
macOS二进制(arm64)	motifmatchr_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/motifmatchr
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ motifmatchr
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/motifmatchr/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/motifmatchr/
包下载报告	下载数据