网格

DOI:10.18129 / B9.bioc.meshes

网格丰富和语义分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

MeSH(医学主题标题)是NLM控制的词汇表，用于为MEDLINE/PubMed手动索引文章。MeSH术语通过gendoo、gene2pubmed和RBBH三种方法通过Entrez Gene ID进行关联。这种关联是丰富和语义分析的基础。网格支持基因列表或整个表达谱的富集分析(过度表示和基因集富集分析)。MeSH术语的语义比较为计算基因和基因组之间的相似性提供了定量的方法。网格分别实现了Resnik, Schlicker, Jiang, Lin和Wang提出的五种方法，支持70多个物种。

作者:余广创[aut, cre]，胡二强[ctb]

维护人员:guangchuangyu

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“网格”)

超文本标记语言	R脚本	网格
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，聚类，MultipleComparison，软件
版本	1.24.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(6.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.1.0)
进口	AnnotationDbi，剂量，enrichplot，GOSemSim，方法，utils，AnnotationHub，MeSHDbi，yulab.utils
链接
建议	knitr，rmarkdown，prettydoc
SystemRequirements
增强了
URL	https://yulab-smu.top/biomedical-knowledge-mining-book/
BugReports	https://github.com/GuangchuangYu/meshes/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	meshes_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	meshes_1.24.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	meshes_1.24.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	meshes_1.24.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/meshes
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/mesh
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/meshes/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/meshes/
软件包下载报告	下载数据