Bioconductor版本:版本(3.17)
这个包提供了一个R包装流行的bowtie2测序读准仪和AdapterRemoval,快速的一个方便工具适配器修剪、识别、和阅读合并。包包含包装器函数,允许基因组索引和对齐这些索引。包还允许通过Rsamtools本文件的创建。
作者:郑魏(aut (cre)(音译)(aut)
维护人员:郑魏< wzweizheng qq.com >
从内部引用(R,回车引用(“Rbowtie2”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“Rbowtie2”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“Rbowtie2”)
HTML | R脚本 | 介绍Rbowtie2 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 对齐,预处理,测序,软件 |
版本 | 2.6.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.6 (r - 3.4)(5.5年) |
许可证 | GPL (> = 3) |
取决于 | R (> = 4.1.0) |
进口 | magrittr,Rsamtools |
链接 | |
建议 | knitr testthat (> = 3.0.0), rmarkdown |
SystemRequirements | GNU c++ 11日,samtools |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | CircSeqAlignTk,esATAC,红外望远镜,UMI4Cats |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。
源包 | Rbowtie2_2.6.0.tar.gz |
Windows二进制 | Rbowtie2_2.6.0.zip |
macOS二进制(x86_64) | Rbowtie2_2.6.0.tgz |
macOS二进制(arm64) | Rbowtie2_2.6.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rbowtie2 |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Rbowtie2 |
Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/Rbowtie2/ |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/Rbowtie2/ |
包下载报告 | 下载数据 |
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