SeqSQC

DOI:10.18129 / B9.bioc.SeqSQC

bioconductor包样本与下一代测序数据质量检查

Bioconductor版本:版本(3.17)

SeqSQC旨在识别有问题的样品在门店数据,包括与性别不匹配,样品污染,神秘的联系,人口离群值。

作者:钱氏(aut (cre)

维护人员:钱氏< qliu7 buffalo.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SeqSQC”)

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文档

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HTML	R脚本	样品质量检查与SeqSQC下一代测序数据
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文本		新闻

细节

biocViews	实验数据,基因组,Homo_sapiens_Data,Project1000genomes,测序数据,软件
版本	1.22.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(5.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.4),ExperimentHub(> = 1.3.7),SNPRelate(> = 1.10.2)
进口	e1071,GenomicRanges,gdsfmtggplot2 GGally,IRanges、方法、rbokeh RColorBrewer、reshape2 rmarkdown,S4Vectors统计,跑龙套
链接
建议	BiocStyle、knitr testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Liubuntu/SeqSQC
BugReports	https://github.com/Liubuntu/SeqSQC/issues
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	SeqSQC_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	SeqSQC_1.22.0.zip
macOS二进制(x86_64)	SeqSQC_1.22.0.tgz
macOS二进制(arm64)	SeqSQC_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SeqSQC
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SeqSQC
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/SeqSQC/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/SeqSQC/
包下载报告	下载数据