NanoStringQCPro

DOI:10.18129 / B9.bioc.NanoStringQCPro

这个包是弃用。它可能会从Bioconductor删除。请参考包临终的指导方针为更多的信息。

质量指标和数据处理方法NanoString信使rna基因表达数据

Bioconductor版本:版本(3.17)

NanoStringQCPro提供了一组质量指标,可用于评估NanoString信使rna基因表达数据的质量,即识别异常值探测和离群值的样本。它还提供了不同的背景减法和归一化方法对于这个数据。它输出建议萎靡不振的样品质量控制/探测器和一个容易可共享的html输出。

作者:多罗斯镍<镍。多罗斯在gene.com >,托马斯Sandmann < Sandmann。托马斯在gene.com >,罗伯特•齐曼<齐曼。罗伯特在gene.com >,Richard Bourgon

维修工:罗伯特•齐曼<齐曼。罗伯特在gene.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“NanoStringQCPro”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“NanoStringQCPro”)

PDF		vignetteNanoStringQCPro.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	微阵列,归一化,预处理,质量控制,ReportWriting,软件,mRNAMicroarray
版本	1.32.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(8年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 3.2),方法
进口	AnnotationDbi(> = 1.26.0),org.Hs.eg.db(> = 2.14.0),Biobase(> = 2.24.0)knitr (> = 1.12), NMF (> = 0.20.5) RColorBrewer (> = 1.0 5), png (> = 0.1 7)
链接
建议	testthat roxygen2 (> = 4.0.1),BiocStyle、knitr rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	NanoStringQCPro_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	NanoStringQCPro_1.31.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)	NanoStringQCPro_1.31.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NanoStringQCPro
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ NanoStringQCPro
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/NanoStringQCPro/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.17源码包	源存档