philr

DOI:10.18129 / B9.bioc.philr

宏基因组数据的基于ILR变换的系统发育划分

Bioconductor版本:发行版(3.16)

PhILR是系统发育等距对数比变换的缩写。这个包提供了分析组成数据的函数(例如，表示不同变量/部分比例的数据)。具体来说，该软件包允许分析成分数据，其中各部分可以通过系统发育树进行关联(在微生物区系调查数据中很常见)，并提供从系统发育树构建的等长对数比转换，并使用加权参考测量。

作者:Justin Silverman [aut, cre]， Leo Lahti [ctb]

维护者:Justin Silverman

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“philr”)

超文本标记语言	R脚本	PhILR简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ImmunoOncology，宏基因组，微生物组，测序，软件
版本	1.24.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(6.5年)
许可证	GPL-3
取决于
进口	猿，phangorn，tidyr，ggplot2，ggtree、方法
链接
建议	testthat，knitr，ecodist，rmarkdown，BiocStyle，phyloseq，SummarizedExperiment，TreeSummarizedExperiment，glmnet，dplyr，米娅
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jsilve24/philr
BugReports	https://github.com/jsilve24/philr/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	philr_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	philr_1.24.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	philr_1.24.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	philr_1.24.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/philr
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/philr
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/philr/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/philr/
软件包下载报告	下载数据