chromVAR

DOI:10.18129 / B9.bioc.chromVAR

染色质的变化各地区

Bioconductor版本:版本(3.17)

决定染色质的变化可访问性跨组注释或峰值。设计主要是为单细胞或稀疏染色质易访问性数据,如从scATAC-seq或稀疏散装ATAC DNAse-seq实验。

作者:艾丽西娅Schep (aut (cre),杰森Buenrostro[所有]迦勒Lareau[所有],斯坦福大学的威廉•格林利(黑色)(cph)

维护人员:艾丽西娅Schep < aschep gmail.com >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“chromVAR”)

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文本		许可证

细节

biocViews	GeneRegulation,ImmunoOncology,测序,SingleCell,软件
版本	1.22.1
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(5.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRangesggplot2 nabor,BiocParallel,BiocGenerics,Biostrings,TFBSTools,Rsamtools,S4Vectors、方法、Rcpp网格,阴谋,闪亮,miniUI,统计,跑龙套,图形,DT, Rtsne,矩阵,SummarizedExperimentRColorBrewer,BSgenome
链接	Rcpp, RcppArmadillo
建议	JASPAR2016,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,testthat readr knitr、rmarkdown pheatmap,motifmatchr
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL
取决于我
进口我	ATACCoGAPS
建议我	摩卡,Signac
我的链接
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	chromVAR_1.22.1.tar.gz
Windows二进制	chromVAR_1.22.1.zip
macOS二进制(x86_64)	chromVAR_1.22.1.tgz
macOS二进制(arm64)	chromVAR_1.22.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chromVAR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ chromVAR
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/chromVAR/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/chromVAR/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.17源码包	源存档